|
|
Dlouhodobý mírný stres v koloniích Saccharomyces cerevisae s delecí WHI3
Krampotová, Ester ; Schierová, Michaela (vedoucí práce) ; Dušková, Michala (oponent)
Diplomová práce se zabývá vývojem kolonií přírodního nepatogenního kmene kvasinky Saccharomyces cerevisae s delecí WHI3 při dlouhodobém mírném stresu. Kmeny s delecí WHI3 jsou výrazně citlivější ke změnám kultivačních podmínek než rodičovský kmen, a proto mohou být dobrým modelem pro studium vlivu nestandardních podmínek kultivace na zvýšení virulence u patogenních kvasinek. Delecí WHI3 u kmene BR-F dochází k výraznému potlačení schopnosti tvorby strukturovaných kolonií způsobené především sníženou hladinou Flo11. Absence Whi3 má negativní vliv i na expresi genů zapojených do stresové odpovědi. Cílem práce bylo zjistit, zda jsou změny exprese genů kódujících stresové proteiny vyvolané subletálními dávkami inhibitoru závislé na genotypu WHI3, YAP6 a MPT5. K navození stresu u kvasinek využíváme NaCl nebo CdSO4. Geny YAP6 a MPT5 kódují regulační proteiny zapojené do stresové odpovědi a zároveň je jejich hladina ovlivněna proteinem Whi3. U kmene s delecí WHI3 byla hladina Hsp26, Tsa1, Pab1 i Gre2 nižší než u rodičovského kmene. Protein Yap6 ovlivňuje reakci na přítomnost Cd2+ v médiu, ačkoliv podle SGD je popsána pouze jeho funkce při zajištění tolerance k sodným a lithným iontům. Podstatné zjištění, které vyplývá z našich experimentů, je, že i při mírném stresu dochází k aktivaci stresové odpovědi a...
|
|
|
Vliv deadenylázy Ccr4 na regulaci buněčného cyklu v kvasinkových koloniích
Daumová, Lenka ; Čáp, Michal (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Regulace buněčných procesů je pro přežívání kvasinkových buněk naprosto klíčová. Na mnohých regulacích se účastní CCR4-Not komplex, což je vysoce konzervovaný proteinový komplex nacházející se v eukaryotických buňkách od kvasinek až po savce. V této práci se zabývám především vlivem podjednotky Ccr4 na přežívání buněk ve stárnoucí kolonii kvasinek Saccharomyces cerevisiae zejména v souvislosti s regulací buněčného cyklu. Ccr4 je deadenyláza, jejíž funkcí je štěpení poly(A) konce mRNA, a tím zkracování životnosti mRNA. To je důležité během přísně regulovaných buněčných procesů, kdy je nutné, aby k expresi určitých genů docházelo jen v určitém čase. Kvasinka Saccharomyces cerevisiae BY 4742 je haploidní kmen, na němž je možné jednoduše vytvořit delece vybraných genů. V této diplomové práci jsem se zaměřila na výzkum kmene s delecí CCR4 a zároveň delecemi dalších genů ovlivňujících buněčný cyklus. Porovnáním fenotypu těchto klonů s rodičovským kmenem je možné určit změny ve fenotypu způsobené těmito delecemi a jejich vliv na přežívání buněk. Klíčová slova: regulace buněčných procesů, CCR4-Not komplex, Ccr4 podjednotka, buněčný cyklus, kvasinka, Saccharomyces cerevisiae, delece genů
|
|
|
Studium kvasinkového kmene BR-S s delecí genu SIR2
Novotná, Pavla ; Kuthan, Martin (vedoucí práce) ; Pichová, Iva (oponent)
Kvasinky jsou jednobuněčné eukaryotické mikroorganismy, které jsou schopny tvorby mnohobuněčných útvarů tzv. kolonií. Různé kmeny kvasinek mají za definovaných životních podmínek charakteristickou morfologii kolonií. Typickým rysem přírodních izolátů ale i patogenních kvasinek je schopnost přepínat mezi dvěma či více morfotypy. Tento děj, nazývaný přepínání fenotypů, přispívá k rychlé adaptaci na změny podmínek prostředí a souvisí často se změnou rezistence vůči stresu či s virulencí patogenů. Přepínání fenotypů lze pozorovat i u nepatogenní Saccharomyces cerevisiae, u které dochází za stálých laboratorních podmínek k přepnutí z vrásčité morfologie z přírody izolovaného kmene BR-F na hladkou morfologii kmene BR-S. Tato změna morfologie je doprovázena změnami dalších fenotypových charakteristik. Při transkriptomové analýze bylo zjištěno, že kmen BR-F a BR-S se liší genovou expresí mimo jiné v subtelomerických oblastech, které jsou pod kontrolou histon acetyláz a histon deacetyláz. V této práci jsem se zaměřila na histon deacetylázu Sir2p, která by mohla mít vliv na přepínání fenotypů u Saccharomyces cerevisiae. Pro práci byla použita deleční mutanta v genu SIR2 u kmene BR-S připravená v naší laboratoři, která má změněnou morfologii kolonií. Výsledky naznačují, že kmen BR-S s delecí genu SIR2...
