|
|
Vliv modulace hladin cytokininů na fenom a proteom rostlin
Koukalová, Vladěna
Limitujícími prvky zemědělské produkce jsou zejména negativně působící biotické a abiotické stresory prostředí. Jejich dopady se snaží minimalizovat molekulárně genetické přístupy, které hledají řešení v geneticky modifikovaných organismech s vyšší odolností. Současná legislativa však velice limituje využití GMO, a proto se rovněž hledají jiné cesty, jak docílit stejných účinků. Jednou z cest je hledání farmak, které budou mít pozitivní vliv na obranu rostlin proti stresorům prostředí. Tato práce je věnována charakterizaci látky INCYDE, která blokuje degradaci rostlinných hormonů cytokininů, které jsou známy svými pozitivními účinky na oddalování stárnutí rostlin a zvýšení odolnosti rostlin vůči extrémnímu suchu. Klasickou bioesejí sledováním délky hlavního kořene bylo prokázáno, že působení látky INCYDE je srovnatelné s působením jednoho z nejaktivnějších cytokininů trans-zeatinu. Analýzou linií s pozměněnou signalizací kanonické signalizační dráhy cytokininů bylo ověřeno, že pro změny sledovaných morfologických parametrů nevyužívají INCYDE a trans-zeatin rozdílných složek cytokininové signalizace. Navzdory tomu, že mají INCYDE a trans-zeatin podobné účinky, analýza proteomu odhalila odlišnosti v působení těchto látek. Tyto rozdíly budou předmětem následných analýz.
|
|
|
Proteom rostlin v reakci na abiotický stres
Čotková, Veronika
Rostliny si se svým přisedlým způsobem života vyvinuly komplexní mechanismy jak se vyrovnat s nepříznivými podmínkami prostředí. Tato diplomová práce shrnuje současné znalosti na toto téma a zaměřuje se na světlo, teplotu a fytohormony v odpovědích rostlin na abiotický stres. Praktická část se věnuje proteomice a dokončuje a navazuje na projekt zahájený během mé bakalářské práce. Transgenní klíční rostliny Arabidopsis nesoucí inducibilní cytokinin oxidázu/dehydrogenázu z ječmene (CaMV35S>GR>HvCKX2) byly profilovány pro objasnění odpovědí na úrovni proteomu na snížené hladiny cytokininů pod teplotním stresem za standardní (80 umol.m-2.s-1) a nízké intenzity světla (20 umol.m-2.s-1). Pomocí 2-DE analýzy a analýzy pomocí hmotnostní spektrometrie se podařilo celkem objevit 63 rozdílně abundantních proteinů zahrnutých v různých metabolických procesech. Tato data poskytují důkaz o spojení mezi teplotní, světelnou a cytokininovou signalizací v Arabidopsis a budou použita při modelování interakcí cytokininy - světlo - teplota.
|
|
|
Barley Proteomic Studies Related to Beer Production
Benkovská, Dagmar ; Márová, Ivana (oponent) ; Ehrenbergerová, Jaroslava (oponent) ; Zdráhal, Zbyněk (oponent) ; Bobáľová, Janette (vedoucí práce)
This work is focused on barley proteomic studies in relation to the beer production. Barley belongs between the most important crops in the world and its greatest use is for malting purposes, most commonly for the brewing industry. Studies of barley proteins during malting and brewing provide information about changes in protein composition or their post translational modifications. Since the protein composition and their modifications are essential for the quality of malt and beer, barley proteomic studies have a potential to improve the malting and brewing process. The main goal of this thesis is to investigate barley water-soluble proteins and their changes that occur during the malting and brewing process. The differences in protein composition were investigated using gel electrophoresis, reversed phase and size exclusion liquid chromatography, and MALDI-TOF mass spectrometry. The amount of some proteins is increasing and some new proteins are created in the germinated grain during the malting process. Contrary, many proteins are decomposed during the brewing process due to the high temperature and enzymatic activity of some proteases. Only some proteins belonging to the family of pathogenesis related proteins resist these harsh conditions and pass into the beer where they can influence several important quality properties. Furthermore, various barley varieties and their differences were investigated. Varieties allowed for the production of certified Czech beer were compared to one variety with well proven malting properties and one non-malting barley variety. In addition, alcohol soluble barley proteins and their changes during the malting process were investigated as well. A special attention was paid to selected post-translational modifications of proteins, namely glycosylations. Non-enzymatically glycosylated barley proteins (or glycated proteins) are formed during the malting process considering the large amount of glucose released from the starch degradation, and influence the protein stability as well as the beer quality, especially foaming properties. Enzymatic N-glycosylation represents the most frequently studied post translational modification in plants because glycoproteins play a key role in various biological functions. Since glycoproteins are often present in a small amount, their enrichment from a complex mixture is required for their analysis. Lectin concanavalin A affinity chromatography was used for barley glycoproteins investigation. Moreover, the analysis of the carbohydrate part of glycoproteins was optimized. This doctoral thesis brings important information about barley proteins, their modifications and analysis that are useful for further studies.
