|
|
Analýza změn fenotypu nádorových buněk navozených migrastatiky v kvantitativním fázovém zobrazení
Kolínková, Veronika ; Netíková,, Irena Štenglová (oponent) ; Veselý, Pavel (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zaměřuje na pozorování živých buněk pomocí neinvazivní metody kvantitativního fázového zobrazování (hiQPI). Takové zobrazení je umožněno pomocí koherencí řízeného holografického mikroskopu (CCHM) vyvinutého v laboratoři experimentální biofotoniky na VUT. Pomocí této zobrazovací technologie jsou v rámci experimentální části práce vyhodnoceny morfologické změny nádorových buněk A549 a MCF7 po aplikaci potenciálních migrastatik. Jako migrastatika jsou označována již schválená léčiva, která by mohla zamezit migraci nádorových buněk z primárního nádoru a tím předejít vzniku metastáz. Pro posouzení jejich účinku na nádorové buňky byla zvolena metoda RAC-GM (Rychlé vyšetření růstu a migrace buněk in vitro).
|
|
|
Deep-learning methods for tumor cell segmentation
Špaček, Michal ; Kolář, Radim (oponent) ; Gumulec, Jaromír (vedoucí práce)
Automatic segmentation of images, especially microscopic images of cells, opens up new opportunities in cancer research or other practical applications. Recent advances in deep learning have enabled efficient cell segmentation, but automatic segmentation of subcellular regions is still challenging. This work describes the implementation of the U-net neural network for segmentation of cells and subcellular regions without labeling in the pictures of adhering prostate cancer cells, specifically PC-3 and 22Rv1. Using the best-performing approach of all tested, it was possible to distinguish between objects and background with average Jaccard coefficients of 0.71, 0.64 and 0.46 for whole cells, nuclei and nucleoli. Another point was the separation of individual objects, i. e. cells, in the image using the Watershed method. The separation of individual cells resulted in SEG value of 0.41 and AP metric of 0.44.
|
|
|
Studium významu a mechanismů zapojení získané imunity při nádorové imunoterapii založené na synergii agonistů TLR a ligandů stimulujících fagocytózu
VENHAUEROVÁ, Anna
Tématem této diplomové práce je analýza zapojení získané imunity v průběhu protinádorové MBTA imunoterapie, která je založena na synergii mezi TLR agonisty, agonistickou protilátkou anti-CD40 a fagocytózu stimulujícími ligandy, které jsou na povrch nádorových buněk ukotveny biokompatibilní kotvou BAM. Tato imunoterapie byla testována na pankreatickém adenokarcinomu Panc02. Cílem této práce byla analýza nádorové infiltrace buňkami imunitního systému během terapie, následně bylo studováno zapojení adaptivní imunity na imunodeficientních myších. Poslední část práce byla věnována inhibitoru survivinu YM155, betaglukanům a anti-TGF, jakožto vhodným kandidátům pro zesílení imunoterapeutických účinků stávající MBTA terapie.
|
|
|
Analýza změn fenotypu nádorových buněk navozených migrastatiky v kvantitativním fázovém zobrazení
Kolínková, Veronika ; Netíková,, Irena Štenglová (oponent) ; Veselý, Pavel (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zaměřuje na pozorování živých buněk pomocí neinvazivní metody kvantitativního fázového zobrazování (hiQPI). Takové zobrazení je umožněno pomocí koherencí řízeného holografického mikroskopu (CCHM) vyvinutého v laboratoři experimentální biofotoniky na VUT. Pomocí této zobrazovací technologie jsou v rámci experimentální části práce vyhodnoceny morfologické změny nádorových buněk A549 a MCF7 po aplikaci potenciálních migrastatik. Jako migrastatika jsou označována již schválená léčiva, která by mohla zamezit migraci nádorových buněk z primárního nádoru a tím předejít vzniku metastáz. Pro posouzení jejich účinku na nádorové buňky byla zvolena metoda RAC-GM (Rychlé vyšetření růstu a migrace buněk in vitro).
|
|
|
Studium molekulárních mechanismů eliminace klinicky významných nádorů zabíječskými buňkami.
