|
|
Dynamic metabolomic prediction from genetic variation
Nemčeková, Petra ; Weckwerth, Wolfram (oponent) ; Schwarzerová, Jana (vedoucí práce)
Hordeum vulgare, like many other crops, suffers from the reduction of genetic diversity caused by climate changes. Therefore, it is necessary to improve the performance of its breeding. Nowadays, the area of interest in current research focuses on indirect selection methods based on computational prediction modeling. This thesis deals with dynamic metabolomic prediction based on genomic data consisting of 33,005 single nucleotide polymorphisms. Metabolomic data include 128 metabolites belonging to 25 Halle exotic barley families. The main goal of this thesis is to create dynamic metabolomic predictions using different approaches chosen from relevant publications. The created models can be helpful for the prediction of phenotype or for revealing important traits of Hordeum vulgare.
|
|
|
The modification of gut microbiota composition by dietary intervention: the effect of plant-based and western-type diet
Ďásková, Nikola ; Cahová, Monika (vedoucí práce) ; Beneš, Jiří (oponent) ; Tlaskalová - Hogenová, Helena (oponent)
Tato dizertační práce zkoumá vztah mezi stravou, střevní mikrobiotou a metabolickým zdravím. Konkrétně se zaměřuje na vztah mezi složením střevní mikrobioty a nepřenosnými metabolickými chorobami, jako je obezita a diabetes 2. typu (T2D). Cílem první studie je posoudit rozdíly ve složení a metabolismu střevní mikrobioty mezi zdravými štíhlými dlouhodobými vegany a omnivory. Studie ukazuje, že zatímco složení střevní mikrobioty se mezi oběma skupinami významně neliší, jsou zde významné rozdíly ve fekálním, sérovém a močovém metabolomu. Tyto rozdíly lze přičíst odlišné dostupnosti substrátů ve stravě, protože veganská strava je spojena s přechodem od proteolytického k sacharolytickému fermentačnímu programu. Naše výsledky podporují hypotézu o odolnosti i metabolické flexibilitě střevní mikrobioty u dospělých jedinců. Kromě taxonomických analýz zahrnuje tato disertační práce také metabolomiku pro vyhodnocení funkčních projevů střevní mikrobioty. Zavádíme novou metodu hodnocení schopnosti střevní mikrobioty produkovat prospěšné metabolity se specifickým zaměřením na syntézu butyrátu pomocí qPCR kvantifikace bakteriální butyryl-CoA:acetát CoA-transferázy. In silico jsme identifikovali lidské střevní bakterie, které jsou vybaveny but genem, navrhli jsme a ověřili šest sad degenerovaných primerů...
|
|
|
Dynamic metabolomic prediction from genetic variation
Nemčeková, Petra ; Weckwerth, Wolfram (oponent) ; Schwarzerová, Jana (vedoucí práce)
Hordeum vulgare, like many other crops, suffers from the reduction of genetic diversity caused by climate changes. Therefore, it is necessary to improve the performance of its breeding. Nowadays, the area of interest in current research focuses on indirect selection methods based on computational prediction modeling. This thesis deals with dynamic metabolomic prediction based on genomic data consisting of 33,005 single nucleotide polymorphisms. Metabolomic data include 128 metabolites belonging to 25 Halle exotic barley families. The main goal of this thesis is to create dynamic metabolomic predictions using different approaches chosen from relevant publications. The created models can be helpful for the prediction of phenotype or for revealing important traits of Hordeum vulgare.
