|
|
Klasifikace bakterií z numerických reprezentací genomu
Oweis, Kamil ; Jugas, Robin (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Moderní metody zpracování genomických dat přinášejí kvalitní výsledky, avšak velmi často jsou vykoupeny časovou náročností. A právě proto se tato práce zabývá numerickými metodami zpracování bakteriálního genomu, které by mohly být vhodnou alternativou pro současné metody, a to jak po stránce kvality, tak po stránce výpočetní náročnosti. V práci jsou postupně představeny současné metody pro zpracování genomů in silico a navrženy vhodné numerické reprezentace pro celogenomovou analýzu. Některé z těchto metod jsou naprogramovány a jsou využity v diplomové práci, kde jsou testovány různé matematické a statistické metody, které by mohly vést k úspěšnému druhovému rozlišení bakterií podle numerických reprezentací jejich genomů.
|
|
|
Klasifikace bakterií z numerických reprezentací genomu
Oweis, Kamil ; Jugas, Robin (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Moderní metody zpracování genomických dat přinášejí kvalitní výsledky, avšak velmi často jsou vykoupeny časovou náročností. A právě proto se tato práce zabývá numerickými metodami zpracování bakteriálního genomu, které by mohly být vhodnou alternativou pro současné metody, a to jak po stránce kvality, tak po stránce výpočetní náročnosti. V práci jsou postupně představeny současné metody pro zpracování genomů in silico a navrženy vhodné numerické reprezentace pro celogenomovou analýzu. Některé z těchto metod jsou naprogramovány a jsou využity v diplomové práci, kde jsou testovány různé matematické a statistické metody, které by mohly vést k úspěšnému druhovému rozlišení bakterií podle numerických reprezentací jejich genomů.
|
|
|
Taxonomy of selected groups of the genus \kur{Caloplaca}
ŠOUN, Jaroslav
Práce se zabývá fylogenezí, taxonomií a nomeklaturou vybraných skupin lišejníků rodu Caloplaca. Detailně byla studována s použitím molekulárních metod (sekvencí ITS), morfologie a chemie především skupina C. cerina. Studie byla založena na materiálu z Evropy a v menším rozsahu také ze Severní Ameriky a západní Asie. Studie odhalila neočekávané množství fylogenetických linií a popsány byly tři nové druhy (C. sterilis, C. subalpina, C. thracopontica). Další studie se detailně zabývala nomenklaturou, taxonomií, morfologií a v menší míře též ekologií dvou blízce příbuzných druhů ze skupiny C. aurantia (C. aurantia, C. flavescens). Stanoven byl neotyp druhu C. aurantia. Zrevidováno bylo rozšíření obou druhů v rámci České republiky. Málo známý druh C. aurantiomurorum z Alžírska byl lektotypifikován a synonymizován s C. aurantia. Vyjma dvou zmíněných skupin byly s použitím molekulárních (sekvencí ITS) a fenotypických dat studovány druhy C. phlogina and C. scythica. Přestože se druhy částečně liší v barvě stélky a výrazně v rozšíření bylo zjištěno, že se jedná o stejný druh.
|
host ::
RSS.