|
|
Fylogenetické postavení rodu Polymastix a jeho prokaryotických symbiontů
Kubánková, Aneta ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Kolísko, Martin (oponent)
Skupina Polymastigidae je jednou z pěti čeledí oxymonád (Metamonada, Preaxostyla). Zahrnuje drobné bičíkovce obývající trávící trakt hmyzu. V posledních letech byla získána molekulárně-fylogenetická data, která monofyletičnost této skupiny zpochybňují. Typovým rodem čeledi Polymastigidae je Polymastix. Fylogenetické postavení tohoto rodu zatím nebylo studováno, ačkoliv by právě tato informace mohla významně napomoci objasnit příbuzenské vztahy v rámci zmíněné skupiny. Tato práce poskytuje první sekvenční data zástupců tohoto rodu, která jsme získali pomocí metody single-cell genomové amplifikace a následné celogenomové sekvenace na Illumina HiSeq X Ten (Macrogene) ze tří jedinců P. melolonthae obývajících zadní střevo larvy tiplic. Fylogenetické analýzy založené na genu pro 18S rRNA, EF-1α a HSP90 přinesly dvě zhruba stejně pravděpodobné hypotézy o postavení tohoto rodu v rámci celé skupiny Oxymonadida. První z nich umisťuje rod Polymastix do nejbližší příbuznosti s rodem Streblomastix, dle druhé hypotézy je nejpříbuznější Termitimonas travisae. Charakteristickým znakem tohoto prvoka jsou ektosymbiotické bakterie napojené na jeho povrch. Tyto byly nutně amplifikovány a sekvenovány společně se svým hostitelem, což nám umožnilo získat data i pro tyto organizmy. Identifikace eubakteriálních symbiontů...
|
|
|
Multilokusová charakteristika symbiontů entomopatogenních hlístovek rodu \kur{Steinernema}
FAKTOROVÁ, Lucie
During the evolution some groups of organisms have become coevolutionary associated with other groups, as is the case of host symbiont systems. To explore coevolutionary history of hosts and their associated symbionts, phylogenetic reconstruction of symbionts and phylogenetic reconstruction of hosts are usually compared. Coevolution is described by coevolutionary events (cospeciation, host switch, duplication, failure to diverge events and linage sorting events). The aim of this work was to test the suitability of MLST method for the complex of entomopathogenic nematodes from the genus Steinernema (with detailed analysis of Steinernema feltiae) and their symbiotic bacteria Xenorhabdus bovienii and subsequently use cophylogenetic comparative analysis to determine their level of cospeciation.
|
|
|
Antimikrobiální aktivita bakterií izolovaných z Pectinatella magnifica
Holečková, Karolína ; Vlková, Eva (vedoucí práce) ; Geigerová, Martina (oponent)
Bakalářská práce se skládá ze dvou částí. První část je věnována literární rešerši, přehledu, jež se zaměřuje na souhrn informací, které byly doposud zjištěny nejen o životě a rozmnožování sladkovodní mechovky Pectinatella magnifica, ale zároveň i významu mořských druhů mechovců. Dále je v přehledu uvedena charakteristika a význam antimikrobiálně působících látek a nejběžněji využívané laboratorní metody sloužící ke stanovení mikrobiální aktivity. Cílem přehledu bylo ucelit nejdůležitější poznatky, ze kterých vychází hypotéza druhé, experimentální části této práce. Důvodem testování antimikrobiální aktivity symbiotických bakterií izolovaných z Pectinatella magnifica je fakt, že u mořských mechovců byla prokázána antimikrobiální aktivita jejich bakterií i jejich extraktů. Díky tomu nabývá bližší poznání těchto nepříliš známých živočichů na důležitosti. Testovány byly izoláty bakterií z kolonií Pectinatella magnifica odebrané v letech 2012 a 2013 v Jižních Čechách proti sbírkovým kmenům bakterií. K testování antimikrobiální aktivity byla zvolena difuzní metoda, při které se místo papírových disků vytvořily do pevného agaru jamky, do kterých byl nadávkován přesně zvolený objem supernatantu z bakteriálních izolátů. Celkem bylo testováno 170 supernatantů proti 80 bakteriím. V případě, že by supernatant obsahoval antimikrobiálně působící látky produkované izolovanými bakteriemi, vytvořily by se na agaru kolem jamek tzv. inhibiční zóny. Při testování těchto vybraných izolátů byla antimikrobiální aktivita potvrzena ve třech případech a to při testování supernatantu symbiotických bakterií Aeromonas veronii a Pseudomonas moraviensis proti kmenům klostrídií a zároveň při testování izolovaných bakterií mezi sebou Aeromonas veronii prokazatelně potlačovala růst bakterie Pseudomonas moraviensis. U zbylých sledovaných izolátů nebyla potvrzena antimikrobiální aktivita, která by potlačovala růst testovaných bakterií.
|
|
|
Molecular phylogeny and genome evolution of insect symbiotic bacteria
NOVÁKOVÁ, Eva
Since the introduction of advanced molecular methods the research on insect bacterial symbioses underwent a major focus shift towards large scale phylogenetics and comparative genomics. These new fields provided answers to several fundamental questions of symbiont evolution, functional capabilities of the host-associated bacteria, and the role of symbionts in the host?s biology. However, the vast diversity and complexity of symbiotic relationships still leaves gaps in our understanding to a rich mosaic of various symbiont types, effects and transitions from facultative association to obligate mutualism. The presented study focuses on distribution, diversity, phylogenetic patterns, evolutionary transitions and genome evolution of two less known but ecologically diverse bacterial genera, Arsenophonus and Sodalis. The thesis also takes advantage of the knowledge on a well established symbiotic model between aphids and Buchnera and reveals several evolutionary patterns in the host and symbiont.
|
host ::
RSS.