|
|
Geny sekundárního metabolismu v půdních bakteriálních společenstvech
Patrmanová, Tereza ; Kopecký, Jan (vedoucí práce) ; Brabcová, Vendula (oponent)
Potřeba nových antibiotik a dalších sloučenin s biologickou aktivitou je důvodem zvýšeného zájmu o sekundární metabolity půdních bakterií. V půdním prostředí má dominantní postavení kmen Actinobacteria, jehož potenciál spočívá ve schopnosti produkce širokého spektra antibiotik a také přítomnosti řady mechanismů, kterými se působení antibiotik brání. Cílem této diplomové práce bylo pomocí navržených primerů a primerů převzatých z publikací stanovit počty kopií vybraných genů sekundárního metabolismu v půdách dvou lokalit. Nepodařilo se navrhnout dostatečně účinné nové primery k detekci vybraných genů v půdním prostředí, a proto byly použity pouze již publikované primery, jejichž specifita byla ověřena. Ve vzorcích odebraných z půdních profilů dvou stanovišť byla prostřednictvím digitálního PCR stanovena množství bakterií, aktinobakterií, genů pro polyketid-syntázu typu II a Erm metyltransferázu zprostředkovávající rezistenci k antibiotikům skupiny MLSB (makrolidy, linkosamidy a streptograminy B). Porovnání stanovených počtů genových kopií přineslo informaci o struktuře bakteriálního společenstva a o zastoupení bakterií nesoucích vybrané geny sekundárního metabolismu v závislosti na změně podmínek vlivem stromového patra a narůstající hloubky půdního profilu. Množství bakterií a aktinobakterií byla...
|
|
|
Analýza izolátů streptomycet obsahujících gen pro cyklizující aminolevulinátsyntázu
Rašmanová, Petra ; Petříčková, Kateřina (vedoucí práce) ; Felsberg, Jurgen (oponent)
Bakterie rodu Streptomyces jsou známí producenti mnoha biologicky aktivních metabolitů. Jejich sekundární metabolismus je zdrojem mnoha významných skupin aktivních látek, při jejichž výzkumu se poslední dobou uplatňuje celá řada nových metod založených např. na bioinformatické analýze genomových dat, moderních LC-MS technikách a metodách metabolického modelování. Tato práce vychází z genetického screeningu na přítomnost specifického genu (als) pro cyklizující aminolevulinát syntázu, který dle dřívějších studií můžeme považovat za genetickou značku producentů sekundárních metabolitů s tzv. C5N jednotkou (2-amino-3- hydroxycyklopent-2-enonem). Mezi takové látky se řadí několik skupin metabolitů s variabilní strukturou i biologickou aktivitou, mezi nimi i manumyciny. Jedná se o malé polyketidy se slabou antibiotickou aktivitou zejména proti gram-pozitivním bakteriím. Důležitější jsou však jejich kancerostatické a protizánětlivé účinky. Kmeny Streptomyces monomycini BCCO10 1552 a Streptomyces capoamus BCCO10 1636 jsou pozitivními izoláty pocházejícími z genetického screeningu zaměřeného na přítomnost genu als, které se ve fylogenetickém stromu sestrojeném na základě podobnosti sekvencí genu als nacházejí v blízkosti producentů manumycinových látek. Cílem této práce bylo zjistit, zdali tyto nové...
|
|
|
Geny sekundárního metabolismu v půdních bakteriálních společenstvech
Patrmanová, Tereza ; Kopecký, Jan (vedoucí práce) ; Brabcová, Vendula (oponent)
Potřeba nových antibiotik a dalších sloučenin s biologickou aktivitou je důvodem zvýšeného zájmu o sekundární metabolity půdních bakterií. V půdním prostředí má dominantní postavení kmen Actinobacteria, jehož potenciál spočívá ve schopnosti produkce širokého spektra antibiotik a také přítomnosti řady mechanismů, kterými se působení antibiotik brání. Cílem této diplomové práce bylo pomocí navržených primerů a primerů převzatých z publikací stanovit počty kopií vybraných genů sekundárního metabolismu v půdách dvou lokalit. Nepodařilo se navrhnout dostatečně účinné nové primery k detekci vybraných genů v půdním prostředí, a proto byly použity pouze již publikované primery, jejichž specifita byla ověřena. Ve vzorcích odebraných z půdních profilů dvou stanovišť byla prostřednictvím digitálního PCR stanovena množství bakterií, aktinobakterií, genů pro polyketid-syntázu typu II a Erm metyltransferázu zprostředkovávající rezistenci k antibiotikům skupiny MLSB (makrolidy, linkosamidy a streptograminy B). Porovnání stanovených počtů genových kopií přineslo informaci o struktuře bakteriálního společenstva a o zastoupení bakterií nesoucích vybrané geny sekundárního metabolismu v závislosti na změně podmínek vlivem stromového patra a narůstající hloubky půdního profilu. Množství bakterií a aktinobakterií byla...
|
|
|
Genetický základ českých paličáků (A. sativum L. ssp. ophioscorodon) se zaměřením na biosyntetické dráhy sekundárních metabolitů
Čermák, Vladimír ; Ovesná, Jaroslava (vedoucí práce) ; Demnerová, Kateřina (oponent)
Český paličák Allium sativum L. je pojmenování pro české odrůdy česneku, které se kategorizují do poddruhu sativum ssp. Typická je pro něj tvorba květenství a mají specifickou morfologii cibule. Je zde popsán genetický základ, který byl detekován při analýze mikrosatelitů a intronů. Analýza transkriptomu odhalila velké množství unigenů, které byli zařazeny pomocí genové ontologie k jednotlivým funkcím v organismu. Genetické odlišnosti od jiných odrůd byly tedy potvrzeny. Vliv prostředí a pěstitelských postupů včetně velkoprodukčního se zkoumají. Výsledky mohou sloužit pro další výzkum nebo šlechtění. Spotřebitelé a odborníci hodnotili české paličáky jako odrůdy s výraznou štiplavou chutí a aromatem. Látky způsobující tuto silnou charakteristickou chuť jsou sekundární metabolity síry alk(en)ylcystein-S-oxidy (ACSO), v česneku především alliin a methiin. Chemická analýza nepotvrdila výjimečně vysoké hodnoty těchto chuťových prekurzorů ani jiných látek, které by měly české paličáky odlišit. Sekundární metabolismus zahrnuje další důležité látky, které se využívají hlavně ve farmacii a zdravotnictví, kde se česnek využívá už tisíce let kvůli antibakteriálním účinkům, pozitivnímu vlivu na metabolismus tuků apod.
|
host ::
RSS.