|
| |
|
|
Fyzické mapování vazebně neidentifikovaných oblastí pomocí BAC klonů u Xenopus tropicalis
Špirhanzlová, Petra ; Krylov, Vladimír (vedoucí práce) ; Marec, František (oponent)
Xenopus leavis, který byl ve 20.století oblíbeným modelovým organismem je v současné době nahrazován diploidním druhem Xenopus tropicalis, který má nejenkratší generační dobu, ale i menší genom. Jedním z nedostatků Xenopus tropicalis je absence úplné vazebné a fyzické mapy. Podle JGI genomové databáze (assembly 4.1) se nachází na krátkém raménku chromozómu 2 a 7 nemapované oblasti, do kterých byly v novější verzi (assembly 7.1) přiřazena řada BAC klonů s osekvenovaným jedním nebo oběma konci. Vyvstává ovšem otázka, zda tyto 100 bp dlouhé sekvence stačí k unikátnímu zařazení BAC klonu do genomu Xenopus tropicalis. S cílem ověření správnosti zařazení těchto BAC klonů v JGI databázi byly vybrány BAC klony, které se podle databáze nachází na krátkém raménku chromozómu 2. Pomocí fluorescenční in situ hybridizace byly tyto BAC klony lokalizovány na metafázních chromozómech. Vybrané BAC klony vykazovaly signál na krátkém raménku chromozómu 1, místo na krátkém raménku chromozómu 2 a ve většině případech byly opačně orientované, což ukazuje na to, že koncová sekvence 100 pb je pravděpodobně nedostatečná k unikátní identifikaci BAC klonu do chromozómu.V rámci této práce byl zaveden funkční protokol pro izolaci a značení BAC DNA
|
|
|
Úvod do studia karyotypové evoluce štírků (Arachnida: Pseudoscorpiones)
Šťáhlavský, František ; Smrž, Jaroslav (vedoucí práce) ; Marec, František (oponent) ; Ráb, Petr (oponent)
6. ZÁVĚRY 1. Pro studium karyotypu štírků je u většiny druhů nejvhodnější doba rozmnožování. Ve střední Evropě se dá v tomto období (duben - červen) u většiny druhů získat z gonád samců i samic dostačující množství spermatogoniálních mitóz a u samců i různá meiotická stadia vhodná pro analýzu karyotypu. 2. Primární konstrikce řady druhů jsou drobné a obtížně detekovatelné. Pro přesné vyhodnocení morfologie chromosomů jsou proto daleko vhodnější metafáze II samců. V této fázy jsou chromatidy chromosomů spojeny pouze v oblasti centromer, poloha primárních konstrikcí se tedy dá přesně stanovit. 3. Štírci jsou charakterističtí velkou mezidruhovou variabilitou v počtu a morfologii chromosomů. Diploidní počet chromosomů se v rámci celého řádu pohybuje od 7 až po 137. Nejnižší počty chromosomů má čeleď Olpiidae (2n=7-23), nízké počty chromosmů mají také čeledi Chthoniidae (2n=10-38), Geogarypidae (2n=15-23) a Garypinidae (2n=33). Nejvyšší počty chromosomů má čeleď Atemnidae (2n=93-137). 4. Původním systémem chromosomového určení pohlaví štírků je patrně X0. S výjimkou čeledi Larcidae byl tento systém nalezen u všech studovaných čeledí. V rámci čeledí Neobisiidae a Larcidae byl zjištěn také systém XY, jež vzniká pravděpodobně přestavbami mezi chromosomem X a autosomy. 5. Pohlavní chromosom se v průběhu meiosy...
