Original title: Hodnocení mikrobiální diverzity antropogenních substrátů metodou využívající polymorfismu terminálních restrikčních fragmentů DNA
Translated title: The evaluation of the microbial diversity in anthropogenic subtrates using a method analyzing the polymorphism of the terminal restriction fragments of DNA
Authors: Gryndler, Milan ; Bukovská, Petra ; Sýkorová, Zuzana ; Havránková, Marie
Document type: Methods
Year: 2010
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
V této metodice popisujeme rychlou, snadnou a nepříliš nákladnou metodu vyhodnocení mikrobiální diverzity v různých typech substrátů: T-RFLP. Popisujeme principy a detailně vysvětlujeme postup práce při extrakci DNA, amplifikaci určitého úseku DNA pomocí PCR, při výběru restrikčního enzymu a restrikčním štěpení, dělení fragmentů v kapilárním sekvenátoru a rovněž diskutujeme vyhodnocení a interpretaci výsledků. In this methodology we describe a fast, easy and non-expensive method for evaluation of microbial diversity in various types of substrates: T-RFLP. We explain principles and describe in detail the workflow of DNA extraction, amplification of a particular piece of DNA in PCR, choice of restriction enzymes and the restriction digest, separation of fragments using the capillary sequencer as well as discuss the evaluation and interpretation of the results.
Keywords: diversity; microorganism; t-RFLP
Project no.: CEZ:AV0Z60050516 (CEP), 1M0571 (CEP)
Funding provider: GA MŠk

Institution: Institute of Botany AS ČR (web)
Document availability information: Fulltext is available at the institute of the Academy of Sciences.
Original record: http://hdl.handle.net/11104/0196116

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-156622


The record appears in these collections:
Research > Institutes ASCR > Institute of Botany
Analytical and methodological materials > Methods