|
|
Molecular epidemiological analysis of carbapenem resistant isolates of Enterobacteriaceae and Pseudomonas spp.
Šrámková, Anna ; Hrabák, Jaroslav (vedoucí práce) ; Kolář, Milan (oponent) ; Gniadkowski, Marek (oponent)
Rozvoj a šíření antibiotické rezistence představuje jeden z nejzávažnějších medicínských problémů současnosti. Pokračující vzestup incidence karbapenem-rezistentních gramnegativních izolátů, které často postihují vážně stonající pacienty, je reálným důvodem k obavám. Celosvětová diseminace karbapenemáz je významně spojena s přenosem genů rezistence prostřednictvím mobilních genetických elementů a klonálním šíření epidemiologicky úspěšných kmenů. Zaměřením této disertační práce je molekulárně-epidemiologická analýza gramnegativních karbapene- máza-pozitivních kmenů zachycených v nemocnicích na území České republiky. Od roku 2015 byl v České republice zaznamenán signifikantní nárůst incidence karbapenemáza-pozi- tivních Enterobacteriaceæ (CPE), převážně způsobený rozšířením enzymů OXA-48 a NDM. Podařilo se nám zmapovat první velké epidemické epizody a sporadické izoláty detekované v ČR. Výsledky studie zaměřená na enzymy OXA-48-like prokázaly, že plasmidy nesoucí gen blaOXA-48, které byly identifikovány jako deriváty archetypálního IncL plazmidu původně detekovaného v Turecku, hrají hlavní roli v šíření enzymu OXA-48 v českých nemocnicích. Toto zjištění je ve shodě s výsledky publikací z ostatních zemí světa. Studie zabývající se NDM-pozitivními izoláty prokázala, že IncX3 enzymy představují hlavní...
|
|
|
Development and Validation of Methods for Typing of Bacteria by MALDI-TOF Mass Spectrometry
Chudějová, Kateřina ; Hrabák, Jaroslav (vedoucí práce) ; Dolejská, Monika (oponent) ; Nyč, Otakar (oponent)
1 ABSTRAKT Infekce spojené s nemocniční péčí se ve značné míře podílejí na mortalitě a morbiditě ve zdravotnických zařízeních. Riziko vzniku nozokomiálních infekcí se významně liší u různých skupin pacientů v závislosti na charakteru jejich primárního onemocnění, komorbiditách, poskytované péči, délce hospitalizace a také typu použitých diagnostických a léčebných postupů. Velkou roli mohou také hrát umělé materiály jako jsou centrální žilní katetry, shunty, močové cévky, kloubní a chlopenní náhrady, nebo umělá plicní ventilace. Většina nozokomiálních infekcí je způsobena zástupci čeledi Enterobacteriaceæ, členy rodů Pseudomonas spp., Acinetobacter spp., nebo některými grampozitivními bakteriemi, zejména rody Staphylococcus spp. a Enterococcus spp. Což je především umožněno jejich schopností uchovávat a přenášet různé typy rezistencí k antimikrobním látkám. Identifikace a typizace těchto patogenních organismů je proto nepostradatelným nástrojem moderního sledování infekčních onemocnění v oblasti veřejného zdraví, nejen pro vhodnou a účinnou léčbu infekcí, ale i v případě výskytu epidemických epizod. Pochopení klonální kontinuity mezi vyšetřovanými kmeny je nezbytné pro určení zdroje a cesty šíření infekcí, potvrzení nebo vyloučení epidemických epizod, sledování zkříženého přenosu patogenů souvisejících se...
