|
|
Zavedení metod RAD sekvenování do výzkumu genetické struktury ježků rodu Erinaceus
Loudová, Miroslava ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Choleva, Lukáš (oponent)
Ježci rodu Erinaceus představují důležitý modelový organismus pro studium postglaciální rekolonizace Evropy a procesů probíhajících v místech sekundárního kontaktu jejich areálů. V této práci bylo použito celkem pět jedinců ježka východního (Erinaceus roumanicus), čtyři jedinci ježka západního (Erinaceus europaeus) a jeden předpokládaný hybrid. Geografická distribuce jedinců využitých v analýze pokrývá oblast střední Evropy, nicméně v dalším výzkumu bude tento dataset dále rozšířen na celou oblast západního palearktu. Hlavním cílem práce bylo zavedení nové metody do výzkumu ježků, díky níž je možné zmapovat celoareálovou populačně-genomickou strukturu rodu Erinaceus v západním palearktu. Metodou RADSeq (Restriction-site associated DNA sequencing) lze získat polymorfní markery, např. právě námi použité SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms), napříč genomem. V této práci bylo analyzováno celkem 16382 pozic SNPs. Za použití binárního souboru dat, označujícího přítomnost a nepřítomnost SNP u jednotlivých druhů, nebyly plně potvrzeny hypotézy vyslovené na základě analýz klasických genetických markerů z předchozích studií. V dalším výzkumu bude potřeba ověřit možný výskyt artefaktů vzniklých při bioinformaticky náročné analýze genomických dat. Na druhou stranu práce založené na klasické genetice mají...
|
|
|
Vnitřní struktura balkánského refugia na modelu Erinaceus roumanicus
Eliášová, Kristýna ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Zemanová, Barbora (oponent)
Tato práce byla zaměřená na popis prostorové distribuce genetické variability ježka východního (E. roumanicus) zejména v rámci Balkánského poloostrova a střední Evropy, neboť tyto oblasti jsou klíčové pro pochopení vlivů pleistocénních oscilací klimatu na genetickou architekturu druhu. Na základě této prostorové distribuce byly vytvořeny hypotézy ohledně možné strukturovanosti balkánského refugia. K analýze bylo použito celkem 260 jedinců a 9 mikrosatelitových lokusů. S pomocí postupů krajinné a populační genetiky bylo identifikováno několik možných izolovaných subpopulací v rámci zkoumaného areálu. Unikátní se ukázala být populace původem z Kréty, ovlivněná patrně mechanismy ostrovní evoluce. Výrazněji odlišná od zbytku areálu se jeví také populace z České republiky, nacházející se v sekundární kontaktní zóně s druhem E. europeaus, kde se mohou projevovat mezidruhové interakce a případná introgrese. V oblasti Rumunska a oblasti jihu Balkánského poloostrova byly identifikovány největší genetické distance mezi jedinci, související s výskytem geografických bariér a možnou přítomností glaciálního subrefugia. Další identifikované subpopulace pocházely z oblasti Slovenska a Maďarska, Slovinska, Chorvatska a Bosny a Hercegoviny, Rumunska a jihu Balkánského poloostrova. Klíčová slova: Balkánský...
|
|
|
Evolutionary history of hedgehogs from genus>Erinaceus
Černá Bolfíková, Barbora ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Janko, Karel (oponent) ; Kryštufek, Boris (oponent)
Ježci rodu Erinaceus jsou velmi zajímavý model pro studium dopadu pleistocénních klimatických změn na procesy spojené se vznikem nových druhů. Erinaceus europaeus a E. roumanicus prošli divergencí v jižních refugiích a vytvořili sekundární kontaktní zónu ve střední Evropě. Nejširší část této zóny je v České republice. Naše práce těží z této výhodné pozice a studuje procesy jako je reinforcement, posun znaků a hybridizace. Dále jsme se zabývali biologickými invazemi a tématy spojenými s procesy v peripatrii. Za využití kombinace jaderné a mitochondriální DNA jsme detekovali odlišnosti v populační struktuře obou druhů i rozdíly mezi pohlavími. E. roumanicus se vyskytuje především v nížinách. Areály obou druhů expandují a hybridizace může hrát určitou roli během vzniku reprodukčních bariér. S použitím 3D geometrické morfometriky jsme nezaznamenali ekologický posun znaků. Populace v sympatrii jsou si podobnější než v allopatrii. Další studie se zabývá odlišnostmi společenstev parazitů u sympatrických populací a diskutuje roli vztahů parazit - hostitel při speciaci. Studie provedená u novozélandských populací byla založena na srovnání historických a genetických dat s použitím Bayesiánského modelování (ABC), metody mimořádně vhodné k řešení složitých populačních historií. Podle genetické struktury byl...