Libigerová, Martina ; Bezouška, Karel (vedoucí práce) ; Bosáková, Zuzana (oponent)
Sacharidy mají základní úlohu v široké škále biologických jevů. Je dobře známo, že většina eukaryotických bílkovin je glykosylovaných a že jejich glykosylace prochází dynamickými změnami, které stále ještě nejsou zcela objasněny. Nicméně, jedna z oblastí, ve které se význam povrchové glykosylace buněk stal v poslední době předmětem aktivního výzkumu, jsou nádorové plasmatické membrány, kde by mnoho změn v glykosylaci, mohlo být užitečných pro diagnózu a hlavně i pro léčbu zhoubných onemocnění. Zajímavé glykokonjugáty povrchu buněk, a to N-vázané a O-vázané oligosacharidy byly nalezeny terapeuticky atraktivní pro léčbu některých nádorů. A i když naše chápání účasti těchto hlavních tříd glykanů ve vzniku nádorů není ani zdaleka kompletní, existuje již několik příkladů protinádorové vakcíny na bázi sacharidů. Proto jsme se rozhodli tomuto tématu hlouběji věnovat, zejména molekulárním mechanismům zodpovědným za rozpoznání změn povrchové nádorové glykosylace buňkami imunitního systému. Přestože byly v minulosti v naší laboratoři identifikovány některé receptory lektinového typu specifické pro lektinové receptory přirozených zabíječských buněk, velmi málo je doposud známo o jejich tzv. endogenních ligandech na povrchu nádorových buněk, zejména na buněčném povrchu klinicky významných nádorů. Rozhodli jsme...
|
|
| |
|
|
Deep-learning methods for tumor cell segmentation
Špaček, Michal ; Kolář, Radim (oponent) ; Gumulec, Jaromír (vedoucí práce)
Automatic segmentation of images, especially microscopic images of cells, opens up new opportunities in cancer research or other practical applications. Recent advances in deep learning have enabled efficient cell segmentation, but automatic segmentation of subcellular regions is still challenging. This work describes the implementation of the U-net neural network for segmentation of cells and subcellular regions without labeling in the pictures of adhering prostate cancer cells, specifically PC-3 and 22Rv1. Using the best-performing approach of all tested, it was possible to distinguish between objects and background with average Jaccard coefficients of 0.71, 0.64 and 0.46 for whole cells, nuclei and nucleoli. Another point was the separation of individual objects, i. e. cells, in the image using the Watershed method. The separation of individual cells resulted in SEG value of 0.41 and AP metric of 0.44.
|
|
|
Studium molekulárních mechanismů eliminace klinicky významných nádorů zabíječskými buňkami.
Libigerová, Martina ; Bosáková, Zuzana (oponent) ; Bezouška, Karel (vedoucí práce)
Sacharidy mají základní úlohu v široké škále biologických jevů. Je dobře známo, že většina eukaryotických bílkovin je glykosylovaných a že jejich glykosylace prochází dynamickými změnami, které stále ještě nejsou zcela objasněny. Nicméně, jedna z oblastí, ve které se význam povrchové glykosylace buněk stal v poslední době předmětem aktivního výzkumu, jsou nádorové plasmatické membrány, kde by mnoho změn v glykosylaci, mohlo být užitečných pro diagnózu a hlavně i pro léčbu zhoubných onemocnění. Zajímavé glykokonjugáty povrchu buněk, a to N-vázané a O-vázané oligosacharidy byly nalezeny terapeuticky atraktivní pro léčbu některých nádorů. A i když naše chápání účasti těchto hlavních tříd glykanů ve vzniku nádorů není ani zdaleka kompletní, existuje již několik příkladů protinádorové vakcíny na bázi sacharidů. Proto jsme se rozhodli tomuto tématu hlouběji věnovat, zejména molekulárním mechanismům zodpovědným za rozpoznání změn povrchové nádorové glykosylace buňkami imunitního systému. Přestože byly v minulosti v naší laboratoři identifikovány některé receptory lektinového typu specifické pro lektinové receptory přirozených zabíječských buněk, velmi málo je doposud známo o jejich tzv. endogenních ligandech na povrchu nádorových buněk, zejména na buněčném povrchu klinicky významných nádorů. Rozhodli jsme...
|
|
| |
host ::
RSS.