Original title: Metody experimentálního určení fází (MIR, MAD,SAD) v krystalografické analýze biologických makromolekul
Translated title: Experimental methods for phase determination /MIR,MAD,SAD/ in crystallography of biological macromolecules
Authors: Brynda, Jiří
Document type: Papers
Conference/Event: Struktura 2003, Nové Hrady (CZ), 2003-06-16 / 2003-06-20
Year: 2003
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Důležitost metod poskytujících nepředpojaté řešení fázového problému se stává vstupem molekulární biologie a biochemie do tzv. post-genomické éry stále významnější. V článku jsou popsány klasické metody experimentálního určení fází:1) Metoda isomorfních derivátů s těžkými atomy 2) Metoda Anomálního rozptylu při různých vlnových délkách 3) Metoda Anomálního rozptylu při jedné vlnové délce Čím lepší jsou vaše první, experimentální mapy, tím více modelu můžete spolehlivě vystavět do nepředpojaté (modelem nezatížené) mapy před sečtením fází (původní + model). MAD fáze pocházejí z perfektně izomorfních dat a tak netrpí disordrem jako je to běžné u MIR map na malém rozlišení. MIR fáze zase na druhou stranu poskytují výtečnou fázovací sílu na nízkém rozlišení a výsledkem je lepší propojení mapy v prostoru. Není proto překvapivé, že nejlepší mapy jsou buď MAD mapy nebo kombinované MIR-MAD mapy. Importance of unbiased phases in post genomic era is emphasized. Article describes the classical methods of phase determination: 1) Multiple Isomorphous replacement, heavy-atom derivative (MIR) 2) Multiple Anomalous Dispersion (MAD) Phasing 3) Single Anomalous Dispersion (SAD) Phasing The better your initial, experimental map is, the more model you will be able to build confidently into this unbiased map before proceeding to phase combination. MAD phases result from perfectly isomorphous data, and do not deteriorate at low resolution as do MIR phases. MIR phases, on the other hand, provide superior phasing power at low resolution resulting in better connectivity. Not surprising, the best maps are either MAD or combined MIR-MAD maps.
Keywords: MIR,MAD,SAD; phase problem
Project no.: CEZ:AV0Z5052915 (CEP), GA203/02/0405 (CEP)
Funding provider: GA ČR
Host item entry: Materials Structure in Chemistry, Biology, Physics and Technology, ISSN 1211-5894

Institution: Institute of Molecular Genetics AS ČR (web)
Document availability information: Fulltext is available at the institute of the Academy of Sciences.
Original record: http://hdl.handle.net/11104/0087437

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-28159


The record appears in these collections:
Research > Institutes ASCR > Institute of Molecular Genetics
Conference materials > Papers