|
| |
|
|
Characterizing DDI2 protein interaction by solution NMR
Staníček, Jakub ; Grantz Šašková, Klára (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent)
Lidský protein DDI2 je dimerní aspartátová proteasa, o které bylo nedávno zjištěno, že hraje důležitou roli při opravě poškození DNA a transkripční regulaci proteasomální exprese. Současné poznatky o molekulárních mechanismech obou funkcí jsou však stále poměrně omezené. Již dříve jsme identifikovali lidský protein RAD23B jako interaktant DDI2. RAD23B také funguje při opravě poškození DNA jako součást komplexu XPC, který stimuluje aktivitu opravy excize nukleotidů. Navíc se RAD23B účastní jako adaptorový protein v procesu degradace proteinů. Interakce DDI2 a RAD23B proto může mít důležité důsledky pro obě známé funkce DDI2. Tato práce popisuje interakci DDI2 a RAD23B na strukturální úrovni. Byly připraveny rekombinantní proteinové varianty DDI2 a RAD23B a interakce byla zmapována pomocí afinitní purifikace. K prozkoumání interakce byly dále použity NMR titrace. Klíčová slova: ubikvitin-proteasomální systém, oprava poškození DNA, regulace exprese proteasomu, aspartátová proteasa, DDI2, NMR (In Czech)
|
|
|
Characterizing DDI2 protein interaction by solution NMR
Staníček, Jakub ; Grantz Šašková, Klára (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent)
Lidský protein DDI2 je dimerní aspartátová proteasa, o které bylo nedávno zjištěno, že hraje důležitou roli při opravě poškození DNA a transkripční regulaci proteasomální exprese. Současné poznatky o molekulárních mechanismech obou funkcí jsou však stále poměrně omezené. Již dříve jsme identifikovali lidský protein RAD23B jako interaktant DDI2. RAD23B také funguje při opravě poškození DNA jako součást komplexu XPC, který stimuluje aktivitu opravy excize nukleotidů. Navíc se RAD23B účastní jako adaptorový protein v procesu degradace proteinů. Interakce DDI2 a RAD23B proto může mít důležité důsledky pro obě známé funkce DDI2. Tato práce popisuje interakci DDI2 a RAD23B na strukturální úrovni. Byly připraveny rekombinantní proteinové varianty DDI2 a RAD23B a interakce byla zmapována pomocí afinitní purifikace. K prozkoumání interakce byly dále použity NMR titrace. Klíčová slova: ubikvitin-proteasomální systém, oprava poškození DNA, regulace exprese proteasomu, aspartátová proteasa, DDI2, NMR (In Czech)
|
|
|
Hledání fysiologického partnera proteinu Ddi2 (DNA damage-inducible protein homolog 2)
Kurfürst, Jaroslav ; Grantz Šašková, Klára (vedoucí práce) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
Jedním z nejdůležitějších buněčných procesů, a to nejen pro degradaci proteinů, je takzvaný ubikvitin-proteasomový systém. V něm hraje klíčovou úlohu ubikvitin, malý protein s jedinečnou schopností řetězit se. Buněčné proteiny, označené daným ubikvitinovým řetězcem a tím předurčené k degradaci, se dále dostávají do proteasomu dvojím způsobem. Buď přímou interakcí polyubikvitinového řetězce značícího daný protein s jedním z receptorů proteasomu, nebo pomocí tzv. adaptorových proteinů. Tyto proteiny jsou charakteristické doménou, která je ubikvitinu podobná a doménou, která jej váže. Zejména pomocí těchto domén zprostředkovávají adaptorové proteiny doručování určitých substrátů do proteasomu. Adaptorový protein Ddi2 z této proteinové skupiny vyčnívá přítomností další domény, jež je strukturně podobná například protease viru HIV a jejíž proteolytická aktivita byla teprve nedávno objevena. Doménové uspořádání a zejména přítomnost proteolytické domény proteinu Ddi2 dává vzniknout hypotéze, že by Ddi2 mohl být deubikvitinačním enzymem. Tato hypotéza byla v předkládané práci ověřována sledováním možného štěpení diubikvitinových řetězců rekombinantně připraveným Ddi2 proteinem. Bylo zjištěno, že Ddi2 v daném uspořádání nemá deubikvitinační aktivitu.
