|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Biologické membrány a metody jejich charakterizace - aktuální stav.
Skotnicová, Marie ; Konopásek, Ivo (vedoucí práce) ; Plocek, Vítězslav (oponent)
Buněčná membrána prokaryotních organismů je bezprostředně vystavena změnám prostředí. Aby organismus přežil, musí na tyto změny dostatečně reagovat a přizpůsobit se. Na úrovni lipidové dvojvrstvy to znamená změny membránové fluidity za pomoci alterace lipidové kompozice. I malá změna acylových řetězců nebo polárních hlaviček fosfolipidů může změnit uspořádání lipidové dvojvrstvy. Ke sledování změn membránové fluidity a kompozice lipidů těchto změn se používá široká škála biofyzikálních technik. Cílem této práce je shrnout adaptační mechanismy spuštěné během chladového, teplotního a osmotického šoku a dále principy běžně používaných metod sledování membrán. Sledované organismy zde za Gram- negativní bakterie reprezentuje Escherichia coli a Gram-pozitivní bakterie Bacillus subtilis. Klíčová slova biologické membrány, membránová fluidita, adaptace prokaryotických organismů na změny prostředí, metody charakterizace biologických membrán, membránová spektroskopie
|
|
|
Genové manipulace u bezobratlých živočichů
Čermáková, Eliška ; Schierová, Michaela (vedoucí práce) ; Konopásek, Ivo (oponent)
Genové manipulace u bezobratlých využívají stejné metody jako u obratlovců. Přispívají k vytvoření nových genotypů u modelových organismů, využitelných např. při studiu příčin lidských chorob, ale mají i praktické uplatnění. Jedním z příkladů jsou transgenní komáři. V poslední době byly provedeny pokusy prokazující, že lze u bezobratlých úspěšně použít i programovatelné nukleázy. Klíčová slova: Genové manipulace, bezobratlí, metody, Drosophila melaogaster, aplikace, Anopheles, Bombyx mori , malárie
|
|
|
Vlastnosti expresních vektorů pro Corynebacterium glutamicum a jejich využití při studiu faktorů sigma RNA polymerasy
Dvořáková, Pavla ; Pátek, Miroslav (vedoucí práce) ; Konopásek, Ivo (oponent)
Cílem práce bylo charakterizovat vybrané expresní vektory pro biotechnologicky významný bakteriální druh, Corynebacterium glutamicum, a testovat možnosti jejich využití při studiu řízení aktivity promotorů faktory sigma RNA polymerasy. Měřením míry exprese modelového genu gfpuv stanovením intenzity fluorescence produkovaného proteinu a použitím analýzy populace buněk C. glutamicum exprimujících gen gfpuv pomocí průtokové cytometrie byly u studovaných vektorů zjištěny odlišné vlastnosti: míra exprese klonovaného genu, bazální hladina exprese bez induktoru, závislost míry exprese na koncentraci induktoru a stupeň homogenity buněk z hlediska exprese genu gfpuv. Pro testování biplasmidového systému pro přiřazení faktoru sigma k vybranému promotoru byl zvolen vektor pEC-XT99A, který sice neměl vysokou účinnost exprese, ale nevykazoval bazální expresi, exprese byla srovnatelná v širší škále koncentrací induktoru IPTG a buněčná populace byla z hlediska exprese modelového genu zcela homogenní. S využitím vektoru pEC-XT99A, který exprimoval jednotlivé geny pro stresové faktory sigma, byl dosud neznámému promotoru Pcg0420 jednoznačně přiřazen faktor σD , který řídil jeho funkci. Další vektor, určený pro izolaci a purifikaci proteinů z C. glutamicum, umožnil expresi genu sigM z C. glutamicum a izolaci proteinu σM...
|
|
|
Membrane interactions studied by advanced fluorescent techniques: From ions to macromolecules
Pokorná, Šárka ; Hudeček, Jiří (vedoucí práce) ; Konopásek, Ivo (oponent) ; Benda, Aleš (oponent)
Pokročilé fluorescenční techniky byly využity ke studiu tří různých projektů týkajících se biologických membrán a jejich interakcí. Následující práce je tedy rozdělena do tří samostatných kapitol, z nichž každá pojednává o jednom tématu. 1) Vliv iontů na modelové lipidové membrány byl osvětlen experimentálně metodou časově rozlišených posuvů fluorescence (TDFS, time dependent fluorescence shifts) a teoreticky pomocí molekulárně-dynamických simulací. Kombinace těchto dvou přístupů je vhodná k určení zásadních vlastností membrán jako je pohyblivost a hydratace konkrétní části membrány, uspořádání lipidové dvojvrstvy nebo vazebná místa iontů. Anionty ClO4 - , Br- , Cl- a F- , reprezentující Hofmeisterovu řadu, mají tendenci specificky interagovat s kladně nabitými molekulami lipidů v dvojvrstvě, což má vliv na uspořádání membrány. Změny pozorovaných parametrů odpovídají řazení Hofmeistrovy serie iontů. Účinky iontů jsou jak důsledkem přímé interackce iont-lipid, tak zprostředkovány nepřímo, tzn. pozměněním struktury vody v bezprostřední blízkosti molekuly iontu. Další práce, týkající se vápenatých iontů, prokázala, že Ca2+ mají afinitu jak k elektrostaticky neutrálním tak k záporně nabitým fosfolipidovým membránám, vazba iontů ovlivňuje organizaci membrány. Bylo identifikováno několik vazebných míst...
|
|
|
Studium interakce houby Pleurotus ostreatus a bakteriálních kultur na abiotickém nosiči - morfologická, biochemická a proteomická analýza
Kozická, Barbora ; Petráčková, Denisa (vedoucí práce) ; Konopásek, Ivo (oponent)
Ligninolytické houby jsou významné svými biodegradačními schopnostmi, které lze využít při odstraňování mnoha významných polutantů z životního prostředí, včetně průmyslových barviv. Jako zástupce této skupiny hub byl vybrán Pleurotus ostreatus a byla vytvořena modelová situace pro jeho průmyslové využití při dekolorizaci textilního barviva Remazol Brilliant Blue R (RBBR), které je odpadním produktem textilního průmyslu. Houba byla imobilizována na inertním nosiči (kostky polyuretanové pěny) v neprůtokovém "fixed- bed" bioreaktoru a byla simulována kontaminace houbového filtru bakteriemi, kterou lze předpokládat v praktické aplikaci při čištění odpadních vod. Jako modelová bakterie byla zvolena bakterie Rhodococcus erythropolis. Cílem této práce bylo studium vzájemných interakcí houby a bakterie v bioreaktoru při dekolorizaci barviva. Degradační schopnosti houby byly sledovány na základě produkce ligninolytických enzymů, jež se uplatňují v procesu dekolorizace. Při pozorování růstu směsné kultury houby a bakterie v bioreaktoru bylo zjištěno, že R. erythropolis v kokultuře s P. ostreatus nerostl, došlo k vymizení bakterií z kultivační tekutiny. Bylo prokázáno, že ani vysoká koncentrace houbového enzymu lakázy v médiu, změna pH média vlivem růstu P. ostreatus nebo snížení množství glukózy v médiu...
|
host ::
RSS.