|
|
|
Genetické mapování u rodu Xenopus
Seifertová, Eva ; Krylov, Vladimír (vedoucí práce) ; Ráb, Petr (oponent) ; Marec, František (oponent)
Mezi nejvýznamnější modelové organizmy v oblasti vývojové biologie patří bezesporu obojživelník Xenopus tropicalis. Jeho dřívější využití především v embryologickém výzkumu je v současnosti vytlačováno studiemi genetického a genomického charakteru. X. tropicalis má deset párů chromozómů v diploidním genomu a proto je pro tento typ výzkumu velmi vhodný. V posledních deseti letech byl jeho genom osekvenován, několikrát sestaven, vznikla provizorní genetická mapa a byla vytvořena i BAC knihovna mnohonásobně pokrývající genom. Přes veškeré úsilí se u tohoto druhu doposud nepodařilo sestavit kompletní mapu genomu. Ten i nadále zůstává organizován ve formě scaffoldů, které mají často neznámou polohu a i jejich sestavení zůstává i nadále sporné. Náš výzkum byl zaměřen na kompletaci genomu u druhu Xenopus tropicalis a na nové přístupy, které by bylo možné využít i u jiných druhů. Nejprve byla na základě vazebné analýzy a zjištěné fyzické polohy markerů sestavena genetická mapa. Ta nebyla zcela kompletní- nezahrnovala krátké raménko chromozómu 2 a rovněž 15 cM z p raménka chromozómu 7. Protože bylo zaplnění těchto oblastí klasickými metodami velmi obtížné, nebo ještě pravděpodobněji zcela nemožné, byla vynalezena nová metoda pro genetické mapování. Ta zahrnuje mikrodisekci zvolené oblasti, celogenomovou...
|
|
|
Mechanismy karyotypové evoluce u štírů (Arachnida: Scorpiones)
Štundlová, Jana ; Šťáhlavský, František (vedoucí práce) ; Špakulová, Marta (oponent) ; Marec, František (oponent)
Štíři představují starobylou skupinu pavoukovců, která od dob siluru kolonizovala rozmanitou škálu terestrických prostředí. Navzdory dlouhé evoluční historii a ekologické rozmanitosti je pro tyto živočichy příznačná morfologická stáze. Uniformní morfologie štírů nicméně může maskovat skutečnou diverzitu současných linií. Studium cytogenetických znaků tak pomůže prohloubit naše znalosti o rozmanitosti recentních taxonů štírů a současně přinést nový vhled do procesů stojících v pozadí karyotypových změn u této skupiny pavoukovců. Předmětem předkládané dizertační práce je studium rozmanitosti a dynamiky karyotypů vybraných zástupců štírů s holokinetickými a monocentrickými chromozomy. Komparativní cytogenetické analýzy více než 110 druhů z pěti čeledí zahrnovaly nejen standardních cytogenetické techniky, ale i mapování genu pro 18S ribozomální RNA a telomerických (TTAGG)n repetic metodou fluorescenční in situ hybridizace (FISH). Pro účely objasnění fundamentálních strukturních mechanismů stojících v pozadí diferenciace karyotypu u studovaných skupin byl kladen důraz na propojení cytogenetických a sekvenčních dat analyzovaných druhů. Znalost genetické struktury a příbuzenských vztahů studovaných taxonů sehrála nezastupitelnou roli jednak při interpretaci chromozomální polymorfismu, resp. polytypie,...
