|
|
Phylogeography and genetic diversity of the populations of Gobius niger (Gobiiformes: Gobiidae)
Hradečný, Jakub ; Vukićová, Jasna (vedoucí práce) ; Perdices, Anabel (oponent)
Hlaváči (Gobiiformes: Gobiidae) jsou nejpočetnější rybí čeledí a nejvíce zastoupenou skupinou ryb obývající evropské pobřeží. Genetická diverzita evropských hlaváčů byla doposud studována pouze u několika málo druhů. Ačkoli se mořské prostředí jeví jako homogenní, existují zde bariéry bránící genovému toku, například v podobě průlivů či mořských proudů. Hlaváč černý (Gobius niger) obývá pobřežní vody Evropy, severní Afriky a také středozemní a černomořské pobřeží Blízkého východu. Jedná se o bentický druh hlaváče, který má v rámci životního cyklu planktonní larvální stadia. V rámci této práce byli studovaní jedinci z 28 lokalit napříč areálem rozšíření, s cílem studia vnitrodruhové genetické diverzity. Analýza dvou mitochondriálních genů (cytochrom b a D loop) odhalila komplexní populační strukturu a výraznou vnitrodruhovou diverzitu (maximální p-distance 6,1 %). Populace je rozčleněna na čtyři velmi rozdílné haplotypové skupiny, s neočekávaným geografickým rozložením. Zatímco populace obývající Atlantský oceán a Severní moře je geneticky homogenní a všichni studovaní jedinci nesou haplotypy patřící do stejné haplotypové skupiny, středomořská populace je velmi komplexní, a vykazuje přítomnost čtyř haplotypových skupin, z nichž některé jsou sdílené i mezi vzdálenějšími regiony. V západním středomoří...
|
|
|
Detekce pozitivní selekce na molekulární úrovni
Cakl, Lukáš ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent)
Nárůst výpočetního výkonu a množství dostupných genomických dat nám v dnešní době umožňuje zkoumat stopy selekce na sekvencích nukleových kyselin. Abychom získali co nejrelevantnější výsledky, je třeba se zamyslet nad tím, jak tyto stopy vznikají, jaké vlastností mají, jak je detekovat a ve kterých případech používat které metody. V této bakalářské práci se budeme věnovat nejen samotným metodám detekce selekce a jejich principům, ale i teoretickým modelům umožňujícím jejich vznik, neutrálním teoriím, vůči kterým můžeme stopy selekce srovnávat, ale také oněm stopám samotným. Vzhledem k dynamice genomu jsou totiž pro volbu metody, krom dostupných dat, rozhodující právě vlastnosti těchto stop. Zejména, když vezmeme v potaz, že některé stopy vznikají v evolučním měřítku za poměrně krátkou dobu a brzy po selekci opět mizí, zatímco vznik jiných trvá velmi dlouhou dobu. Klíčová slova: darwinovská selekce, pozitivní selekce, statistické metody, detekce selekce, dna, molekulární data
|
|
|
Význam morfologických, ultrastrukturních a molekulárních analýz pro vyšší systematiku nálevníků
Šimáčková, Aneta ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
Nálevníci jsou jednou z největších skupin protist. Mají tři charakteristické vlastnosti - (1). přítomnost mnoha bičíků, jimiž je pokryta buňka, (2). jaderný dualismus a (3). konjugaci. Systematika kmene Ciliophora se od jeho založení velmi změnila. To zapříčinil rozvoj nových metod, kterými se nálevníci mohli studovat. První systémy byly založeny na základě morfologie struktur v orální oblasti. Na základě těchto struktur vydali Levine a kolektiv v roce 1980 systém nálevníků, v kterém rozdělili nálevníky do tří tříd. Zjistilo se, že tento systém není přirozený, jelikož orální struktury jsou variabilní. Jako lepší znak pro evoluci nálevníků se osvědčila somatická ultrastruktura. Systém na základě ní vydali Small a Lynn, kteří vytvořili v kmenu Ciliophora tři podkmeny a osm tříd. Molekulární analýzy tento systém nepotvrdily. Na základě nich se ukázala existence pouze dvou podkmenů (Postciliodesmatophora a Intramacronucleata) a počet tříd se zvýšil na jedenáct. Od té doby bylo definováno dalších 6 nových tříd nálevníků. Tyto třídy byly vytvořeny především na základě fylogenomických a fylogenetických analýz. V podkmenu Intramacronucleata byly pomocí fylogenomických analýz odhaleny tři evoluční linie SAL, CONthreeP a Protocruziea. Klíčová slova: nálevník, systém, orální ciliatura, somatická ciliatura,...
|
|
|
Hyaloscyphaceae - současný pohled na fylogenezi a diverzitu
Bundová, Kateřina ; Koukol, Ondřej (vedoucí práce) ; Šandová, Markéta (oponent)
Čeleď Hyaloscyphaceae (Helotiales) zahrnuje mikroskopické druhy hub, které jsou charakterizovány sesilními apothecii s excipulárními chlupy; tyto chlupy jsou velmi dobrým taxonomickým znakem. Naprostá většina druhů této čeledi jsou saprotrofní organismy vyrůstající na mrtvém bylinném nebo dřevěném substrátu v opadu, nejběžněji vyrůstají na opadaných jehlicích, šiškách a větévkách jehličnatých dřevin. Rozšíření čeledi je kosmopolitní s těžištěm výskytu v temperátních a boreálních lesích, nicméně se vyskytují i v lesích tropických a subtropických pásem. Čeleď Hyaloscyphaceae je pravděpodobně polyfyletickým konglomerátem, který zahrnuje několik vývojových větví, proto je potřeba tuto skupinu blíže prostudovat. Cílem této bakalářské práce je utřídit a porovnat názory na fylogenezi čeledi Hyaloscyphaceae od počátečních morfologických studií až po současné studie založené na molekulárních datech a na základě těchto informací vytvořit přehled rodů hub řazených v současné době do Hyaloscyphaceae. A v neposlední řadě je mým cílem popsat ekologickou a druhovou diverzitu čeledi.
|
host ::
RSS.