|
|
Modelování molekulární podobnosti pomocí fragmentů
Lamprecht, Matyáš ; Škoda, Petr (vedoucí práce) ; Mráz, František (oponent)
Nedílnou součástí vývoje léčiv je tzv. virtuální screening, jehož cílem je počítačová identifikace biologicky aktivních molekul. Jednou z variant virtuálního screeningu je li- gandový virtuální screening, jenž je založen na využití známých biologicky aktivních molekul a podobnostního vyhledávání. Molekulu lze reprezentovat jako graf, molekulární podobnost lze pak modelovat na základě stejných fragmentů (podgrafů) mezi dvěma mole- kulami. Běžnou praxí je fragmenty hashovat do omezeného číselného intervalu a používat tato hashovaná čísla pro výpočet molekulární podobnosti. Při tomto hashování ovšem může dojít ke kolizím. Obecně jsou kolize považovány za nežádoucí, neb dochází ke ztrátě informace o molekule. Našim cílem bylo vyzkoušet, zda-li mohou kolize fragmentů vést k lepším výsledkům. Za tímto účelem jsme navrhli několik podobnostních modelů postave- ných na fragmentech. Pro účely vyhodnocení jsme implementovali testovací prostředí, jenž umožňuje snadné testování a vyhodnocení různých modelů. Z provedených experimentů plyne, že vybrané kolize vedou k lepším výsledkům, než jsou výsledky běžně používaných metod. Dokonce existují kolize, které v určitém modelu dosahují AUC přesahující 0.99. 1
|
|
|
Utilization of latent semantic analysis in virtual screening
Kolář, Jiří ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Škoda, Petr (oponent)
Title: Utilization of latent semantic analysis in virtual screening Author: Jiří Kolář Department: Department of Software Engineering Supervisor: RNDr. David Hoksza, Ph.D., Department of Software Engineering Abstract: Aim of this thesis is to investigate utilisation of latent semantic in- dexing in Virtual screening. We have examined existing VS method called lat- ent semantic structural indexing (LaSSI) and compared performance of different structural fingerprints. Additionally, we have developed a new model that com- pare fragments of molecules by usage of latent semantic indexing. Fragments are characterized by formula based counts and descriptors describing the physi- cochemical properties. Results of our methods are compared to VS techniques using directly standard fingerprints. Keywords: virtual screening cheminformatics ligand-based fingerprints ECFP TT latent semantic analysis LaSSI iii
|
|
|
Využití simulovaného žíhání pro optimalizaci molekulárních otisků ve virtuálním screeningu
Filandr, Adam ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Kratochvíl, Miroslav (oponent)
Ligand based virtual screening může být realizován pomocí různých molekulárních reprezentací. Fragment-feature molekulární reprezentace reprezentuje molekulu jako množinu fragmentů, kde každému fragmentu přiřadíme vektor deskrip- torů. První cíl práce je najít vhodnou podobnostní funkci pro takovou reprezentaci. Tato reprezentace může být také vylepšena přiřazením vah jednotlivým deskriptorům, které jim udávají prioritu v dané podobnostní funkci. Druhým cílem práce je prozkoumat možnosti simulovaného žíhání jako algoritmu použitého k nalezení vah. Experimentálně analyzujeme vliv použití různých typů fragmentů, typů deskriptorů, podobnostních funkcí, korelovaných deskriptorů, fragmentového šumu a parametrů simulovaného žíhání. Jelikož jsou experimenty výpočetně náročné, vyrobíme také nástroj vhodný pro rozsáhlé výpočty. 1
|
|
|
Grafová reprezentace molekul a její využití ve virtuálním screeningu
Šťastná, Aneta ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Kopecký, Michal (oponent)
Grafy jsou přirozeným způsobem reprezentace molekul. Přesto se grafové reprezentace a algoritmy běžně nepoužívají ke zjišťování podobnosti molekul ve virtuálním screeningu. V této práci testujeme grafové přístupy ve virtuálním screeningu založeném na ligandech. Podobnost molekulových grafů počítáme pomocí největšího společného podgrafu a grafové editační vzdálenosti. Používáme implementace fmcs z chemoinformatické knihovny RDKit pro určení největšího společného podgrafu a GraphMatchingToolkit od K. Riesena pro určení grafové editační vzdálenosti. Nalezli jsme vhodné kombinace parametrů pro aplikaci ve virtuálním screeningu. Výsledky ukazují, že grafové přístupy jsou kvalitativně srovnatelné se stávajícími metodami.
|
|
|
Využití nekorelovaných vícebodových farmakoforových otisků při virtuálním screeningu
Mička, Ondřej ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Škoda, Petr (oponent)
Nedávno byla publikována nová metoda pro virtuální screening. Tato me- toda používá farmakoforové otisky a statistické metody pro vytvoření farma- koforového modelu, který je následně použit k predikci aktivity ligandů. Tato práce se zabývá dvěmi možnými vylepšeními této metody. Prvním z nich je odstranění korelovaných farmakoforů, druhé je použití větších farmakoforů (původně byly použity jen tříbodové farmakofory). Obě úpravy byly im- plementovány spolu s nutným rozšířením chemoinformatického softwarového balíku RDKit. Nakonec byly obě metody experimentálně vyhodnoceny a po- rovnány s původní metodou. Na základě těchto výsledků byla navržena a vyhodnocena další modifikace - kombinace farmakoforového modelu s po- dobností otisků. 1
|
host ::
RSS.