|
|
Tick-borne encephalitis virus inhibits rRNA synthesis and host protein production in human cells of neural origin
SELINGER, Martin
Tick-borne encephalitis virus (TBEV), a member of the genus Flavivirus (Flaviviridae), is a causative agent of a severe neuroinfection. Recently, several flaviviruses have been shown to interact with host protein synthesis. In order to determine whether TBEV interacts with this host process in its natural target cells, we analysed de novo protein synthesis in a human cell line derived from cerebellar medulloblastoma (DAOY HTB-186). We observed a significant decrease in the rate of host protein synthesis, including the housekeeping genes HPRT1 and GAPDH and the known interferon-stimulated gene viperin. In addition, TBEV infection resulted in a specific decrease of RNA polymerase I transcripts, 18S and 28S rRNAs and their precursor, 45-47S pre-rRNA, but had no effect on the RNA polymerase III-transcribed 5S rRNA levels.
|
|
|
Replikace a transkripce nukleolární DNA
Flusser, Michal ; Smirnov, Evgeny (vedoucí práce) ; Staněk, David (oponent)
Jadérko je nejvýznamnější částí buněčného jádra a je místem, kde je ribosomální RNA (rRNA) syntetizována, zpracovávána a spojena s ribosomálními proteiny. Přestože bylo jadérko studováno po mnoha desetiletí, je jeho strukturální a funkční organizace stále nejasná. Například, není známa role různých typů DNA, které se účastní tvorby jadérek společně s ribosomálními geny. Tato práce shrnuje dosavadní poznatky a názory týkající se jadérka, se zaměřením na dva syntetické procesy, a to replikaci a transkripci v savčích buňkách. Specifické rysy těchto procesů v souvislosti s nukleolární ultrastrukturou zůstávají nevyřešeným problémem moderní molekulární biologie.
|
|
|
Vliv modifikací rRNA na syntézu proteinů
Kročová, Eliška ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Holá, Dana (oponent)
Ribosom je supramolekulární útvar, který zprostředkovává syntézu veškerých buněčných proteinů a je tedy nezbytný pro její život. To, že jsou některé nukleotidy ribosomální RNA modifikovány je známo už čtyřicet let. Teprve v dnešní době se však daří hlouběji studovat, jak jsou jednotlivé modifikace syntetizovány i to, jaký je jejich vliv na vznik a funkci ribosomu. Některé konkrétní nukleotidové modifikace mají význam při vzniku ribosomu (například m1 acp3 Ψ1191 SSU), u některých byl pozorován vliv na správnou funkčnost ribosomu (například Um2921, Gm2922, Ψ2923 LSU, m1 acp3 Ψ1191 SSU). Většina modifikovaných nukleotidů v eukaryotní rRNA je rozpoznávána malými jadérkovými RNA (snoRNA). Několik málo nukleotidů je však rozpoznáváno a následně modifikováno specifickými proteiny. Tyto proteiny hrají i zásadní roli ve zrání ribosomu. Předložená práce přehledně shrnuje současné znalosti o úloze nukleotidových modifikací v ribosomální RNA při vzniku, zrání a funkci ribosomu.
|
|
|
Využití environmentálního sekvenování pro studium diverzity eukaryot
Lukešová, Soňa ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Škaloud, Pavel (oponent)
Bakalářská práce se zaměřuje na metodu environmentálního sekvenování a její využití při zkoumání diverzity eukaryotických mikrobů. Popisuje samotnou metodu, její mechanismus, možnosti použití i problémy s ní spojené. V práci je popsán současný pohled na fylogenetiku hlavních eukaryotických linií. Není opomenuta ani bližší charakteristika těchto linií. Pozornost je věnována zejména nově objeveným skupinám. Práce řeší příbuzenské vztahy uvnitř těchto skupin, shrnuje poznatky o jejich ekologii, potravních zdrojích a morfologii. Samostatná kapitola je věnována výskytu protistních skupin v extrémních podmínkách prostředí. Klíčová slova: Diverzita eukaryot, environmentální DNA, sekvenace, rRNA, fylogenetika.
|
|
|
Vliv modifikací rRNA na iniciaci translace u eukaryot
Kročová, Eliška ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Kouba, Tomáš (oponent)
Modifikace ribosomální RNA se vyskytují u všech živých organismů. Funkce modifikací rRNA mohla začít být studována až ve chvíli, kdy byl popsán způsob vzniku těchto modifikací. V současné době se vědci zaměřují nejen na studium jednotlivých modifikací, ale i na význam celkové úrovně modifikací rRNA pro zrání a funkci ribosomu. Tato práce se zabývá vlivem 2'-O-methylací na cytidinu 1639 a adenosinu 100 v 18S rRNA a uridinu 2729 ve 25S rRNA na iniciaci translace u kvasinky Saccharomyces cerevisiae se zvláštním zřetelem na iniciaci translace řízené vnitřním vazebným místem pro ribosom (IRES). V průběhu diplomové práce byly úspěšně vytvořeny kmeny s delecí v genech snR51, snR70 a s dvojitou delecí v obou zmíněných genech. Byly provedeny pilotní experimenty, které ukázaly na význam produktů obou genů v iniciaci translace.
