|
|
Molekulárně genetická analýza vzácných onemocnění oka v romské populaci na území České republiky
Rysková, Natálie ; Lišková, Petra (vedoucí práce) ; Klímová, Aneta (oponent)
Romové jsou největší a nejrozšířenější nadnárodní etnickou komunitou. Česká republika odhaduje jejich 2% zastoupení ve své populaci. Vzhledem k vysoké míře endogamie jsou spektrum a frekvence dědičných onemocnění v romské populaci odlišné od populace většinové. Hereditární onemocnění oka jsou jednou z nejčastějších příčin nevidomosti u dětí a mladších dospělých a představují tak významnou socioekonomickou zátěž. Cílem práce byla molekulárně genetická analýza dědičných onemocnění postihující zrak včetně kombinovaných vad a syndromů u jedinců romského původu a stanovení frekvence detekovaných patogenních variant v této populaci. Molekulárně genetická analýza 17 rodin byla provedena pomocí přímého a celoexomového sekvenování. V rámci mezinárodní spolupráce byla dále stanovena jejich vzájemná míra příbuznosti pomocí programu PLINK. Frekvence vybraných variant byla sledována na kontrolním souboru 156 romských exomů a genomů. Spektrum chorob v analyzovaném souboru zahrnovalo různé dystrofie sítnice, primární kongenitální glaukom, Usherův syndrom, neuronální ceroidní lipofuscinózu, Noonanův syndrom, nanoftalmus a syndrom kongenitální katarakty, faciálního dysmorfismu a demyelinizační neuropatie. Výsledky diplomové práce naznačují, že romská populace žijící na území České republiky má vyšší riziko vzniku...
|
|
| |
|
|
Kryptosporidie a kryptosporidióza chovaných a zdivočelých nutrií
LIMPOUCHOVÁ, Zlata
Kryptosporidie jsou častí paraziti obratlovců. Tato práce popisuje nový druh kryptosporidií adaptovaný na nutrie. Celkem bylo vyšetřeno 247 vzorků trusu od chovaných a volně žijících nutrií v České republice a Slovensku. Vzorky byly vyšetřeny mikroskopicky a molekulárně na genech kódujících malou ribozomální podjednotku, aktin, HSP70 a gp60.
|
|
|
Molekulární diagnostika fungálních patogenů z klinických vzorků
CIMICKÁ, Jana
Tato studie je zaměřena na optimalizaci a použití molekulárních metod v mykologické diagnostice. Pacientův život často závisí na včasné diagnostice, kterou běžné kultivační metody nemohou poskytnout. Řešením jsou pan-fungální primery ITS oblasti a sekvenování nové generace (NGS). Tyto metody byly použity pro fungální detekci z FFPE vzorků tkání od pacientů s ulcerózní kolitidou (UK), Crohnovou chorobou (CD) a 10 kontrol bez chronických zánětlivých změn ve střevní sliznici. Výsledky této studie mají tři úrovně. Za prvé, proces optimalizace upozornil na důležitost sterilní izolace DNA v laminárním boxu, který může zabránit kontaminaci fungálním rodem Malassezia spp. Za druhé, hrubá data ukázala vyvážený poměr Askomycet a Basidiomycet u CD vzorků podobný poměrům v negativních kontrolách, zatímco UC vzorky ukázaly vyšší zastoupení Askomycet oproti ostatním skupinám. Za třetí, podrobná data zobrazila fungální rody Malassezia, Cladosporium a Toninia ve všech skupinách vzorků, zatímco rod Candida byl nalezen jen v UC vzorcích a rody Engyodontium a Ramularia byly nalezeny v CD vzrocích. Závěrem, mykobiom hraje roli v idiopatických střevních onemocněních; ačkoliv jeho složení je stále diskutabilní. Optimalizace pan-fungální nested PCR a NGS pomohla se zavedením mykologické diagnostiky z FFPE vzorků v Bioptické laboratoři s.r.o. a nyní se používá pro diferenciální diagnostiku.
|
|
|
Molecular and serologic diagnosis of infections caused by Trichobilharzia
Vaščiková, Michaela ; Horák, Petr (vedoucí práce) ; Ditrich, Oleg (oponent)
Cerkárie rodu Trichobilharzia penetrujú nie len do kože definitívneho hostiteľa (vodné vtáctvo), ale aj do kože náhodných hostiteľov (cicavce). Dôsledkom penetrácie je vznik hypersenzitívnej reakcie nazývanej cerkáriová dermatitída. Cieľom práce bolo detegovať parazitárnu DNA zo séra a mozgomiešneho moku infikovaných kačiek, tiež zo séra infikovaných myší. Pomocou PCR s primermi pre tandemovo repetitívnu sekvenciu sme boli schopní zachytiť 1 fg parazitárnej DNA izolovanej zo séra infikovaných kačiek. Parazitárnu DNA sa nám podarilo amplifikovať iba u 16 vzoriek séra a likvoru kačiek, ale nie zo sér myší. Ďalej boli myšie séra testované ELISA a Western blot metódou, a to za použitia antigénu homogenátu cerkárií T. regenti (TRhc) , T. szidati (TShc) a S. mansoni (SMhc). Výsledky ukazujú na progesívny nárast hladiny IgM protilátok, ktorý bol viditeľný od 10 dní prvej infekcie a nárast hladiny IgG protilátok až od druhej reinfekce. Po 10 dňoch od štvrtej reinfekcie hladina oboch protilátok v sére postupne klesala, ale ešte 100 dní od štvrtej reinfekcie bola hladina protilátok vyššia ako u negatívnych sér. Výsledky z Western blotu ukazujú, že IgG a IgM protilátky v homológnom sére rozpoznávali antigény 21 a 22 kDa z TRhc. V homológnom sére IgG protilátky rozpoznávali antigén 26 kDa z TShc a IgM...
