|
|
Molecular Signature as Optima of Multi-Objective Function with Applications to Prediction in Oncogenomics
Aligerová, Zuzana ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Content of this work is theoretical introduction and follow-up practical processing of topic Molecular signature as optima of multi-objective function with applications to prediction in oncogenomics. Opening chapters are targeted on topic of cancer, mainly on breast cancer and its subtype Triple Negative Breast Cancer. Succeeds the literature review of optimization methods, mainly on meta-heuristic methods for multi-objective optimization and problematic of machine learning. Part is focused on the oncogenomics and on the principal of microarray and also to statistics methods with emphasis on the calculation of p-value and Bimodality Index. Practical part of work consists from concrete research and conclusions lead to next steps of research. Implementation of selected methods was realised in Matlab and R, with use of other programming languages Java and Python.
|
|
|
Nastavení genové exprese v dospělém mozku pokusného potkana po prenatálním vystavení metamfetaminu
Tomášková, Anežka ; Černá, Marie (vedoucí práce) ; Rudá, Jana (oponent)
Úvod: Metamfetamin je droga často zneužívaná těhotnými ženami závislými na drogách a je současně jednou z nejčastěji užívaných drog v České republice. Tato droga prochází snadno placentární bariérou do organismu plodu a může negativně ovlivňovat nejen matku, ale i prenatální vývoj plodu. Cíle: V rámci projektu byly zjišťovány dlouhodobé účinky prenatální expozice metamfetaminu. Bylo zkoumáno, zda prenatální expozice MA ovlivňuje generaci potomků exponovaných samic na úrovni exprese genů ve specifických oblastech mozku (ve striatu, hipokampu a prefrontálním kortexu). Naše práce si klade za cíl provést obecný screening exprese genů ve vybraných oblastech mozku potkanů F1 generace prenatálně ovlivněných metamfetaminem a vyhodnocení případné změny exprese jednotlivých genů. Metody: Potkanům byly odebírány vybrané části mozku, kde byly metodou microarray hybridizace a real-time PCR stanoveny změny exprese vybraných genů. Výsledky: V rámci statistického vyhodnocení microarray hybridizace nebyla zjištěna signifikantně změněná exprese u žádného z testovaných genů. Byly zjištěny pouze hraniční hodnoty pro 13 genů, které byly dále testovány metodou real-time PCR. Po statistickém vyhodnocení real-time PCR byla signifikantně změněná exprese nalezena u 2 genů vztaženým ku jedné ze dvou endogenních kontrol....
|
|
|
A transcriptomic-based comparison of barley cultivars differing with respect to their low temperature acclimation capacity
Janská, Anna ; Ovesná, Jaroslava (vedoucí práce) ; Vaňková, Radomíra (oponent) ; Honys, David (oponent)
V disertační práci se zabývám porovnáním transkriptomických profilů odrůd ječmene (Hordeum vulgare L.) s odlišnou schopností chladové aklimatizace, a to na úrovni listu a odnožovacího uzle (OU). Odnožovací uzel jsem zvolila proto, že pro přezimování ozimých obilovin je to zásadní orgán. Abych pokryla první i druhou fázi aklimatizace, zvolila jsem tři týdny otužování při +3řC následované jedním dnem při -3řC. Mrazové poškození jsem měřila metodou konduktometrie (Publikace 2 a 3) s použitím optimalizovaného protokolu, který popsal Prášil a Zámečník (1998). Stejný protokol byl přizpůsoben pro sledování přírůstku mrazem poškozených rostlin (Publikace 2); pro tento účel byly testované rostliny po mrazovém cyklu zasazeny, seříznuty nad OU a byl sledován přírůstek a míra přežití během dalšího týdne. Pro transkriptomické analýzy jsem zvolila platformu DNA čipů Affymetrix (Close et al. 2004) a pro jejich následnou analýzu programy R, MAS 5.0 (Ihaka a Gentleman 1996, Publikace 2 i 3), Gene Spring GX 7.3 (Agilent Technologies, Santa Clara CA; Publikace 2) a MapMan (http://mapman.gabipd.org; Thimm et al. 2004; Usadel et al. 2005; Publikace 2), "Self- Organizing Maps" algoritmus (Kohonen et al. 1996; Publikace 3), MIPS FunCat (Ruepp et al. 2004; http://mips.gsf.de/projects/funcat; Publikace 2). První část...
