|
| |
|
|
Diverzita a funkce vzorů v mikrosvětě
Hirnerová, Anna ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Němcová, Yvonne (oponent)
Tato práce shrnuje dosavadní poznatky o vzorech a strukturách v různých měřítcích s důrazem na využití daných vzorů v mikrosvětě a materiálů, z kterých jsou tvořeny. Vzory se uplatňují ve všech oblastech přírodních dějů i lidské činnosti a existuje velmi mnoho analogických modelů v různých měřítcích, nevíme ale, zda mají stejné sebeorganizační mechanismy vzniku. Mnoho vzorů tvořených mikroorganismy umíme připravit bez jejich přítomnosti na základě čistě fyzikálních a chemických metod, vznikají tedy pravděpodobně za určitých parametrů ovlivnitelných daným protistem. Tyto vzory jsou pro mikroorganismy evolučně výhodné, protože jim poskytují řadu funkčních adaptací, hlavně v souvislosti s obranou proti predátorovi a pohybem ve vodním sloupci, který se odvíjí od životní strategie organismu. Matematický popis vzoru je nesmírně důležitý pro jeho další zkoumání a určování zákonitostí, které organismu umožnily těžit z jeho parametrů. Klíčová slova: vzor, struktura, konvekce, reakčně - difuzní model, geometrie, protista, mikroorganismy, kostry, schránky, šupiny
|
|
|
Pohlavní rozmnožování ochrofytních řas
Procházková, Kateřina ; Eliáš, Marek (vedoucí práce) ; Kulichová, Jana (oponent)
Pohlavní rozmnožování je jedním ze specifických znaků eukaryot. Téměř veškeré znalosti, které o pohlavním procesu máme, vycházejí ze studií provedených na živočiších a rostlinách. Ve skutečnosti však víme jen nepatrný zlomek toho, co by nám o distribuci a dalších aspektech pohlavního procesu mohly prozradit protistní organismy. U naprosté většiny z nich nich chybí jakékoliv důkazy o tom, že k pohlavnímu procesu skutečně dochází. Není však vyloučeno, že domnělá asexualita protist je pouze lidským artefaktem. Také u většiny ochrofytních řas, kterým je věnována značná část této bakalářské práce, pohlavní proces neznáme. Pozorován byl pouze u jedinců, kteří náleží do šesti z šestnácti doposud popsaných tříd skupiny Ochrophyta. V některých případech byl zjištěn také environmentální faktor, který stimuluje tvorbu pohlavních buněk. Postupné vyjasňování fylogeneze, které můžeme očekávat v následujících let spolu se znalostí biologie ochrofytních řas nám může poskytnout informace o případné sexualitě této skupiny.
|
|
|
Reprodukční izolace kryptických druhů protist
Jelínková, Lucie ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Urbánková, Pavla (oponent)
Systematická a evoluční biologie se už od počátku své existence snaží definovat druhovou kategorii či taxon. Určité taxony jsou shledávány druhy na základě nejrůznějších kritérii, tedy na základě různých druhových konceptů. Nejvíce takovýchto konceptů vzniklo v minulém století. Biologický druhový koncept byl desetiletí považován za nejzásadnější. Byl založen na přítomnosti reprodukční isolace dvou druhů. Jeho aplikovatelnost byla ovšem zpochybněna zjištěním, že existuje velké množství i starobylých asexuálních linií a také linií sexuálních s vysokou mírou hybridizace mezi uznávanými druhy. Tato práce se pokouší popsat biologický druhový koncept a jeho změny v průběhu času. A taktéž se pokouší vyřešit otázku jeho současné požitelnosti pro protista.
|
|
|
Metoda DNA barcodingu a její využití u protist
Rotterová, Johana ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Fiala, Ivan (oponent)
DNA barcoding je molekulární metoda identifikace druhů založená na krátkých úsecích sekvence DNA, které by měly být co nejvíce podobné u jedinců stejného druhu, a naopak se musí co nejvíce lišit mezi druhy. Tyto DNA barcody se pak mohou porovnávat se sekvencemi známých druhů v globální barcodové databázi. Metoda vznikla jako návrh pro zjednodušení tradiční taxonomie, eliminaci jejích problémů a zrychlení jejích postupů. DNA barcoding ovšem také podléhá různým omezením, která znemožňují uskutečnění jeho původních cílů a dodržení rámce konceptu. Cílem této práce je vyložit dosavadní vývoj a význam této metody, obzvláště u protist, u kterých jsou identifikace druhů některých skupin z mnoha různých důvodů složité. Ohodnotit tuto metodu jako celek je obtížné, jelikož tvorba databáze sekvencí zatím není dokončena a pro mnohé skupiny organismů zatím ani nebyly vybrány vhodné DNA barcodové sekvence. Zda se toto podaří, se ukáže až v průběhu času, v této práci se proto zaměřím pouze na faktory, které již nyní úspěšnost metody DNA barcodingu ovlivňují.
|
|
|
Diverzita a biogeografie protistních organismů
Ryšánek, David ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Kulichová, Jana (oponent)
Předložená bakalářská práce sestává ze dvou částí. První částí je literární rešerše, druhou částí je pak praktická kapitola, která obsahuje výsledky mého vlastního výzkumu. V první části mé bakalářské práce se věnuji literární rešerši, ve které se zabývám dvěma současnými názory na biodiverzitu a biogeografii protist. První hypotézou je model ubikvitního rozšíření, který popisuji v několika bodech a ilustruji několika příklady. Podobně jsem představil i druhou teorii umírněného ubikvitního modelu. V závěru oba modely srovnávám a poukazuji na výhody a nevýhody jednotlivých teorií. Ve druhé části své bakalářské práce stručně charakterizuji rod Klebsormidium a následně popisuji optimalizaci molekulárních metod, které mi umožní studium biodiverzity a biogeografie tohoto rodu v rámci mé diplomové práce.
