|
|
BacSeqer: Read simulator for bacterial RNA-Seq
Fialová, Adéla ; Sedlář, Karel
The RNA-Seq method has become a key tool in transcriptomics, providing deep insight into the genetic functioning of organisms. It is essential for understanding how genes are expressed, for discovering new gene variants and for understanding pathologies at the genetic level. RNA-Seq simulators are great for testing and validating bioinformatics tools, they offer a way to compare different computational algorithms and allow examining different sequencing protocols, parameter settings and sample sizes to ensure the most efficient use of resources. This study introduces BacSeqer, an RNA-Seq simulator specifically designed for bacterial transcriptomes with the aim of producing data that faithfully resembles those obtained in real experiments. It allows to take into account the specificities of the bacterial genome, especially an existence of only exons and their organization in operons that are not normally present in eukaryotes.
|
|
|
Evaluating BPL Communication: A Simulation Approach
Baranyk, Matěj ; Benešl, Lukáš ; Rusz, Martin
In recent years BPL (Broadband over Power-line) technology is becoming more used. Despite the technology not needing any additional cable installation it is important to make sure that using the technology itself makes sense or what the needed requirements will be. Due to this reason, we opt to simulate almost real scenarios and compare them with outputs from network simulator ns-3. This way we can recognize the usefulness of our efforts even before we make any plans to install anything, which saves time and money. Furthermore, we can use the same simulator for diagnostics of already installed BPL routes.
|
|
|
Design of 90 degree phase shift hybrid coupler
Ondrejka, Adam ; Kříž, Tomáš
This paper describes the design procedure for quadrature hybrid for UHF band. Circuits are based on distributed parameters with anticipated manufacturing on a PCB. Emphasis is put on a compact size, three methods are used for size reduction of transmission lines. All designs are simulated in electromagnetic simulation software. The best design using meandered lines is verified by measurement with no detectable deviation from target working frequency. Temperature simulation is conducted with the best design.
|
|
| |
|
|
Biophysical conditions triggering depolarization block in excitatory neurons.
Tobiáš, Marek ; Berling, David Maximilian (vedoucí práce) ; Korvasová, Karolína (oponent)
Optogenetika je stále oblíbenější technikou stimulace neuronů používanou ke studiu nervových obvodů a k řízení mozkové aktivity. Nicméně, pokud je aplikována bez dostatečných znalostí, může neúmyslně umlčet aktivitu stimulovaných neuronů tím, že v nich spustí de- polarizační blok (DpB) - stav, při kterém neurony ztrácí schopnost vést vzruchy, a proto i komunikovat. Mezi neurony se náchylnost k umlčení liší, a navíc je stále málo zmapo- vané, jak jejich biofyzikální vlastnosti ovlivňují citlivost ke spuštění DpB. V této práci zkoumáme, jak hustota napěťově řízených sodíkových (Nav) a draselných (Kv) kanálů, stojících za mechanismem způsobujícím DpB, ovlivňuje schopnost neuronu tomuto jevu odolávat. Dále zkoumáme i vliv velikosti neuronu. Pomocí simulace výpočetního mod- elu pyramidového neuronu páté vrstvy, který jsme zredukovali pouze na tělo neuronu, reprezentujeme chování obecného excitačního neuronu. Vytvoříme automatický klasifiká- tor, identifikující DpB ze simulovaných napěťových stop, který nám umožní systematicky vyhodnotit vliv specifických kombinací hustot Nav a Kv kanálů v membráně neuronu. Zjistili jsme, že zvýšení těchto hustot zvyšuje odolnost neuronu vůči DpB. Na rozdíl od předchozích studií zjišťujeme, že náchylnost k světlem indukovanému DpB není ovlivněna velikostí neuronu. Naše analýza...
