|
|
Porovnání a převod databází signálních drah
Němeček, Pavel ; Šilhavá, Jana (oponent) ; Smrž, Pavel (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá porovnáním a převodem databází signálních drah. Značná část je věnována databázím KEGG a BioCarta. V práci jsou rozebrány formáty poskytovaných dat. Při hledání překryvů drah mezi databázemi zkouším aplikovat shlukování, srovnání editační vzdálenosti názvů, porovnání genů podle čísla NCBI a nalezení ekvivalentních vazeb. Aplikace je implementována v jazyce C++ s použitím XML parseru. Výsledky jsou prezentovány ve formě textových výstupů, případně ve formě grafů zapsaných v jazyce DOT pro zpracování programem GraphViz.
|
|
|
The role of ERK1 and ERK2 protein kinases in the MAPK/ERK signaling
Galvánková, Kristína ; Vomastek, Tomáš (vedoucí práce) ; Dráber, Peter (oponent)
MAPK/ERK je naprieč organizmami vysoko konzervovaná signálna dráha, zabezpečujúca procesy nevyhnutné pre život, akými sú proliferácia, diferenciácia, apoptóza alebo migrácia buniek. Všetky tieto procesy sú výsledkom spracovania celej rady extracelulárnych signálov prenášaných od receptorov cez kaskádu proteínkináz Raf, MEK a ERK pomocou následných fosforylácií. Raf fosforyluje MEK a MEK fosforyluje a aktivuje proteínkinázu ERK, ktorá následne fosforyluje a tým reguluje široké spektrum substrátov na rôznych miestach v bunke. Keďže ostatné dve proteínkinázy majú obmedzený počet substrátov, práve ERK fosforyláciou stoviek popísaných substrátov v daný moment zásadne vplýva na konečnú odpoveď bunky. Ovplyvnené substráty potom určujú výslednú bunkovú odpoveď na extracelulárny signál. Celá signálna dráha je v jednotlivých krokoch prísne regulovaná za pomoci interakčných partnerov a ďalších adaptorových proteínov. Nesprávna regulácia dráhy, ako aj mutácie jednotlivých proteínkináz vedú k závažným patologickým prejavom. Na úrovni proteínkinázy ERK sa vyskytujú dve izoformy, ERK1 a ERK2, ktoré sú z viac než 80 % identické. Ich veľká sekvenčná aj funkčná podobnosť vyvoláva otázky o ich evolučnej konzervovanosti a taktiež o tom, či majú tieto izoformy rozdielne funkcie, alebo sú funkčne zameniteľné. Cieľom...
|
|
|
Stimulace růstu rostlin změnou teplotních podmínek
Mašlaňová, Anna
Teplota okolí je klíčový faktor, který má pozitivní, anebo negativní dopad na růst a vývoj rostlin. Změna teplotních podmínek například určuje dobu kvetení, zrání plodů a vývoj listů. V rámci bakalářské práce bylo potvrzeno, že rostlinné hormony cytokininy (CK) ovlivňují odpověď rostlin na zvýšenou teplotu půdy, která je jedním z klíčových faktorů pro geografickou distribuci v půdě žijících organismů. Genetickými a transkriptomickými metodami bylo zjištěno, že se na zvětšení plochy listů následkem vyšší teploty půdy (35 °C) podílí geny signální dráhy CK. Analýza epidermálních buněk listů potvrdila, že listy rostlin vystavené vyšší teplotě půdy jsou sice tvořeny menším počtem buněk, nicméně jejich plocha je skoro dvojnásobně větší. Redukce počtu epidermálních buněk listů po zahřátí půdy koreluje s poklesem hladin aktivních forem cytokininů, které byly dříve prokázány jako důležité faktory podporující proliferační fázi buněk listů.
