|
|
Objemová terapie v průběhu popáleninového šoku korigovaná hemodynamickými parametry
Tokarik, Monika ; Vaněk, Tomáš (vedoucí práce) ; Cvachovec, Karel (oponent) ; Kofránek, Jiří (oponent)
ABSTRAKT Klíčová slova: Popáleninový šok; tekutinová výzva; variace pulzové křivky; dynamické parametry preloadu; hodinová diuréza. Úvod: Hlavní hypotézou studie je předpoklad, že substituční objemová terapie v průběhu popáleninového šoku korigovaná kombinací dynamických parametrů prealodu a hodinové diurézy, oproti standardní monitoraci hodinovou diurézou, vede k redukci tekutinové nálože v tomto období bez negativních projevů hypovolemie a orgánové hypoperfuze. Dynamické parametry preloadu se zdají být nejspolehlivějšími prediktory reakce oběhu na tekutinovou výzvu. Soubor a metody: V období 2009 - 2011 byla skupina 21 pacientů, kteří splňovali vstupní kritéria (věk 18 - 75 let s popáleninami II. - III. stupně, včetně inhalačního traumatu) randomizována do dvou skupin - kontrolní a LiDCO monitorované. Deset pacientů bylo monitorováno LiDCO Plus/Rapid (Lithium Dilution Cardiac Output) monitorem, který kontinuálně analyzoval variace pulzové křivky. Na základě variability ...
|
|
|
Populace buněk karcinomu prsu. Využití pro stanovení optimálního terapeutického postupu. Prediktivní model.
Kolařík, Dušan ; Halaška, Michael (vedoucí práce) ; Kofránek, Jiří (oponent) ; Dundr, Pavel (oponent)
1 ABSTRAKT Východiska Vlastnosti populace buněk karcinomu prsu se v běžné klinické praxi využívají ke stanovení prognózy zhoubného onemocnění (prognostické faktory) a k předpovědi reaktivity nádoru na určitou léčebnou modalitu (prediktivní faktory). Nezbytným nezávislým prognostickým faktorem u žen s časným karcinomem prsu je také stav axilárních mízních uzlin. Součásti primární operace je proto také chirurgická exstirpace axilárních uzlin a jejich histopatologické vyšetření. Rozsah tohoto výkonu je variabilní, za standardní se v současné době považuje biopsie sentinelové uzliny. Je však možné, že tento typ zákroku není nejvhodnější pro všechny pacientky s primárním prsním karcinomem. Cíle práce Cílem této práce je ověřit, je-li s dostatečnou přesností možné předvídat postižení axilárních lymfatických uzlin použitím neoperační metody - tedy vyhodnocením kombinace prognostických a prediktivních faktorů samotného primárního nádoru. Nástrojem pro tuto predikci je matematický model sestavený na základě souboru údajů o pacientkách léčených pro zhoubná onemocnění prsu časných stadií. Použití tohoto modelu v každodenní praxi pak může umožnit přizpůsobení radikality zákroku v axile pro každou individuální pacientku. Pacienti a metody V této retrospektivní studii jsme použili údaje 617 žen léčených v přední...
|
|
|
Formalization of Integrative Physiology
Mateják, Marek ; Kofránek, Jiří (vedoucí práce) ; Kasal, Pavel (oponent) ; Otáhal, Jakub (oponent)
Nové informační technologie přinášejí možnosti jak exaktně popsat a simulovat komplexní fyzikální systémy. Pokrok v tomto směru umožnila standardizace jazyka Modelica neziskovou celosvětovou asociací firem, univerzit a jednotlivců Modelica Association. Standard jazyka umožnil v této disertaci vytvořit chemické, hydraulické, tepelné a populační komponenty pro základní principy fyziologie člověka. Tyto nové Modelikové knihovny byly nazvány PHYSIOLIBRARY a CHEMICAL. Jejich základní komponenty je možné v Modelice graficky propojovat a tak vytvářet komplexnější komponenty fyziologických systémů, obdobně jako se v Modelice vytvářejí modely elektronických obvodů ze základních prvků elektronických komponent. Disertace ukazuje, jak lze obdobným způsobem vytvořit i tak komplexní modely jakým je model integrativní fyziologie člověka HumMod 1.6 který má více než 5000 proměnných. A nejen to, tyto modely je potom možné velmi intuitivně modifikovat a rozšiřovat. Disertační práce tak model amerických autorů HumMod 1.6 (www.hummod.org) nejen implementovala, ale i rozšířila o vlastnosti krve a hemoglobinu, které původní model neměl. Při reimplementaci modelu bylo odhaleno (a americkým autorům reportováno) 30 logických, matematických a fyziologických chyb, na které se při důkladné analýze modelu narazilo. Byl...
|
|
|
Modelica in physiological modelling. Models with spatially distributed parameters, Authorin educational simulators.
