|
|
Role extracelulární DNA v mikrobiálním biofilmu
Gromov, Anton ; Chytilová, Aneta (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Abstrakt Bakalářská práce je zaměřena na studium role extracelulární DNA v mikrobiálním biofilmu. Práce zahrnuje vlastnosti biofilmů, funkce biofilmů a rovněž funkce a vlastnosti extracelulární DNA v biofilmu. V teoretické části je popsán proces vzniku biofilmu a vliv působení různých typů stresů na něj. Práce rovněž pojednává o roli biofilmu u bakterií či o jeho způsobech rozmnožování. Zajímavé je také pojednání o působení antibiotik na biofilm, o způsobech získávání eDNA či o využití DNAsy. V některých kapitolách byly důkladně probrány funkce eDNA a vliv její přítomnosti na obranu bakterie. V experimentální části byl zjišťován obsah biofilmu a byl porovnán s buňkami, které rostly v tekutém a pevném mediu. Bylo provedeno měření obsahu DNA v médiích a měřen byl také vliv solného a teplotního stresu na biofilm. Zároveň byl v biofilmu změřen obsah celkových proteinů, sacharidů, obsah PHB a redukujících cukrů. Na základě výsledků experimentu bylo zjištěno, že biofilm buňku velice dobře chrání před velkým osmotickým tlakem a teplotním stresem. Stresové podmínky také ovlivňovaly produkci PHB, jenž je využíván jako rezervní forma energie a uhlíku. Pro studium vlivu stresu na obsah makromolekul byl pomocí antronového reagentu změřen obsah celkových cukrů. Za pomoci gelové elektroforézy byla nejprve zkontrolována přítomnost eDNA v biofilmech a planktonických buňkách a pak za využití různých spektrofotometrických metod byla stanovena přesná koncentrace v planktonických a biofilmových buňkách.
|
|
|
Antimicrobial activity of carbon-based fillers
Stuchlíková, Olga ; Hermanová, Soňa (oponent) ; Voběrková, Stanislava (vedoucí práce)
The aim of this diploma thesis is focused on the impact of carbon-based fillers on viability and extracellular substances production by bacterium Bacillus subtilis (CCM 1999) and yeast Yarrowia lipolytica (CCY 29-26-52). Antimicrobial activity of these particles, present in cultivation nutrient medium was examined using following parameters: growth of mentioned microorganisms, production of extracellular proteins and finally extracellular polymeric substances production, which is strongly connected with biofilm formation. Nanomaterials suspension (0.135 mg/mL) was prepared in two different cultivation media i.e. nutrient medium supplemented with glucose for Bacillus subtilis and basal medium with the addition of 2% (vol.) Tween 80 for Yarrowia lipolytica and media were inoculated by appropriate type of microorganism. Experiments were performed for 6 days under shaking rate at 160 rpm and at temperature of 30 °C for Bacillus subtilis and 28 °C for Yarrowia lipolytica. Three types of carbon nanomaterials obtained from Department of Inorganic Chemistry, Institute of Chemical Technology, Prague were examined. These materials specified as material “A”, “B” and “C” are mutually different by the size of its particles and the degree of oxidation. Based on the screening studies the tested material concentration of 0.135 mg/mL and shaking rate of 160 rpm were chosen. According to the optical density measurement at 600 nm, the growth curves of both microorganisms in the presence of tested nanoparticles during 5 days period were compared. It was find out, that the presence of nanoparticles don’t have a significant influence on tested microorganisms growth, by this technique. However, this method is just wider point of view, due to mistakes caused by presence of dead cells. Further, production of total cells proteins and extracellular proteins by microorganisms in presence of tested nanoparticles was examined. There was not observed any significant deviation from control samples values, where the tested materials were absent. Based on colony counting method (used for Bacillus subtilis) and cells counting in Bürker counting chamber (used for Yarrowia lipolytica), loss of microorganism viability was determined in 3 cultivation periods (6, 48 and 144 hours); there was observed a support of growth of microorganisms rather in shorter incubation period. Thereafter the extracellular polymeric substances (EPS) production that means proteins, reducing substances and polysaccharides was monitored. These substances were secreted into the medium by mentioned microorganisms during 24 hours of incubation. Bacillus subtilis cells produce much more EPS than Yarrowia lipolytica cells. We suppose that the EPS production could be closely associated with production of biofilm, which protects cells against nanoparticles toxicity.
