|
|
Analýza procesů a implementace nástrojů pro forensní genetickou genealogii
Černohousová, Zuzana ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Stenzl, Vlastimil (oponent)
Forenzní genetická genealogie je nový obor zažívající rozkvět od roku 2018, kdy v americ- kém státě Kalifornie pomohl odhalit sériového vraha přezdívaného Golden State Killer. Využívá komerčních genetickogenealogických databází, které dnes obsahují desítky mili- onů SNP profilů příslušejících osobám po celém světě, jež tyto služby využívají pro pro- pojení s neznámými příbuznými. Jeden SNP profil je sestaven přibližně z 650 000 lokusů, což umožňuje nejen predikci příbuzenského vztahu dvojice osob, ale i určení přesných ge- nomických segmentů, které osoby získaly od společného předka. Od roku 2018 je forenzní genetická genealogie rutinně využívána ve Spojených státech amerických pro identifikaci neztotožněných ostatků a pachatelů násilných trestných činů a o jejím zavedení uvažují i některé evropské státy. Mezi tyto se řadí i Česká republika, Kriminalistický ústav Policie České republiky plánuje vytvořit vlastní databázi SNP profilů a implementovat vlastní genetickogenealogické nástroje pro využití přímo pro forenzní genetickou genealogii. Tato práce si dává za cíl zmapovat problematiku (forenzní) genetické genealogie a popsat ji tak, aby v ní čtenáři poskytovala snadnou orientaci. Součástí práce je také framework pro správu genetickogenealogických dat ve formě konzolové aplikace. 1
|
|
|
Y chromosomální charakteristika současné vesnické populace na Klatovsku
Doležalová, Veronika ; Ehler, Edvard (vedoucí práce) ; Stenzl, Vlastimil (oponent)
Využití genetických markerů v nerekombinující části Y chromosomu se ukázalo jako vhodný nástroj pro studium historie, diverzity a migrace populací. Vhodnými markery na Y chromosomu se ukázaly být především SNP a STR polymorfismy. V rámci této práce bylo sebráno 53 vzorků DNA od nepříbuzných mužů-starousedlíků z 9 vesnic z okolí Klatov. Vzorky byly analyzovány, a byly stanoveny hodnoty 17 STR markerů pomocí AmpFLSTR® Yfiler® Direct Kit. Celkem jsem zaznamenala výskyt 7 haploskupin. Dále byly výsledky vzorků z vesnic Klatovska analyzovány metodou AMOVA a porovnány s okolními populacemi ze Spolkové republiky Německo, Rakouska, Středních a Jižních Čech. Nebyly nalezeny žádné významné rozdíly v genetickém profilu této populace vůči okolním populacím.
|
|
| |
|
| |
|
|
Identifikace trichologického materiálu metodou High Resolution Melting vybranými SNPs ve forenzní praxi
Strobachová, Joanne ; Stenzl, Vlastimil (vedoucí práce) ; Korabečná, Marie (oponent)
Analýza mitochondriální DNA (mtDNA) vlasů v telogenní fázi hraje důležitou úlohu ve forenzním vyšetřování především z důvodu, že vlasy v této fázi jsou běžným typem biologických stop zanechaných na místě činu. Tento typ stop se vyznačuje častou absencí jaderné DNA (nDNA), a proto je obvykle možná pouze analýza mtDNA. Vzhledem k časové a finanční náročnosti analýzy mtDNA však není možné tuto analýzu standardně provádět u všech relevantních vzorků. Z tohoto důvodu jsme se rozhodli analyzovat mtDNA izolovanou z trichologického materiálu a identifikovat jej na základě analýzy vybraných jednobázových polymorfismů (SNPs) metodou High Resolution Melting (HRM). Abychom potvrdili robustnost metody HRM u různého typu biologického materiálu jednotlivce, byl analyzován trichologický materiál v anagenní a telogenní fázi. Z celkového množství pěti vybraných SNP markerů se podařila optimalizace analýzy tří SNP lokalizovaných na mtDNA. U SNP pozice C14766T se potvrdila možnost analýzy trichologického materiálu v anagenní a telogenní fázi. Možnost analýzy SNP C7028T a G3010A je potvrzena pouze u trichologického materiálu v anagenní fázi. Analýzou vybraných SNP markerů pomocí námi optimalizované metody HRM se prokázala nezávislost genotypizační metody na typu biologického materiálu jedince a pro užití těchto SNP byl...
|
|
|
Using of quantitative DNA method as a screening tool for effecient genotyping of samples in forensic DNA laboratory.
Koljenšič, Ivana ; Stenzl, Vlastimil (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
Quantification of human DNA in forensic samples is an important step during STR profiling because the STR genotyping is sensitive to the quantity of DNA used in the PCR reaction. This study focuses on the importance of quantification in the entire process of genetic analysis. Two real time PCR platforms (Roche LightCycler480 System and ABI 7900 RT PCR) were used to compare two commercial kits in terms of DNA quantification. It was found out that accuracy of absolute quantification values in commercial quantification kits is strongly dependent on the construction of calibration curve. Especially low template DNA samples were used to assess whether QuantifilerTM or Plexor® HY System can determinate a minimum quantification value (cut off value) below which STR profiles would consistently fail to be detected. The usage of Plexor® HY System enabled to determine the cut off quantification value more exactly probably due to different molecular background and chemistry used in this kit. Reliability and other issues connected with cut off value are discussed. In order to better understand the relationship between the quantity of DNA and the number of detectable loci series the dilution experiment with standard DNA007 was done. Quantitative and qualitative consequences of input DNA amount in evaluation of...
