|
|
Výzkum DNA kompatibilních reakcí a jejich využití při přípravě DNA kódovaných knihoven
Havelka, Václav ; Míšek, Jiří (vedoucí práce) ; Kožíšek, Milan (oponent)
DNA kódované knihovny peptidů jsou základem in vitro selekčních metod, které využívají různé biologické systémy ("phage display";"yeast display";"mRNA display"). Přes velký úspěch těchto selekčních metod je jejich zřejmou nevýhodou omezený počet stavebních bloků, které jsou tvořeny pouze dvaceti proteinogenními aminokyselinami. Zapojení dalších neproteinogenních aminokyselin a dalších stavebních bloků by mohlo podstatně rozšířit spektrum možných aplikací těchto selekčních metod. Například zavedením chemických modifikací v postranních řetězcích aminokyselin v takových knihovnách by umožnilo efektivní studium posttranslačních modifikací (fosforylace, acylace, glykosylace, methylace atd.) v živých organismech. Cílem této práce byl vývoj metody pro přípravu plně syntetické DNA kódované knihovny peptidů. Základními kroky byla chemická syntéza peptidu a s tím spojená enzymová syntéza kódující DNA. Pro syntézu DNA kódovaných knihoven peptidů je nezbytná kompatibilita chemických reakcí s DNA. Jelikož finální kyselé odchránění postranních řetězců v peptidu není kompatibilní s DNA, byly testovány dva přístupy k odstranění tohoto problému. Prvním z nich byl pokus o vývoj jemnějších podmínek odchránění postranních řetězců syntetizovaných peptidů, které mohou být kompatibilní s DNA. Podařilo se najít nové,...
|
|
|
Fenotypizace proteolytických aktivit pomocí fluorogenních knihoven
Pospíšil, Šimon ; Míšek, Jiří (vedoucí práce) ; Hocek, Michal (oponent)
Tato práce se zabývá přípravou kombinatoriálních knihoven peptidů sloužících jako platformy pro fenotypizaci proteáz. Primárním cílem byla příprava knihovny fluorogenních peptidů na pevné fázi a screening proteáz pomocí fluorescence. Dále byla studována možnost přípravy DNA-kódovaných knihoven na pevné fázi. Z důvodů nereaktivity specifických proteáz s peptidy na pevné fázi byla následně pevná fáze zcela opuštěna a bylo přistoupeno k přípravě DNA-kódované knihovny peptidů v roztoku. Pomocí modelového DNA-kódovaného dipeptidu s terminálním biotinem byl ověřen tento nový princip testování proteolytických aktivit proteáz. Dále byla připravena kombinatoriální knihovna DNA-kódovaných hexapeptidů. I přes nízký výtěžek knihovny byla ověřena možnost DNA kódování, amplifikovatelnost takto připravených molekul a možnost separace na základě biotinu. Integrita hexapeptidové části a testování s proteázami je předmětem dalšího studia.
|
|
|
Syntéza ortho-kondenzovaných polyaromatických sloučenin a jejich fyzikálně chemické vlastnosti
Mildner, Daniel ; Starý, Ivo (vedoucí práce) ; Míšek, Jiří (oponent)
Tato Bakalářská práce se zabývá přípravou extendovaných polyaromatických látek s helikální strukturou ("dlouhých/širokých" helicenů) s hlavním zaměřením na optimalizaci klíčových syntetických kroků v přístupu k tetrabenzo[9]helicenu a jeho derivátům. V Teoretickém úvodu jsou shrnuty vlastnosti helicenů a způsoby jejich přípravy s důrazem na metody, které mohou být použity pro přípravu extendovaných helicenů. V části Výsledky a diskuze je dále představena syntéza tetrabenzo[9]helicenu a jeho derivátů včetně přípravy v neracemické podobě, dělení racemátů na enantiomery a studia jejich vlastností. Experimentální část na závěr podává praktické informace o provedení experimentů a charakterizaci připravených sloučenin.
|
|
|
Organokatalytická příprava spirocyklických sloučenin odvozených od heterocyklů
Koberová, Tereza ; Veselý, Jan (vedoucí práce) ; Míšek, Jiří (oponent)
Tato bakalářská práce se zaměřuje na enantioselektivní syntézu heterocyklicých spirosloučenin za využití organokatalytického přístupu. První část práce se zabývá enantioselektivní přípravou spirosloučenin reakcí α,β-nenasycených aldehydů s heterocyklickými sloučeninami, při které je použit chirální sekundární amin jako katalyzátor. Jedná se o tandemovou Michael/Michael/aldolizační reakci, při které je využito enaminové a iminiové aktivace substrátu. Druhá část mé práce se věnuje následné oxidací připravených spirocyklických aldehydů na příslušné karboxylové kyseliny.