|
|
|
Vývoj křemičitých struktur u protist z linie SAR
Čížková, Natálie ; Čertnerová, Dora (vedoucí práce) ; Kulichová, Jana (oponent)
Křemík je důležitým prvkem v zemské kůře vyskytující se v přírodě především ve formě kyseliny křemičité. Tento prvek je využíván mořskými i sladkovodními organismy k utváření jejich křemičitých struktur. Organismy tvořící tyto struktury se nachází napříč celým fylogenetickým stromem a nejsou omezeny pouze na protistní skupiny. Do linie SAR spadají Stramenopila, Alveolata a Rhizaria. V těchto skupinách se nachází hlavní protistní taxony tvořící zmiňované křemičité struktury. Jedná se především o rozsivky, silikoflageláty, mřížovce a zlativky. Vznik křemičitých struktur většinou poskytuje organismům evoluční výhody, jako je např. ochrana buňky před působením biotických a abiotických faktorů. Dostupnost rozpuštěného křemíku se v průběhu evoluce měnila, a tím ovlivňovala vzhled a funkčnost struktur jednotlivých druhů. Strukturální změny se projevovaly ztenčováním schránek, změnou velikosti buňky, zvětšováním či zmenšováním pórů, zvyšováním počtu trnů/ostnů či naopak jejich ztrátou. Jednotlivé linie si tak musely vybírat v reakci na snižující se dostupnost kyseliny křemičité co nejlepší strategie. Mezi skupinami tak docházelo k časté kompetici o zbývající rozpuštěný křemík. Současná diverzita druhů v jednotlivých skupinách odráží evoluční výhody a nevýhody zvolených strategií pro efektivnější využití...
|
|
|
Studium velikosti genomu u protist
Lukeš, Jiří ; Čertnerová, Dora (vedoucí práce) ; Veselská, Tereza (oponent)
Tato bakalářská práce představuje současné poznání velikosti genomu u protist se zaměřením na popis a srovnání jednotlivých metod, které byly k řešení dané problematiky použité. Velikost genomu je znak charakteristický pro všechny živé organismy a zmíněny jsou i další fyziologické znaky, které s velikostí genomu souvisí. Z metod je největší důraz kladen na průtokovou cytometrii, která je považována za spolehlivou a v současnosti poskytuje nejvíce dat o velikosti protistních genomů. Krom průtokové cytometrie je zmíněn přínos celogenomového sekvenování k poznání velikosti protistních genomů. Problémy se stanovením velikosti protistních genomů pak vyplývají z heterogenity protist jako studované skupiny a z nesjednocených postupů v rámci jednotlivých metod, které ztěžují případné porovnávání. Protista jsou v rámci práce hodnocené jako nedostatečně prostudovaná skupina, v rámci, které variuje velikost genomu přibližně 200 000×. V závěru práce je věnován prostor pro popis současných poznatků o velikosti genomu relativně prostudovaných skupin portist. Klíčová slova: velikost genomu, C-hodnota, protista, průtoková cytometrie, celogenomové sekvenování, pulzní gelová elektroforéza, Feulgenova denzitometrie, mikrospektrofotometrie
|
|
|
Porovnání metabarcodingu a morfologických přístupů pro analýzu diverzity společenstev protist
Tučková, Kateřina ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Steinová, Jana (oponent)
Tato práce popisuje metodu metabarcodingu, její historii, princip a současné využití. Jednou z oblastí, ve které metabarcoding umožnil rozvoj poznání, je výzkum diversity protist. I přestože jsou protista na Zemi hojně rozšířená a zastávají mnoho důležitých rolí v ekosystémech, o jejich diverzitě toho příliš mnoho nevíme. Tradiční mikroskopické techniky založené především na určování druhů podle jejich morfologie nejsou vždy pro studium protist úplně vhodné vzhledem k jejich malé velikosti, nízké koncentraci jedinců v prostředí a konvergentní morfologické evoluci u některých skupin. Stejně jako tradiční mikroskopické techniky, i metoda metabarcodingu má své výhody a nevýhody. Tato práce přináší porovnání výhod a nevýhod metabarcodingu a mikroskopických technik pro určování diverzity protist a snaží se zdůraznit potřebu, proč bychom měli při výzkumu použít obou těchto metod.
|
|
|
Protein composition of the cytoskeleton of protists
Švagr, Eva ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Pánek, Tomáš (oponent)
Zatímco máme jasnou představu o roli aktinu a tubulin v buňce, intermediární filamenta (IF) jsou často přehlížená. Tak je tomu především v buňkách protist, kde nejsou známé funkce ani u členů širších rodin aktinu a tubulinu. Intermediární filamenta stále nejsou u protist vnímána jako součást cytoskeletu, narozdíl od jejich lépe prostudovaných protějšků u metazoí. Proteiny intermediálních filament u protist a metazoí si nejsou sekvenčně podobné, nicméně sdílí podobnou strukturu a schopnost autonomně se uspořádávat do analogických filament. Význam intermediálních filament se stal zřejmým, když byly proteiny podobné složkám IF identifikovány v mnoha protistních buňkách. Přesto že o proteinovém složení žíhaných fibril nevíme mnoho, IF proteiny byly u několika organismů lokalizovány právě do žíhaných fibril nebo jiných unikátních cytoskeletálních útvarů. Toto naznačuje, že IF proteiny by mohly být více univerzálně přítomným komponentem filament, které jsou často pozorovány v buňkách protist. Klíčová slova: Protista, cytoskelet, mikrotubuly, mikrofilamenta, intermediární filamenta, fibrily, proteinové složení
|
host ::
RSS.