|
|
|
Proteolytické enzymy vegetativních forem a spor bakterie Paenibacillus larvae
Hrabák, Jaroslav ; Martínek, Karel (vedoucí práce) ; Kotyza, Jaromír (oponent) ; Titěra, Dalibor (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Lékařská fakulta v Plzni Ústav mikrobiologie Proteolytické enzymy vegetativních forem a spor bakterie Paenibacillus larvae (Dizertační práce) Jaroslav Hrabák Plzeň, 2007 Jaroslav Hrabák Dizertační práce 1 Název: Proteolytické enzymy vegetativních forem a spor bakterie Paenibacillus larvae (Proteolytic Enzymes of Vegetative Forms and Spores of the Bacterium Paenibacillus larvae) Autor: Ing. Jaroslav Hrabák Pracoviště: Ústav mikrobiologie Lékařská fakulta v Plzni Univerzita Karlova v Praze Adresa fakulty: Husova 3, 305 06 Plzeň Adresa pracoviště: Dr. E. Beneše 13, 305 99 Plzeň Školitel: RNDr. Karel Martínek, Ph.D. Studijní program: Všeobecné lékařství Obor: Lékařská mikrobiologie Rok vydání: 2007 Místo vydání: Plzeň Počet číslovaných stran: 94 Počet obrázků: 33 Počet tabulek: 5 Počet příloh: 0 Počet citovaných pramenů: 75 Jaroslav Hrabák Dizertační práce 2 Obsah Obsah…………………………………………………………………………………….. 2 Prohlášení………………………………………………………………………………… 6 Předmluva………………………………………………………………………………... 7 Souhrn……………………………………………………………………………………. 8 Summary…………………………………………………………………………………..10 1. Úvod…………………………………………………………………………………… 12 1.1. Taxonomické zařazení bakterie Paenibacillus larvae………………………..12 1.2. Patogeneze moru včelího plodu……………………………………………....14 1.3. Fyziologie bakterie P. larvae s...
|
|
|
Development and Validation of Methods for Rapid Detection of β-lactamases Using MALDI-TOF Mass Spectrometry for the Early Detection of Infectious Disease Agents and Their Antibiotic Resistance
Pašková, Veronika ; Hrabák, Jaroslav (vedoucí práce) ; Kolář, Milan (oponent) ; Dolejská, Monika (oponent)
Objev antibiotik a jejich následné klinické použití mělo obrovský prospěšný dopad na lidské zdraví. β- laktamová antibotika jsou považována za nejpoužívanější terapeutickou třídu antibakteriálních přípravků předepisovaných v humánní a veterinární klinické praxi kvůli jejich vynikajícímu bezpečnostnímu profilu a širokému antimikrobiálnímu spektru. β-laktamy procházejí od svého objevení neustálým vývojem, ke zlepšení vlastností, jako je účinnost, spektrum aktivity, farmakokinetické a bezpečnostní profily, a k zabránění vzniku rezistence. K rezistenci může dojít prostřednictvím mnoha mechanismů, zejména produkcí β-laktamáz a modifikací β-laktamových receptorů - penicilinových vazebných proteinů. Odolnost bakteriálních patogenů vůči běžným antimikrobiálním terapiím a vznik bakterií rezistentních vůči více lékům v Česku znepokojivě roste. Pochopení mechanismů rezistence v klinických izolátech je zásadní pro návrh nových antibiotik a pro zlepšení detekčních technik. Nahlédnutí do genetického základu rezistence může také odhalit možnosti navrhování léčiv pro omezení šíření rezistence a boji proti organismům odolným vůči více lékům. Tato disertační práce se zabývá různými tematickými výzkumy, počínaje vývojem β-laktamových antibiotik až po biochemii rezistence β-laktamových antibiotik, následně pokračuje...
|
|
|
Bakteriom stolice při terapii dětských neinfekčních onemocnění
Vodolánová, Lucie ; Cinek, Ondřej (vedoucí práce) ; Hrabák, Jaroslav (oponent)
Střevní mikrobiota je složena až ze 100 bilionů mikroorganismů, z nichž majoritní zastoupení mají bakterie. Její složení se mění v průběhu celého života a ovlivňuje vývoj imunitního systému, obranyschopnost proti patogenům, výživu hostitele, syntézu vitamínů či ukládání tuků. Některé studie poukazují na spojení mezi složením mikrobioty a vznikem zánětlivých střevních onemocnění. Jednou z možností léčby je terapie anti-TNFα protilátkami, které vychytávají nebo antagonizují cytokin TNFα, který mediuje zánět ve střevní sliznici. Cílem této práce bylo zjistit, jak tato léčba ovlivňuje složení střevního bakteriomu u dětských pacientů s Crohnovou chorobou, a najít konkrétní bakteriální taxony, jejichž četnost se při léčbě mění. Analýzou složení bakteriomu dětských pacientů s juvenilní idiopatickou artritidou jsem chtěla zjistit, jestli tato změna v zastoupení taxonů je specifická pro Crohnovu chorobu (jedná-li se o terapeuticky indukovanou restituci střeva) nebo jde o obecný důsledek terapie anti-TNFα. Pro stanovení "zdravého" bakteriomu sloužily paralelně vzorky stolic od zdravých dětí. Složení bakteriomu bylo stanoveno profilováním analýzou variabilní oblasti V4 genu pro 16S rDNA ze vzorků stolic pacientů a kontrol pomocí sekvenování nové generace. Získaná data byla bioinformaticky analyzována....
