|
|
Předzpracování snímků sítnice za účelem zlepšení diagnostiky glaukomu
Holásková, Anna ; Walek, Petr (oponent) ; Odstrčilík, Jan (vedoucí práce)
Předzpracování snímků sítnice je prvním stupněm k dalšímu zpracování retinálních snímků nebo prvním krokem k diagnostice řady očních onemocnění. Předzpracování představuje takové úpravy obrazu, které zlepší jeho vizuální stránku. Je to především odstranění šumu vznikajícího při akvizici dat, transformace kontrastu a jasu, detekce hran a prahování. V této práci se zabýváme základními metodami předzpracování obrazu a dále konkrétními metodami předzpracování snímků sítnice. Mezi tyto patří globální jasové korekce, filtry typu horní propust, homomorfní filtrace a adaptivní zvýraznění. Kromě těchto metod, které lze implementovat do programového prostředí, existují i techniky ruční, založené na zkušenostech lékaře. V této práci je proto zmíněn i postup pro ruční úpravu snímků sítnice za pomocí programu Adobe Photoshop. Z výše zmíněných metod byly vybrány tři, které byly podrobněji nastudovány a implementovány do programového prostředí MATLAB. Jedná se o homomorfní filtraci, CLAHE (Contrast Limited Adaptive Histogram Equalization) a adaptivní zvýraznění. K těmto metodám byly vytvořeny funkce a byly otestovány na dostupných obrazových datech. V závěru práce jsou diskutovány výsledky vybraných metod. Uveden je také návod k použití.
|
|
|
Analýza vrstvy nervových vláken pro účely diagnostiky glaukomu
Vodáková, Martina ; Malínský, Miloš (oponent) ; Odstrčilík, Jan (vedoucí práce)
Diplomová práce je zaměřena na vytvoření metodiky kvantifikace vrstvy nervových vláken na fotografiích sítnice. V úvodní části textu je stručně nastíněna medicínská motivace práce včetně zmínky o některých studiích věnujících se dané problematice. Dále text popisuje uvažované texturní příznaky včetně jejich porovnání dle schopnosti kvantifikovat tloušťku vrstvy nervových vláken. Na základě popsaných poznatků byla navržena metodika využití regresních modelů za účelem predikce tloušťky nervových vláken, která byla dále testována na dostupných obrazových datech. Výsledky ukazují, že výstupy regresních modelů dosahují vysoké korelace mezi výstupem predikce a tloušťkou vrstvy nervových vláken měřenou optickou koherentní tomografií. Závěr práce diskutuje využitelnost aplikovaného řešení.
|
|
|
Analysis of Retinal Image Data to Support Glaucoma Diagnosis
Odstrčilík, Jan ; Kybic, Jan (oponent) ; Matula,, Petr (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
Fundus camera is widely available imaging device enabling fast and cheap examination of the human retina. Hence, many researchers focus on development of automatic methods towards assessment of various retinal diseases via fundus images. This dissertation summarizes recent state-of-the-art in the field of glaucoma diagnosis using fundus camera and proposes a novel methodology for assessment of the retinal nerve fiber layer (RNFL) via texture analysis. Along with it, a method for the retinal blood vessel segmentation is introduced as an additional valuable contribution to the recent state-of-the-art in the field of retinal image processing. Segmentation of the blood vessels also serves as a necessary step preceding evaluation of the RNFL via the proposed methodology. In addition, a new publicly available high-resolution retinal image database with gold standard data is introduced as a novel opportunity for other researches to evaluate their segmentation algorithms.
|
|
|
Extrakce texturních příznaků pro účely detekce glaukomového poškození
Daněk, Daniel ; Kolář, Radim (oponent) ; Odstrčilík, Jan (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá automatickou analýzou fundus snímků sítnice pomocí texturní analýzy využívající Markovská náhodná pole. Cílem práce je nalézt vhodné texturní parametry, které by bylo možné využít pro klasifikaci stupně poškození vrstvy nervových vláken. Uvažovaný model Markovských náhodných polí využívá cirkulárně symetrické okolí pro popis analyzované textury a odhad parametrů modelu pomocí metody nejmenších čtverců. Získané texturní příznaky byly kvantitativně vyhodnoceny pomocí základní korelační analýzy s využitím dat z optické koherentní tomografie (OCT). Výsledky ukazují, že existuje korelace mezi navrženými příznaky a tloušťkou vrstvy nervových vláken, měřenou pomocí OCT. Příznaky lze tedy v budoucnu potencionálně využít pro diagnostiku glaukomu.
