Název: Akcelerace algoritmů pro porovnání biologických sekvencí s využitím FPGA
Překlad názvu: Acceleration of Algorithms for Approximate String Matching Using FPGA
Autoři: Beck, Patrik ; Kořenek, Jan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Typ dokumentu: Bakalářské práce
Jazyk: cze
Nakladatel: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstrakt: [cze] [eng]
Táto práca sa zaoberá implementáciou hardwarového zariadenia, ktoré porovnáva biologické sekvencie. Pri porovnávaní využíva algoritmy Smith-Waterman a Needleman-Wunsch. Zariadenie slúži ako akcelerátor bioinformatických algoritmov na vyššej úrovni. Príkladom využitia može byť analýza ľudského genómu, porovnávanie proteínu s databázou, odhaľovanie dedičných informácií. Dosiahnuté zrýchlenie sa v závislostí na danej úlohe, oproti bežnému PC pohybuje v niekoľkých rádoch. This work describes implementation of hardware device for approximate string matching of biological sequences. Matchnig is performed using Smith-Waterman and Needleman-Wunsch algorithms. Device can be used as an accelerator for bioinformatics algorithms on higher level. This accelerator can be used for human genome analysis, matching proteins against a database, revealing inheritance information. Depending on task character, the acceleration speed up achieves several orders of magniture in comparison with conventional computers.
Klíčová slova: FPGA; približné porovnávanie ret'azcov; approximate string matching; FPGA

Instituce: Vysoké učení technické v Brně (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v Digitální knihovně VUT.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11012/56284

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-239334


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Vysoké učení technické v Brně
Vysokoškolské kvalifikační práce > Bakalářské práce