Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 23 záznamů.  1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.00 vteřin. 
Stanovování metylací v promotorových oblastech genů řídících metabolismus 5 - fluorouracilu.
Bendová, Petra ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Václavíková, Radka (oponent)
Cytostatikum 5-fluorouracil (5-FU) se používá při léčbě řady nádorových onemocnění, zejména nádoru tlustého střeva a konečníku, pankreatu, prsu nebo vaječníků. 5-FU se v lidském organismu přeměňuje na aktivní metabolity, které poškozují cílové buňky a následně způsobují jejich apoptózu. Hlavním cílem diplomové práce bylo stanovení hladin metylací v promotorových oblastech 14 kandidátních genů podílejících se na metabolismu 5-FU: TK1, PPAT, RRM1, RRM2, UCK2, UCK1, UMPS, TYMP, UPP1, UPP2, SLC29A1, UPB1, DPYS a DPYD. Předpokládáme, že metylace v promotorových oblastech reguluje mRNA transkricpi uvedených genů. Byla provedena analýza uvedených parametrů u 128 pacientů, kterým byla odebrána nádorová tkáň společně s tkání nenádorovou. Práce zahrnuje izolaci DNA z nádorové i nenádorové tkáně, bisulfitickou přeměnu nemetylovaných cytosínů na uracily, metylačně specifickou analýzu křivek tání s vysokým rozlišením pro vlastní analýzu metylací a gelovou elektroforézu pro separaci PCR produktů. U většiny studovaných genů, tj. TK1, PPAT, RRM1, RRM2, UCK2, UCK1, UMPS, TYMP, UPP1, SLC29A1 a DPYD jsme nedetekovali žádnou metylaci promotorových oblastí. U studovaných genů DPYS, UPB1 a UPP2 jsme pak nalezli metylace v promotorových oblastech různých hodnot. Statisticky významný rozdíl mezi tumorem a přilehlou...
Posttranslační modifikace adaptorového proteinu DAXX v buněčné odpovědi na genotoxický stres
Bražina, Jan ; Anděra, Ladislav (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent) ; Vodička, Pavel (oponent)
Zachování kontinuity chromozomů a úplné genetické informace v lidských buňkách je rozhodující pro přežití buňky resp. celého organismu a zabraňuje konverzi normálních diploidních buněk v buňky s nestabilním genomem. Buněčná DNA je však vystavována endogennímu i exogennímu stresu, který může vést k poškození její struktury. Během evoluce se ve vyšších eukaryotech vyvinulo několik molekulárních mechanismů, které tato poškození detekují a opravují, a zajišťují tak v buňkách chromosomovou stabilitu. Tato odpověď se nazývá buněčná odpověď na poškození DNA (DDR). Jedním z nejzávažnějších druhů poškození DNA jsou tzv. dvojřetězcové zlomy (DSB), kdy dojde v těsné blízkosti k přerušení kovalentní vazby mezi cukrem a fosfátem. DSB spouští vlnu posttranslačních modifikací, které regulují proteinové interakce, jadernou lokalizaci a katalytickou aktivitu desítek až stovek proteinů. Tyto modifikace zahrnují acetylace, metylace, SUMOylace, ubikvitinylace a zejména pak fosforylace. Mezi nejvýznamnější kinázy účastnící se DDR jsou kinázy ATM, ATR a DNA-PK, jež jsou aktivovány bezprostředně po detekci poškozeného místa. DAXX (death-associated protein 6) je adaptorový, převážně jaderný protein, který se se v buňkách účastní sbalování histonové varianty H3.3, remodelace chromatinu, modulace genové exprese či...
Molecular characteristics of mismatch repair pathway in ovarian cancer
Burócziová, Monika ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
Udržování stability genomu a buněčné homeostázy je v lidském organismu zajišťováno mnohaúrovňovými a mnohačetnými enzymatickými ději. Buňky se musí každodenně vypořádat s řadou událostí, při kterých dochází k poškození DNA, s cílem přežití a udržení integrity genetické informace (DNA). Nahromaděné chyby ve struktuře DNA a zlomy DNA jsou opravované pomocí dynamického aparátu, jako je například dráha opravy nesprávně přiřazených nukleotidů (MMR). V předkládané diplomové práci byla studována MMR dráha a její podíl na malignizaci epiteliální rakoviny vaječníků (EOC). Pracovní hypotéza byla, že exprese hlavních genů MMR dráhy, jako jsou MLH1 a MSH2, je v rakovinných buňkách utlumena. Tyto buňky jsou pak neschopny opravit nahromaděné chyby v DNA, což vede buď k apoptóze nebo s vyšší pravděpodobností k jejich nekontrolovanému pomnožení. Dále byl podroben testování předpoklad, že výše zmiňované geny jsou utlumeny u pacientek trpících EOC rakovinou na transkripční, translační nebo epigenetické úrovni. Cílem práce bylo objasnit a prozkoumat význam MMR dráhy na utlumení exprese mRNA, nestabilitě proteinů a hypermetylaci promotorů skupiny hlavních genů MMR dráhy, a to konkrétně u MLH1, MSH2, PMS1, MLH3, MSH6, MSH3 a PMS2. V rámci studie bylo analyzováno 63 vzorků EOC a 12 zdravých vaječníků pomocí metod...