|
|
|
Mechanismy karyotypové evoluce u štírů (Arachnida: Scorpiones)
Štundlová, Jana ; Šťáhlavský, František (vedoucí práce) ; Špakulová, Marta (oponent) ; Marec, František (oponent)
Štíři představují starobylou skupinu pavoukovců, která od dob siluru kolonizovala rozmanitou škálu terestrických prostředí. Navzdory dlouhé evoluční historii a ekologické rozmanitosti je pro tyto živočichy příznačná morfologická stáze. Uniformní morfologie štírů nicméně může maskovat skutečnou diverzitu současných linií. Studium cytogenetických znaků tak pomůže prohloubit naše znalosti o rozmanitosti recentních taxonů štírů a současně přinést nový vhled do procesů stojících v pozadí karyotypových změn u této skupiny pavoukovců. Předmětem předkládané dizertační práce je studium rozmanitosti a dynamiky karyotypů vybraných zástupců štírů s holokinetickými a monocentrickými chromozomy. Komparativní cytogenetické analýzy více než 110 druhů z pěti čeledí zahrnovaly nejen standardních cytogenetické techniky, ale i mapování genu pro 18S ribozomální RNA a telomerických (TTAGG)n repetic metodou fluorescenční in situ hybridizace (FISH). Pro účely objasnění fundamentálních strukturních mechanismů stojících v pozadí diferenciace karyotypu u studovaných skupin byl kladen důraz na propojení cytogenetických a sekvenčních dat analyzovaných druhů. Znalost genetické struktury a příbuzenských vztahů studovaných taxonů sehrála nezastupitelnou roli jednak při interpretaci chromozomální polymorfismu, resp. polytypie,...
|
|
|
Úvod do studia karyotypové evoluce štírků (Arachnida: Pseudoscorpiones)
Šťáhlavský, František ; Smrž, Jaroslav (vedoucí práce) ; Marec, František (oponent) ; Ráb, Petr (oponent)
6. ZÁVĚRY 1. Pro studium karyotypu štírků je u většiny druhů nejvhodnější doba rozmnožování. Ve střední Evropě se dá v tomto období (duben - červen) u většiny druhů získat z gonád samců i samic dostačující množství spermatogoniálních mitóz a u samců i různá meiotická stadia vhodná pro analýzu karyotypu. 2. Primární konstrikce řady druhů jsou drobné a obtížně detekovatelné. Pro přesné vyhodnocení morfologie chromosomů jsou proto daleko vhodnější metafáze II samců. V této fázy jsou chromatidy chromosomů spojeny pouze v oblasti centromer, poloha primárních konstrikcí se tedy dá přesně stanovit. 3. Štírci jsou charakterističtí velkou mezidruhovou variabilitou v počtu a morfologii chromosomů. Diploidní počet chromosomů se v rámci celého řádu pohybuje od 7 až po 137. Nejnižší počty chromosomů má čeleď Olpiidae (2n=7-23), nízké počty chromosmů mají také čeledi Chthoniidae (2n=10-38), Geogarypidae (2n=15-23) a Garypinidae (2n=33). Nejvyšší počty chromosomů má čeleď Atemnidae (2n=93-137). 4. Původním systémem chromosomového určení pohlaví štírků je patrně X0. S výjimkou čeledi Larcidae byl tento systém nalezen u všech studovaných čeledí. V rámci čeledí Neobisiidae a Larcidae byl zjištěn také systém XY, jež vzniká pravděpodobně přestavbami mezi chromosomem X a autosomy. 5. Pohlavní chromosom se v průběhu meiosy...
|
|
|
Cytogenetika vybraných skupin paprskoploutvých ryb (Actinopterygii): Evolučně -ekologické aspekty spjaté s dynamikou repetitivních sekvencí a s výskytem polyploidie
Sember, Alexandr ; Ráb, Petr (vedoucí práce) ; Marec, František (oponent) ; Král, Jiří (oponent)
Paprskoploutvé ryby (Actinopterygii) jsou druhově nejpočetnější skupinou obratlovců na zemi. Většinu jejich druhové diverzity tvoří ryby kostnaté (Teleostei), jejichž evoluční úspěch bývá spojován s celogenomovou duplikací, která nastala u vzniku této skupiny, tj. po jejich divergenci od ostatních paprskoploutvých ryb. I přes vzrůstající počet genomických a transkriptomických studií je dosud nejvíce informací o genomech ryb známo na úrovni měření obsahů DNA a analýzy karyotypů. Genomy paprskoploutvých a zejména kostnatých ryb jsou značně dynamické a obsahují pestrou škálu repetitivních sekvencí, jejichž variabilita stojí za pozoruhodným rozpětím ve velikostech jejich genomů a má vliv i na diferenciaci karyotypů. Paprskoploutvé ryby jsou proto vhodným modelem pro řadu studií, jejichž cílem je objasnit úlohu genomové variability v procesu evoluce, morfologické a ekologické diverzifikace a adaptace. Zejména mapování repetitivních sekvencí metodou fluorescenční in situ hybridizace (FISH) přineslo v posledních dvou desetiletích poznatky velice užitečné při utváření představ o architektuře rybích genomů a při řešení nejrůznějších evolučních, taxonomických a ekologických otázek. Tato práce se zabývá studiem dynamiky karyotypů, repetitivních sekvencí a polyploidizace u vybraných druhů Teleostei a...
