|
|
Use of DGGE to analysis and identification of selected microorganisms
Jankeje, Kristína ; Čarnecká, Martina (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Presented diploma thesis is focused on use of DGGE to analysis and identification of selected microorganisms. PCR-DGGE is a method that allows direct characterization of the microbial community in the natural environment without necessity of cultivation. A literature review is devoted to the principle of the method, current applications and its limitations too. In experimental part microbial DNA was isolated and used as a template for PCR reaction. Microbial DNA was then amplified using the universal eukaryotic primers that target the D1/D2 domain of the 26S subunit of ribosomal DNA. To improve specificity and sensitivity of detection nested PCR was chosen using outer and inner primer pairs. Generated amplicons (250 bp) were consequently separated by DGGE. The analysis of selected microorganisms by DGGE technique was performed after optimization of electrophoresis conditions (in particular the denaturing gradient extent and separation time). Despite the optimization, mutual differentiation among individual yeast strains was not possible since each reference strain was represented by several bands in the same positions. In conclusion DGGE profile obtained from wine musts is discussed. Present bands suggest the major presence of non-Saccharomyces yeasts, yeast-like strain A. pullulans is present in the minority and Saccharomyces yeasts are probably present too. The technique remains open for further optimization, particularly as regards the conditions of polymerase chain reaction.
|
|
|
Kvantitativní zastoupení bakterií rodu Lactobacillus v lidském zažívacím traktu v závislosti na změně stravovacích návyků
Kolísková, Kateřina
Diplomová práce se zabývá problematikou kvantitativního zastoupení bakteriálních rodů v lidském zažívacím traktu v závislosti na změně stravovacích zvyklostí. Začátek literárního přehledu se věnuje obecné charakteristice střevního mikrobiomu a jejímu bakteriálnímu zastoupení. Nejobsáhlejší část patří jednotlivým faktorům, které ovlivňují celkový počet bakteriálních druhů osídlujících střevní mikrobiom. Poslední kapitoly teoretické části jsou věnovány kultivačním a molekulárně biologickým metodám, které jsou využívány pro vyšetření lidského zažívacího traktu. Experimentální část se zaměřuje na rozdíly počtu jednotlivých bakterií ve vzorcích lidské stolice, jejichž přítomnost byla stanovena prostřednictvím kultivačních metod. U rodu Lactobacillus byla provedena izolace bakteriálního DNA, která byla následně potvrzena polymerázovou řetězovou reakcí. U výsledných hodnot byly pozorovány nepatrné změny, přičemž na konci druhého období došlo k nárůstu počtu bakterií druhu L. acidophilus a L. rhamnosus (p < 0,05). S výjimkou rodu Bacteroides měly ostatní bakteriální rody tendenci klesat (p > 0,05). Na základě získaných dat ze záznamů stravy byly pozorovány změny v konzumaci základních makroživin (bílkoviny, tuky, sacharidy) a vlákniny. Pouze u sacharidů a jednoduchých cukrů byl zaznamenán statisticky průkazný rozdíl (p > 0,05). Konečná analýza potvrdila, že změna stravovacích návyků neměla vliv na celkový počet bakteriálních druhů osídlujících střevní mikrobiom.
|
|
|
Vliv diversity mikrobiálního společenstva na dekomposici organické hmoty
Vicena, Jakub ; Frouz, Jan (vedoucí práce) ; Cajthaml, Tomáš (oponent)
Mikrobiální diversita hraje významnou roli v dekomposici půdní organické hmoty. Avšak faktory, které tuto spojitost ovlivňují, zůstávají stále nejasné. Práce vychází z dlouhodobého sledování půd odlišného sukcesního stádia o rozdílné diversitě. Odběr půd probíhal na dvou výsypkách po těžbě hnědého uhlí na Sokolovsku. Půdy byly následně radiečně sterilizovány a inokulovány mikroflórou z obou zdrojových půd o různé hustotě inokula, což vytvořilo gradient mikrobiální diversity. Následně byla měřena respirace půd s přídavkem a bez přídavku opadu trávy Calamagrostis epigejos. Výsledky prokázaly silnou positivní závislost mezi mikrobiální diversitou a dekomposicí organické hmoty v případě, že je mikrobiální společenstvo limitováno dostupným uhlíkem. Pokud tomu tak není, je dekomposiční rychlost řízena množstvím mikrobiální biomasy. Zároveň byla prokázána positivní korelace mezi rychlostí dekomposice a množstvím houbové biomasy. U půd s přídavkem listového opadu se v iniciální fázi dekomposice projevil priming efekt. Kontrolní vzorky bez přídavku opadu priming efekt nevykazovaly. Zvýšení vlhkosti vedlo k navýšení dekomposiční rychlosti. S klidným svědomím můžeme konstatovat, že podobně průkazné výsledky, související s vlivem diversity mikrobiálního společenstva na dekomposici organické hmoty, jsou ve...