|
|
|
Genetická struktura invazních populací savců na ostrovech
Loudová, Miroslava ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Hájková, Petra (oponent)
Biologickou invazi chápeme jako zavlečení (introduction), ustálení se (establishment) a rozšíření (spread) organismu do nové, pro druh nepůvodní oblasti. Jedná se o přirozený proces, který je výrazně znásoben činností člověka a je jedním z faktorů ohrožujících biologickou diverzitu a stabilitu přirozených ekosystémů. Porozumět vývoji i současnému stavu invazních populací je důležité zejména při plánování projektů na vyhubení invazních druhů z určité oblasti, aby se zabránilo jejich negativnímu vlivu na prostředí. Jednou z možností výzkumu současného stavu invazních populací i jejich historie je analýza genetického materiálu. Tato bakalářské práce shrnuje dosavadní poznatky o invazních populacích malých savců na ostrovech, se zaměřením právě na genetické studie. Konkrétně se jedná o studie potkanů obecných (Rattus norvegicus) na ostrově Moturemu a pěti souostroví u pobřeží Bretaně; krys obecných (Rattus rattus) na ostrově Guadeloupe, Congo Cay, Madagaskar, na souostroví Sainte Anne a Kanárských ostrovech; krys ostrovních (Rattus exulans) na ostrově Tatiaroa; myší domácích (Mus musculus) na ostrově Marion; myší západoevropských (Mus musculus domesticus) na Kerguelenových ostrovech; veverek obecných (Sciurus vulgaris) na ostrově Jersey; ježků západních (Erinaceus europaeus) na Novém Zélandu; rejsků malých...
|
|
|
Genetická struktura středoevropských populací ježků Erinaceus europaeus a E. roumanicus
Bolfíková, Barbora ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent)
V České republice se nachází široká zóna sympatrického výskytu dvou druhů ježků - Erinaceus europaeus a E. roumanicus, která vznikla během Holocénu. Práce je založena na genetických datech zjištěných u 248 exemplářů, vzorkování bylo zaměřeno na oblast střední Evropy. Použili jsme 410 páru bazí dlouhou částečnou sekvenci kontrolního úseku mitochondriální DNA a 9 mikrosatelitových lokusů. Pomocí různých přístupů jsme se snažili odhalit detaily o rozšíření, populační strukturu, demografickou historii a případný genový tok mezi oběma druhy. V našich datech jsme zaznamenali signifikantně vyšší výskyt E. europaeus (až 3x) oproti E. roumanicus a posun hranic areálu obou druhů o desítky kilometrů za posledních 30 let. Genetická variabilita byla vyšší u E. europaeus. U E. roumanicus byla v datech podpora pro mírný populační nárůst, zatímco populační velikost E. europaeus se zdá být stabilní. U některých lokusů byly zjištěny odchylky od Hardy- Weinbergerovy rovnováhy, které mohou být způsobeny Wahlundovým efektem. Nezjistili jsme přítomnost hybridizace a introgrese, mezi druhy zřejmě došlo k vytvoření úplných prekopulačních reprodukčně izolačních bariér. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Kolonizace ostrovů insektivorními savci
Matějů, Petr ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Kristýna, Kristýna (oponent)
Biologické invaze jsou globálně velmi závažným problémem. Kromě přirozených kolonizací zprostředkovaných například pohybem tektonických desek či vytvořením pevninského mostu, existují i invaze artificiální. Člověk může nevědomě či vědomě přemisťovat druhy napříč ekosystémy. V poslední době se právě kvůli lidské činnosti - obchodnímu styku a turismu - drasticky zvýšila četnost biologických invazí. V minulosti se invazím věnovalo mnoho autorů, ale zabývali se převážně hlodavci. Téma insektivorních savců zůstává zatím relativně málo probádané, přestože tyto druhy mají velmi výrazný impakt na ekosystém. Tato práce se v praktické části zaměřila na ježka východního (Erinaceus roumanicus) a jeho distribuci na ostrovech ve Středozemním moři. Celkem bylo osekvenováno 28 vzorků na kontrolní oblasti mtDNA a porovnáváno s již publikovanými sekvencemi z genové banky. Za pomoci fylogenetických analýz bylo diskutováno: zda jsou invaze recentní a směr přenosu genetické informace. Většina vzorků vykazovala nejbližší haplotypovou příbuznost s jedinci nacházejícími se na nejbližší pevnině. Trendu neodpovídaly jedině vzorky z ostrova Skyros, které se jevily velmi blízce přibuzné vzorkům z Kréty.
