|
|
Odvození operonových struktur v rámci celogenomové analýzy
Nejezchlebová, Julie ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Schwarzerová, Jana (vedoucí práce)
Bakalářská práce se věnuje problematice odvození operonových struktur a vytvoření softwarového nástroje, který umožní predikci operonových struktur. Nástroj jednak predikuje operony na základě genové expresní informace, ale také upřesní již predikované operony o genovou expresní informaci. Nástroj je testován na bakteriích Escherichia coli BW25113 a Clostridium beijerinckii NRRL B-598. Teoretická část je věnována popisu struktury a funkce operonu, sekvenování genomu, analýze transkriptomu, bakteriím Escherichii coli BW25113, Clostridium beijerinckii NRRL B-598 a již dostupným online nástrojům pro odvození operonových struktur. V praktické části se práce zabývá předzpracováním surových transkriptomických dat, za účelem získání vhodného formátu pro predikci operonových struktur, testováním online nástrojů a samotné implementaci vlastního nástroje.
|
|
|
The diversity of anaerobic ciliates from the subclass Scuticociliatia and their symbionts
Poláková, Kateřina ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Fiala, Ivan (oponent)
Nálevníci jsou v hypoxických a anoxických prostředích nejdiverzifikovanější protistní skupinou a často zde vstupují do symbióz s prokaryoty. Ačkoliv byla rozmanitost anaerobních nálevníků dlouhodobě přehlížena, jejich zástupce najdeme ve většině tříd nálevníků. Tato práce se soustřeďuje na anaerobní nálevníky z podtřídy Scuticociliatia, opomíjenou skupinu patřící do diverzifikované třídy Oligohymenophorea. Objevili jsme novou anaerobní linii nálevníků v rámci této podtřídy, v které byl dosud molekulárně popsán pouze jediný druh. Ukázali jsme, že se jedná o diverzifikovanou linii, která velmi pravděpodobně představuje nový řád. Díky sběru mnoha vzorků sladkovodních a mořských anoxických sedimentů vznikla na našem pracovišti největší sbírka kultur anaerobních skutikociliátů na světě. To nám umožnilo osekvenovat gen pro 18S rRNA 55 kultur skutikociliátů a studovat jejich morfologii pod světelným mikroskopem a různými metodami barvení stříbrem. Mimo to jsme využili techniky transmisní a skenovací elektronové mikroskopie ke studiu ultrastruktury jak nálevníků, tak i symbiontů. K identifikaci symbiontů jsme využili také další metody, jako jsou sekvenace mikrobiomu nálevníků či fluorescenční in-situ hybridizace. Jelikož všichni studovaní zástupci této linie hostí prokaryotické symbionty, došli jsme k...
|
|
|
Protilátkami zprostředkovaná rejekce po transplantaci ledviny
Slatinská, Janka ; Viklický, Ondřej (vedoucí práce) ; Reischig, Tomáš (oponent) ; Krejčí, Karel (oponent)
Protilátkami zprostředkovaná rejekce (AMR) je v současnosti považována za hlavní příčinu dysfunkce a selhání funkce štěpu ledviny po transplantaci. Protilátky způsobují cévní poškození, které je buď akutní nebo chronické, a může se manifestovat jako náhlá nebo progresivní dysfunkce štěpu. Rizikovými faktory pro vznik rejekce zprostředkované protilátkami jsou doba strávená na dialýze, opakovaná transplantace, předchozí sensitizace HLA antigeny, přítomnost panel-reaktivních protilátek. Diagnostika AMR je možná na základě průkazu depozice C4d složky komplementu v peritubulárních kapilárách (PTC) a přítomnosti dárcovsky specifických protilátek (DSA). Existuje také poškození způsobené protilátkami proti non-HLA antigenům, kdy nejsou DSA detekovatelné. Přínosem k upřesnění diagnostiky a stratifikace rizika je využití "molekulárního mikroskopu." Vysoká exprese ENDAT (endothelial activation and injury transcript) lépe predikuje riziko ztráty štěpu než stanovení C4d. Skórovací systém AMR na základě genové exprese koreluje s diagnózou AMR a predikuje ztrátu štěpu v budoucnosti. Cílem práce bylo ověřit účinnost léčebných postupů a rozpoznat nemocné v riziku AMR. V naší práci jsme prokázali efekt léčby akutní AMR pomocí kombinace plazmaferéz a IVIG. U rezistentních forem akutní AMR s použitím inovativně...