|
|
|
Molekulární diagnostika ptačích schistosom při nákaze přirozených i náhodných hostitelů
Šteiger, Vladimír ; Kašný, Martin (vedoucí práce) ; Dvořák, Jan (oponent)
Ptačí schistosomy rodu Trichobilharzia patří mezi významné původce kožní hypersenzitivní reakce zvané cerkáriová dermatitida. Tito parazité využívají jako mezihostitele plicnaté plže z čeledi Lymnaeidae, a jako definitivní hostitele především kachnovité ptáky. První larvální stádium, miracidium, ve vodě aktivně vyhledává a penetruje mezihostitelského plže, ve kterém se vyvíjí v mateřskou sporocystu. Vytvářejí se dceřiné sporocysty migrující do hepatopankreatu plže, kde dochází k asexuální produkci velkého množství cerkárií. Ve vodním prostředí cerkárie opouští mezihostitele, aktivně vyhledávají a penetrují do kůže definitivního hostitele. V jeho těle dospívají a produkují vajíčka. Cerkárie však mohou penetrovat do kůže savců, včetně člověka, kde dochází k jejich rychlé eliminaci imunitním systémem za vzniku zánětlivé reakce. Dosud neexistuje spolehlivá metoda, která by u lidí byla schopná odlišit cerkáriovou dermatitidu od jiných hypersenzitivních kožních reakcí a zároveň pomocí které by bylo možné spolehlivě diagnostikovat trichobilharziózu u kachen. Hlavním cílem této práce bylo, za použití molekulárních metod diagnostikovat nákazu ptačími motolicemi u experimentálně nakažených přirozených (kachen) i náhodných hostitelů (myší, lidí). Za účelem optimalizace experimentů byla pomocí konvenční PCR...
|
|
|
Motolice Aporocotyle simplex ze svalbardských platýzů Hippoglossoides platessoides.
HÁJKOVÁ, Šárka
Ve své bakalářské práci jsem se zabývala motolicemi z platýzů Hippoglossoides platessoides, získaných během expedic na Svalbard v letech 2014 a 2018. Cílem bylo morfologické a molekulární zpracování přivezeného materiálu, díky němuž se mi podařilo potvrdit determinaci nalezených motolic jako Aporocotyle simplex Odhner, 1900. Je to často se vyskytující parazit platýzů, a to především u Hippoglossoides platessoides, dále pak u Limanda limanda a Pleuronectes platessa. Druh A. simplex je geograficky rozšířen v zálivu sv. Vavřince v Kanadě, na západním pobřeží Švédska, v Barentsově a Beringově moři, u pobřeží Kamčatky a Grónska. Z mých výsledků vyplývá, že druh A. simplex je rozšířen i na Svalbardu. V praktické části jsem se zabývala metodami, které mi pomohly charakterizovat zkoumané vzorky. Pozorovala jsem povrchové struktury motolice prostřednictvím skenovacího elektronového mikroskopu SEM JEOL JSM-7401F. Vnitřní orgány byly zviditelněny použitím Mayerova-Schubergova karmínu, což mi umožnilo zhotovit nákres motolice s využitím světelného mikroskopu (Olympus BX51) vybaveného kreslícím zařízením. Dále jsem provedla izolaci DNA s využitím komerčního kitu Exgene Tissue SV mini (GeneAll). Izolovaná DNA (gen pro velkou ribozomální podjednotku, 28S rRNA) byla amplifikována pomocí PCR, získané PCR produkty byly sekvenovány na automatickém sekvenátoru (ABI Prism 3130xl nebo 3730xl, firma SEQme). Nově získané sekvence (celkem tři) byly alignovány v programu Geneious 8.0.5 se sekvencemi dostupnými z GenBanku (64 sekvencí). Fylogenetická analýza vztahů v rámci druhů čeledi Aporocotylidae byla provedena metodou maximální věrohodnosti (Maximum Likelihood) s uživím modelu TPM2u+F+G4 jako nejlepšího. Aporocotyle simplex spadá do samostatné větve společně s A. michaudi, od kterého se však výrazně odlišuje svou morfologií (rozmístění a počet tělních ostnů ve shluku, počet varlat, poměr délky jícnu k délce těla) a zeměpisným rozšířením (A michaudi se vyskytuje v jižním Atlantském oceánu).
