|
|
Structure and function of microbial communities of montane spruce forest
Štursová, Martina ; Baldrian, Petr (vedoucí práce) ; Uhlík, Ondřej (oponent) ; Slaninová Kyselková, Martina (oponent)
Struktura a funkce půdních mikrobiálních společenstev horských smrčin Martina Štursová Abstrakt Jehličnaté lesy jsou prostorově různorodé a představují důležitý ekosystém, který při současném klimatu slouží k zachycování uhlíku a jeho velké množství uchovává ve stojící živé biomase nebo v půdní organické hmotě. Tvorba organické hmoty skrze rozklad mrtvé biomasy a přeměny organických sloučenin vyloučených do rhizosféry je primárně zprostředkována mikrobiálním společenstvem lesní půdy. Přes vzrůstající znalosti o složení těchto půdních společenstev, se málo ví o mikrobech, kteří jsou zodpovědní za tyto procesy přeměny, o faktorech které ovlivňují tato společenstva nebo o jejich odpovědi na zvětšující se množství velkých disturbancí. Studie zahrnuté v této dizertační práci se podílí na doplnění zmíněných chybějících informací. Studie byly provedeny v neobhospodařovaných smrkových lesích nejvyšších poloh NP Šumava a to jak v nenarušených oblastech, tak v prostorech s různou dobou rozvoje od kůrovcové kalamity. Kombinace metod zahrnujících kultivace hub, měření enzymových aktivit, nebo NGS sekvenování byly použity k popisu mikrobiálních společenstev, jejich rozmístění v prostoru a čase a faktorů, které ovlivňují tato půdní společenstva jak v nenarušeném lese, jakož i jejich odpověď na velkou disturbanci....
|
|
|
Actinobacteria communities in natural and anthropogenic environments
Faitová, Andrea ; Marečková, Markéta (vedoucí práce) ; Slaninová Kyselková, Martina (oponent) ; Yurado Lobo, Valme (oponent)
12 Abstrakt (In Czech) Actinobacteria jsou významnou bakteriální skupinou účastnící se různých ekosystémových procesů, zejména při rozkladu komplexních organických sloučenin. Jejich schopnosti jim umožňují přežít v drsných podmínkách oligotrofních habitatů, jako jsou jezera, pouště, stěny jeskyní nebo odolný a nerozložitelný rostlinný opad v půdě, kde aktinobakterie často dominují. Ačkoliv jsou známy určité biotické a abiotické faktory ovlivňující výskyt aktinobakterií v těchto habitatech, vliv antropogenního tlaku na jejich společenstvo je zřídka znám. Hlavním cílem této práce je tedy určit rozdíly v aktinobakteriálních společenstvech pod přímým (lidští návštěvníci měnící mikroenvironmentální prostředí jeskyň, část 1) a nepřímým (faktory klimatické změny jako jsou změny srážek nebo kvality rostlinného opadu, část 2) vlivem člověka ve dvou habitatech, rostlinném opadu v půdě a stěnách jeskyň, kde aktinobakterie hrají významnou roli a kde dominují. V první části disertace jsme sledovali aktinobakteriální společenstva na zdech francouzských vápencových jeskyní odlišně ovlivněných člověkem (přírodní versus antropizované jeskyně). K identifikaci významných druhů (např. potenciálních patogenů nebo pigmenty produkujících aktinobakterií) pomocí amplikonového sekvenování environmentální DNA (Illumina MiSeq), jsme...
|
|
|
Structure and function of microbial communities of montane spruce forest
Štursová, Martina ; Baldrian, Petr (vedoucí práce) ; Uhlík, Ondřej (oponent) ; Slaninová Kyselková, Martina (oponent)
Struktura a funkce půdních mikrobiálních společenstev horských smrčin Martina Štursová Abstrakt Jehličnaté lesy jsou prostorově různorodé a představují důležitý ekosystém, který při současném klimatu slouží k zachycování uhlíku a jeho velké množství uchovává ve stojící živé biomase nebo v půdní organické hmotě. Tvorba organické hmoty skrze rozklad mrtvé biomasy a přeměny organických sloučenin vyloučených do rhizosféry je primárně zprostředkována mikrobiálním společenstvem lesní půdy. Přes vzrůstající znalosti o složení těchto půdních společenstev, se málo ví o mikrobech, kteří jsou zodpovědní za tyto procesy přeměny, o faktorech které ovlivňují tato společenstva nebo o jejich odpovědi na zvětšující se množství velkých disturbancí. Studie zahrnuté v této dizertační práci se podílí na doplnění zmíněných chybějících informací. Studie byly provedeny v neobhospodařovaných smrkových lesích nejvyšších poloh NP Šumava a to jak v nenarušených oblastech, tak v prostorech s různou dobou rozvoje od kůrovcové kalamity. Kombinace metod zahrnujících kultivace hub, měření enzymových aktivit, nebo NGS sekvenování byly použity k popisu mikrobiálních společenstev, jejich rozmístění v prostoru a čase a faktorů, které ovlivňují tato půdní společenstva jak v nenarušeném lese, jakož i jejich odpověď na velkou disturbanci....