Anglický královský dvůr a jeho proměny v kontextu první poloviny 17. století (1603-1640)
Vodička, Pavel ; Soukup, Jaromír (vedoucí práce) ; Kovář, Martin (oponent) ; Skřivan, Aleš (oponent)
Cílem disertační práce je komparativní analýza anglického královského dvora v první polovině 17. století. Analytická část disertační práce je zaměřena na zkoumání procesů, které ovlivňovaly strukturu a úlohu panovnického dvora v kontextu politického, náboženského, hospodářského, sociálního a kulturního vývoje země. Srovnávací kritéria tvoří osobnost panovníka, institucionální struktura a personální skladba dvora, jeho financování a dvorská kultura. Komparace je časově vymezena obdobím mezi počátkem vlády Jakuba I. (1603) a koncem osobní vlády Karla I. (1640). Disertační práce je založena na kritické analýze pramenů a studiu sekundární literatury. V období vlády Jakuba I. bylo jedním z charakteristických rysů královského dvora soupeření různých zájmových frakcí. V zájmu zachování mocenské rovnováhy panovník svěřil vybrané úřady pouze členům své skotské družiny. Účelové posilování vlivu vybraných dvorských institucí, zejména Bedchamber, nakonec přispělo k výraznému oslabení unitárního systému vlády, v němž klíčovou roli hrála doposud Tajná rada. V letech 1603-1625 navíc docházelo k silné koncentraci moci v rukou královských oblíbenců, jednalo se především o George Villierse, pozdějšího vévodu z Buckinghamu. Následkem tohoto vývoje však bylo oslabení mocenské pozice krále. Karel I. se pokusil o...
The application of functional tests to measure DNA repair capacity in molecular epidemiological studies
Slyšková, Jana ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Hampl, Aleš (oponent) ; Kment, Milan (oponent)
DNA opravy sú životne dôležitým procesom živých organizmov. Zárodočné alebo somatické defekty DNA opráv sú pravdepodobným, ak nie nevyhnutným javom podmieňujúcim rozvoj nádorových ochorení. DNA opravy, ako multigénne a multifaktoriálne procesy, je možné fenotypovo charakterizovať pomocou komplexného parametru DNA reparačnej kapacity (DRC). DRC reprezentuje marker s vysokou informačnou hodnotou, pretože v sebe zahŕňa všetky genetické, epigenetické a negenetické faktory, ktoré úroveň DNA opráv modulujú. DRC tak reflektuje aktuálnu kapacitu bunky, tkaniva alebo celého organizmu chrániť integritu svojej DNA. Táto doktorská práca bola zameraná na výskum DRC bázovej a nukleotidovej excíznej dráhy v rôznych typoch ľudských populácií s odlišnými charakteristikami. Cieľom práce bolo reflektovať niektoré podstatné otázky týkajúce sa využitia DRC v ľudských epidemiologických štúdiách a tým zistiť úroveň variability DNA opráv u zdravej populácie, odhaliť genetické a negenetické faktory, ktoré túto variabilitu podmieňujú, zistiť či dochádza k adaptačnej zmene DRC v reakcii na vysokú genotoxickú záťaž a, napokon, odhaliť vzťah medzi individuálnou hladinou DRC a rizikom vzniku nádorových ochorení. Za účelom naplnenia stanovených cieľov, DRC, s ohľadom na individuálnu genetickú a environmentálnu variabilitu...
Vztah mezi genetickými polymorfismy DNA reparačních genů a jejich expresí u zdravé populace (s výhledem na stanovení u onkologických pacientů).
Hánová, Monika ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Bencko, Vladimír (oponent) ; Černá, Marie (oponent)
Odpověď na poškození DNA je komplexní systém, odpovědný za ochranu buňky proti vnitřním a vnějším vlivům poškozujícím DNA a za udržování integrity genomu. Mnoho genů, které se účastní signálních drah reagujících na poškození DNA, je polymorfních. Genetické polymorfismy v kódujících a regulačních oblastech mohou mít vliv na funkci proteinů, které tyto geny kódují. Fenotypový efekt jednonukleotidových polymorfismů (SNPs), je předmětem zkoumání v souvislosti se schopností buňky zvládat genotoxický stres a následně ve vztahu k riziku vzniku onkologického onemocnění. Cílem této práce bylo zhodnotit vztah mezi SNPs v genech zodpovědných za opravy poškození DNA (hOGG1, XRCC1, XPC) a genech buněčného cyklu (TP53, p21CDKN1A , BCL2 a BAX) a expresí na úrovni mRNA v lymfocytech periferní krve u subjektů exponovaných styrenu v pracovním prostředí a u kontrolních subjektů. Cíl byl rozšířen na analýzu vztahu mezi expresí uvedených genů na úrovni mRNA a markery expozice styrenu (koncentrace styrenu v krvi a ve vzduchu), markery poškození DNA (jednořetězcové zlomy - SSBs; místa specifická pro endonukleázu III - Endo III místa) a kapacitou bázové excizní opravy (BER) měřené pomocí míry opravy poškození DNA způsobeného γ-zářením a schopností opravovat oxidativní poškození. Studie na skupině zdravých jedinců...