|
|
|
Populační genetika vlka obecného (Canis lupus) v Eurasii
Báčová, Alžběta ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Pavel, Pavel (oponent)
Vlk obecný (Canis lupus) je největší psovitou šelmou obývající severní
polokouli Země. Kvůli nadměrnému pronásledování však byl na většině svého území na
přelomu 19. a 20. století téměř vyhuben. Oblasti jeho výskytu se v té době rapidně
zmenšily. Koncem 20. století, zejména díky lepší legislativní ochraně v mnoha státech
Evropy, se jeho stavy začaly zvyšovat a vlk se tak začal pozvolna navracet do svého
původního areálu, který je především v oblasti západní Evropy vysoce fragmentovaný.
Sledováním genového toku mezi populacemi se snažíme odhadnout místa původu
zakladatelů jednotlivých populací či sledovat trasy migrujících jedinců. V posledních
patnácti letech se vlk začal vracet i do české krajiny. Pomocí mikrosatelitových markerů
byla vyhodnocena přítomnost vlka na území České a Slovenské republiky v oblasti
Beskyd. Při porovnání DNA zkoumaných vzorků s DNA karpatských vlků bylo zjištěno,
že obě skupiny patří do jedné subpopulace v rámci Evropy. Při detailnějším rozdělení
byla naznačena strukturovanost i v rámci subpopulace.
|
|
|
Metody genetického monitoringu šelem v Holarktidě
Smutný, Matyáš ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Miroslav, Miroslav (oponent)
Genetický monitoring se začíná široce využívat při monitoringu šelem a také v Evropě se využívá při monitoringu různých druhů. V této práci jsem se pokusil přiblížit co je to genetický monitoring, jaké je jeho využití v praxi a fungování společně s konvenčními metodami monitoringu. Dále se v práci věnuji invazivním i neinvazivním způsobům sběru vzorků a známým i méně známým metodám monitoringu všeobecně u malých šelem a konkrétně u velkých šelem.
V praktické části jsem izoloval DNA z 33 vzorků trusu a 8 vzorků tkáně. 30 vzorků krve použitých v této práci bylo izolováno ve výzkumu From Wolves to Dogs, and Back: Genetic Composition of the Czechoslovakian Wolfdog od Smetanová et al. (2015). Trus pocházel z Beskyd a Kokořínska, tkáně pocházely z legálních odstřelů na Slovensku, a z usmrcených jedinců z Valašského Meziříčí a Kokořínska. Krve pocházely ze psů. Po izolaci jsem měřil koncentraci DNA na spektrofotometru NanoDrop 2000 a následně jsem za použití statistického programu Statistica 12 porovnal jejich kvalitu. Nejvyšší průměrnou koncentraci DNA měla krev a nejnižší tkáň. Tato práce diskutuje, který genetický materiál je z hlediska výtěžnosti pro genetický monitoring nejvhodnější a také limity jednotlivých metod.
|
host ::
RSS.