|
|
|
Detekce bakterií Ralstonia solanacearum patogenních pro rajče, papriku a brambor metodou loop-mediated isothermal amplification
STRNAD, Adam
Pro rychlou detekci karanténní bakterie Ralstonia solancearum patogenní pro rajče, brambor a papriku, byla využita metoda LAMP. Na základě analýzy sekvence genu fliC byla in silico navržena sada LAMP primerů s maximální teoretickou specifitou pouze pro Ralstonia solanacearum. Následně byla metoda optimalizována tak, aby byla schopna detekovat pouze bakterii Ralstonia solanacearum a rozlišit ji od ostatních fytopatogenních bakterií napadající brambor, rajče a papriku. Pomocí LAMP lze detekovat bakterii z velice malého množství DNA za dobu menší, než 30 minut v reálném čase. Metoda je schopna amplifikovat DNA o koncentraci 0,00001 ng/?l. Pro specifičtější detekci je však vhodnější koncentrace DNA vyšší.
|
|
|
Molekulární diagnostika ptačích schistosom při nákaze přirozených i náhodných hostitelů
Šteiger, Vladimír ; Kašný, Martin (vedoucí práce) ; Dvořák, Jan (oponent)
Ptačí schistosomy rodu Trichobilharzia patří mezi významné původce kožní hypersenzitivní reakce zvané cerkáriová dermatitida. Tito parazité využívají jako mezihostitele plicnaté plže z čeledi Lymnaeidae, a jako definitivní hostitele především kachnovité ptáky. První larvální stádium, miracidium, ve vodě aktivně vyhledává a penetruje mezihostitelského plže, ve kterém se vyvíjí v mateřskou sporocystu. Vytvářejí se dceřiné sporocysty migrující do hepatopankreatu plže, kde dochází k asexuální produkci velkého množství cerkárií. Ve vodním prostředí cerkárie opouští mezihostitele, aktivně vyhledávají a penetrují do kůže definitivního hostitele. V jeho těle dospívají a produkují vajíčka. Cerkárie však mohou penetrovat do kůže savců, včetně člověka, kde dochází k jejich rychlé eliminaci imunitním systémem za vzniku zánětlivé reakce. Dosud neexistuje spolehlivá metoda, která by u lidí byla schopná odlišit cerkáriovou dermatitidu od jiných hypersenzitivních kožních reakcí a zároveň pomocí které by bylo možné spolehlivě diagnostikovat trichobilharziózu u kachen. Hlavním cílem této práce bylo, za použití molekulárních metod diagnostikovat nákazu ptačími motolicemi u experimentálně nakažených přirozených (kachen) i náhodných hostitelů (myší, lidí). Za účelem optimalizace experimentů byla pomocí konvenční PCR...
|
|
|
Molecular and serologic diagnosis of infections caused by Trichobilharzia
Vaščiková, Michaela ; Horák, Petr (vedoucí práce) ; Ditrich, Oleg (oponent)
Cerkárie rodu Trichobilharzia penetrujú nie len do kože definitívneho hostiteľa (vodné vtáctvo), ale aj do kože náhodných hostiteľov (cicavce). Dôsledkom penetrácie je vznik hypersenzitívnej reakcie nazývanej cerkáriová dermatitída. Cieľom práce bolo detegovať parazitárnu DNA zo séra a mozgomiešneho moku infikovaných kačiek, tiež zo séra infikovaných myší. Pomocou PCR s primermi pre tandemovo repetitívnu sekvenciu sme boli schopní zachytiť 1 fg parazitárnej DNA izolovanej zo séra infikovaných kačiek. Parazitárnu DNA sa nám podarilo amplifikovať iba u 16 vzoriek séra a likvoru kačiek, ale nie zo sér myší. Ďalej boli myšie séra testované ELISA a Western blot metódou, a to za použitia antigénu homogenátu cerkárií T. regenti (TRhc) , T. szidati (TShc) a S. mansoni (SMhc). Výsledky ukazujú na progesívny nárast hladiny IgM protilátok, ktorý bol viditeľný od 10 dní prvej infekcie a nárast hladiny IgG protilátok až od druhej reinfekce. Po 10 dňoch od štvrtej reinfekcie hladina oboch protilátok v sére postupne klesala, ale ešte 100 dní od štvrtej reinfekcie bola hladina protilátok vyššia ako u negatívnych sér. Výsledky z Western blotu ukazujú, že IgG a IgM protilátky v homológnom sére rozpoznávali antigény 21 a 22 kDa z TRhc. V homológnom sére IgG protilátky rozpoznávali antigén 26 kDa z TShc a IgM...
|
host ::
RSS.