Original title:
Pozitivní a negativní selekce mitochondriálního genomu
Translated title:
Pozitive and negative selection of mitochondrial genome
Authors:
Svoboda, Matěj ; Kupková, Kristýna (referee) ; Maděránková, Denisa (advisor) Document type: Bachelor's theses
Year:
2017
Language:
cze Publisher:
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií Abstract:
[cze][eng]
Bakalářská práce se zabývá problematikou pozitivní a negativní selekce mitochondriálního genomu. Práce je rozdělena na dvě části. První část se věnuje teorii a vysvětlení základních pojmů, konkrétně popisuje mitochondriální genom, nukleotidové mutace, pozitivní a negativní selekci a v neposlední řadě evoluční modely. Druhá část je zaměřena na praktické zpracování mitochondriální DNA a vytvoření funkcí v programovacím prostředí R. Důraz je kladen především na zarovnání sekvencí genů a hledání substitucí. Získané výsledky jsou následně porovnávány s výstupy z programů PAML a KaKs Calculator.
The bachelor thesis engages with problematics of positive and negative selection of mitochondrial genome. Thesis is divided into two parts. First part grapples with theory and explanation of fundamental definitions, in particular understates mitochondrial genome, nucleotide mutation, positive and negative selection and furthermore evolution models. Second part focuses on processing mitochondrial DNA practically and on establishing functions in programming environment R. The emphasis is foremost on gene sequencing alignment and exploring substitutions. Consequently, obtained outcomes are contrasted with PAML and KaKs Calculator programme outcomes.
Keywords:
DNA; evolution model; genome; mitochondria; negative selection; PAML; positive selection; R Studio; DNA; evoluční modely; genom; mitochondrie; negativní selekce; PAML; positivní selekce; R Studio
Institution: Brno University of Technology
(web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library. Original record: http://hdl.handle.net/11012/68130