|
|
| |
|
|
Využití proteomiky pro monitorování potenciálních biomarkerů rakoviny prsu
Garcia N Dua, Felicita ; Ing.Anna Kubesová, Ph.D. (oponent) ; Flodrová, Dana (vedoucí práce)
Nádor prsu je jedním z nejčastějších maligních karcinomů u žen a prognóza úzce souvisí s tím, v jakém stádiu kancerogeneze je proces zachycen. V posledních letech je pozornost soustřeďována na hledání nových látek, jež by snížily negativní dopady, které s sebou nese chemoterapie. Bylo zjištěno, že jednou z efektivních látek v boji s karcinomem jsou retinoidy, které mají schopnost inhibovat nádory prsní žlázy v časných stádiích nemoci. Tato práce se zabývá proteomickými studiemi buněk karcinomu prsu a porovnáváním obsahu bílkovin obsažených v karcinomových buňkách, které byly podrobeny retinoidové léčbě. Úspěšně bylo využito několika separačních metod jako 1D a 2D elektroforéza, chromatografie na reverzní fázi a gelová permeační chromatografie. K tomu byly vzorky ještě podrobeny enzymatickému štěpení vybraných proteinů a jejich identifikaci pomocí MALDI-TOF MS. 2D gelová elektroforéza odhalila výskyt skupiny proteinů řadících se mezi molekulární chaperony, které jsou dnes považovány za významné specifické biomarkery nejen karcinomu prsu.
|
|
|
Vliv růstových regulátorů na proteom rostlin v průběhu klíčení
Habánová, Hana
Klíčení semen je složitý proces, během kterého dochází k růstu embrya uvnitř semene a následně ke vzniku klíční rostliny. Většina rostlinných druhů, včetně modelové rostliny Arabidopsis thaliana, produkuje suchá semena, jejichž metabolismus je plně obnoven po nabobtnání. Klíčení je časná fáze života rostlin, která zajišťuje jejich přežití a je ovlivněna řadou vnitřních i vnějších stimulů. Tato práce s názvem "Vliv růstových regulátorů na proteom rostlin v průběhu klíčení" sleduje současně efekty světla a růstových regulátorů působících na bobtnající semena. Pro porozumění molekulární podstaty klíčení byl sledován proteom semen A. thaliana, která se nechala bobtnat v přítomnosti růstových regulátorů a při kontinuálním osvětlení, či tmě. Rostlinný materiál byl odebrán po 24h a 48h kultivaci a následně byl připraven pro LC-MS profilování proteomu. Celkem bylo identifikováno více než 1100 proteinů. Následné statistické zpracování pomocí PCA a párového srovnání vybraných vzorků nám poskytlo důkazy o tom, že moderní proteomická analýza je perspektivním prostředkem pro výzkum klíčení semen.
|
|
|
Metody frakcionace a obohacování rostlinného proteomu
Breineková, Alžběta
Proteom je komplexní a dynamická směs proteinů produkovaná organismem. Představuje desítky tisíc různých druhů proteinů a jejich charakterizace je obtížným úkolem i s použitím nejmodernějších technik. Tato bakalářská práce s názvem ,,Metody frakcionace a obohacování rostlinného proteomu" je zaměřena na rostlinnou proteomiku a přístupy, které mohou zlepšit detekční limity a zvýšit pokrytí proteomu. V experimentální části byl analyzován proteom modelové rostliny huseníčku rolního (Arabidopsis thaliana). Testované techniky zahrnují hrubé frakcionace na úrovni pletiv, subcelulární frakcionaci a separace na úrovni proteinů. Nakonec byly sady vzorků analyzovány prostřednictvím LC-MS a byla optimalizována metoda analýzy peptidů. Kombinace výsledků z jednotlivých LC-MS analýz odhalilo více než 4900 identifikovaných proteinů huseníčku rolního (Arabidopsis thaliana) (FDR< 1%). Z tohoto počtu bylo 248 detekováno pouze v ekvalizovaném proteomu. Výsledky této práce pomohly vytvořit robustní analytickou metodu, která bude využita v dalším výzkumu rostlinného proteomu na MENDELU.
|
|
|
Efekt inhibice proteasomu na proteom Arabidopsis thaliana
Dufek, Martin
Proteazom se vyskytuje ve všech eukaryotních organizmech a jeho struktura je vysoce konzervovaná. Hlavní funkcí tohoto multi-proteinového komplexu je usnadnění proteinového obratu a degradace špatně složených, změněných, opotřebených, nebo nepotřebných proteinů. Degradace proteazomem je převážně závislá na kooperaci s komplexním systémem, který konjuguje ubikvitin k proteinům určeným degradaci. Proteazomová dráha je úzce spojena se signálními dráhami fytohormonů a jako taková může hrát významnou roli v růstu a vývoji rostlin. Tato bakalářská práce nazvaná "Efekt inhibice proteazomu na proteom Arabidopsis thaliana" se zabývá ubikvitin-dependentní proteazomovou dráhou se zaměřením na signalizaci fytohromonů. V experimentální části byl pozorován efekt inhibice proteazomu na proteom modelové rostliny Arabidopsis thaliana. Pomocí LC-MS profilování bylo sledováno více jak 1400 proteinů. Statistické zpracování umožnilo nahlédnout do molekulárních mechanizmů odpovědi na proteazomovou inhibici.
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.