|
|
|
Aplikace programovacího jazyka Python v analýze obrazu a modelování fyzikálních procesů grafenu
Stehlíček, Kamil ; Képeš, Erik (oponent) ; Bartošík, Miroslav (vedoucí práce)
V této práci se zaměřujeme na vyhodnocování experimentálních dat pomocí programovacího jazyka Python napříč třemi různými fyzikálními úlohami zabývajícími se grafenem. Cíle práce vycházejí z praktických experimentů, při kterých využíváme gallium či nitrid gallia pro změnu elektrooptických vlastností grafenu nebo experimentů, které vyžadují simulaci šíření náboje v grafenové nanoelektronice. Tyto úlohy postupně využívají analýzu obrazu a numerické simulace. Teoretická část práce slouží jako rešerše a jako uvedení základních algoritmů zpracování obrazu a postupů v oblasti numerických simulací. Praktická část práce se pak zaměřuje na vyhodnocování úspěšnosti jednotlivých programů, jejich implementaci při praktickém vyhodnocení a vysvětlení experimentálních výsledků.
|
|
|
Movement Planning of a Hexapod Robot
Hostačná, Kristína ; Šátek, Václav (oponent) ; Rozman, Jaroslav (vedoucí práce)
This thesis presents neural network solution for achieving autonomous navigation to seen target in hexapod robots. This solition was implemented on two designs - a simple design with two joints per leg and a more complex design with three joints per leg. Major challenge of hexapod locomotion - the complexity of controlling more joints was therefore increased to enable a wider range of motions and therefore uses for the robot. Research methodology involves both a simulation and a real-world experimentation, for modeling and data collection. Data from various sensors, including cameras and servo positions, are utilized to train neural network models capable of interpreting sensory inputs and generating control signals for the robot's actuators. A basic neural network architecture is initially deployed for both configurations, while a more sophisticated approach incorporating convolutional and recurrent neural networks is employed later. Ultimately, the trained neural networks demonstrate capability of navigation to target.
|
|
|
Discrete modeling of transaction propagation in Bitcoin
Marek, Tomáš ; Marek, Marcel (oponent) ; Zavřel, Jan (vedoucí práce)
Blockchain technology is the core of how Bitcoin works. The aim of the theoretical part of this thesis is to describe the principles on which blockchain technology is based and also to gather information about how transactions are propagated through the Bitcoin network. The aim of the practical part is to create a model of a very simplified Bitcoin Core client that allows to create, send and receive transactions based on the propagation algorithm used in the Bitcoin network. The model is then run in the simulation environment and the simulation results are analyzed to identify the possible source node of the transaction.
|
|
|
Analýza dopadu strategií řešení problémů pomocí UPPAAL STRATEGO
Karásek, Filip ; Žádník, Martin (oponent) ; Strnadel, Josef (vedoucí práce)
Tato práce analyzuje a řeší dopad strategií vytvořených pomocí Uppaal Stratego. V této práci je ukázána implementace čtyř problémů, čítač, bludiště, bitmapa a křižovatka. Nad těmito modely jsou prováděny experimenty a vytvářeny strategie. Pro první tři problémy byly nalezeny strategie s pozitivním dopadem na daný systém. Pro poslední model křižovatky, se nepodařilo nalézt takovou strategii, která by prokazatelně vylepšila systém. Neprokazatelně, protože se nepodařilo nalézt strategii pro model s vyšším počtem vozidel v křižovatce a to z důvodu omezení Uppaal Stratego a komplexnosti modelu.
|
|
|
Návrh rotačného kyvadla s pružným kloubem
Palát, Ondřej ; Formánek, Martin (oponent) ; Dobossy, Barnabás (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se týká návrhu výukového modelu s pružným kloubem. Popisuje návrh konstrukce, elektroniky pro řízení, programování mikrokontroléru a tvorbu matematického modelu, který popisuje chování pružného kloubu. Parametry modelu byly získány odhadem parametrů na základě měření. V rešeršní části je také uvedený průzkum trhu a stručný popis algoritmů používaných pro numerický odhad parametrů.
|
host ::
RSS.