|
|
Algoritmy pro vyhledávání transkripčních motivů
Peřinová, Barbora ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním transkripčních motivů v sekvencích DNA. V první části je popsán proces transkripce DNA, význam transkripčních motivů a je uveden přehled databází transkripčních motivů. Druhá část obsahuje rozdělení algoritmů pro vyhledávání transkripčních motivů a detailně popisuje sedm existujících algoritmů. V praktické části byly vytvořeny funkce pro analýzu podle algoritmu Oligo-Analysis. Vytvořené funkce byly validovány na uměle vytvořených sekvencích s vnesenými motivy. Dále byla provedena analýza dvou rodin koregulovaných genů a výsledky porovnány s hodnotami, kterých dosáhli autoři algoritmu Oligo-Analysis.
|
|
|
Vyhledávání transkripčních motivů u nemodelových organismů
Helešicová, Klára ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Musilová, Jana (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním transkripčních motivů u nemodelových organismů. V první části je vysvětlen proces transkripce, pojem vzájemná informace a algoritmus využívající vzájemnou informaci. V druhé části je popsáno rozdělení metod vyhledávající motivy a příklady algoritmů. Třetí část obsahuje přehled databází transkripčních motivů. Praktická část obsahuje popis vytvoření datasetu pro nemodelový organismus, popis navrženého algoritmu a jeho otestování na datasetu. Následně byly porovnány výsledky navrženého algoritmu s výsledky algoritmů FIRE a MEME.
|
|
|
Vyhledávání transkripčních motivů u nemodelových organismů
Helešicová, Klára ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Musilová, Jana (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním transkripčních motivů u nemodelových organismů. V první části je vysvětlen proces transkripce, pojem vzájemná informace a algoritmus využívající vzájemnou informaci. V druhé části je popsáno rozdělení metod vyhledávající motivy a příklady algoritmů. Třetí část obsahuje přehled databází transkripčních motivů. Praktická část obsahuje popis vytvoření datasetu pro nemodelový organismus, popis navrženého algoritmu a jeho otestování na datasetu. Následně byly porovnány výsledky navrženého algoritmu s výsledky algoritmů FIRE a MEME.
|
|
|
Algoritmy pro vyhledávání transkripčních motivů
Peřinová, Barbora ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním transkripčních motivů v sekvencích DNA. V první části je popsán proces transkripce DNA, význam transkripčních motivů a je uveden přehled databází transkripčních motivů. Druhá část obsahuje rozdělení algoritmů pro vyhledávání transkripčních motivů a detailně popisuje sedm existujících algoritmů. V praktické části byly vytvořeny funkce pro analýzu podle algoritmu Oligo-Analysis. Vytvořené funkce byly validovány na uměle vytvořených sekvencích s vnesenými motivy. Dále byla provedena analýza dvou rodin koregulovaných genů a výsledky porovnány s hodnotami, kterých dosáhli autoři algoritmu Oligo-Analysis.
|
host ::
RSS.