|
|
Determination of structure and dynamics of biomolecules by theoretical calculations of NMR spectroscopic parameters
Benda, Ladislav ; Sychrovský, Vladimír (vedoucí práce) ; Munzarová, Markéta (oponent) ; Hrabal, Richard (oponent)
iii Abstrakt Název: Určování strukturních a dynamických vlastností biomolekul pomocí teoretických výpočtů parametrů spekter NMR Autor: Ladislav Benda, ladislav.benda@gmail.com Katedra/Ústav: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i. Vedoucí doktorské práce: Dr. Vladimír Sychrovský, Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i., vladimir.sychrovsky@uochb.cas.cz Abstrakt: Předkládaná doktorská práce se zaměřuje na teoretické modelování parametrů spekter nukleární magnetické rezonance (NMR) v peptidech a nukleových kyselinách. Mo- delovány byly především závislosti NMR parametrů na molekulární struktuře a solvataci. Velký důraz byl kladen na porovnání vypočtených dat s experimentem. Studovanými modely byly především di-peptid l-alanyl-l-alanin (AA) a fosfátová skupina páteře nuk- leových kyselin. Na základě výpočtů se podařilo určit konformace všech tří nabitých forem AA v roztoku a vysvětlit experimentálně pozorované změny NMR parametrů při změnách pH. Byly kalibrovány závislosti NMR kros-korelovaných relaxačních rychlostí na geometrii molekuly AA. 31 P NMR parametry ve fosfátu nukleových kyselin byly systema- ticky modelovány v závislosti na konformaci a solvataci fosfátu. Navrhli jsme pravidla pro...
|
|
|
Theory and application of optical spectroscopic methods for structural molecular studies
Hudecová, Jana ; Bouř, Petr (vedoucí práce) ; Setnička, Vladimír (oponent) ; Valenta, Jan (oponent)
Název práce: Teorie a aplikace optických spektroskopických metod pro strukturní studie molekul Autor: RNDr. Jana Hudecová Katedra / Ústav: Ústav organické chemie biochemie AVČR, v.v.i. Vedoucí doktorské práce: Prof. RNDr. Petr Bouř, DSc. Abstrakt: V dizertační práci byly použity metody chiroptické spektroskopie (Ramanova optická aktivita, elektronový a vibrační cirkulární dichroismus a cirkulárně polarizovaná luminiscence) k získání informací o struktuře chirálních molekul. Ve čtyřech hlavních projektech jsme se zaměřili na vylepšování přesnosti kvantově-chemických výpočtů potřebných pro interpretaci změřených spekter, zahrnutím anharmonických korekcí, rozpouštědla, flexibility molekul a dynamických efektů. V prvním projektu jsme se věnovali metodě optimalizace geometrie v normálních módech a nalezli optimální frekvenční limit zajišťující realistické rozšíření vibračních pásů. Dále jsme zkoumali schopnost harmonických a anharmonických výpočetních přístupů popsat C-H valenční vibrace pro tři molekuly terpenů a čtyři spektroskopické metody. Třetí projekt byl zaměřen na roli disperzních sil u různých organických rozpouštědel pro konformační rovnováhu a dynamiku cyklických dipeptidů obsahujících tryptofan. V posledním projektu pomohla volná energie získaná z molekulárně-dynamických simulací vysvětlit spektrální...
|
|
|
Syntéza a studium krystalických materiálů pro NLO
Janatková, Tereza ; Němec, Ivan (vedoucí práce) ; Vojtíšek, Pavel (oponent)
Tato diplomová práce se zabývá přípravou a studiem nových sloučenin vybraných organických bází, které mají potenciál pro využití v oblasti nelineární optiky. V rámci projektu byl především studován 2-amino-5-nitropyrimidin, 2-amino-4-methylpyrimidin a jejich soli s organickými i anorganickými kyselinami. V rámci charakterizace připravených materiálů byla pozornost zaměřena na difrakční a vibračně-spektroskopické techniky s použitím kvantově chemických výpočtů. Další náplní práce byla příprava nových solí vybraných derivátů pyrimidinu s využitím kyseliny methylsulfonové. Součástí tohoto oddílu bylo i rozšíření studia fázového přechodu methylsulfonátu pyridinia a jeho nelineárních optických vlastností.
|
|
|
Molecular crystals for NLO applications - compounds of 1H-pyrazole-carboxamidine
Kohúteková, Soňa ; Němec, Ivan (vedoucí práce) ; Šloufová, Ivana (oponent)
Název práce: Molekulové krystaly pro NLO aplikace - sloučeniny 1H-pyrazol-karboxamidinu Autor: Bc. Soňa Kohúteková Katedra: Katedra anorganické chemie Vedoucí diplomové práce: prof. RNDr. Ivan Němec, Ph.D. Abstrakt: Předkládaná diplomová práce je zaměřena na přípravu a studium nových sloučenin báze 1H-pyrazol-karboxamidinu s ohledem na jejich využití v nelineární optice. Primárním cílem bylo připravit a charakterizovat krystalické soli nebo adukty s vybranými anorganickými a organickými kyselinami. Připravené sloučeniny byly studovány především pomocí metod vibrační spektroskopie a rentgenové difrakce. Pro interpretaci vibračních spekter a predikci nelineárních optických vlastností molekul byly využity kvantově-chemické výpočty. Pro optimalizaci výpočetního času s ohledem na soulad mezi vypočtenými a naměřenými spektry byly použity čtyři různé přístupy k výpočtům. U necentrosymetrických materiálů byla na práškových vzorcích měřena účinnost generování druhé harmonické frekvence. Klíčová slova: NLO, vibrační spektroskopie, krystalová struktura, kvantově-chemické výpočty
|
|
|
Determination of structure and dynamics of biomolecules by theoretical calculations of NMR spectroscopic parameters
Benda, Ladislav ; Sychrovský, Vladimír (vedoucí práce) ; Munzarová, Markéta (oponent) ; Hrabal, Richard (oponent)
iii Abstrakt Název: Určování strukturních a dynamických vlastností biomolekul pomocí teoretických výpočtů parametrů spekter NMR Autor: Ladislav Benda, ladislav.benda@gmail.com Katedra/Ústav: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i. Vedoucí doktorské práce: Dr. Vladimír Sychrovský, Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i., vladimir.sychrovsky@uochb.cas.cz Abstrakt: Předkládaná doktorská práce se zaměřuje na teoretické modelování parametrů spekter nukleární magnetické rezonance (NMR) v peptidech a nukleových kyselinách. Mo- delovány byly především závislosti NMR parametrů na molekulární struktuře a solvataci. Velký důraz byl kladen na porovnání vypočtených dat s experimentem. Studovanými modely byly především di-peptid l-alanyl-l-alanin (AA) a fosfátová skupina páteře nuk- leových kyselin. Na základě výpočtů se podařilo určit konformace všech tří nabitých forem AA v roztoku a vysvětlit experimentálně pozorované změny NMR parametrů při změnách pH. Byly kalibrovány závislosti NMR kros-korelovaných relaxačních rychlostí na geometrii molekuly AA. 31 P NMR parametry ve fosfátu nukleových kyselin byly systema- ticky modelovány v závislosti na konformaci a solvataci fosfátu. Navrhli jsme pravidla pro...
|
host ::
RSS.