|
|
|
Genetické mapování u rodu Xenopus
Seifertová, Eva ; Krylov, Vladimír (vedoucí práce) ; Ráb, Petr (oponent) ; Marec, František (oponent)
Mezi nejvýznamnější modelové organizmy v oblasti vývojové biologie patří bezesporu obojživelník Xenopus tropicalis. Jeho dřívější využití především v embryologickém výzkumu je v současnosti vytlačováno studiemi genetického a genomického charakteru. X. tropicalis má deset párů chromozómů v diploidním genomu a proto je pro tento typ výzkumu velmi vhodný. V posledních deseti letech byl jeho genom osekvenován, několikrát sestaven, vznikla provizorní genetická mapa a byla vytvořena i BAC knihovna mnohonásobně pokrývající genom. Přes veškeré úsilí se u tohoto druhu doposud nepodařilo sestavit kompletní mapu genomu. Ten i nadále zůstává organizován ve formě scaffoldů, které mají často neznámou polohu a i jejich sestavení zůstává i nadále sporné. Náš výzkum byl zaměřen na kompletaci genomu u druhu Xenopus tropicalis a na nové přístupy, které by bylo možné využít i u jiných druhů. Nejprve byla na základě vazebné analýzy a zjištěné fyzické polohy markerů sestavena genetická mapa. Ta nebyla zcela kompletní- nezahrnovala krátké raménko chromozómu 2 a rovněž 15 cM z p raménka chromozómu 7. Protože bylo zaplnění těchto oblastí klasickými metodami velmi obtížné, nebo ještě pravděpodobněji zcela nemožné, byla vynalezena nová metoda pro genetické mapování. Ta zahrnuje mikrodisekci zvolené oblasti, celogenomovou...
|
|
|
Evoluce vybraných karyotypových znaků u tetrapulmonátních pavoukovců
Jílková, Klára ; Král, Jiří (vedoucí práce) ; Marec, František (oponent)
Pavoukovci nejsou z cytogenetického hlediska příliš probádanou skupinou. Dosavadní studie naznačují vysokou diverzitu karyotypů i způsobů určení pohlaví pavoukovců. Předložená práce se zabývá evolucí pohlavních chromozomů, nukleolárních organizátorů (NOR) a telomerických repetic u tetrapulmonátních pavoukovců, a to především u vývojově původnějších skupin. Pohlavní chromozomy se nám podařilo detekovat u dvou řádů. Detekcí NORů u většího souboru druhů byla získána data podporující hypotézu, že ancestrální karyotyp pavoukovců obsahoval NOR na jednom páru autozomů. U některých skupin pedipalpidů docházelo v evoluci ke zvyšování počtu NORů. NORy se nachází u většiny tetrapulmonátních pavoukovců v terminálních nebo subterminálních oblastech. U zástupců všech tetrapulmonátních pavoukovců s výjimkou pavouků jsme potvrdili výskyt "hmyzího" telomerického motivu. S výjimkou jednoho druhu jsme neprokázali přítomnost intersticiálních telomerických repetic. Klíčová slova: pavoukovci, meióza, pohlavní chromozomy, telomery, nukleolární organizátor, heterochromatin
|
host ::
RSS.