|
|
|
Buněčná apoptóza, její průběh a metody detekce
Drápalová, Denisa
Programovaná buněčná smrt je souhrn kaskádových reakcí, které udržují vnitřní homeostázi organismu. Její relevance je nepřehlédnutelná již v prenatálním období, kdy v procesu morfogeneze utváří tělní dutiny a další orgány, jako jsou třeba prsty. Tato bakalářská práce analyzuje téma, které je v současné době mezi molekulární biology velmi diskutované. Vzhledem k tomu, že se tento děj týká všech žijících jedinců, přitahuje tak pozornost nejednoho vědce. V práci jsou shrnuty poznatky dosud známých faktů, důraz je kladen na konkrétní geny apoptózu ovlivňující, včetně mutací inklinující k chorobám. Rovněž obsahuje stručný souhrn metod detekce. Literární rešerši jsem vypracovala pomocí aktuálně dostupných vědeckých článků, časopisů a knižních publikací. Vytvoření práce poskytuje možnost nahlédnout na ucelený komplex informací nejen apoptózy, ale buněčné smrti obecně.
|
|
|
Chemická signalizace mezi mikroorganismy
Karásek, Filip ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Tato práce pojednává o chemické signalizaci mezi mikroorganismy. Největší zaměření je kladeno na fenomén quorum sensing, ale jsou představeny i některé jiné molekuly které slouží k signalizaci. Práce prezentuje základní ucelené informace o quorum sensing a některých dalších signálních molekulách u vybraných zástupců grampozitivních a gramnegativních bakterií a také u kvasinek. Kromě toho je představen i univerzální systém LuxS, který umožňuje komunikace mezi různými druhy bakterií a také je zde ukázána schopnost komunikace mezi bakteriemi a kvasinkami. Klíčová slova: Quorum sensing, signální dráha, signální molekula, bakterie, kvasinky, komunikace
|
|
|
The molecular mechanism of CSL protein participation in oxidative stress response in Schizosaccharomyces pombe
Daněk, Petr ; Převorovský, Martin (vedoucí práce) ; Sipiczki, Matthias (oponent)
Pro správné fungování organismu je nezbytné udržovat v jeho buňkách vyvážený redoxní stav, neboť zatímco relativně nízká koncentrace volných kyslíkových radikálů je třeba pro adekvátní transdukci signálů, vyšší koncentrace těchto molekul (oxidativní stres) má prokazatelně škodlivé účinky a je spojena s řadou patologických stavů a onemocnění. Z tohoto důvodu se v buňkách během evoluce vyvinula široká škála vysoce konzervovaných antioxidačních mechanismů. Byly zevrubně popsány rozsáhlé a složité interakční vztahy mezi signálními proteiny a drahami regulujícími odpověď na oxidativní stres, nicméně naše znalost odpovědi na oxidativní stres ještě není kompletní a stále jsou objevovány nové regulační proteiny a mechanismy. Výsledky několika současných vědeckých prací ukazují, že se transkripční faktory patřící do proteinové rodiny CSL, které jsou nezbytné zejména pro embryonální vývoj metazoí jako efektory signální dráhy Notch, mohou na regulaci odpovědi na oxidativní stres také podílet. Poltivá kvasinka Schizosaccharomyces pombe, hojně používaný a pro studium buněčných odpovědí na stresové podněty dobře etablovaný modelový organismus, obsahuje dva paralogy transkripčních faktorů CSL, nazvané Cbf11 a Cbf12. Naše laboratoř ukázala, že buňky s delecí genu cbf11 jsou vysoce rezistentní vůči peroxidu vodíku....
|
|
|
Porovnání a převod databází signálních drah
Němeček, Pavel ; Šilhavá, Jana (oponent) ; Smrž, Pavel (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá porovnáním a převodem databází signálních drah. Značná část je věnována databázím KEGG a BioCarta. V práci jsou rozebrány formáty poskytovaných dat. Při hledání překryvů drah mezi databázemi zkouším aplikovat shlukování, srovnání editační vzdálenosti názvů, porovnání genů podle čísla NCBI a nalezení ekvivalentních vazeb. Aplikace je implementována v jazyce C++ s použitím XML parseru. Výsledky jsou prezentovány ve formě textových výstupů, případně ve formě grafů zapsaných v jazyce DOT pro zpracování programem GraphViz.
|
host ::
RSS.