|
|
|
Y chromosomální charakteristika současné vesnické populace na Klatovsku
Doležalová, Veronika ; Ehler, Edvard (vedoucí práce) ; Stenzl, Vlastimil (oponent)
Využití genetických markerů v nerekombinující části Y chromosomu se ukázalo jako vhodný nástroj pro studium historie, diverzity a migrace populací. Vhodnými markery na Y chromosomu se ukázaly být především SNP a STR polymorfismy. V rámci této práce bylo sebráno 53 vzorků DNA od nepříbuzných mužů-starousedlíků z 9 vesnic z okolí Klatov. Vzorky byly analyzovány, a byly stanoveny hodnoty 17 STR markerů pomocí AmpFLSTR® Yfiler® Direct Kit. Celkem jsem zaznamenala výskyt 7 haploskupin. Dále byly výsledky vzorků z vesnic Klatovska analyzovány metodou AMOVA a porovnány s okolními populacemi ze Spolkové republiky Německo, Rakouska, Středních a Jižních Čech. Nebyly nalezeny žádné významné rozdíly v genetickém profilu této populace vůči okolním populacím.
|
|
|
Identifikace trichologického materiálu metodou High Resolution Melting vybranými SNPs ve forenzní praxi
Strobachová, Joanne ; Stenzl, Vlastimil (vedoucí práce) ; Korabečná, Marie (oponent)
Analýza mitochondriální DNA (mtDNA) vlasů v telofázi hraje důležitou úlohu ve forenzním vyšetřování především z důvodu, že vlasy v telofázi jsou běžným typem biologických stop zanechaných na místě činu. Tento typ stop se vyznačuje častou absencí jaderné DNA, a tak není možné aplikovat standardní identifikační metody pomocí analýzy STR repetic. Vzhledem k časové a finanční náročnosti analýzy mtDNA není možné tuto analýzu provádět standardním postupem, který není využitelný ani jako screeningová metoda. Z tohoto důvodu jsme se rozhodli analyzovat mtDNA separovanou z trichologického materiálu a identifikovat jej na základě analýzy vybraných SNPs metodou High Resolution Melting (HRM). Abychom potvrdili shodnost mtDNA u různého typu biologického materiálu jednotlivce (bukální stěr, trichologický materiál v anafázi - vlasy, axilární ochlupení, pubické ochlupení), byly analyzovány takovéto sady od 12ti osob. Dále se analyzovala série bukálních stěrů a vlasů v telofázi od 17ti jedinců. Z celkového množství pěti vybraných SNP se podařila optimalizace analýzy tří SNP lokalizovaných na mtDNA. U pozic G3010A, C14766T je možná analýza trichologického materiálu v anafázi a telofázi. Možnost analýzy SNP C7028T je potvrzena pouze u trichologického materiálu v anafázi. Analýzou vybraných SNP pomocí námi...
|
|
|
Identifikace trichologického materiálu metodou High Resolution Melting vybranými SNPs ve forenzní praxi
Strobachová, Joanne ; Stenzl, Vlastimil (vedoucí práce) ; Korabečná, Marie (oponent)
Analýza mitochondriální DNA (mtDNA) vlasů v telogenní fázi hraje důležitou úlohu ve forenzním vyšetřování především z důvodu, že vlasy v této fázi jsou běžným typem biologických stop zanechaných na místě činu. Tento typ stop se vyznačuje častou absencí jaderné DNA (nDNA), a proto je obvykle možná pouze analýza mtDNA. Vzhledem k časové a finanční náročnosti analýzy mtDNA však není možné tuto analýzu standardně provádět u všech relevantních vzorků. Z tohoto důvodu jsme se rozhodli analyzovat mtDNA izolovanou z trichologického materiálu a identifikovat jej na základě analýzy vybraných jednobázových polymorfismů (SNPs) metodou High Resolution Melting (HRM). Abychom potvrdili robustnost metody HRM u různého typu biologického materiálu jednotlivce, byl analyzován trichologický materiál v anagenní a telogenní fázi. Z celkového množství pěti vybraných SNP markerů se podařila optimalizace analýzy tří SNP lokalizovaných na mtDNA. U SNP pozice C14766T se potvrdila možnost analýzy trichologického materiálu v anagenní a telogenní fázi. Možnost analýzy SNP C7028T a G3010A je potvrzena pouze u trichologického materiálu v anagenní fázi. Analýzou vybraných SNP markerů pomocí námi optimalizované metody HRM se prokázala nezávislost genotypizační metody na typu biologického materiálu jedince a pro užití těchto SNP byl...
|
|
|
Using of quantitative DNA method as a screening tool for effecient genotyping of samples in forensic DNA laboratory.
Koljenšič, Ivana ; Stenzl, Vlastimil (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
Quantification of human DNA in forensic samples is an important step during STR profiling because the STR genotyping is sensitive to the quantity of DNA used in the PCR reaction. This study focuses on the importance of quantification in the entire process of genetic analysis. Two real time PCR platforms (Roche LightCycler480 System and ABI 7900 RT PCR) were used to compare two commercial kits in terms of DNA quantification. It was found out that accuracy of absolute quantification values in commercial quantification kits is strongly dependent on the construction of calibration curve. Especially low template DNA samples were used to assess whether QuantifilerTM or Plexor® HY System can determinate a minimum quantification value (cut off value) below which STR profiles would consistently fail to be detected. The usage of Plexor® HY System enabled to determine the cut off quantification value more exactly probably due to different molecular background and chemistry used in this kit. Reliability and other issues connected with cut off value are discussed. In order to better understand the relationship between the quantity of DNA and the number of detectable loci series the dilution experiment with standard DNA007 was done. Quantitative and qualitative consequences of input DNA amount in evaluation of...
|
host ::
RSS.