|
| |
|
|
Vacuolar proteins in development of yeast colonies
Trubitsyna, Yana ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Heidingsfeld, Olga (oponent)
Laboratorní kmeny kvasinky Saccharomyces cerevisiae tvoří kolonie schopné diferencovat na dva hlavní typy buněk - U a L buňky - neboli horní a spodní buňky. Tyto buňky vykazují odlišnou morfologii, metabolismus a odolnost vůči stresu. Bylo také prokázáno, že některé metabolické dráhy probíhající v U buňkách jsou podobné buňkám rakovinným. U buňky aktivují unikátní metabolismus, který zahrnuje aktivaci TORC1 komplexu zároveň s aktivní autofagií a akumulací glykogenu, což jsou procesy charakteristické pro buňky s neaktivní TORC1 dráhou. CORVET a HOPS komplexy spolu s vakuolárními ATPázami hrají roli v procesech, které zahrnují mimo jiné fúzi vakuol a časných a pozdních endosomů. Tyto komplexy také hrají roli v regulaci aktivity TORC1. Podjednotka HOPS komplexu - Vam6p - hraje roli v aktivaci TORC1 jako GEF pro Gtr1p GTPázu, aktivující TORC1. Cílem této práce bylo zjistit, zda se vybrané podjednotky zmíněných komplexů podílejí na regulaci aktivity TORC1 komplexu, a to hlavně v U buňkách. Dalším cílem bylo potvrdit vliv Vam6p na produkci proteinů vybraných na základě proteomické analýzy. V rámci této práce byly připraveny kmeny s delecemi vybraných genů (VPS3, VPS8, VPS33, VPS41, VPH2, VAC7 a VAC14) a byl sledován vliv absence jejich produktů na morfologii kvasinkových kolonií. Také byla sledována...
|
|
|
Comparison of specific expression in bacterial and yeast biofilms
Kicko, Peter ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Lichá, Irena (oponent)
Tvorba a udržanie biofilmu je komplexný proces, ktorý je podmienený zmenou genetickej expresie. Formovanie biofilmu je pozorované u niektorých prokaryotických i eukaryotických buniek. V priebehu jeho tvorby dochádza k zoskupovaniu buniek, vzniku extracelulárnej matrix a vytvoreniu metabolicky odlíšiteľných buniek častokrát so zvýšenou rezistenciou na antimikrobiálne látky. Táto práca sa zameriava na významné kroky vedúce k vytvoreniu biofilmu spojené so špecifickou genetickou expresiou a poukazuje na podobné a rozdielne procesy u bakteriálnych a kvasinkových buniek. Práca začína porovnaním bunkovej signalizácie, pokračuje porovnaním expresie adhéznych proteínov a extracelulárnych enzýmov, syntézou exopolysacharidov, vznikom extracelulárnej nukleovej kyseliny a v poslednej kapitole je priblížené formovanie perzistorov. Cieľom tejto práce je spojiť získané informácie a prispieť k pochopeniu komplexnosti tohto procesu. Kľúčové slová: biofilm, signalizácia, adhezíny, exopolysacharidy, extracelulárna nukleová kyselina, perzistor
|
|
|
Regulation of yeast chronological ageing
Némethová, Ema ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Motlová, Lucia (oponent)
Kvasinkové bunky sa počas chronologického starnutia diferencujú do subpopulácií a nadobúdajú rozdielnu životaschopnosť. Takisto sú chronologicky starnúce bunky nedeliace sa a tak mimikujú starnutie zložitých mnohobunkových organizmov, napríklad cicavcov, a preto nám skúmanie chronologického starnutia u kvasiniek môže pomôcť pochopiť procesy, ktoré prebiehajú u zložitejších organizmov. Pri kultivácií kvasiniek v tekutom médiu dochádza k diferenciácií do dvoch subtypov buniek, takzvané "quiescent" a "non-quiescent" bunky, ktoré majú rozdielnu morfológiu aj génovú expresiu a líšia sa teda aj v zastúpení metabolizmov. Rovnako tomu je aj u kvasiniek kultivovaných na agarovom médiu, kde kvasinky