|
|
|
De novo transcriptomics and its use in non-model organisms
Čalounová, Tereza ; Pluskal, Tomáš (vedoucí práce) ; Svatoňová, Petra (oponent)
Rozvoj sekvenování druhé generace umožnil studium nemodelových organismů. Bez nutnosti mít referenční genom k dispozici, de novo transkriptomika umožňuje studium funkčních elementů genomů. Díky tomu je možné zkoumat komplexitu nemodelových organismů. Tato práce poskytuje ucelený přehled kroků de novo studia transkriptomů z pohledu bioinformatiky. Důraz byl kladen na teoretické základy i na praktické přístupy. Práce rovněž představí nové metody de novo transkriptomiky, které mohou v blízké budoucnosti začít dominovat. Praktická část práce představuje transXpress - pipeline pro de novo sestavování transkriptomů a jejich anotaci. Jeho použití je ukázáno na nemodelové rostlině pepřovníku dlouhém (Piper longum), který má medicinální potenciál. Klíčová slova: transkriptomika, de novo transkriptomika, transkriptom, RNA-Seq, nemodelový organismus, assembly
|
|
|
Variability of the domestic chicken breeds in selected immunological traits of hen and egg
Bílková, Barbora ; Vinkler, Michal (vedoucí práce) ; Plachý, Jiří (oponent) ; Trefil, Pavel (oponent)
v českém jazyce Imunitní systém ptáků je komplexním systémem obranných mechanismů zamířených proti širokému spektru patogenních nákaz. Dle koevolučních modelů je variabilita v imunitním systému hostitele naprosto zásadním parametrem poskytujícím schopnost adaptace a zlepšování těchto obranných mechanismů při neustálém selekčním tlaku ze strany patogenů. Kur domácí (Gallus gallus f. domestica) je často využívaným modelovým druhem v biologii ale zároveň také jedním z nejdůležitějších hospodářských zvířat, jak pro produkci masa, tak i vajec. Pro výzkumné účely jsou ale bohužel ve většině případů používány inbrední linie kura domácího a moderní drůbeží produkce je spojena s jednostranným šlechtěním směrem k vysoké produktivitě plemen. To vede ke ztrátám vnitro-populačního polymorfismu slepic. Ovšem právě v případě hospodářských zvířat je hledání a rozšiřování zdrojů imunologické variability pro účely zesílení resistence proti patogenům naprosto zásadní z hlediska udržení zdravé populace drůbeže a biologické nezávadnosti jejích produktů. Požadovanou imunologickou variabilitu můžeme hledat u morfologicky vysoce rozrůzněných tradičních plemen kura domácího, která se po staletí vyvíjela pod vlivem nejrůznějších selekčních tlaků. V mojí dizertační práci jsem popsala variabilitu ve vybraných imunologických...
|
|
|
Bioaktivní molekuly zapojené do zpracování krve u hematofágních monogeneí čeledi Diplozoidae
Jedličková, Lucie
Monogenea z čeledi Diplozoidae (podtřída Heteronchoinea) jsou krevsající ektoparaziti nacházející se na žábrách kaprovitých ryb. Trávení krve u diplozoidů probíhá intracelulárně v lysozomálním cyklu buněk gastrodermis střeva za přítomnosti peptidáz parazita. Avšak informace o způsobu trávení krve u této skupiny pocházely dosud pouze z ultrastrukturálních a histochemických analýz. Proto jsem se v této práci zaměřila na biochemickou a molekulární charakteristiku vybraných bioaktivních molekul, které by se mohly podílet na zpracování krve dospělci Eudiplozoon nipponicum, a to konkrétně na cysteinové peptidázy typu katepsinů L a B, aspartické peptidázy typu katepsinu D a na inhibitory serinových peptidáz Kunitzova typu. V homogenátech a exkrečně/sekrečních (E/S) produktech dospělců E. nipponicum dominovala aktivita cysteinových peptidáz typu katepsinu L, následovaná aktivitou aspartických peptidáz typu katepsinu D a minoritním podílem aktivity katepsinů B. Hemoglobinolytická aktivita těchto vzorků byla kompletně zablokována inhibitory jmenovaných typů peptidáz. V transkriptomu dospělců E. nipponicum byly objeveny transkripty kódující 10 katepsinů L a pouze 1 katepsin B. Primární struktury kódovaných enzymů byly bioinformaticky a fylogeneticky porovnány. Dva abundantní katepsiny L (EnCL1, EnCL3) byly...
|
|
|
Predikce časného rozvoje funkce a rejekce transplanované ledviny
Wohlfahrtová, Mariana ; Viklický, Ondřej (vedoucí práce) ; Zadražil, Josef (oponent) ; Reischig, Tomáš (oponent)
Zlepšení krátkodobých výsledků transplantace nevedlo ke zlepšení dlouhodobé funkce a přežití štěpů ledvin. Klíčovým problémem zůstává nedostatek orgánů a rostoucí počet marginálních ledvin určených k transplantaci. Kvalita dárcovského orgánu je přitom rozhodující pro riziko opožděného funkce štěpu a omezeného přežití štěpů. Cílem je lépe porozumět ischemicko/reperfuznímu poškození a jeho následkům, předpovědět opožděný rozvoj funkce a rejekce, zlepšit alokaci orgánů k transplantaci a identifikovat pacienty vhodné k minimalizaci či úplnému vysazení imunosupresivní léčby. Analýzou biopsií dárců ledvin jsme zjistili, že nízká kvalita tubulárních buněk a nízká exprese genu pro Netrin-1, tzv. faktor přežití, má vztah k opožděnému rozvoji funkce štěpu. Potvrdili jsme, že reperfuzní fáze ischemicko/reperfuzního poškození vede k minimálním morfologickým, ale významným molekulárním abnormalitám. Tato disociace mezi histologií a molekulární patologií svědčí pro nutnost integrovaného přístupu při hodnocení kvality dárcovského orgánu a jeho správné alokaci k transplantaci. Identifikovali jsme nové kompozitní histologické skóre, tzv. CIV skóre, které spolu s klinickou charakteristikou dárce lépe predikuje riziko opožděného rozvoje funkce po transplantaci ledviny než konvenční metody. Poukázali jsme na významnou...