|
|
|
Hodnocení efektivity vybraných metodických přístupů za účelem disagregace stafylokokové biofilmové biomasy
Nosková, Martina ; Konečná, Klára (vedoucí práce) ; Jílek, Petr (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biologických a lékařských věd Studijní obor: Bioanalytická laboratorní diagnostika ve zdravotnictví Autor: Bc. Martina Nosková Školitel: RNDr. Klára Konečná, Ph.D. Název diplomové práce: Hodnocení efektivity vybraných metodických přístupů za účelem disagregace stafylokokové biofilmové biomasy Cíl práce: Odhalit vliv vybraných biochemických a fyzikálních vlivů na disagregaci biofilmového společenství tvořeného bakterií Staphylococcus aureus. Pro biochemický přístup byl zvolen enzym proteinasa K, v rámci fyzikálních vlivů byl studován dopad sonikace, třepání s/bez skleněných kuliček. Metody: Stafylokokový biofilm byl formován in vitro, ve dvou metodických uspořádáních - v rámci jamek mikrotitrační destičky a na kolíčcích (analogie Calgary Biofilm Device). Pro hodnocení míry konzistence získaných dat, odrážejících homogenitu odloučených biofilmových biomas byla volena "recovery" metoda a metoda detekce metabolické aktivity pomocí indikátoru Alamar Blue. Pro vyjádření míry účinnosti volených přístupů na celkovou disagregaci biofilmového společenství byla volena metoda kvantifikace biofilmové biomasy barvením krystalovou violetí. Výsledky: V případě biochemického přístupu (enzym proteinasa K) byl prokázán statisticky významný vliv na...
|
|
|
Hodnocení efektivity vybraných metodických přístupů za účelem disagregace stafylokokové biofilmové biomasy
Nosková, Martina ; Konečná, Klára (vedoucí práce) ; Jílek, Petr (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biologických a lékařských věd Studijní obor: Bioanalytická laboratorní diagnostika ve zdravotnictví Autor: Bc. Martina Nosková Školitel: RNDr. Klára Konečná, Ph.D. Název diplomové práce: Hodnocení efektivity vybraných metodických přístupů za účelem disagregace stafylokokové biofilmové biomasy Cíl práce: Odhalit vliv vybraných biochemických a fyzikálních vlivů na disagregaci biofilmového společenství tvořeného bakterií Staphylococcus aureus. Pro biochemický přístup byl zvolen enzym proteinasa K, v rámci fyzikálních vlivů byl studován dopad sonikace, třepání s/bez skleněných kuliček. Metody: Stafylokokový biofilm byl formován in vitro, ve dvou metodických uspořádáních - v rámci jamek mikrotitrační destičky a na kolíčcích (analogie Calgary Biofilm Device). Pro hodnocení míry konzistence získaných dat, odrážejících homogenitu odloučených biofilmových biomas byla volena "recovery" metoda a metoda detekce metabolické aktivity pomocí indikátoru Alamar Blue. Pro vyjádření míry účinnosti volených přístupů na celkovou disagregaci biofilmového společenství byla volena metoda kvantifikace biofilmové biomasy barvením krystalovou violetí. Výsledky: V případě biochemického přístupu (enzym proteinasa K) byl prokázán statisticky významný vliv na...
