|
|
Specificita interakcí protein-protein a jejich modulace
Pham, Phuong Ngoc ; Schneider, Bohdan (vedoucí práce) ; Damborský, Jiří (oponent) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
(CZ) Protein-proteinové interakce (PPI) mají zásadní roli v životních procesech a jejich abnormality jsou často spojené s vznikem nemocí. Vzhledem ke své důležitosti dostávají PPI čím dál tím více pozornosti a staly se cíli zásahu různých léčiv. Návrh konkrétních PPI a jejich modulace je však náročný. Interakce cytokinů s jejich receptory jsou zvláště důležité při regulaci imunitního systému. Nadměrná produkce interleukinu-10 (IL-10) má za následek nadměrné imunosupresivní účinky, růst nádoru a infekci. Interakce mezi receptorem interferonu gama 2 (IFN-γR2) a interferonem gama (IFN-γ) vede k aktivaci signálních drah, ale mechanismus takové interakce je stále nepopsaný. Interleukin-24 (IL-24) je další cytokin, který signalizuje prostřednictvím receptorů sdílejících receptorovou podjednotku 2 interleukinu-20 (IL-20R2) a má důležitou roli v autoimunitě a rakovině. Cílem této Ph.D. práce je studium PPI z několika hledisek s důrazem na jejich specifičnost. Prvním cílem je vyvinout nové proteinové lešení, které bude následně použito pro vývoj vysokoafinitního pojiva specifického pro lidský IL-10. Druhým cílem je pochopení strukturního základu receptorové specifity lidského IFN-γ. Třetím cílem je modulace vazebné afinity mezi lidským IL-24 a jeho receptorem IL-20R2 za použití foto-responzivních...
|
|
|
Optický snímač rychlosti povrchu
Vaněk, Ondřej ; Hadaš, Zdeněk (oponent) ; Sedlák, Petr (vedoucí práce)
Cílem této práce je vytvoření optického snímače pro měření rychlosti povrchu za použití senzorů používaných v počítačových myších. Takovýto optický rychloměr by měl najít uplatnění ve výrobním průmyslu pro levné bezkontaktní měření rychlosti pásových dopravníků či posunu polotovarů, aby bylo možné dalšími přístroji kontrolovat kvalitu produktů. Teoretická část práce zahrnuje prostudování tématiky, seznámení s optickými senzory a jejich použitím. Do praktické části patří vytvoření programu pro komunikaci a stanovení rychlosti pohybu povrchu v MATLABu a pro platformu Arduino©, vytvoření jednoduchého zařízení na platformě Arduino©, sestavení experimentálního měření a provedení testovacích měření.
|
|
|
Zdravotně technické a plynovodní instalace v multifunkční budově
Vaněk, Ondřej ; Bárta,, Ladislav (oponent) ; Vrána, Jakub (vedoucí práce)
Bakalářská práce ,,Zdravotně technické a plynovodní instalace v multifunkční budově‘‘ je zpracován ve formě projektové dokumentace zdravotně technických a plynovodních instalací pro provedení stavby dle platných předpisů. Řešený objekt je dvoupodlažní, nepodklesaný. Objekt je využíván v prvním patře obecním úřadem a v druhém patře zasedacími a společenskými místnostmi. Projektová část je zaměřena na návrh a řešení zdravotně technických a plynovodních instalací. Součást bakalářské práce jsou bilanční posudky objektu a literární rešerše zaměřená na problematiku teplé vody.
|
|
|
Zdravotně technické a plynovodní instalace v obytné budově
Vaněk, Ondřej ; Vaščáková, Alena (oponent) ; Vrána, Jakub (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá zdravotně technickými a plynovodními instalacemi v bytovém domě se zdravotnickým zařízením . Teoretická část je zaměřena na téma předstěnové instalační systémy, ve které se řeší vhodnost využití těchto systému v řešeném projektu a výhody a nevýhody těchto systémů. Výpočtová a projektová část řeší rozvody kanalizace, vodovodu a plynu v zadaném objektu. Řešený objekt je nepodsklepený a osmipodlažní. V prvním patře je umístěno technické zázemí celého objektu a tři bytové jednotky. Ve všech dalších podlažích jsou na každém patře umístěny čtyři bytové jednotky. Diplomová práce je provedena na základě současných českých a evropských předpisů.