|
|
|
Genetická analýza nádorů hlavy a krku
Čapková, Markéta ; Plzák, Jan (vedoucí práce) ; Smilek, Pavel (oponent) ; Čelakovský, Petr (oponent)
Dlaždicobuněčné karcinomy hlavy a krku (HNSCC = head and neck squamous cell carcinoma) jsou pátou nejčastější skupinou maligních nádorů člověka. Jsou spojeny s vysokou morbiditou způsobenou jak primárním onemocněním, tak následnou léčbou. Léčebné výsledky této skupiny nádorů se výrazně nezlepšují a to navzdory značným pokrokům, kterých bylo v posledních desetiletích dosaženo v chirurgii a onkologii. Ve své práci jsem se zaměřila na analýzu genové exprese séra pacientů s nádory hlavy a krku, která navazovala na předchozí výzkum analýzy genové exprese přímo v nádorové tkáni. Dále jsme též zkoumali analýzu genové exprese v nádorovém stromatu, které se poslední dobou ukazuje jako významný faktor v iniciaci i progresi kancerogeneze. Zjistili jsme několik kandidátních genů, které jsou součástí signalizačních drah související s buněčnou diferenciací a proliferací a které jsou součástí apoptotické dráhy ( BCl-2, BCl-XL a MAX) a zároveň pokles exprese hlavního tumor supresorového genu p53. V peritumorální tkáni jsme zaznamenali zvýšenou expresi cytokinů typických pro embryonální vývoj a diferenciaci ektodermové tkáně - IGF-2 a BMP-4, které v médiu významně ovlivňují fenotyp normálních keratinocytů. Dále jsme identifikovali několik kandidátních genů souvisejících s expresí Gal-1 ve tkáni bohaté na stromální...
|
|
|
Nastavení genové exprese v dospělém mozku pokusného potkana po prenatálním vystavení metamfetaminu
Tomášková, Anežka ; Černá, Marie (vedoucí práce) ; Rudá, Jana (oponent)
Úvod: Metamfetamin je droga často zneužívaná těhotnými ženami závislými na drogách a je současně jednou z nejčastěji užívaných drog v České republice. Tato droga prochází snadno placentární bariérou do organismu plodu a může negativně ovlivňovat nejen matku, ale i prenatální vývoj plodu. Cíle: V rámci projektu byly zjišťovány dlouhodobé účinky prenatální expozice metamfetaminu. Bylo zkoumáno, zda prenatální expozice MA ovlivňuje generaci potomků exponovaných samic na úrovni exprese genů ve specifických oblastech mozku (ve striatu, hipokampu a prefrontálním kortexu). Naše práce si klade za cíl provést obecný screening exprese genů ve vybraných oblastech mozku potkanů F1 generace prenatálně ovlivněných metamfetaminem a vyhodnocení případné změny exprese jednotlivých genů. Metody: Potkanům byly odebírány vybrané části mozku, kde byly metodou microarray hybridizace a real-time PCR stanoveny změny exprese vybraných genů. Výsledky: V rámci statistického vyhodnocení microarray hybridizace nebyla zjištěna signifikantně změněná exprese u žádného z testovaných genů. Byly zjištěny pouze hraniční hodnoty pro 13 genů, které byly dále testovány metodou real-time PCR. Po statistickém vyhodnocení real-time PCR byla signifikantně změněná exprese nalezena u 2 genů vztaženým ku jedné ze dvou endogenních kontrol....
|
|
|
Prenatální expozice metamfetamínu a její vliv na genovou expresi ve vybraných částech mozku pokusného potkana
Tomášková, Anežka ; Zoubková, Hana (vedoucí práce) ; Rudá, Jana (oponent)
Úvod: Metamfetamin je droga často zneužívaná těhotnými ženami závislými na drogách a je současně jednou z nejčastěji užívaných drog v České republice. Tato droga prochází snadno placentární bariérou do organismu plodu a může negativně ovlivňovat nejen matku, ale i prenatální vývoj plodu. Cíle:V rámcigrantového projektu GAČR: 14-03708S byly zjišťovány dlouhodobé účinky prenatální expozice metamfetaminu. Bylo zkoumáno, zda prenatální expozice metamfetaminem ovlivňuje generaci potomků exponovaných samic na úrovni exprese genů ve specifických oblastech mozku, a to ve striatu, hipokampu a prefrontálním kortexu. Metody: Potkanům byly odebírany vybrané části mozku a v těch byly metodou microarray hybridizace a real-time PCR stanoveny změny exprese vybraných genů. Výsledky: V rámci statistického vyhodnocení microarray hybridizace nevyšla změněná exprese u žádného z testovaných genů signifikantně. Byly naměřeny pouze hraniční hodnoty pro 13 genů, které byly dále testovány metodou real-time PCR. Po statistickém vyhodnocení real-time PCR byla signifikantně změněná exprese nalezena u 2 genů vztaženým ku jedné ze dvou endogenních kontrol. Signifikantně zvýšená genová exprese u genu DRD3 a TACR3 byla nalezena ve striatu, v dalších částech mozku změna exprese nalezena nebyla. U genu FOXP2 byly naměřeny hraniční...