Šilar, Jan ; Kofránek, Jiří (vedoucí práce) ; Maršálek, Petr (oponent) ; Roubík, Karel (oponent)
Matematické modely slouží ve fyziologii k formulování hypotéz, predikci, odhadování hodnot skrytých parametrů a ve výuce. Tato práce pojednává o využitím jazyka Modelica pro fyziologické modelování. Diskutují se zde nově vyvinuté metody pro implementaci modelů a tvorbu simulátorů. Modelica je rovnicový, objektově orientovaný jazyk s otevřeným standardem pro modelování komplexních systémů. Je vhodný pro modelování ve fyziologii zejména pro to, že umožňuje přehledně hierarchicky zapsat rozsáhlé komplexní modely. Modely je možné popsat pomocí algebraických, obyčejných diferenciálních a diskrétních rovnic. Parciální diferenciální rovnice zatím nejsou součástí standardu Modelica. Práce se zabývá konkrétně dvěma základními tématy: 1) modelováním systémů popsaných pomocí parciálních diferenciálních rovnic v Modelica 2) tvorbou webových e-learningových simulátorů založených na modelech implementovaných v Modelica. Bylo navrženo jazykové rozšíření PDEModelica1 pro 1-dimenzionální parciální diferenciální rovnice (vychází z předchozího rozšíření). Modelovací nástroj OpenModelica byl rozšířen o podporu PDEModelica1 s využitím metody přímek. Byl implementován model protiproudové tepelné výměny mezi tepnou a cévou v ptačí noze s využitím PDEModelica1 za účelem otestování tohoto rozšíření. Rozšíření bylo dále...
|
|
|
Populace buněk karcinomu prsu. Využití pro stanovení optimálního terapeutického postupu. Prediktivní model.
Kolařík, Dušan ; Halaška, Michael (vedoucí práce) ; Kofránek, Jiří (oponent) ; Dundr, Pavel (oponent)
1 ABSTRAKT Východiska Vlastnosti populace buněk karcinomu prsu se v běžné klinické praxi využívají ke stanovení prognózy zhoubného onemocnění (prognostické faktory) a k předpovědi reaktivity nádoru na určitou léčebnou modalitu (prediktivní faktory). Nezbytným nezávislým prognostickým faktorem u žen s časným karcinomem prsu je také stav axilárních mízních uzlin. Součásti primární operace je proto také chirurgická exstirpace axilárních uzlin a jejich histopatologické vyšetření. Rozsah tohoto výkonu je variabilní, za standardní se v současné době považuje biopsie sentinelové uzliny. Je však možné, že tento typ zákroku není nejvhodnější pro všechny pacientky s primárním prsním karcinomem. Cíle práce Cílem této práce je ověřit, je-li s dostatečnou přesností možné předvídat postižení axilárních lymfatických uzlin použitím neoperační metody - tedy vyhodnocením kombinace prognostických a prediktivních faktorů samotného primárního nádoru. Nástrojem pro tuto predikci je matematický model sestavený na základě souboru údajů o pacientkách léčených pro zhoubná onemocnění prsu časných stadií. Použití tohoto modelu v každodenní praxi pak může umožnit přizpůsobení radikality zákroku v axile pro každou individuální pacientku. Pacienti a metody V této retrospektivní studii jsme použili údaje 617 žen léčených v přední...
|
|
|
Formalization of Integrative Physiology
Mateják, Marek ; Kofránek, Jiří (vedoucí práce) ; Kasal, Pavel (oponent) ; Otáhal, Jakub (oponent)
Nové informační technologie přinášejí možnosti jak exaktně popsat a simulovat komplexní fyzikální systémy. Pokrok v tomto směru umožnila standardizace jazyka Modelica neziskovou celosvětovou asociací firem, univerzit a jednotlivců Modelica Association. Standard jazyka umožnil v této disertaci vytvořit chemické, hydraulické, tepelné a populační komponenty pro základní principy fyziologie člověka. Tyto nové Modelikové knihovny byly nazvány PHYSIOLIBRARY a CHEMICAL. Jejich základní komponenty je možné v Modelice graficky propojovat a tak vytvářet komplexnější komponenty fyziologických systémů, obdobně jako se v Modelice vytvářejí modely elektronických obvodů ze základních prvků elektronických komponent. Disertace ukazuje, jak lze obdobným způsobem vytvořit i tak komplexní modely jakým je model integrativní fyziologie člověka HumMod 1.6 který má více než 5000 proměnných. A nejen to, tyto modely je potom možné velmi intuitivně modifikovat a rozšiřovat. Disertační práce tak model amerických autorů HumMod 1.6 (www.hummod.org) nejen implementovala, ale i rozšířila o vlastnosti krve a hemoglobinu, které původní model neměl. Při reimplementaci modelu bylo odhaleno (a americkým autorům reportováno) 30 logických, matematických a fyziologických chyb, na které se při důkladné analýze modelu narazilo. Byl...
