|
|
Web-based tool for RNA secondary structure visualization
Saksa, Jakub ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Škoda, Petr (oponent)
Vizualizácia sekundárnej štruktúry RNA je otvoreným problémom, pretože neexistuje presný popis ako ju vykresliť, zobrazenie akceptované komunitou je zvykové. Prístup implementovaný v nástroji Traveler, ktorý vznikol na Katedre softwarového inženýrství MFF UK, používa pre vizualizáciu šablónu v podobe inej, už existujúcej štruktúry. Prvá verzia programu mala však niekoľko nedostatkov znemožňujúcich jeho použitie. Cieľom tejto práce bolo vylepšiť Traveler a vytvoriť tak nástroj, ktorého používanie bude pre užívateľa prístupnejšie. Vylepšeniami sú schopnosť spracovávať pseudouzly, medziformát pre obrázky sekundárnych štruktúr a úprava algoritmu pre tvorbu layoutu. Ďalším cieľom práce bolo vytvoriť webovú aplikáciu, ktorá bude slúžiť ako užívateľské rozhranie. Vytvorená aplikácia je schopná sama vybrať šablónu pre cieľovú štruktúru a vizualizovať ju.
|
host ::
RSS.