|
|
|
A transcriptomic-based comparison of barley cultivars differing with respect to their low temperature acclimation capacity
Janská, Anna ; Ovesná, Jaroslava (vedoucí práce) ; Vaňková, Radomíra (oponent) ; Honys, David (oponent)
V disertační práci se zabývám porovnáním transkriptomických profilů odrůd ječmene (Hordeum vulgare L.) s odlišnou schopností chladové aklimatizace, a to na úrovni listu a odnožovacího uzle (OU). Odnožovací uzel jsem zvolila proto, že pro přezimování ozimých obilovin je to zásadní orgán. Abych pokryla první i druhou fázi aklimatizace, zvolila jsem tři týdny otužování při +3řC následované jedním dnem při -3řC. Mrazové poškození jsem měřila metodou konduktometrie (Publikace 2 a 3) s použitím optimalizovaného protokolu, který popsal Prášil a Zámečník (1998). Stejný protokol byl přizpůsoben pro sledování přírůstku mrazem poškozených rostlin (Publikace 2); pro tento účel byly testované rostliny po mrazovém cyklu zasazeny, seříznuty nad OU a byl sledován přírůstek a míra přežití během dalšího týdne. Pro transkriptomické analýzy jsem zvolila platformu DNA čipů Affymetrix (Close et al. 2004) a pro jejich následnou analýzu programy R, MAS 5.0 (Ihaka a Gentleman 1996, Publikace 2 i 3), Gene Spring GX 7.3 (Agilent Technologies, Santa Clara CA; Publikace 2) a MapMan (http://mapman.gabipd.org; Thimm et al. 2004; Usadel et al. 2005; Publikace 2), "Self- Organizing Maps" algoritmus (Kohonen et al. 1996; Publikace 3), MIPS FunCat (Ruepp et al. 2004; http://mips.gsf.de/projects/funcat; Publikace 2). První část...
|
|
|
Genetická analýza nádorů hlavy a krku
Čapková, Markéta ; Plzák, Jan (vedoucí práce) ; Smilek, Pavel (oponent) ; Čelakovský, Petr (oponent)
Dlaždicobuněčné karcinomy hlavy a krku (HNSCC = head and neck squamous cell carcinoma) jsou pátou nejčastější skupinou maligních nádorů člověka. Jsou spojeny s vysokou morbiditou způsobenou jak primárním onemocněním, tak následnou léčbou. Léčebné výsledky této skupiny nádorů se výrazně nezlepšují a to navzdory značným pokrokům, kterých bylo v posledních desetiletích dosaženo v chirurgii a onkologii. Ve své práci jsem se zaměřila na analýzu genové exprese séra pacientů s nádory hlavy a krku, která navazovala na předchozí výzkum analýzy genové exprese přímo v nádorové tkáni. Dále jsme též zkoumali analýzu genové exprese v nádorovém stromatu, které se poslední dobou ukazuje jako významný faktor v iniciaci i progresi kancerogeneze. Zjistili jsme několik kandidátních genů, které jsou součástí signalizačních drah související s buněčnou diferenciací a proliferací a které jsou součástí apoptotické dráhy ( BCl-2, BCl-XL a MAX) a zároveň pokles exprese hlavního tumor supresorového genu p53. V peritumorální tkáni jsme zaznamenali zvýšenou expresi cytokinů typických pro embryonální vývoj a diferenciaci ektodermové tkáně - IGF-2 a BMP-4, které v médiu významně ovlivňují fenotyp normálních keratinocytů. Dále jsme identifikovali několik kandidátních genů souvisejících s expresí Gal-1 ve tkáni bohaté na stromální...
|
|
|
Molecular Signature as Optima of Multi-Objective Function with Applications to Prediction in Oncogenomics
Aligerová, Zuzana ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Content of this work is theoretical introduction and follow-up practical processing of topic Molecular signature as optima of multi-objective function with applications to prediction in oncogenomics. Opening chapters are targeted on topic of cancer, mainly on breast cancer and its subtype Triple Negative Breast Cancer. Succeeds the literature review of optimization methods, mainly on meta-heuristic methods for multi-objective optimization and problematic of machine learning. Part is focused on the oncogenomics and on the principal of microarray and also to statistics methods with emphasis on the calculation of p-value and Bimodality Index. Practical part of work consists from concrete research and conclusions lead to next steps of research. Implementation of selected methods was realised in Matlab and R, with use of other programming languages Java and Python.
|
|
|
Gene Expression Data Analysis for in Vitro Toxicology
Šimeček, Petr
Microarray analyses have been performed on CD34-progenitor derived dendritic cells that have been exposed to chemical skin sensitizers; allergens (4) and irritants (2). The aim of this work is to identify genes whose expression is affected by exposure to the allergens but not by the irritants. The inference is based on a dataset containing 72 microarrays.
|
host ::
RSS.