|
|
|
Combination of biochemical and high-throughput-sequencing approaches to study the role of Antinobacteria and fungi in the decomposition of plant biomass
Větrovský, Tomáš ; Baldrian, Petr (vedoucí práce) ; Slaninová Kyselková, Martina (oponent) ; Tomšovský, Michal (oponent)
Odumřelá rostlinná biomasa je klíčovým zdrojem uhlíku v pevninských ekosystémech, a proto je její rozklad významný pro koloběh tohoto prvku na zemi. Mezi nejvýznamnější rozkladače jsou řazeny především houby, a to zejména díky schopnosti produkovat vysoce účinné oxidativní a hydrolytické enzymy. Mnoho současných prací dále ukazuje, že kromě hub mohou být dalšími důležitými rozkladači celulózy a lignocelulózy také bakterie, zejména zástupci kmene Actinobacteria. Tato disertační práce je zaměřena na zhodnocení role hub a aktinobakterií při rozkladu odumřelé rostlinné biomasy. V rámci jejího řešení byly nejdříve zkoumány mechanismy tohoto rozkladu, týkající se především rozkladu hlavních komponent lignocelulózy: celulózy, hemicelulóz a ligninu, pomocí extracelulárních enzymů. U saprotrofní houby Fomes fomentarius byl důkladně popsán enzymový aparát a to jak in vitro, tak in vivo. Schopnost produkce hydrolytických enzymů byla dále testována u aktinobakterií izolovaných z půdy a u vybraných kmenů byly provedeny experimenty sledující osud polysacharidů a ligninu v průběhu jejich dekompozice. Aby bylo možno objasnit úlohu rozkladačů lignocelulózy v komplexních prostředích, jako je půda, bylo zkoumáno jejich zastoupení ve společenstvech hub a bakterií se speciálním zaměřením na aktinobakterie. K dosažení...
|
|
|
Produkce sekundárních metabolitů u aktinomycet působících a potlačujících obecnou strupovitost brambor
Komžák, Ondřej ; Bosáková, Zuzana (vedoucí práce) ; Slaninová Kyselková, Martina (oponent)
Tato diplomová práce je zaměřena na hledání bakteriálních původců a antagonistů ovlivňujících výskyt obecné strupovitosti, projevující se u některých zemědělsky využívaných plodin, jejímž hlavním původcem je Streptomyces scabiei a která způsobuje značné ekonomické ztráty. Z rhizosféry brambor byly izolovány bakteriální kmeny, především streptomycety, protože patří mezi nejvýznamnější producenty sekundárních metabolitů a původci tohoto onemocnění patří také do tohoto rodu. Metodou PCR byl u získaných kmenů amplifikován gen pro 16S rRNA a jeho sekvenací byla stanovena jejich příbuznost. Jednoduchým kultivačním testem byly poté nalezeny kmeny, které účinně potlačují S. scabiei. Dále byly metodou PCR hledány specifické geny pro biosyntézu fytotoxinu thaxtominu A, který je společným virulenčním faktorem všech doposud popsaných původců onemocnění a způsobuje projevy tohoto onemocnění na povrchu napadených plodin. Geny pro syntézu thaxtominu jsou součástí ostrovu patogenity. Standard fytotoxinu thaxtominu A byl použit pro optimalizaci jeho stanovení hmotnostní spektroskopií pro pozdější analýzu pokusů prováděných in vivo a in vitro. Výsledky fylogenetické analýzy izolovaných kmenů, u nichž byla prokázána přítomnost jednoho z genů nutných pro biosyntézu thaxtominu A, podpořily hypotézu horizontálního...
|
host ::
RSS.