|
|
|
Analýza oftalmologických dat z pohledu diagnostiky glaukomu
Vodáková, Martina ; Kolář, Radim (oponent) ; Odstrčilík, Jan (vedoucí práce)
Bakalářská práce je zaměřena na texturní analýzu snímků sítnice s vysokým rozlišením s cílem subjektivně a kvantitativně popsat vlastnosti textury tvořené vrstvou nervových vláken. Na každém snímku byla předdefinována oblast zájmu v podobě deseti sektorů. V každém sektoru byla sledována korelace mezi subjektivním a kvantitatvním hodnocením textury. Výsledky ukazují, že navrhované základní příznaky jsou úzce spojeny s texturními vlastnostmi získanými z vizuálního vzhledu vrstvy nervových vláken. Poslední krok popisuje porovnání výsledků hodnocení textury vrstvy nervových vláken s kvantitativně změřenou tloušťkou vrstvy nervových vláken z dat optické koherentní tomografie.
|
|
|
Analýza vrstvy nervových vláken na snímcích sítnice s využitím lokálních binárních vzorů
Doležal, Petr ; Harabiš, Vratislav (oponent) ; Odstrčilík, Jan (vedoucí práce)
Tato práce popisuje metodu LBP (Localy Binary Pattern) v jejích různých formách jako nástroj pro analýzu vrstvy nervových vláken jakožto snímků s texturou a bez textury. První část práce se zabývá vrstvou nervových vláken na sítnici oka, výpadky nervových vláken, a především pak možnostmi snímání sítnice pomocí fundus kamery a vlastnostmi takto získaných dat. Druhá část práce popisuje a vysvětluje metodu LBP využívající lokální binární operátory k popisu textury pomocí histogramů. Z takto vzniklých LBP histogramů je získán soubor příznaků. Různými klasifikačními přístupy lze pak určit, zda nové vzorky patří snímku s výpadkem vrstvy nervových vláken. Tímto se zabývá další část práce. Následně je zkoumána korelace příznaků histogramů těchto snímků s tloušťkou vrstvy nervových vláken v témže místě. Metody popisované v této práci byly otestovány na souboru snímků v programovém prostředí MATLAB a dobré výsledky ukazují, že použitá metoda může najít uplatnění v podpoře diagnostiky glaukomových onemocnění.
|
|
|
Měření vrstvy nervových vláken sítnice u pacientů s Alzheimerovou chorobou
Kasl, Zdeněk ; Jirásková, Naďa (vedoucí práce) ; Pašta, Jiří (oponent) ; Skorkovská, Šárka (oponent)
Souhrn Alzheimerova choroba (ACH) je nejčastější příčinou syndromu demence a mírné kognitivní poruchy (MCI). Nejspolehlivěji je možné diagn ózu ACH zachytit pomocí takzvaných biomarkerů průkazem změny metabolismu mozku pozitronovou emisní tomografií (PET), změnami v mozkomíšním moku nebo struktury mozku magnetickou rezonancí (MRI). Tyto metody jsou finančně nákladné, organizačně a časově náročné a pro pacienta často zatěžující. Z těchto důvodů se hledají alternativní přístupy vhodné pro časnou diagnostiku ACH. Jednou z možností může být zhodnocení tloušťky vrstvy nervových vláken sítnice (RNFL), která je dobře přístupná vyšetření přes optický aparát oka. Cílem naší práce je prezentovat základy současných znalostí o Alzheimerově chorobě se zaměřením na souvislosti ACH s očním nálezem. V další části práce pak představit měření vrstvy nervových vláken sítnice pomocí optické koherenční tomografie (OCT) jako potenciální diagnostickou metodu při screeningu pacientů s ACH a prezentovat výsledky naměřené na našem souboru. Soubor obsahoval 24 pacientů s ACH, respektive 48 změřených očí a 10 pacientů s mírným kognitivním deficitem, respektive 19 změřených očí. Do kontrolního souboru bylo zařazeno 26 osob, respektive 51 změřených očí. Všichni pacienti podstoupili komplexní oční vyšetření včetně vyšetření sítnice v...