|
|
|
Studium funkce vybraných genů v koloniích divokých kmenů kvasinek
Tarabová, Eva ; Kuthan, Martin (vedoucí práce) ; Heidingsfeld, Olga (oponent)
Kmeny kvasinek Saccharomyces cerevisiae izolované ze svého přirozeného prostředí jsou schopny mnohobuněčného sociálního chování a tvorby komplexních strukturovaných kolonií v řadě vlastností podobným velmi odolným biofilmům patogenních kvasinek. Dalším typickým rysem přírodních kmenů je jejich fenotypová variabilita, tedy schopnost přecházet s relativně vysokou frekvencí mezi dvěma či více fenotypy. V případě patogenních kvasinek jsou takové fenotypové změny často provázeny odlišnou virulencí, rezistencí vůči různým stresovým podmínkám a léčbě antimykotiky. V důsledku dlouhodobé kultivace přírodních kmenů kvasinky Saccharomyces cerevisiae v laboratorních podmínkách dochází k jejich domestikaci, tedy přechodu na hladké kolonie a ztrátě některých vlastností typických pro strukturované kolonie. Tento proces je, stejně jako přepínání fenotypů, spojen s výraznými změnami v expresi genů a s celkovou změnou životní strategie kolonií. Mechanismy fenotypových přechodů u kvasinek jsou spojovány s epigenetickou regulací genové exprese pomocí transkripčního umlčování zajišťovaného histonovými deacetylázami. Studiem těchto mechanismů pomocí delečních mutant vybraných genů s potenciálním vlivem na tvorbu a vývoj kolonií divokých i domestikovaných kmenů se zabývá tato práce. Dosažené výsledky prokazují, že NAD+-závislá...
|
|
|
Diferenciace kolonií kvasinek a vývoj nových přístupů pro monitorování dostupnosti kyslíku a přítomnosti živin.
Vopálenská, Irena ; Janderová, Blanka (vedoucí práce) ; Demnerová, Kateřina (oponent) ; Pichová, Iva (oponent)
Kvasinka Saccharomyces cerevisiae jako jednobuněčný organizmus patří mezi nejstudovanější experimentální organizmy. Je důležitým modelovým organizmem pro studium intracelulárních procesů v eukaryotických buňkách. Ovšem kvasinky jsou rovněž sociální organizmy schopné mezibuněčné komunikace a tvorby organizovaných mnohobuněčných struktur (kolonií a biofilmů). Kvasinky stejně jako další mikroorganizmy při růstu v přírodě upřednostňují tvorbu organizovaných mnohobuněčných struktur na pevných površích před růstem v planktonní formě, tedy jako individuální buňky (Palková, 2004; Wimpenny, 2009). Pro kvasinku S. cerevisiae je typická tvorba kolonií, biofilmy byly popsány jen výjimečně. Kvasinkové kolonie se vyznačují rozmanitými morfologiemi, které jsou pro různé kmeny charakteristické (Kocková-Kratochvílová, 1982). Tato práce se zabývá morfologií a diferenciací kolonií S. cerevisiae běžných laboratorních kmenů, tvořících málo strukturované kolonie, a kmenů s genetickým pozadím Σ1278b, tvořících vysoce strukturované "vrásčité" kolonie. Ukazuje, že polarizovaný typ pučení a zejména schopnost buněk tvořit agregáty umožňují vznik strukturované morfologie. Při vývoji "vrásčitých" kolonií dochází ke dvěma rozdílně regulovaným dimorfním přeměnám kvasinkových buněk na pseudohyfální růst; při jedné z nich se uplatňuje...
|
host ::
RSS.