|
|
|
Komparativní studie měření teploty těla různými technologiemi
Vaněk, Ondřej ; Sekora, Jiří (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Cílem této práce je srovnání kvality měření teploty těla různými kontaktními teploměry z pohledu přesnosti a praktičnosti. Teoretická část práce zahrnuje prostudování tématiky, seznámení se situací ve Fakultní nemocnici Brno v Bohunicích a navržení vhodného způsobu srovnání různých druhů teploměrů. Do praktické části patří proměření teploměrů v laboratorních podmínkách pro ověření jejich přesnosti, klinická měření na pacientech v různých místech těla a za různých podmínek a statistické vyhodnocení výsledků.
|
|
|
Aktivace protinádorové imunitní odpovědi s pomocí bispecifických fúzních proteinů
Chytrá, Gabriela ; Vaněk, Ondřej (vedoucí práce) ; Černá, Věra (oponent)
Přirozené zabíječské buňky (NK buňky) jsou lymfocyty vrozeného imunitního systému, které rozeznávají a eliminují transformované, potenciálně škodlivé, buňky v mechanismu zvaném imunitní dohled. Maligně transformované buňky se snaží imunitnímu dohledu uniknout a v případě že uspějí, dojde k rozvoji rakovinného onemocnění. Pro obnovení imunitního rozpoznávání maligních buněk lze použít imunoterapii na bázi NK buněk využívající terapeutické bispecifické fúzní proteiny. Terapeutické fúzní proteiny cílí tumorové markery exprimované na povrchu maligních buněk a zároveň stimulují imunitní odpověď prostřednictvím vazby na aktivační receptor NK buněk, např. receptor NKG2D nebo NKp30. Relevantním příkladem tumorového markeru je HER2 receptor, který je často nadměrně exprimován u několika typů nádorových onemocnění a zejména u karcinomu prsu. Tato práce popisuje přípravu několika bispecifických fúzních proteinů s potenciálním využitím v imunoterapii. Bispecifické fúzní proteiny sestávají z aktivačního ligandu NK buněk (ligand MICA nebo B7-H6) a nanoprotilátky cílící vybraný tumorový marker (HER2 receptor), které jsou spojeny flexibilní glycin-serinovou spojkou. Konstrukty těchto fúzních proteinů byly připraveny ve dvou prostorových uspořádáních - s nanoprotilátkou situovanou na N-konci a ligandem na C-konci a...
|
|
|
Vliv vybraných sloučenin na NMPylaci nsp9 SARS-CoV-2 katalyzované NiRAN doménou nsp12 SARS-CoV-2
Fedák, Michal ; Šilhán, Jan (vedoucí práce) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
Pandemie SARS-CoV-2 (z angl. Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2), která propukla koncem roku 2019 má na svědomí přes 770 milionů potvrzených infekcí a téměř 7 milionů úmrtí po celém světě. I když byla pandemie do značné míry díky vakcínám a omezujícím opatřením potlačena, výzkum a vývoj nových léčiv cílený proti tomuto viru stále přetrvává. Jedním z možných cílů SARS-Cov-2 je nestrukturní protein 9 (nsp9), který je nepostradatelný pro virovou replikaci. Jen nedávno bylo zjištěno, že tento protein může kovalentně vázat nukleosid monofosfát (NMPylace), nebo různě dlouhý řetězec RNA (RNAylace). Tyto reakce katalyzuje nidovirová s RNA-dependentní RNA polymerasou (RdRp) asociovaná nukleotidyltransferasová (NiRAN) doména nestrukturního proteinu 12 (nsp12). RNAylace nsp9 se ukázala být důležitým krokem při syntéze RNA čepičky. Funkce NMPylace zatím nebyla popsána, ale předpokládá se, že by tato modifikace nsp9 mohla hrát roli v primingu RNA syntézy. Několik studií se již zaobíralo otázkou inhibice NMPylace. V této diplomové práci byl připraven rekombinantní nsp9, který byl použitý v NMPylačních reakcích. Byl popsán negativní vliv DMSO na NMPylaci nsp9. Tři sloučeniny (saquinavir, darunavir a conivaptan) vybrané na základě výsledků in silico studií, neprojevili schopnost inhibovat NMPylaci...