Chromozomální poškození a kapacita opravy DNA v periferních lymfocytech jako ukazatelé karcinogeneze.
Kroupa, Michal ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Štětina, Rudolf (oponent)
V současné době je známo, že působení faktorů vnějšího i vnitřního prostředí buňky společně s genovými variantami modulují riziko rozvoje sporadických forem nádorů. Strukturní chromozomální aberace v periferních lymfocytech představují biomarker působení genotoxických karcinogenů a jsou považovány za indikátor zvýšeného rizika rozvoje nádorového bujení. Hlavní příčinou vzniku chromozomálních aberací jsou neopravené či chybně opravené dvouvláknové zlomy v molekule DNA; cytogenetickým měřením těchto alterací lze získat představu o tzv. "interindividuální variabilitě" v odpovědi na mutagen. Předpokládané deficience v kapacitě opravy DNA byly v této práci zkoumány u incidentních onkologických pacientů s nádory prsu, tlustého střeva a konečníku a u pacientů s nádory urogenitálního systému. Stanovení chromozomálního poškození bylo doplněno o analýzu vybraných genových variant genů účastnících se opravy poškozené DNA (XRCC3, rs861539; RAD54L, rs1048771). V této studii byla využita konvenční cytogenetická analýza a cytogenetická analýza založená na indukci chromozomálních aberací bleomycinem (tzv. "Challenge assay"), diskriminační analýza TaqMan pro stanovení alelických variant a statistická analýza. Výše uvedenými metodami nebyl prokázán statisticky významný rozdíl v průměrné hladině chromatidových zlomů...
Mutations in MLH1 gene and MSI status as molecular characteristics of sporadic colorectal cancer
Čaja, Fabián ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Kadlecová, Jitka (oponent)
Kolorektální karcinom (CRC) je jedním z nejrozšířenějších maligních onemocnění v České republice. Obecně existují dvě molekulární dráhy vedoucí k CRC: první je dráha chromozomální nestability, druhá pak souvisí s poruchou reparace chybně zpárovaných bází DNA (MMR). Gen MutH homologue 1 (MLH1) je jedním z členů genové rodiny opravy chybného párování bazí (MMR) a představuje klíčovou součást systému MMR, zodpovědného ve spolupráci s dalšími významnými proteiny za opravu poruch párování v DNA, vzniklých během replikace. Jak vyplývá z literatury, somatické mutace v MMR genech, včetně genu MLH1, jsou atributem sporadické formy CRC s deficientním MMR systémem. Cílem této práce byla analýza somatických změn v MLH1 genu a stanovení statutu mikrosatelitové nestability (MSI) v souboru 99 DNA vzorků od 96 pacientů s diagnózou sporadické formy CRC. Mutace byly detekovány pomocí HRM techniky. Pozitivní vzorky byly následně ověřovány automatickým sekvenováním. V genu MLH1 byly nalezeny především genové varianty: Identifikovali jsme dvě nové varianty, jednu v exonu 2 na pozici c.. 204 C>G, p. Ile68Met (98 C/C, 1C/G) a druhou v exonu 11 na pozici c. 973 C>T, p. Arg325Trp (98 C/C, 1 C/T). Pouze varianta c.. 204 C>G byla stanovena jako somatická, všechny další varianty byly tzv. "germ line" (varianty zárodečné...
Od hledání nových onkogenů k pokusu předefinovat fenomén kancerogeneze
Pajer, Petr ; Dvořák, Michal (vedoucí práce) ; Vodička, Pavel (oponent) ; Eckschlager, Tomáš (oponent)
Zvolený experimentální model indukce klonálních nádorů inzerční mutagenezí MAV-2 se ukázal být velmi cenným a bohatým zdrojem informací o procesu transformace normální buňky v buňku nádorovou. V souhrnu bylo mapováno více než 2000 individuálních klonálních VIS z několika set nádorových vzorků. Bylo molekulárně analyzováno 5 tkáňově a histologicky odlišných nádorových typů a od nich odvozených tkáňových kultur. Při studiu byl objeven a popsán fenomén industáze. Hlavním cílem této práce však bylo pochopit obecné důvody a příčiny nádorové transformace buňky. Výsledky studia vedly autora k poněkud paradoxnímu tvrzení, že význam genetických změn v transformované buňce je přeceňován. Přestože popisování funkce jednotlivých genů, hledání nádorových markerů a molekulárních cílů pro terapii je stále velmi přínosné, domnívá se, že tradiční představa vzniku nádoru jako funkce hromadění mutací a jejich selekce je v současnosti významnou brzdou dalšího výzkumu. Úvahy na toto téma jsou shrnuty v závěrečné části předkládané disertační práce.

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 23 záznamů.   1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam:
Viz též: podobná jména autorů
14 Vodička, Petr
1 Vodička, Přemysl
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.