|
|
|
Informační podpora v oblasti softwarových simulátorů v lékařské výuce
Jirásková, Klára ; Kofránek, Jiří (vedoucí práce) ; Jarolímková, Adéla (oponent)
(česky) Předmětem této bakalářské práce je analýza vývoje a užití lékařských simulátorů z hlediska informační podpory, základní popis a úvod do problematiky samotných lékařských výukových simulátorů. V úvodu jsou popsány vlastní simulátory od počátku jejich historického vývoje až po současné využití. Následně se práce zabývá figurínami pro pacientské simulátory, jejichž nezbytnou součástí nutnou pro správné fungování jsou matematické modely na pozadí simulátorů. V kapitole o repositářích je popsána problematika dokumentace modelů a archivace článků popisujících modely. Jsou popsány referenční manažery pro správu literatury a základní srovnání jejich funkcí. Dále se práce zaměřuje na jeden vybraný referenční manažer - Docear, který je podrobněji popsán a použit v praktické části bakalářské práce. Ta se zabývá organizací vědecké literatury biomedicínských simulátorů v Oddělení biokybernetiky a počítačové podpory výuky na 1. lékařské fakultě Univerzity Karlovy. Klíčová slova (česky) - lékařské simulátory, informační podpora, výuka, informační základna, repozitář, referenční manažer, myšlenkové mapy.
|
|
| |
|
|
Reunified description of acid-base physiology and chemistry of blood plasma
Matoušek, Stanislav ; Kofránek, Jiří (vedoucí práce) ; Wooten, Wrenn (oponent) ; Kittnar, Otomar (oponent)
Tato dizertace se zabývá důležitým problémem biomedicínské acidobazické teorie, kde existují dva zdánlivě neslučitelné způsoby popisu acidobazického stavu krevní plazmy, zatímco popisovaná fyziologie a chemie evidentně musí být pouze jedna. Tyto dva způsoby popisu se nazývají klasický přístup, který je založený především na práci Ole Siggaard-Andersena, a moderní přístup, který je založen na práci Petra Stewarta a jeho následovníků. Zdroje, ze kterých vycházím, jsou troje. Prvním zdrojem jsou obecně přijímané základní koncepty acidobazické chemie a fyziologie. Druhým zdrojem je elegantní formalizmus popisu acidobazických dějů v roztocích komplexního složení vytvořený Guentherem. Úvodní část dizertace je založena na těchto dvou východiscích, na nich pak staví detailní analýza podpořená použitím jednoduchých počítačových modelů. Výsledkem je formální popis několika složitějších koncepcí, včetně titračních křivek proteinů, chování bikarbonátu a proteinových pufrů ve společném roztoku, vztahu mezi nábojem silných iontů a nábojem proteinových pufrů a neostré hranice mezi silnými ionty a ionty pufrů ve fyziologii. Následuje porovnání různých modelů albuminu jakožto hlavního bílkovinného pufru krevní plazmy. Některé teoretické koncepce této práce, jako například pH - pKA kriterium jsou validovány chováním...
|
|
|
Měření membránového potenciálu pomocí iontově-selektivních elektrod citlivých na tetrafenylfosfóniový kation
Lábajová, Anna ; Kofránek, Jiří (vedoucí práce) ; Sigler, Karel (oponent) ; Plášek, Jaromír (oponent)
SOUHRN 102 SOUHRN Byla zkonstruována aparatura na měření membránového potenciálu, která využívá iontově-selektivní elektrody citlivé na tetrafenylfosfóniový kationt (TPP+ ). Aparatura byla připojena k počítači a sběr, zpracování a ukládání dat bylo uskutečněno programem MATLAB/Simulink. Složení TPP+ -selektivní membrány bylo optimalizováno zabudováním sraženiny TPP+ TPB- do membrány, čím se dosáhla Nernstovská dopověď od koncentrace 3.10-6 M TPP+ . Protože docházelo k vyplavování TPP+ z membrány do média, TPP+ TPB- bylo nahrazeno tetrakis[3,5-bis(1,1,1,3,3,3- hexafluoro-2-methoxy-2-propyl)fenyl]boritanem sodným (NaHFPB). Elektrody s NaHFPB měly Nernstovskou odezvu od 1. 10-6 M TPP+ a tím byla dosažena větší citlivost oproti komerčně vyráběným elektrodám. Byly vypočteny koeficienty selektivity pro K+ , Na+ , Ca2+ a Mg2+ . Aparatura byla použita pro monitorování mitochondriálního membránového potenciálu izolovaných mitochondrií a pro sledování funkce dýchacího řetězce mitochondrií v buňkách s permeabilizovanou plasmatickou membránou (hepatocytů, BSC-40, HeLa G, cybridů) pomocí nízké koncentrace digitoninu. Tato metoda byla použita i pro sledování funkce "mitochondrial permeability transition pore" (MPTP) jak u izolovaných mitochondrií, tak u permeabilzovaných hepatocytů. Otevření MPTP bylo indukováno vysokou...
|
host ::
RSS.