|
|
|
Cancer Immunotherapy exploiting engineered antibody fragments against prostate-specific membrane antigen
Das, Gargi ; Bařinka, Cyril (vedoucí práce) ; Vaněk, Ondřej (oponent) ; Ormsby, Tereza (oponent)
(Czech) Rakovina prostaty (PCa) představuje jednu z hlavních příčin mortality související s rakovinou v populaci mužů. Tento stav vyžaduje vývoj nových terapeutických přístupů přesahujících současnou konvenční léčbu s omezenou účinností. Prostatický specifický membránový antigen (PSMA) je jedním z nejpokročilejších biomarkerů pro zobrazování i terapii PCa díky své expresi specificky výrazně zvýšené neoplastických tkáních PCa a v metastatickém kastračně rezistentním karcinomu prostaty. Imunoterapeutické postupy zaměřené na PSMA skýtají v současné době velký potenciál jakožto nová platforma pro účinnou léčbu onemocnění. Předkládaná doktorská práce je zaměřena na inženýrství protilátkových fragmentů a fúzních proteinů odvozených z vysoce afinní monoklonální protilátky 5D3 specificky rozpoznávající PSMA. Cílem vývoje těchto molekul bylo dosažení specifického spojení imunitních buněk s biomarkerem PSMA vyvolávajícího eliminaci buněk prezentujících tento antigen. Za tímto účelem jsme zkonstruovali jednořetězcové variabilní fragmenty (scFv) protilátky 5D3, které byly následně fúzovány se sekvencemi anti-CD3 scFv a CP33, čímž jsme vytvořili fúzní proteiny specificky spojující imunitní buňky s T lymfocyty (BiTE) nebo s monocyty (5D3-CP33). Fúzní molekuly byly produkovány pomocí hmyzího expresního systému,...
|
|
|
Příprava růstového faktoru TGF-β3 s coiled-coil kotvou
Otépka, Tomáš ; Vaněk, Ondřej (vedoucí práce) ; Kubíčková, Božena (oponent)
Růstové faktory představují skupinu významných látek metabolismu organismů. Jedná se o signální molekuly, které kontrolují aktivitu buňky na endokrinní, parakrinní nebo autokrinní úrovni. Jsou klíčovým prostředníkem vázajícím se na receptory buňky, čímž spouští kaskádu reakcí vedoucí k regulaci genetické transkripce v jádře buňky a stimulaci buněčné odpovědi. Růstové faktory ovlivňují řadu fyziologických funkcí jako buněčnou proliferaci, diferenciaci a hojení tkání. Využití růstových faktorů se nabízí například v regenerativní medicíně. Za obdobným účelem byla zahájena výzkumná práce na přípravu růstového faktoru TGF-β3 s možným připojením na polymerní nosič pomocí coiled-coil kotvy. Tato práce se zabývá rekombinantní produkcí TGF-β3, resp. jeho obdoby spojené s peptidem asociovaným s latencí (LAP) a aplikací některé z technik, která by byla využitelná pro záměr této práce, tedy k připojení proteinu k polymernímu nosiči na bázi aminokyselin. Vzhledem ke strukturní komplexitě, se kterou se růstové faktory fyziologicky z buněk uvolňují, příprava růstových faktorů s coiled-coil kotvou in vitro představuje na poli rekombinantní exprese proteinů neprobádanou výzvu. V našem expresním systému buněčné linie HEK293T bylo možné připravit latentní formu LAP-TGF-β3, pro niž byla ověřena biologická aktivita na...
|
|
| |
host ::
RSS.