|
|
|
Replikace a transkripce nukleolární DNA
Flusser, Michal ; Smirnov, Evgeny (vedoucí práce) ; Staněk, David (oponent)
Jadérko je nejvýznamnější částí buněčného jádra a je místem, kde je ribosomální RNA (rRNA) syntetizována, zpracovávána a spojena s ribosomálními proteiny. Přestože bylo jadérko studováno po mnoha desetiletí, je jeho strukturální a funkční organizace stále nejasná. Například, není známa role různých typů DNA, které se účastní tvorby jadérek společně s ribosomálními geny. Tato práce shrnuje dosavadní poznatky a názory týkající se jadérka, se zaměřením na dva syntetické procesy, a to replikaci a transkripci v savčích buňkách. Specifické rysy těchto procesů v souvislosti s nukleolární ultrastrukturou zůstávají nevyřešeným problémem moderní molekulární biologie.
|
|
|
Vliv modifikací rRNA na syntézu proteinů
Kročová, Eliška ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Holá, Dana (oponent)
Ribosom je supramolekulární útvar, který zprostředkovává syntézu veškerých buněčných proteinů a je tedy nezbytný pro její život. To, že jsou některé nukleotidy ribosomální RNA modifikovány je známo už čtyřicet let. Teprve v dnešní době se však daří hlouběji studovat, jak jsou jednotlivé modifikace syntetizovány i to, jaký je jejich vliv na vznik a funkci ribosomu. Některé konkrétní nukleotidové modifikace mají význam při vzniku ribosomu (například m1 acp3 Ψ1191 SSU), u některých byl pozorován vliv na správnou funkčnost ribosomu (například Um2921, Gm2922, Ψ2923 LSU, m1 acp3 Ψ1191 SSU). Většina modifikovaných nukleotidů v eukaryotní rRNA je rozpoznávána malými jadérkovými RNA (snoRNA). Několik málo nukleotidů je však rozpoznáváno a následně modifikováno specifickými proteiny. Tyto proteiny hrají i zásadní roli ve zrání ribosomu. Předložená práce přehledně shrnuje současné znalosti o úloze nukleotidových modifikací v ribosomální RNA při vzniku, zrání a funkci ribosomu.
|
|
|
RNA biology of symbiotic bacteria in insects
MACHOVÁ, Kamila
Nekódující RNA (ncRNA) představují d uležitou část bakteriálních genomů. Přesto se ncRNA endosymbiotických bakterií hmyzu dosud zabývalo pouze několik studií s omezeným počtem vzorků. Tato práce představuje in silico analýzu ncRNA a jejich modifikací pro široké spektrum linií endosymbiontů (63 linií patřících do 27 rod u). Za nejd uležitější přínosy práce považuji následující poznatky i) geny kódující modifikační enzymy konzervované v jednotlivých bakteriálních liniích se do zančné míry liší, ii) většina míst tRNA a rRNA modifikací je konzervována bez ohledu na to, jestli je příslušný gen pro modifikační enzym konzervován nebo ne, iii) některé linie endosymbiontů nekódují plný set tRNA. Naše data navrhují, že je translace endosymbiontů ve srovnání s jejich volně žijícími příbuznými mnohem méně efektivní a že někteří symbionti potřebují na translaci spolupracovat se svými kosymbionty nebo dokonce hostiteli.
|
|
|
Molekulární analýza mitochondriálního genomu \kur{Diuraphis noxia} (Aphididae)
CHUNDELOVÁ, Daniela
Byl osekvenován celý mitochondriální genom Diuraphis noxia, v něm bylo identifikováno 13 genů kódujících proteiny, 2rRNA, 19tRNA a 2 nekódující oblasti. Pořadí všech genů, rRNA i tRNA je shodné se zjištěným pořadím genů v mt genomech příbuzných druhů. Analýzou nukleotidové variability byly vybrány variabilní lokusy a úseky vhodné jako markery pro studium genetiky populací, ovšem bude nutno napřed vyloučit působení selekce nebo efektu zakladatele.Na základě fylogenetické analýzy kódujících oblastí a rRNA bylo potvrzeno zařazení D. noxia do čeledi Aphididae.
|
|
|
Analýza low-copy sekvencí a její využití pro hodnocení polymorfismu kmenů/izolátů \kur{Beauveria bassiana}
JOZOVÁ, Eva
Beauveria bassiana je využívaná v biologické kontrole proti hospodářsky významným škůdcům. Detekce morfologického i genetického polymorfismu mezi jednotlivými izolovanými druhy a kmeny v přirozeném prostředí je důležitá ke studiu jejich šíření a působení v ekosystému. Cílem této studie bylo zjistit, v jakém propojení jsou {\clqq}lokální kmeny`` s ekologickými aspekty biologické kontroly v chráněné zóně a zhodnotit polymorfismus jednotlivých úseků pomocí metod molekulárních markerů. Bylo analyzováno 36 kmenů odebraných v Národním parku Šumava v České republice. Polymorfismus těchto kmenů byl zjišťován podle sekvencí LSU (28S velká podjednotka ribosomální DNA). Vypozorovali jsme, že populace pocházející z Národního parku Šumava je velmi uzavřená. {\clqq}Lokální kmeny`` lze díky těmto metodám velmi dobře charakterizovat i ve srovnání s jinými kmeny z odlišných částí České republiky i z jiných zemí. Populace z Národního parku Šumava nevykazuje žádné rozdíly v polymorfismu. Díky této analýze byl ujednocen vzorek Bba I101. Tento preparát je opětovně používán na lýkožrouta smrkového, vyskytujícího se v Národním parku Šumava v České republice. Tato studie byla podporována granty GAČR 521/08/H042, MSM 60076658-06, MZP SP/2d1/41/08.
|
host ::
RSS.