|
|
|
Ddi1-like proteins: a novel family of retroviral-like aspartyl proteases
Šmilauerová, Kristýna ; Grantz Šašková, Klára (vedoucí práce) ; Šmahel, Michal (oponent)
Ubikvitin-proteasomový systém je jedním z klíčových procesů podílejících se na udržení homeostáze buňky. Jeho hlavním úkolem je degradovat poškozené, špatně sbalené či nepotřebné proteiny. Podílí se ale také na celé řadě dalších procesů jako jsou například opravy DNA, regulace buněčného cyklu či signalizace. Celý systém se skládá z mnoha komponent, které jsou vzájemně úzce regulovány. Jednou ze skupin účastnících se ubikvitin- proteasomového systému jsou tzv. proteasomové adaptorové proteiny. Ty rozpoznávají substráty určené k degradaci a transportují je k proteasomu - místu degradace. Mezi tyto proteiny se řadí i rodina Ddi1 podobných proteinů (z angl. DNA damage-inducible protein 1), která se vyznačuje doménou podobnou retrovirovým aspartátovým proteasam. Biologické funkce této proteinové rodiny jsou objasněny jen částečně, a to zejména u Ddi1 pocházející z kvasinky Sacharomyces cerevisiae, a jsou proto předmětem aktivního výzkumu. Tato práce shrnuje dosavadní poznatky a publikované informace o této proteinové rodině, popisuje její obecné charakteristiky, známé funkce, zasazuje je do kontextu buněčných procesů a tím poukazuje na další možné směry výzkumu.
|
|
|
Narušení metabolismu proteinů a jeho efekt na signalizaci cytokininů
Dufek, Martin
Cytokininy jsou N6 substituované deriváty adeninu, které ovlivňují mnoho aspektů rostlinného růstu a vývoje. Dvoukomponentní signalizační dráha zahrnující receptor v podobě hybridní kinázy, histidinové fosfotransférové proteiny a dvě sady regulátorů odpovědi je klíčovou částí cytokininové signalizace. Nicméně nejnovější poznatky indikují podstatnou roli proteazom-ubikvitinového systému (UPS) v cytokininové odpovědi. V mé práci nazvané Narušení metabolismu proteinů a jeho efekt na signalizaci cytokininů popisuji hlavní mechanismy proteinové degradace a současný model metabolismu a signalizace cytokinů. V experimentální části jsem pozoroval vliv UPS-cytokininové interakce na rostlinu Arabidopsis thaliana. Pozoroval jsem efekt na růstovou odezvu a analyzoval pomocí LC-MS účinek inhibice proteazomu na proteom a brzkou odpověď na cytokinin. Moje výsledky a analýza dat z předchozích proteomických studií odhalují zajímavou rovnováhu mezi koncentrací cytokininu a efektem inhibice proteazomu a také velký vliv proteazomové inhibice na proteiny v odpovědi na cytokininy.
|
|
|
DNA viry a proteazomální systém buňky
Vinšová, Barbora ; Drda Morávková, Alena (vedoucí práce) ; Motlová, Lucia (oponent)
Rozvoj virové infekce závisí na interakcích viru s hostitelskou buňkou. Po miliony let trvající koevoluce virů s jejich hostiteli vedla ke vzniku mnoha antivirových obranných mechanismů i virových únikových taktik. Viry se naučily zasahovat do různých buněčných dějů, pozměňovat je a využívat jednotlivé buněčné komponenty ve svůj prospěch. Jednou takovou hojně využívanou komponentou je i ubikvitinačně-proteazomální systém. Proteazomy jsou vícepodjednotkové proteinové struktury, které za normálních okolností umožňují degradaci poškozených, špatně sbalených či přebytečných buněčných proteinů. Svou funkcí se podílejí na regulaci různých buněčných procesů a na udržování proteinové rovnováhy. Viry tyto struktury využívají k degradaci proteinů za účelem úniku imunitnímu systému a deregulace buněčného cyklu, k rozbalování a vstupu virionů do buněk či ke zvýhodnění vlastní replikace. Tato práce je koncipována jako stručný přehled interakcí buněčného ubikvitinačně-proteazomálního systému s DNA viry.
|
host ::
RSS.