|
|
Počítačové predikace pohybu buněk
Bednář, Vojtěch ; Mrázová, Iveta (oponent)
Název práce: Počítačové predikce pohybu buněk Autor: Vojtěch Bednář Katedra (ústav): Katedra aplikované matematiky Vedoucí diplomové práce: Doc. RNDr. Zdeněk Hedrlín, CSc. e-mail vedoucího: zdenek@kam.mff.cuni.cz Abstrakt: Práce se zabývá počítačovým modelováním činnosti buněk s důrazem na simulaci dynamiky vytváření buněčných struktur. Základem našeho modelu je zygotický graf, určující chování buňky v závislodsti na okolním látkovém prostředí, který je rozšířen o definici pohybu buňky ve směru nejvyšší koncentrace nejvíce viděné látky. Je modelově zkoumána diferenciace homogenních tkání a růst vlásečnic. Součástí práce je program koncipovaný jako virtuální laboratoř. Zkušenost pramenící z virtuálních pokusů poskytuje uživateli vhodný rámec pro porozumění danému tématu. Práce mimo jiné ukazuje, že množství diferencovaných buněk a potažmo tkání vzniklých z jedné primární je regulovatelné kvantitativní změnou jednoho parametru zygotického grafu. Dále se ukazuje, že dvojrozměrné uspořádání buněk v homogenní tkáni je určitým způsobem přirozenější pro diferenciaci, než jednorozměrné. Nakonec je pozorováno, že pohlcování látek buňkami z prostředí má alespoň v modelu důležitý vliv na správný vývoj sítě vlásečnic. Klíčová slova: buňka, simulace, zygotický graf, virtuální laboratoř 1
|
|
|
Computer Modeling of Tissue Development
Bednář, Vojtěch ; Hedrlín, Zdeněk (vedoucí práce) ; Loebl, Martin (oponent) ; Klika, Václav (oponent)
Název práce: Počítačové modelování vývoje tkání Autor: Vojtěch Bednář Katedra: Katedra aplikované matematiky Vedoucí: Doc. RNDr. Zdeněk Hedrlín, CSc. Abstrakt: Tato práce popisuje hybridní na individuální buňce založený přístup k modelování soustav biologických buněk. V první části je zaveden reakčně-difúzní model prostředí, vaxové ekvilibrium a model buňky postavený na zygotickém grafu a kumulačních stavech. Dále jsou představeny simulace modelující tři biologicky motivované situace: Vznik dutiny, růst nádoru a buněčnou migraci v chronickém zánětu. První model ukazuje scénář formování duté struktury založený na směrovém dělení a buněčné migraci. Druhý model se zabývá růstem potomstva mírně poškozené buňky. Výsledný nádor vykazuje tři stádia maligní transformace. Dále je pozorován jak vznik agresivního nádoru bez detekovatelného prekurzoru na jedné straně tak postupná transformace benigního útvaru na maligní na druhé, každý jako důsledek jiné parametrizace modelové situace. Poslední model se zabývá analýzou role membránové enzymatické aktivity na migrujících buňkách imunitního systému v chronickém zánětu. V tomto modelu je pozorováno, že absence této aktivity je zodpovědná za výskyt chronického zánětu namísto fyziologicky relevantní imunitní odpovědi. Klíčová slova: hybridní model, agentně založené...
|
|
|
Počítačové predikace pohybu buněk
Bednář, Vojtěch ; Mrázová, Iveta (oponent)
Název práce: Počítačové predikce pohybu buněk Autor: Vojtěch Bednář Katedra (ústav): Katedra aplikované matematiky Vedoucí diplomové práce: Doc. RNDr. Zdeněk Hedrlín, CSc. e-mail vedoucího: zdenek@kam.mff.cuni.cz Abstrakt: Práce se zabývá počítačovým modelováním činnosti buněk s důrazem na simulaci dynamiky vytváření buněčných struktur. Základem našeho modelu je zygotický graf, určující chování buňky v závislodsti na okolním látkovém prostředí, který je rozšířen o definici pohybu buňky ve směru nejvyšší koncentrace nejvíce viděné látky. Je modelově zkoumána diferenciace homogenních tkání a růst vlásečnic. Součástí práce je program koncipovaný jako virtuální laboratoř. Zkušenost pramenící z virtuálních pokusů poskytuje uživateli vhodný rámec pro porozumění danému tématu. Práce mimo jiné ukazuje, že množství diferencovaných buněk a potažmo tkání vzniklých z jedné primární je regulovatelné kvantitativní změnou jednoho parametru zygotického grafu. Dále se ukazuje, že dvojrozměrné uspořádání buněk v homogenní tkáni je určitým způsobem přirozenější pro diferenciaci, než jednorozměrné. Nakonec je pozorováno, že pohlcování látek buňkami z prostředí má alespoň v modelu důležitý vliv na správný vývoj sítě vlásečnic. Klíčová slova: buňka, simulace, zygotický graf, virtuální laboratoř 1
|
host ::
RSS.