|
|
|
Genomická analýza Paenibacillus larvae ve vztahu k jeho virulenci
Vlková, Kateřina ; Hrabák, Jaroslav (vedoucí práce) ; Fišer, Radovan (oponent)
Paenibacillus larvae je grampozitivní sporulující bakterie, která je původcem moru včelího plodu. Jedná se o jednoho z nejvýznamnějších bakteriálních patogenů včely medonosné (Apis mellifera). Spory P. larvae jsou vysoce infekční pro včelí larvu a odolávají fyzikálně-chemickým vlivům. P. larvae se subtypizuje za využití repPCR s ERIC primery (Enterobacterial Repetitive Integrance Consensus). Dosud bylo popsáno 5 genotypů ERIC I-V, které se liší morfologií kolonií, metabolismem a především virulencí. Rovněž je mezi jednotlivými izoláty P. larvae významná genetická variabilita, která se může podílet na rozdílech ve virulenci. Izoláty P. larvae použité v této práci byly získány z klinických případů moru včelího plodu z celé České republiky ve spolupráci s Výzkumným ústavem včelařským, s.r.o., Dol. Jednalo se o bakteriální kultury získané kultivací infikovaných larev a měli. Také byly použity izoláty z měli získané ze včelstev bez klinických příznaků moru včelího plodu. Metodou SMRT (Single Molecule Real Time) na platformě Sequel (PacBio) byly sekvenovány virulentní i pravděpodobně avirulentní izoláty. Použitá metoda je vhodná pro celogenomové sekvenování bakteriálních genomů, protože umožňuje sekvenování dlouhých úseků DNA s vysokou přesností. Tím je eliminován efekt velkého množství repetitivních...
|
|
|
Vliv pesticidů na včely se zaměřením na jejich endokrinně disruptivní účinek
Bártová, Kateřina ; Erban, Tomáš (vedoucí práce) ; Hrabák, Jaroslav (oponent)
Tato bakalářská práce se zabývá vlivem imidaklopridu v interakci s roztočem Varroa destructor a jím přenášeným virem deformovaných křídel (DWV) na včelu medonosnou. Imidakloprid je systémový pesticid ze skupiny neonikotinoidů, které působí jako agonisté acetylcholinového receptoru. V EU bylo v roce 2013 používání některých neonikotinoidů včetně imidaklopridu zakázáno, protože se prokázal jejich negativní vliv na zdraví včel. Rezidua těchto látek se ale stále vyskytují v životním prostředí. Roztoč V. destructor byl původním parazitem včely východní (Apis cerana), ale v polovině minulého století se rozšířil i na včelu medonosnou (Apis mellifera). Tento roztoč je přenašečem řady onemocnění, jedním z nejvýznamnějších je virus deformovaných křídel, který u napadených včel způsobuje vývoj poškozených křídel. Rezidua pesticidů, varroáza, virová i bakteriální onemocnění a řada dalších faktorů mohou vést ke kolapsu včelstev. Různé faktory spolu mohou navíc přes dosud neobjasněné mechanismy interagovat a mohou tak ovlivňovat zdraví včel. V praktické části byl proveden modelový experiment na líhnoucích se včelách (mladuškách). V polovině ze 4 variant byly včely vystaveny imidaklopridu anebo parazitaci roztočem Varroa získaného ze včelstev s klinickými příznaky DWV. Včely byly krmeny samotným cukerným roztokem...
|
|
|
Molekulárně-epidemiologická analýza kmenů Mycobacterium tuberculosis izolovaných na území Plzeňského kraje včetně detailní charakterizace kmenů rezistentních na antituberkulotika
Amlerová, Jana ; Hrabák, Jaroslav (vedoucí práce) ; Čermák, Pavel (oponent) ; Růžička, Filip (oponent)
Molekulárně-epidemiologická analýza kmenů Mycobacterium tuberculosis izolovaných na území Plzeňského kraje včetně detailní charakterizace kmenů rezistentních na antituberkulotika MUDr. Jana Amlerová 2019 Abstrakt Tuberkulóza je kontagiózní infekční onemocnění, které představuje celosvětově velký epidemiologicko-klinický problém. Incidence tuberkulózy se v různých oblastech světa výrazně liší, ale i země s nízkou incidencí se epidemiologii tuberkulózy významně věnují. Ve světovém měřítku je tuberkulóza jednou z priorit WHO, spolupráce probíhá na mezinárodní úrovni. Protože je tuberkulóza tzv. sociální nemocí, patří země s vysokým výskytem tuberkulózy mezi země rozvojové. Především v Africe situaci významně komplikuje koincidence tuberkulózy a HIV. V rámci střední Evropy se incidence tuberkulózy pohybuje na nízké úrovni, Česká republika patří mezi země s nejnižší incidencí vůbec. V posledních letech se u nás pohybuje incidence těsně pod 5 novými případy na 100 000 obyvatel za rok. Tato situace je mimo jiné také výsledkem vysoké úrovně surveillance tuberkulózy a aplikací účinných epidemiologických opatření s oporou v legislativě. Předkládaná dizertační práce se věnuje několika oblastem problematiky tuberkulózy s hlavním zaměřením na moderní možnosti laboratorní diagnostiky a především na moderní metody...
