|
|
Benchmark of the Computational Tools for the Prediction of the Effect of Mutations on Protein Stability
Berezný, Matej ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Musil, Miloš (vedoucí práce)
Protein design necessitates understanding how mutations influence their stability. Numerous online predictors exist for this aim, but it is challenging to compare them or to use them collectively. For that purpose I developed BenchStab, a console application/Python package designed for the swift and straightforward operation of 18 predictors, gathering results from a series of mutants. Benchstab is freely available on GitHub and can be expanded to include more predictors. To avoid potential dataset bias towards some predictors, I have constructed a new unique dataset, sourced from FireProtDB. I utilized this dataset to assess 24 distinct prediction methods from the three different perspectives.
|
|
|
Webový klient pro Unite
Kopřiva, Radim ; Vašíček, Ondřej (oponent) ; Fiedor, Jan (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce představuje vývoj a implementaci webového klienta pro nástroj Unite. Zaměřuje se na návrh a implementaci uživatelského rozhraní, které uživatelům umožňuje spouštět analýzy a zobrazovat jejich výsledky pomocí analytických nástrojů transformovaných nástrojem Unite. Práce poskytuje základní přehled o technologiích OSLC a Unite, a také shrnutí návrhu, implementace a testování webového klienta.
|
|
|
Simulační úlohy v NS2 osvětlující znalosti z předmětu MPKT
Mašek, Jan ; Mlýnek, Petr (oponent) ; Jeřábek, Jan (vedoucí práce)
V bakalářské práce jsou navrženy simulační úlohy datových sítí pro potřeby předmětu Pokročilé komunikační techniky (MPKT). Sítě jsou simulovány v prostředí programu Network Simulator 2 (NS2). V úvodu je stručný popis programového prostředí NS2 a dále základy jazyka Tcl, používaného k simulaci. Uvedeny jsou i možnosti simulace protokolu HTTP s použitím OTcl tříd PagePool. Následuje návrh celkem šesti simulačních úloh. První úloha využívá třídu PagePool/Math a zobrazuje nejjednodušší komunikaci mezi klientem, serverem a cache. Další úloha, využívající třídu PagePool/CompMath zobrazuje komunikaci mezi klientem, cache, webovým serverem, FTP serverem a FTP klientem. Úloha využívající třídu PagePool/WebTraf simuluje vzájemnou komunikaci mezi dvěma klienty a třemi servery. Poslední tři úlohy využívající třídy PagePool/ProxyTrace se od sebe liší rozdílnou topologií a průběhem komunikace. Úlohy této třídy jsou nejsložitější a jejich vstupní soubory umožňují nadefinovat celou komunikaci. Výstupy úloh jsou grafy, logovací soubory HTTP komunikace a k poslední úloze je zpracován podrobný návod.
|
|
|
Simulační úlohy v NS2 osvětlující znalosti z předmětu MPKT
Mašek, Jan ; Mlýnek, Petr (oponent) ; Jeřábek, Jan (vedoucí práce)
V bakalářské práce jsou navrženy simulační úlohy datových sítí pro potřeby předmětu Pokročilé komunikační techniky (MPKT). Sítě jsou simulovány v prostředí programu Network Simulator 2 (NS2). V úvodu je stručný popis programového prostředí NS2 a dále základy jazyka Tcl, používaného k simulaci. Uvedeny jsou i možnosti simulace protokolu HTTP s použitím OTcl tříd PagePool. Následuje návrh celkem šesti simulačních úloh. První úloha využívá třídu PagePool/Math a zobrazuje nejjednodušší komunikaci mezi klientem, serverem a cache. Další úloha, využívající třídu PagePool/CompMath zobrazuje komunikaci mezi klientem, cache, webovým serverem, FTP serverem a FTP klientem. Úloha využívající třídu PagePool/WebTraf simuluje vzájemnou komunikaci mezi dvěma klienty a třemi servery. Poslední tři úlohy využívající třídy PagePool/ProxyTrace se od sebe liší rozdílnou topologií a průběhem komunikace. Úlohy této třídy jsou nejsložitější a jejich vstupní soubory umožňují nadefinovat celou komunikaci. Výstupy úloh jsou grafy, logovací soubory HTTP komunikace a k poslední úloze je zpracován podrobný návod.
|
host ::
RSS.