diferencujú podľa gradientu signálnych molekúl v okolí kolónie, teda podľa toho, kde sa v rámci kolónie nachádzajú. Boli nazvané U a L bunky. Oba typy, "quiescent" a aj U buniek, sú vitálnejšie a schopné sa naďalej množiť, na rozdiel od "non-quiescent" a L buniek, ktoré sú menej životaschopné a zväčša vykazujú markery programovanej bunkovej smrti. Na chronologické starnutie vplýva mnoho bunkových procesov od akumulácie zásobných látok, cez mitochondriálnu aktivitu až po kalorickú restrikciu a hladovanie. Kľúčové slová: chronologické starnutie, kvasinky, diferencovanie bunkových populácií, zmena metabolizmu
|
|
|
Indukovatelné promotory a jejich využití pro buněčné manipulace kvasinek
Přibáňová, Gabriela ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
Pro některé buněčné manipulace se dnes využívají promotory, které mohou být indukovány chemickými, nebo určitými fyzikálními faktory. Největší důraz je v této práci kladen na promotory indukovatelné světlem. Jsou dva přístupy, které nám umožňují aktivaci promotoru působením světla. První z nich využívá tzv. "caged molecules", chemických induktorů, jejichž regulační aktivita je "maskovaná" fotolabilní chránící skupinou. Druhý přístup zahrnuje optogenetické systémy, které mohou v buňkách regulovat transkripci. Tyto systémy jsou kódovány v DNA organismu, který tento systém nese, a jako jediný vnější regulační stimul potřebují světlo. Základní součástí optogenetických aparátů jsou fotoreceptory, které pro svou funkci potřebují kofaktor - chromofor. Fotoreceptory se řadí do několika funkčních skupin podle typu chromoforu a způsobu jejich fotoaktivace. Tato práce dává přehled o optogenetických systémech, využitých pro regulaci transkripce z hlediska využitého fotoreceptoru a mechanismu indukce. Stejně tak se zabývá využitím "caged molecules" pro regulaci transkripce. Dále jsou zde jmenovány případy využití těchto systémů v kvasinkách, modelového organismu využívaného ve vědě a pro biotechnologické účely. Na závěr diskutuji určitá omezení, které promotory indukovatelné světlem v některých případech...
|
|
| |
|
| |
|
|
Kvasinkové kolonie jako model mnohobuněčného chování mikroorganizmů
Kuthan, Martin ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Hašek, Jiří (oponent) ; Kolarov, Jordan (oponent)
- 32 - Závěr Již v úvodu jsem se zmínil, že mnohé laboratorní kmeny kvasinek ztratili vlivem domestikace schopnost filamentálního růstu. Ukázkovým příkladem cílené domestikace je laboratorní kmen S288C. Historie vzniku tohoto kmene je zajímavá a dokumentuje výrazný vliv genetiků na jeho vlastnosti. Velké množství kmenů S. cerevisiae používaných v laboratořích má společného předka kterým je kmen EM93. Tento diploidní kmen izoloval v Kalifornii v roce 1938 Emil Mrak z hnijícího fíku (MORTIMER and JOHNSTON 1986). Není však jasné, zda se jednalo o přirozenou mikroflóru fíků, nebo o kontaminaci komerčními pekařskými či kvasnými kmeny. Kmen EM93 je heterothalický a je schopen filamentálního růstu (LIU et al. 1996). Pro laboratorní účely ale nebyl úplně ʺpohodlnýʺ. Protože tvorba shluků buněk brání izolaci klonů vzniklých z jediné buňky a ztěžuje přesné určení počtu buněk v tekutých kulturách, snažili se genetici získat prototrofní kmen s neadherujícími, dobře resuspendovatelnými buňkami. Mnohonásobným křížením haploidních segregantů kmene EM93 s dalšími laboratorními kmeny a komerčními pekařskými kmeny vytvořil Robert Mortimer kmen S288C, jehož 90 % genomu pochází...
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.