|
|
|
Mobilizace subglaciálních mikroorganismů během odledňování a jejich export do proglaciálních ekosystémů
Znamínko, Matěj ; Stibal, Marek (vedoucí práce) ; Řeháková, Klára (oponent)
Subglaciální prostředí hostí aktivní mikrobiální společenstva. Složení těchto společenstev je ovlivněno mnoha faktory, jedním z nejdůležitějších je však glaciální hydrologie. Ta má vliv nejen na formování subglaciálních společenstev, ale zásadním způsobem ovlivňuje i mobilizaci mikroorganismů a jejich následný export do ekosystémů ležících níže po proudu. Sezónní změny ve vývoji glaciální hydrologické sítě umožňují propojení supraglaciálního a subglaciálního prostředí. Společně se subglaciálními mikroorganismy jsou tak do proglaciálních toků exportovány i mikroorganismy ze supraglaciálního prostředí. Zastoupení jednotlivých mikrobiálních společenstev v proglaciální skrumáži není jednotné a může být ovlivněno velikostí či geografickou polohou ledovce, nebo fází ledovcového odvodňovacího systému. Mikroorganismy proglaciální skrumáže mohou v proglaciálních tocích tvořit biofilmy anebo se podílet na složení společenstev v ekosystémech ležících níže po proudu. Tato práce shrnuje současné poznatky o mobilizaci a následném exportu mikroorganismů ze subglaciálních prostředí.
|
|
|
Vliv diversity mikrobiálního společenstva na dekomposici organické hmoty
Vicena, Jakub ; Frouz, Jan (vedoucí práce) ; Cajthaml, Tomáš (oponent)
Mikrobiální diversita hraje významnou roli v dekomposici půdní organické hmoty. Avšak faktory, které tuto spojitost ovlivňují, zůstávají stále nejasné. Práce vychází z dlouhodobého sledování půd odlišného sukcesního stádia o rozdílné diversitě. Odběr půd probíhal na dvou výsypkách po těžbě hnědého uhlí na Sokolovsku. Půdy byly následně radiečně sterilizovány a inokulovány mikroflórou z obou zdrojových půd o různé hustotě inokula, což vytvořilo gradient mikrobiální diversity. Následně byla měřena respirace půd s přídavkem a bez přídavku opadu trávy Calamagrostis epigejos. Výsledky prokázaly silnou positivní závislost mezi mikrobiální diversitou a dekomposicí organické hmoty v případě, že je mikrobiální společenstvo limitováno dostupným uhlíkem. Pokud tomu tak není, je dekomposiční rychlost řízena množstvím mikrobiální biomasy. Zároveň byla prokázána positivní korelace mezi rychlostí dekomposice a množstvím houbové biomasy. U půd s přídavkem listového opadu se v iniciální fázi dekomposice projevil priming efekt. Kontrolní vzorky bez přídavku opadu priming efekt nevykazovaly. Zvýšení vlhkosti vedlo k navýšení dekomposiční rychlosti. S klidným svědomím můžeme konstatovat, že podobně průkazné výsledky, související s vlivem diversity mikrobiálního společenstva na dekomposici organické hmoty, jsou ve...
|
|
|
Use of DGGE to analysis and identification of selected microorganisms
Jankeje, Kristína ; Čarnecká, Martina (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Presented diploma thesis is focused on use of DGGE to analysis and identification of selected microorganisms. PCR-DGGE is a method that allows direct characterization of the microbial community in the natural environment without necessity of cultivation. A literature review is devoted to the principle of the method, current applications and its limitations too. In experimental part microbial DNA was isolated and used as a template for PCR reaction. Microbial DNA was then amplified using the universal eukaryotic primers that target the D1/D2 domain of the 26S subunit of ribosomal DNA. To improve specificity and sensitivity of detection nested PCR was chosen using outer and inner primer pairs. Generated amplicons (250 bp) were consequently separated by DGGE. The analysis of selected microorganisms by DGGE technique was performed after optimization of electrophoresis conditions (in particular the denaturing gradient extent and separation time). Despite the optimization, mutual differentiation among individual yeast strains was not possible since each reference strain was represented by several bands in the same positions. In conclusion DGGE profile obtained from wine musts is discussed. Present bands suggest the major presence of non-Saccharomyces yeasts, yeast-like strain A. pullulans is present in the minority and Saccharomyces yeasts are probably present too. The technique remains open for further optimization, particularly as regards the conditions of polymerase chain reaction.
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.