|
|
|
Příprava mutantů enzymu methioninsulfoxidreduktasy a jejich využití pro přípravu chirálních sulfoxidů
Havelka, Václav ; Míšek, Jiří (vedoucí práce) ; Hlouchová, Klára (oponent)
Chirální sulfoxidy jsou důležité sloučeniny ve farmaceutickém a chemickém průmyslu, nicméně jejich enantioselektivní syntéza poskytující pouze jeden žádaný enantiomer není zcela zvládnuta. Některé přirozené enzymy mohou být využity pro biokatalytickou přípravu chirálních sulfoxidů. Jedním z takových enzymů je methioninsulfoxidreduktasa. Methioninsulfoxidreduktasa je enzym omezující následky reaktivních kyslíkových radikálů v organizmu vznikajících v důsledku kyslíkového metabolismu. Její funkce je redukce methioninsulfoxidu v proteinech na methionin. Existují dva typy methioninsulfoxidreduktas, methioninsulfoxidreduktasa A redukující pouze (S)-methioninsulfoxid a methioninsulfoxidreduktasa B redukující (R)-methioninsulfoxid. Methioninsulfoxidreduktasa B je vhodná k přípravě (S)-sulfoxidů, nicméně její katalytická aktivita není dostatečná pro praktické využití. Využitím technik rekombinantní DNA a mutagenní PCR byla připravena knihovna mutantů methioninsulfoxidreduktasy B a byla určena míra a charakter zavedených mutací. Tato knihovna bude sloužit jako výchozí bod pro řízenou evoluci enzymu pro získání klonů se zvýšenou aktivitou a sníženou substrátovou specifitou.
|
|
|
The synthesis of extended helical aromatics
Trávníková, Veronika ; Starý, Ivo (vedoucí práce) ; Míšek, Jiří (oponent)
Heliceny jsou polycyklické aromatické sloučeniny vyznačující se inherentní chiralitou. Je-li helikální struktura na vnějším okraji rozšířena o jedno či více aromatických jader, mluvíme o laterálně rozšířených helicenech. Pro svoji strukturu mají heliceny unikátní optické a elektronové vlastnosti, díky nimž mohou nalézt uplatnění například v asymetrické katalýze či molekulární elektronice. Obtížnost syntézy helicenů vzrůstá s mírou rozšíření jejich vnějších okrajů o další aromatická jádra. To je způsobeno zejména problematickou rozpustností. Často je nutná komplexní optimalizace reakčních podmínek. Tato bakalářská práce se zabývá syntézou laterálně rozšířeného helicenu obsahujícího dvě hexabenzokoronenové jednotky. Jeden z klíčových meziproduktů, bromjódderivát hexafenylbenzenu, byl připraven pomocí Diels-Alderovy reakce. Optimalizace podmínek této reakce umožnila syntézu klíčových meziproduktů v nezbytných pro další kroky syntézy cílového helicenu. Klíčová slova: helicen, hexabenzokoronen, hexafenylbenzen, Diels-Alderova reakce, polyaromatické sloučeniny
|
|
|
Synthesis of 1,2-disubstituted cyclopentadienes and their application in syntheses of metallocenes
Vician, Marek ; Kotora, Martin (vedoucí práce) ; Míšek, Jiří (oponent)
V rámci predloženej diplomovej práce boli pripravené 1,2-disubstituované cyklopentadiény, pomocou metódy pozostávajúcej z troch rôznych reakcií katalyzovaných zlúčeninami prechodných kovov. Následne, z týchto cyklopentadiénov boli pripravené komplexy s mangánom, réniom a železom. Bola vyvinutá one-pot metóda syntézy komplexov bez potrebnej izolácie odpovedajúcich cyklopentadiénov. V druhej časti práce bolo cieľom pomocou kruhotvornej metatézy enínov pripraviť vinyl-substituované cyklopentadiény. Posledná časť práce bola venovaná príprave chirálnych cyklopentadiénov a syntéze odpovedajúcich komplexov s prechodnými kovmi. Podstatnou súčasťou práce bola taktiež syntéza východiskových látok pomocou kaplinkových reakcií katalyzovaných zlúčeninami paládia. Kľúčové slová: cyklopentadiény, karbometalácia, kaplink, metatéza, metalocény.
