Název:
Genotypizace vybraných kandidátních markerů rezistence proti lentivirovým infekcím malých přežvýkavců
Překlad názvu:
Genotypization of selected candidate markers for resistance against lentiviral infections of small ruminants
Autoři:
FARKOVÁ, Barbora Typ dokumentu: Disertační práce
Rok:
2022
Jazyk:
cze
Abstrakt: [cze][eng] Lentivirové infekce malých přežvýkavců (SRLV - Small Ruminant Lentiviruses) známé jako onemocnění maede-visna u ovcí a virová artritida a encefalitida u koz jsou rozšířené po celém světě a způsobují značné ekonomické ztráty. Lentivirová onemocnění byla zahrnuta do aktuální Metodiky kontroly zdraví zvířat a nařízené vakcinace pro chovy zařazené v kontrole užitkovosti. Kontrolní programy jsou zpravidla založené na sérologickém screeningu a následně jsou sérologicky pozitivní zvířata vyřazena z chovu. V literárním přehledu uvádím významné lentiviry včetně těch, které nebyly předmětem analýz. Cílem této práce byl screening výskytu lentivirových infekcí u malých přežvýkavců v České republice a dále pak genotypizace vybraného kandidátního markeru a nalezení genotypu souvisejícího s možností genové rezistence. Celkem bylo odebráno přes 3200 vzorků krve ovcí a koz u chovatelů v rámci celé České republiky. Genotypizace byla provedena u stád, kde byl zachycen výskyt sérologicky pozitivních zvířat. Amplifikace zkoumané sekvence DNA byla prováděna pomocí PCR (Polymerase chain reaction) analýzy, při správné amplifikaci daného úseku následovala sekvenační analýza a výsledky byly statisticky vyhodnoceny. V mé práci jsem došla k závěru, že v České republice byl dosud zachycen výskyt 2 z 5 možných genotypů SRLV (genotyp A a B) a distribuce různých subtypů u ovcí a koz. Největší rozdíly vykazovaly sekvence u genotypu A, kde jedna skupina izolátů vykazovala možnost zařazení do zcela nového subtypu. U ovcí se podařilo identifikovat všechny tři genotypy genu TMEM154. Výskyt sérologicky pozitivních byl statisticky významně vyšší u zvířat s rizikovým genotypem. Z důvodu možné mutace viru a vzniku nového subtypu genotypu A je pravděpodobnost větší adaptace viru pro napadení a infekci jedinců s více rezistentním genotypem. U koz byl prokázán pouze jeden genotyp, takže zde s největší pravděpodobností nelze najít marker související s rezistencí proti SRLV infekcím. Small Ruminant Lentiviruses (SRLV) known as maedi-visna in sheep, and viral arthritis and encephalitis in goats are widespread worldwide and cause significant economic losses. Lentiviral diseases have been included in the current Animal Health Control and Vaccination Guidelines for Breeding Controls. Control programs are generally based on serological screening and subsequently serologically positive animals are removed from breeding. In the literature review I write about important lentiviruses, including those that have not been analyzed. The aim of this work was to screen for the occurrence of lentiviral infections in small ruminants in the Czech Republic and the genotyping of selected candidate markers and finding the genotype related to the possibility of gene resistance. In total, over 3200 blood samples were collected from sheep and goats from breeders all over the Czech Republic. Genotyping was carried out in herds where serologically positive animals were detected. Amplification of the DNA sequence of interest was performed by PCR (Polymerase Chain Reaction) analysis, followed by genotyping by sequence analysis, and the results were statistically evaluated. In my work, I came to the conclusion that in the Czech Republic the occurrence of 2 out of 5 possible SRLV genotypes (genotype A and B) and distribution of different subtypes in sheep and goats has been detected so far. The greatest differences were in the sequence of genotype A, where one group of isolates showed the possibility of classification into a completely new subtype. In sheep, all three genotypes of the TMEM154 gene were identified. The incidence of serologically positive was statistically significantly higher in animals with a risk genotype. Because of the possible mutation of the virus and the emergence of a new subtype of genotype A, the virus is more likely to adapt to attack and infect individuals with a more resistant genotype. Only one genotype has been demonstrated in goats, so most likely there is no marker associated with resistance to SRLV infections.
Klíčová slova:
genotypizace; lentiviry; marker; přežvýkavec; rezistence; SRLV; genotyping; lentiviruses; marker; resistance; ruminant; SRLV Citace: FARKOVÁ, Barbora. Genotypizace vybraných kandidátních markerů rezistence proti lentivirovým infekcím malých přežvýkavců. České Budějovice, 2022. disertační práce (Ph.D.). JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH. Fakulta zemědělská a technologická
Instituce: Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
(web)
Informace o dostupnosti dokumentu:
Plný text je dostupný v digitálním repozitáři JČU. Původní záznam: http://www.jcu.cz/vskp/57236
host ::