|
|
|
Role extracelulární DNA v mikrobiálním biofilmu
Gromov, Anton ; Chytilová, Aneta (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Abstrakt Bakalářská práce je zaměřena na studium role extracelulární DNA v mikrobiálním biofilmu. Práce zahrnuje vlastnosti biofilmů, funkce biofilmů a rovněž funkce a vlastnosti extracelulární DNA v biofilmu. V teoretické části je popsán proces vzniku biofilmu a vliv působení různých typů stresů na něj. Práce rovněž pojednává o roli biofilmu u bakterií či o jeho způsobech rozmnožování. Zajímavé je také pojednání o působení antibiotik na biofilm, o způsobech získávání eDNA či o využití DNAsy. V některých kapitolách byly důkladně probrány funkce eDNA a vliv její přítomnosti na obranu bakterie. V experimentální části byl zjišťován obsah biofilmu a byl porovnán s buňkami, které rostly v tekutém a pevném mediu. Bylo provedeno měření obsahu DNA v médiích a měřen byl také vliv solného a teplotního stresu na biofilm. Zároveň byl v biofilmu změřen obsah celkových proteinů, sacharidů, obsah PHB a redukujících cukrů. Na základě výsledků experimentu bylo zjištěno, že biofilm buňku velice dobře chrání před velkým osmotickým tlakem a teplotním stresem. Stresové podmínky také ovlivňovaly produkci PHB, jenž je využíván jako rezervní forma energie a uhlíku. Pro studium vlivu stresu na obsah makromolekul byl pomocí antronového reagentu změřen obsah celkových cukrů. Za pomoci gelové elektroforézy byla nejprve zkontrolována přítomnost eDNA v biofilmech a planktonických buňkách a pak za využití různých spektrofotometrických metod byla stanovena přesná koncentrace v planktonických a biofilmových buňkách.
|
|
|
Antimicrobial activity of carbon-based fillers
Stuchlíková, Olga ; Hermanová, Soňa (oponent) ; Voběrková, Stanislava (vedoucí práce)
The aim of this diploma thesis is focused on the impact of carbon-based fillers on viability and extracellular substances production by bacterium Bacillus subtilis (CCM 1999) and yeast Yarrowia lipolytica (CCY 29-26-52). Antimicrobial activity of these particles, present in cultivation nutrient medium was examined using following parameters: growth of mentioned microorganisms, production of extracellular proteins and finally extracellular polymeric substances production, which is strongly connected with biofilm formation. Nanomaterials suspension (0.135 mg/mL) was prepared in two different cultivation media i.e. nutrient medium supplemented with glucose for Bacillus subtilis and basal medium with the addition of 2% (vol.) Tween 80 for Yarrowia lipolytica and media were inoculated by appropriate type of microorganism. Experiments were performed for 6 days under shaking rate at 160 rpm and at temperature of 30 °C for Bacillus subtilis and 28 °C for Yarrowia lipolytica. Three types of carbon nanomaterials obtained from Department of Inorganic Chemistry, Institute of Chemical Technology, Prague were examined. These materials specified as material “A”, “B” and “C” are mutually different by the size of its particles and the degree of oxidation. Based on the screening studies the tested material concentration of 0.135 mg/mL and shaking rate of 160 rpm were chosen. According to the optical density measurement at 600 nm, the growth curves of both microorganisms in the presence of tested nanoparticles during 5 days period were compared. It was find out, that the presence of nanoparticles don’t have a significant influence on tested microorganisms growth, by this technique. However, this method is just wider point of view, due to mistakes caused by presence of dead cells. Further, production of total cells proteins and extracellular proteins by microorganisms in presence of tested nanoparticles was examined. There was not observed any significant deviation from control samples values, where the tested materials were absent. Based on colony counting method (used for Bacillus subtilis) and cells counting in Bürker counting chamber (used for Yarrowia lipolytica), loss of microorganism viability was determined in 3 cultivation periods (6, 48 and 144 hours); there was observed a support of growth of microorganisms rather in shorter incubation period. Thereafter the extracellular polymeric substances (EPS) production that means proteins, reducing substances and polysaccharides was monitored. These substances were secreted into the medium by mentioned microorganisms during 24 hours of incubation. Bacillus subtilis cells produce much more EPS than Yarrowia lipolytica cells. We suppose that the EPS production could be closely associated with production of biofilm, which protects cells against nanoparticles toxicity.
|
host ::
RSS.