|
|
|
Molecular epidemiological analysis of carbapenem resistant isolates of Enterobacteriaceae and Pseudomonas spp.
Šrámková, Anna ; Hrabák, Jaroslav (vedoucí práce) ; Kolář, Milan (oponent) ; Gniadkowski, Marek (oponent)
Rozvoj a šíření antibiotické rezistence představuje jeden z nejzávažnějších medicínských problémů současnosti. Pokračující vzestup incidence karbapenem-rezistentních gramnegativních izolátů, které často postihují vážně stonající pacienty, je reálným důvodem k obavám. Celosvětová diseminace karbapenemáz je významně spojena s přenosem genů rezistence prostřednictvím mobilních genetických elementů a klonálním šíření epidemiologicky úspěšných kmenů. Zaměřením této disertační práce je molekulárně-epidemiologická analýza gramnegativních karbapene- máza-pozitivních kmenů zachycených v nemocnicích na území České republiky. Od roku 2015 byl v České republice zaznamenán signifikantní nárůst incidence karbapenemáza-pozi- tivních Enterobacteriaceæ (CPE), převážně způsobený rozšířením enzymů OXA-48 a NDM. Podařilo se nám zmapovat první velké epidemické epizody a sporadické izoláty detekované v ČR. Výsledky studie zaměřená na enzymy OXA-48-like prokázaly, že plasmidy nesoucí gen blaOXA-48, které byly identifikovány jako deriváty archetypálního IncL plazmidu původně detekovaného v Turecku, hrají hlavní roli v šíření enzymu OXA-48 v českých nemocnicích. Toto zjištění je ve shodě s výsledky publikací z ostatních zemí světa. Studie zabývající se NDM-pozitivními izoláty prokázala, že IncX3 enzymy představují hlavní...
|
|
|
Development and Validation of Methods for Typing of Bacteria by MALDI-TOF Mass Spectrometry
Chudějová, Kateřina ; Hrabák, Jaroslav (vedoucí práce) ; Dolejská, Monika (oponent) ; Nyč, Otakar (oponent)
1 ABSTRAKT Infekce spojené s nemocniční péčí se ve značné míře podílejí na mortalitě a morbiditě ve zdravotnických zařízeních. Riziko vzniku nozokomiálních infekcí se významně liší u různých skupin pacientů v závislosti na charakteru jejich primárního onemocnění, komorbiditách, poskytované péči, délce hospitalizace a také typu použitých diagnostických a léčebných postupů. Velkou roli mohou také hrát umělé materiály jako jsou centrální žilní katetry, shunty, močové cévky, kloubní a chlopenní náhrady, nebo umělá plicní ventilace. Většina nozokomiálních infekcí je způsobena zástupci čeledi Enterobacteriaceæ, členy rodů Pseudomonas spp., Acinetobacter spp., nebo některými grampozitivními bakteriemi, zejména rody Staphylococcus spp. a Enterococcus spp. Což je především umožněno jejich schopností uchovávat a přenášet různé typy rezistencí k antimikrobním látkám. Identifikace a typizace těchto patogenních organismů je proto nepostradatelným nástrojem moderního sledování infekčních onemocnění v oblasti veřejného zdraví, nejen pro vhodnou a účinnou léčbu infekcí, ale i v případě výskytu epidemických epizod. Pochopení klonální kontinuity mezi vyšetřovanými kmeny je nezbytné pro určení zdroje a cesty šíření infekcí, potvrzení nebo vyloučení epidemických epizod, sledování zkříženého přenosu patogenů souvisejících se...
|
host ::
RSS.