|
|
|
Synthesis of polycyclic compounds containing quaternary carbon centers
Vašíček, Tomáš ; Matoušová, Eliška (vedoucí práce) ; Míšek, Jiří (oponent)
V rámci předložené diplomové práce byla vypracována metoda přípravy polykarbocyklických sloučenin obsahujících kvartérní uhlíková centra jako součást triquinanového skeletu. Klíčovou reakční sekvencí vedoucí k přípravě těchto karbocyklů byla Pd-katalyzovaná tandemová cyklizace/Suzuki cross-couplingová reakce následovaná halokarbocyklizací. V první části syntetického projektu byl připraven modelový kyslíkatý polycyklický derivát. V druhé části syntézy byly úspěšně připraveny 3 nové polykarbocyklické sloučeniny obsahující kvartérní uhlíková centra. K syntéze odpovídající výchozí látky pro klíčovou reakční sekvenci byl vyvinut postup založený na alkylaci diethyl-malonátu. Uvedená metoda může sloužit jako nový způsob přípravy polykarbocyklických přírodních látek. Klíčová slova: syntéza, polycyklické sloučeniny, kvartérní centra, katalýza
|
|
|
Synthesis of novel helquats and their properties
Joshi, Vishwas ; Teplý, Filip (vedoucí práce) ; Šindelář, Vladimír (oponent) ; Míšek, Jiří (oponent)
Předmětem této dizertační práce je syntéza nových helquatů, studium jejich vlastností, např. nelineárně-optické vlastnosti, cílově specifické fluorescenční light-up vlastnosti, molekulární rozpoznávání (zahrnující chirální rozpoznávání dvouvláknové DNA s použitím opticky čistých helquatových barviv) a jejich aplikovatelnost založená na těchto vlastnostech. Byly syntetizovány čtyři nové helquaty obsahující aktivované methylové skupiny a jeden z těchto helquatů byl úspěšně v gramovém měřítku rozštěpen na enantiomery pro následné aplikace. Syntéza funkcionalizovaných helquatových derivátů byla vyvinuta za použití Knoevenagelovy kondenzace helquatu s aktivovanými methylovými skupinami s různě substituovanými aromatickými a heteroaromatickými aldehydy. Tato metodika otevřela snadný přístup ke strukturně rozmanité knihovně více než 500 sloučenin skrze nechromatografické purifikace ve středních až vysokých výtěžcích. Zástupci této knihovny sloučenin byly prozkoumány v následujících směrech: jako nové nelineárně optické chromofory, cílově specifické fluorescenční ligth-up próby pro rozpoznávání cílů jako heparin nebo dvouvláknová DNA. Několik helquatových derivátů vykazovalo fluorescenční light-up v přítomnosti AT bohatých DNA sekvencí. Tato vlastnost byla dále detailně studována s použitím různých...
|
|
|
Příprava benzoylovaných derivátů cyklodextrinů
Jůza, Radomír ; Jindřich, Jindřich (vedoucí práce) ; Míšek, Jiří (oponent)
Tato diplomová práce se zabývá přípravou cyklodextrinových (CD) derivátů vhodných pro komplexaci elektron-bohatých aromatických sloučenin jako jsou např. heliceny. Základní skelet nativních cyklodextrinů byl nejprve perbenzoylován ve všech polohách 2, 3 a 6. Dále nukleofilním atakem karboxylátů benzoových kyselin s elektron-akceptorními skupinami (NO2) nebo elektron-donujícími skupinami (NH2) na per(6-deoxy-6-jodo)-CD deriváty byly připraveny deriváty nativních cyklodextrinů benzoylované v poloze 6. Pro připravené benzoylované cyklodextrinové deriváty byla za využití NMR titrace stanovena vazebná konstanta s racemátem [6]helicenu. Byla také připravena série perbenzoylovaných derivátů β- CD s jednou azidovou skupinou v poloze 6. Tyto deriváty by tak mohly být kovalentně vázány jako chirální selektory ve stacionární fázi pro HPLC separaci aromatických enantiomerů. Klíčová slova: cyklodextriny, persubstituce, benzoyl, 4-nitrobenzoyl, 3,5-dinitrobenzoyl, heliceny, NMR titrace, vazebné konstanty
|
host ::
RSS.