Název: Distanční metody konstrukce fylogenetických stromů
Překlad názvu: Distance methods for reconstruction of phylogenetic trees
Autoři: Šudák, Vítězslav ; Provazník, Ivo (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Typ dokumentu: Bakalářské práce
Jazyk: cze
Nakladatel: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstrakt: [cze] [eng]
Bakalářská práce „Distanční metody konstrukce fylogenetických stromů“ shrnuje poznatky o metodách zpracování zarovnaných nukleotidových nebo aminokyselinových sekvencí pro použí v některém použitých modelů výpočtu evoluční distance těchto sekvencí. Následně pomocí popsaných metod algoritmů shrnuje poznatky o konstrukci fylogenetických stromů z matic evolučních distancích a jejich porovnání. Cílem práce je jednak literární rešerše popisující tyto metody, jejich princip, práce se sekvencemi a také fungující skript v prostředí programu MatLab, který by tyto modely aplikoval na realné sekvence stažené z genetických bank ve formátu FASTA. Následné skripty pro konstrukci a porovnávání metod pro konstrukci fylogenetických stromů. Thesis „Distance methods for reconstruction phylogenetic trees“ summarizes notes about methods for calculating evolutionary distances from aligned nucleotide, eminoacid or codon sequences. Then using these distances in methods for reconstructing phylogenetic trees from matrixes made of these distances. Aim is to create these method as a functional scripts in MATLAB software and appliance these method on real sequences downloaded from public databanks on internet in FASTA format, and to create a thesis about hese methods and describe them and my results.
Klíčová slova: Nukleotid Sekvence Báze Komplementární Purin Pyrimidin Mutace Zarovnání Mezera Míra změny Evoluční vzdálenost Tranzice Transverze Triplet Kodón Rozložení Korekce Synonymní Nesynonymní Proporcionální Fylogentický Strom Operační taxonovická jednotka (OTU) Shluk Uzel Větev Zakořeněný Nezakořeněný Soused Minimální evoluce Odchylka Matice; Nucleotide Sequence Base Complementar Purin Pyrimidin Mutation Alignment Gap Rate of substitution Evolutionary distance Transition Transversion Triplet Codon Distribution Corection Synonymous Nonsynonymous Proportional Phylogenetic Tree Operatinal taxonomic unit (OTU) Cluster Branch Rooted Unrooted Neighbor Minimal evolution Variance Matrix

Instituce: Vysoké učení technické v Brně (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v Digitální knihovně VUT.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11012/12440

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-240634


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Vysoké učení technické v Brně
Vysokoškolské kvalifikační práce > Bakalářské práce