|
|
Quantitative Analysis of Gene Ancestry in Euglenoidea
Soukal, Petr ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Burki, Fabien (oponent) ; Horák, Aleš (oponent)
Geny, jakozťo jednotky geneticke' informace, jsou prěda'va'ny z jednoho jedince na jine'ho, obvykle v ra'mci te'hozˇ druhu - z rodicˇu˚ na potomky. Cˇas od cˇasu mohou by't geny prěda'ny i jedincu˚m jiny'ch druhu˚ prostrědnictvı'm procesu zvane'ho horizonta'lnı' prěnos genu˚ (HGT). Endosymbio'za je proces, prˇi ktere'm jeden organismus pohltı' jiny' organismus a geny jsou prěda'va'ny mezi obeˇma symbionty prostrědnictvı'm procesu zvane'ho endosymbioticky' prěnos genu˚ (EGT), jenzˇ jest podtypem HGT. Cˇasem se mu˚zě endosymbiont sta't i organelou, jakou je mitochondrie nebo plastid. Kra'snoocˇka (Euglenoidea) jsou jednobunečňa' eukaryota s ru˚znorody'mi zpu˚soby vy'zˇivy - fagot- rofiı' (naprˇ. Peranema), osmotrofiı' (naprˇ. Rhabdomonas), mixotrofiı' (fagotrofiı' a fototrofiı' u rodu Rapaza) a fototrofiı' (s plastidy; naprˇ. Eutreptiella). Historie endosymbio'z zeleny'ch rˇas (zejme'na skupiny Chlo- rophyta) a prědku˚ kra'snoocěk trˇı'dy Euglenophyceae (vcětneˇ rodu Rapaza) je komplexnı'. Ve sve' pra'ci jsem provedl kvantitativnı' analy'zu genealogie genu˚ (QAGA) zalozěnou na transkrip- tomicky'ch datech kra'snoocˇka sťı'hle'ho (Euglena gracilis), ktere' ukazujı' na vy'znamny' prˇı'speˇvek blı'zce prˇı'buzny'ch bicˇivek (Kinetoplastea; 1 420 genu˚, 3,88 % transkriptu˚ prěneseny'ch...
|
|
|
Pátrání po pozůstatku plastidu v buňce Rhabdomonas sp.
Soukal, Petr ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Oborník, Miroslav (oponent)
Kmen Euglenozoa je tvořen čtyřmi skupinami - Euglenoidea (krásnoočka), Kinetoplastea (bičivky), Symbiontida a Diplonemea. Fototrofní krásnoočka, která tvoří dobře podpořenou skupinu, se vyznačují přítomností zeleného plastidu vzniklého sekun- dární endosymbiózou se zelenou řasou příbuznou dnešnímu rodu Pyramimonas. Obecně přijímaná teorie pozdního nabytí plastidu (plastid-late hypothesis) tvrdí, že k této en- dosymbióze došlo po oddělení fototrofních krásnooček od zbytku skupiny Euglenozoa. Endosymbiotická událost je vždy spojena s tokem genů z endosymbionta do jádra hos- titele. I když dojde k úplné ztrátě endosymbionta lze předpokládat, že genom hostitele byl obohacen o geny endosymbiotického původu. Některé současné fylogenetické ana- lýzy odhalily v genomu trypanosom (Kinetoplastea: Trypanosomatida) geny potenciálně plastidového původu. Interpretují to tak, že plastid byl přítomen již u společného předka bičivek a krásnooček a následně došlo k jeho ztrátě u všech bičivek a některých krásno- oček, ke kterým patří i osmotrofní Rhabdomonas costata. Během analýzy transkriptomu R. costata bylo nalezeno 63 genů, u nichž je možné předpokládat, že pocházejí ze ze- lených (14 genů) nebo jiných (49 genů) řas. Při konstrukci fylogenetických stromů byl jeden gen s vysokou podporou sesterský zeleným a...
|
|
|
Produkce sekundárních metabolitů u aktinomycet působících a potlačujících obecnou strupovitost brambor
Komžák, Ondřej ; Bosáková, Zuzana (vedoucí práce) ; Slaninová Kyselková, Martina (oponent)
Tato diplomová práce je zaměřena na hledání bakteriálních původců a antagonistů ovlivňujících výskyt obecné strupovitosti, projevující se u některých zemědělsky využívaných plodin, jejímž hlavním původcem je Streptomyces scabiei a která způsobuje značné ekonomické ztráty. Z rhizosféry brambor byly izolovány bakteriální kmeny, především streptomycety, protože patří mezi nejvýznamnější producenty sekundárních metabolitů a původci tohoto onemocnění patří také do tohoto rodu. Metodou PCR byl u získaných kmenů amplifikován gen pro 16S rRNA a jeho sekvenací byla stanovena jejich příbuznost. Jednoduchým kultivačním testem byly poté nalezeny kmeny, které účinně potlačují S. scabiei. Dále byly metodou PCR hledány specifické geny pro biosyntézu fytotoxinu thaxtominu A, který je společným virulenčním faktorem všech doposud popsaných původců onemocnění a způsobuje projevy tohoto onemocnění na povrchu napadených plodin. Geny pro syntézu thaxtominu jsou součástí ostrovu patogenity. Standard fytotoxinu thaxtominu A byl použit pro optimalizaci jeho stanovení hmotnostní spektroskopií pro pozdější analýzu pokusů prováděných in vivo a in vitro. Výsledky fylogenetické analýzy izolovaných kmenů, u nichž byla prokázána přítomnost jednoho z genů nutných pro biosyntézu thaxtominu A, podpořily hypotézu horizontálního...
|
host ::
RSS.