|
|
|
The diversity of anaerobic ciliates from the subclass Scuticociliatia and their symbionts
Poláková, Kateřina ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Fiala, Ivan (oponent)
Nálevníci jsou v hypoxických a anoxických prostředích nejdiverzifikovanější protistní skupinou a často zde vstupují do symbióz s prokaryoty. Ačkoliv byla rozmanitost anaerobních nálevníků dlouhodobě přehlížena, jejich zástupce najdeme ve většině tříd nálevníků. Tato práce se soustřeďuje na anaerobní nálevníky z podtřídy Scuticociliatia, opomíjenou skupinu patřící do diverzifikované třídy Oligohymenophorea. Objevili jsme novou anaerobní linii nálevníků v rámci této podtřídy, v které byl dosud molekulárně popsán pouze jediný druh. Ukázali jsme, že se jedná o diverzifikovanou linii, která velmi pravděpodobně představuje nový řád. Díky sběru mnoha vzorků sladkovodních a mořských anoxických sedimentů vznikla na našem pracovišti největší sbírka kultur anaerobních skutikociliátů na světě. To nám umožnilo osekvenovat gen pro 18S rRNA 55 kultur skutikociliátů a studovat jejich morfologii pod světelným mikroskopem a různými metodami barvení stříbrem. Mimo to jsme využili techniky transmisní a skenovací elektronové mikroskopie ke studiu ultrastruktury jak nálevníků, tak i symbiontů. K identifikaci symbiontů jsme využili také další metody, jako jsou sekvenace mikrobiomu nálevníků či fluorescenční in-situ hybridizace. Jelikož všichni studovaní zástupci této linie hostí prokaryotické symbionty, došli jsme k...
|
|
|
Comparison and characterization of salivary proteins from Sergentomyia and Phlebotomus sand flies
Polanská, Nikola ; Volf, Petr (vedoucí práce) ; Martin-Martin, Ines (oponent) ; Chmelař, Jindřich (oponent)
Flebotomové (Diptera, Phlebotominae), drobný krevsající hmyz, jsou známí především jako přenašeči protist z rodu Leishmania, které způsobují medicínsky i veterinárně důležité onemocnění - leishmaniózu. Během sání samice vypouštějí sliny do hostitele, což jim umožňuje snadnější sání krve. Biologicky aktivní látky obsažené ve slinách flebotomů mají protizánětlivé účinky a schopnost ovlivnit hemostatický systém hostitele, čímž zabraňují srážení krve. Sliny také ovlivňují imunitu hostitele v místě sání a zvyšují tak pravděpodobnost nákazy různými patogeny, které flebotomové mohou přenášet. Slinné proteiny byly doposud zkoumány především u druhů flebotomů patřících do rodů Phlebotomus a Lutzomyia, zatímco flebotomové rodu Sergentomyia byli po dlouhou dobu přehlíženi. Proto jsme se v této disertační práci zaměřili na porovnání slinných proteinů druhů Phlebotomus perniciosus a Phlebotomus orientalis se slinnými proteiny druhu Sergentomyia schwetzi. Zmíněné druhy se liší nejen ekologií a zeměpisným rozšířením, ale i preferencí hostitele. Oba druhy rodu Phlebotomus upřednostňují jako hostitele savce většího či středního vzrůstu. Phlebotomus perniciosus saje především na králících, zajících a psech. Phlebotomus orientalis dává přednost sání na větších savcích, jako jsou krávy, kozy, ovce a případně i lidé....
|
|
|
Sekvenování transkriptomu pro studium exprese genů u živočichů
Toufar, Jiří
V úvodních kapitolách se práce zabývá co nejlepší analýzou procesu regulace genové exprese, která je esenciálním předpokladem pro pochopení následujících kapitol. Mezi regulace genové exprese patří regulace iniciace transkripce, kontrola elongace transkripce, post-transkripční úpravy a editace RNA. V následujících kapitolách práce pojednává o sekvenování nukleových kyselin, přičemž v této části jsou analyzovány klasické metody sekvenování, sekvenování nové generace jako Illumina sekvenování a nejmodernější metody sekvenování třetí generace jako SMRT-seq nebo Oxford Nanopore. Dále práce obsahuje informace o srovnání vybraných metod. V následující části práce vysvětluje pojem transkriptom a obecný postup experimentu RNA sekvenování včetně izolování jedné buňky, metod sekvenování jedné buňky a sekvenování živočišných tkání. V závěrečných kapitolách se práce věnuje využití RNA sekvenování a metodám RNA-seq pro specifické cíle. V samotném závěru práce byl provedeno srovnání RNA-seq s DNA/RNA čipy.
|
host ::
RSS.