|
|
|
The role of gut microbiome in the development of type 2 diabetes
Movsesian, Lilit ; Cahová, Monika (vedoucí práce) ; Funda, David (oponent)
Během posledních desetiletí bylo získáno mnoho dat dokazujících vliv střevní mikrobioty a metabolomu na rozvoj diabetu 2. typu a dalších metabolických poruch, jako je obezita. Tato bakalářská práce poskytuje přehled známých informací o tomto vztahu a klade si za cíl zdůraznit význam dalšího výzkumu pro objevení potenciální léčby. Zvažují se bakteriální taxony a metabolity nejvíce spojené s výskytem diabetu, stejně jako ty, které jsou spojeny se zlepšenou tolerancí glukózy a inzulínu. Práce také porovnává podobnosti, rozdíly a rozpory diskutovaných studií. Klíčová slova: diabetes 2. typu, obezita, mikrobiom, metabolom
|
|
|
Metabolom rostlin a jeho proměny v reakci na stres
Dobešová, Markéta
Negativní ovlivnění životního prostředí má významný vliv na život rostlin a jejich metabolismus. Stres působící na rostliny se odráží na rostlinném vývoji a na jejich metabolomu. Tato diplomová práce- Metabolom rostlin a jeho proměny v reakci na stres, nastiňuje složení rostlinného metabolomu a hodnotí metabolity a metabolické procesy, které souvisejí se stresem. V experimentální části jsou shrnuty výsledky dvou na sobě nezávislých pokusů. První experiment byl prováděn na Hordeum vulgare, kde stres, byl sledován pomocí proteomické analýzy a LC-MS metabolomiky. Druhý experiment se zabývá reakcí sucha u Solanum lycopersicum, prostřednictvím profilování metabolomu pomocí GC-MS. Výsledkem je specifická odezva na stres a určení několika markerů abiotického stresu.
|
|
|
Abiotické a biotické faktory ovlivňující klíčení rostlin
Berka, Miroslav
Klíčení semen a vývoj klíční rostliny je kritickou fází v životě rostlin. Tyto procesy jsou ovlivňovány spoustou vnitřních a vnějších faktorů, které mají vážný dopad na vitalitu a přežití rostlin. Biotické a abiotické faktory vedou k celé řadě změn nejen na vývojové, ale i molekulární úrovni. Složité molekulární mechanismy regulující tyto reakce nejsou ovšem zdaleka vyřešeny. Literární přehled shrnuje proces klíčení semen a nastiňuje úlohu vnějších podnětů na tento proces. Experimentální část popisuje vývoj metod pro monitorování klíčení, poskytuje nový pohled na roli peroxidu vodíku v klíčení a analyzuje efekt iontů kadmia, teploty, zasolení a sucha na proteom a metabolom klíčících obilek ječmene setého (Hordeum vulgare). Celkově bylo identifikováno více než 2000 proteinů a 800 metabolitů. Analýzy odhalily více než 95 potenciálních markerů abiotického stresu, včetně 63 proteinů a 36 metabolitů.
|
|
|
Zdroj živin a jeho efekt na metabolismus rostlin a jejich vývoj
Sadcovschi, Olga
Rostlinný metabolom odráží stav rostlin a je důležitým zdrojem informací pro molekulární biologii rostlin. Tato práce s názvem „Zdroj živin a jeho efekt na metabolismus rostlin a jejich vývoj“ pojednává o úloze abiotických faktorů v růstu a vývoji rostlin, včetně živin, světla, teploty a dostupnosti vody, a také popisuje moderní metody metabolomiky. Experimentální část využívá několik modelových experimentů a demonstruje použití analýzy LC-MS mastných kyselin a metabolomiky GC-MS při studiu odpovědi na abiotické nebo hormonální stimuly, dostupnost živin a teplotní stresovou reakci. Kromě toho byl při analýze topolových listů aplikován nový hormonomický přístup.
|
|
|
Proteom a metabolom parazitů rodu Phytophthora
Zelená, Pavla
Rod Phytophthora představuje celosvětově rozšířeného patogena s více než stovkou uznaných druhů a jeho ničivý účinek na rostliny má vážný ekonomický a ekologický dopad. Tato diplomová práce s názvem "Proteom a metabolom parazitů rodu Phytophthora" stručně shrnuje znalosti o tomto patogenu, včetně jeho životního cyklu a interakcí s jeho hostitelem. Dále podrobně popisuje dvanáct druhů, které reprezentují šest rozdílných klad vybraných pro experimenty v praktické části diplomové práce. Izoláty druhů rodu Phytophthora byly charakterizovány na proteomové a metabolomové úrovni za použití LC-MS necíleného proteomového profilování a GC-MS analýzy volatilních látek. Na základě výsledků měření byly nalezeny kandidátní molekuly pro cílenou identifikaci druhů rodu Phytophthora a tyto výsledky byly validovány v nezávislém experimentu s P. palmivora a ječmenem. Zjistili jsme, že profilování proteomu může být použito jako nástroj pro rozlišení jednotlivých druhů rodu Phytophthora a že specifické peptidy mohou být použity pro cílené sledování přítomnosti druhů rodu Phytophthora v rostlinách.
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.