|
|
|
Měření vrstvy nervových vláken sítnice u pacientů s Alzheimerovou chorobou
Kasl, Zdeněk ; Jirásková, Naďa (vedoucí práce) ; Pašta, Jiří (oponent) ; Skorkovská, Šárka (oponent)
Souhrn Alzheimerova choroba (ACH) je nejčastější příčinou syndromu demence a mírné kognitivní poruchy (MCI). Nejspolehlivěji je možné diagn ózu ACH zachytit pomocí takzvaných biomarkerů průkazem změny metabolismu mozku pozitronovou emisní tomografií (PET), změnami v mozkomíšním moku nebo struktury mozku magnetickou rezonancí (MRI). Tyto metody jsou finančně nákladné, organizačně a časově náročné a pro pacienta často zatěžující. Z těchto důvodů se hledají alternativní přístupy vhodné pro časnou diagnostiku ACH. Jednou z možností může být zhodnocení tloušťky vrstvy nervových vláken sítnice (RNFL), která je dobře přístupná vyšetření přes optický aparát oka. Cílem naší práce je prezentovat základy současných znalostí o Alzheimerově chorobě se zaměřením na souvislosti ACH s očním nálezem. V další části práce pak představit měření vrstvy nervových vláken sítnice pomocí optické koherenční tomografie (OCT) jako potenciální diagnostickou metodu při screeningu pacientů s ACH a prezentovat výsledky naměřené na našem souboru. Soubor obsahoval 24 pacientů s ACH, respektive 48 změřených očí a 10 pacientů s mírným kognitivním deficitem, respektive 19 změřených očí. Do kontrolního souboru bylo zařazeno 26 osob, respektive 51 změřených očí. Všichni pacienti podstoupili komplexní oční vyšetření včetně vyšetření sítnice v...
|
|
|
Předzpracování snímků sítnice za účelem zlepšení diagnostiky glaukomu
Holásková, Anna ; Walek, Petr (oponent) ; Odstrčilík, Jan (vedoucí práce)
Předzpracování snímků sítnice je prvním stupněm k dalšímu zpracování retinálních snímků nebo prvním krokem k diagnostice řady očních onemocnění. Předzpracování představuje takové úpravy obrazu, které zlepší jeho vizuální stránku. Je to především odstranění šumu vznikajícího při akvizici dat, transformace kontrastu a jasu, detekce hran a prahování. V této práci se zabýváme základními metodami předzpracování obrazu a dále konkrétními metodami předzpracování snímků sítnice. Mezi tyto patří globální jasové korekce, filtry typu horní propust, homomorfní filtrace a adaptivní zvýraznění. Kromě těchto metod, které lze implementovat do programového prostředí, existují i techniky ruční, založené na zkušenostech lékaře. V této práci je proto zmíněn i postup pro ruční úpravu snímků sítnice za pomocí programu Adobe Photoshop. Z výše zmíněných metod byly vybrány tři, které byly podrobněji nastudovány a implementovány do programového prostředí MATLAB. Jedná se o homomorfní filtraci, CLAHE (Contrast Limited Adaptive Histogram Equalization) a adaptivní zvýraznění. K těmto metodám byly vytvořeny funkce a byly otestovány na dostupných obrazových datech. V závěru práce jsou diskutovány výsledky vybraných metod. Uveden je také návod k použití.
|
|
|
Analýza vrstvy nervových vláken na snímcích sítnice s využitím lokálních binárních vzorů
Doležal, Petr ; Harabiš, Vratislav (oponent) ; Odstrčilík, Jan (vedoucí práce)
Tato práce popisuje metodu LBP (Localy Binary Pattern) v jejích různých formách jako nástroj pro analýzu vrstvy nervových vláken jakožto snímků s texturou a bez textury. První část práce se zabývá vrstvou nervových vláken na sítnici oka, výpadky nervových vláken, a především pak možnostmi snímání sítnice pomocí fundus kamery a vlastnostmi takto získaných dat. Druhá část práce popisuje a vysvětluje metodu LBP využívající lokální binární operátory k popisu textury pomocí histogramů. Z takto vzniklých LBP histogramů je získán soubor příznaků. Různými klasifikačními přístupy lze pak určit, zda nové vzorky patří snímku s výpadkem vrstvy nervových vláken. Tímto se zabývá další část práce. Následně je zkoumána korelace příznaků histogramů těchto snímků s tloušťkou vrstvy nervových vláken v témže místě. Metody popisované v této práci byly otestovány na souboru snímků v programovém prostředí MATLAB a dobré výsledky ukazují, že použitá metoda může najít uplatnění v podpoře diagnostiky glaukomových onemocnění.
|
host ::
RSS.