|
|
Odhalení molekulárních mechanismů opravy abazického meziřetězcového spojení DNA
Hušková, Andrea ; Šilhán, Jan (vedoucí práce) ; Bařinka, Cyril (oponent) ; Pavlíček, Jiří (oponent)
3 Abstrakt DNA jako primární nositelka genetické informace zaručuje organismům žít, růst, rozvíjet se a množit. Tato nejpodstatnější molekula v buňce však podléhá každou chvíli rozličným poškozením. Pokud není opraveno, buňka a organismus nakonec podlehne nevyhnutelné destrukci. Jedno z nejzávažnějších poškození je meziřetězcové kovalentní spojení DNA vycházející z abazického místa (Ap-ICL, z angl. Abasic site interstrand crosslink). Ap-ICL se tvoří spontánně z abazického místa kovalentní vazbou s adeninem na opačném řetězci. Nedostatek informací o opravných mechanismech, vlivu lokální sekvence a jeho stabilitě vede k otázkám ohledně osudu, toxicitě a výskytu těchto lézí v buňkách. Evoluce vytvořila několik mechanismů jak tato a další jiná poškození opravit a zajistit organismu jeho přetrvání. Nedávno objevená dráha známa pro opravu Ap-ICL dostala název po glykosylase zodpovědné za odstranění Ap-ICL. DNA glykosylasa NEIL3 je k Ap-ICL přivolána ubiquitylací DNA helikasy, která je součástí komplexu zodpovědného za replikaci DNA. Glykosylasa NEIL3 obsahuje několik domén s motivem zinkového prstu, které se vážou k poškozené DNA a zajišťují její katalytickou funkci. Momentálně není znám molekulární mechanismus opravného procesu glykosylasy NEIL3. S cílem odpovědět na zmíněné neznámé byla v předložené práci...
|
|
|
Prostorové uspořádání molekul proteinů
Novotný, Jan ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Cílem této práce bylo seznámit se s prostorovým uspořádáním molekul proteinů, s jejich získáváním, způsoby zápisu a veličinami sloužícími k jejich popisu. Predikce proteinových struktur je velice důležitá pro zjištění funkce budoucích proteinů. Dalším cílem bylo vytvoření funkce v prostředí MATLAB, která bude graficky reprezentovat prostorové uspořádání páteřní struktury proteinu formou Ramachandranova diagramu. Společně s touto funkcí vytvořit další funkci k vykreslení postraních řetězců aminokyselin a funkci k výpočtu stereochemické kvality. Nakonec vytvořit program pro kompletní vyhodnocení prostorového uspořádání molekuly proteinu a výpočtu stereochemické kvality a otestování programu na proteinových strukturách z veřejné databáze RSCB PDB.
|
|
|
Simulace rentgenové difrakce v krystalografii
Ondříček, Adam ; Frk, Martin (oponent) ; Rozsívalová, Zdenka (vedoucí práce)
Předkládaná práce se zabývá modelováním krystalografických struktur elektrotechnických materiálu a jejich další diagnostikou v softwarového produktu CrystalMaker. Dále jsou uvedeny možnosti popisu krystalografických struktur a ovládání programu CrystalMaker. Další část ukazuje práci s reálnými daty. Poslední částí je vytvořená laboratorní úloha.
|
|
|
Bioinformatický nástroj pro predikci struktury proteinů
Plaga, Michal ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Cílem práce je otestování a porovnání offline nástrojů pro predikci struktury proteinů, a následné vytvoření metaprediktoru, který uživateli umožní vybrat vhodný nástroj, podle nastavených parametrů. Testování nástrojů probíhá na základě sady dat proteinů, která vychází z~databáze SCOP a snaží se být co nejvíce vyvážená aby obsahovala proteiny z~různých rodin a mohla tak co nejlépe ohodnotit jednotlivé nástroje. Výsledkem práce je zjištění požadavků na metaprediktor, jaká data a nastavení musí zpracovávat a umožňovat a jakým způsobem bude implementován.
|
|
|
Analýza rentgenových difraktogramů organických krystalických látek
Stejkora, Jakub ; Žídek, Jan (oponent) ; Salyk, Ota (vedoucí práce)
Deriváty diketopyrrolopyrrolu jsou barevné pigmenty potencionálně využitelné v oblasti organických polovodičových struktur. Jejich elektronické vlastnosti jako vodivost, fotovodivost a elektroluminescence souvisí s jejich krystalografickou strukturou, která určuje transportní cestu náboje látkou. Pro určení krystalografické struktury z RTG difrakto¬metrie je třeba vypěstovat měřitelný monokrystal. Pěstování monokrystalů derivátů diketopyrrolo-pyrrolu je díky jejich malé rozpustnosti ve všech rozpouštědlech velmi obtížné. Při testování řady metod bylo získáno několik relativně vhodných, pravděpodobně i měřitelných vzorků. Jeden z těchto vzorků byl následně proměřen pomocí RTG difraktometrie a na základě tohoto měření byla nalezena a spočtena jeho krystalografická struktura.
|
|
|
Metastable iron thin films for magnetic metamaterials
Holobrádek, Jakub ; Man, Ondřej (oponent) ; Urbánek, Michal (vedoucí práce)
Magnetic nanostructures are widely investigated for applications in industrial and fundamental research thanks to their interesting properties. One of the concerned scientific disciplines is magnonics – a novel research topic in magnetism concerned with the physics of spin waves, which can be used for fabrication of novel devices for wave-based computing with low power consumption. Fabrication of magnonic structures by a focused ion beam (FIB) is an alternative method to the commonly used lithographic methods. The material used in this work -- metastable iron – is able to undergo an ion-beam-induced phase transformation from a paramagnetic fcc to a ferromagnetic bcc phase. One of the properties, which affect the spin-wave propagation, is magnetic anisotropy. This thesis presents the influence of UHV conditions during the deposition of the metastable iron film on the magnetic anisotropy of the structures fabricated via FIB into this film. We also investigate the relationship between FIB parameters, crystallographic properties of the resulting structures, and their magnetic anisotropy.
|
|
|
Mechanismus regulace cyklin-dependentní kinasy 16 prostřednictvím komplexu cyklin Y/14-3-3
Janáčková, Zuzana ; Obšil, Tomáš (vedoucí práce) ; Pavlíček, Jiří (oponent)
CDK16 je cyklin-dependentní kinasa podílející se na regulaci buněčného cyklu. Podílí se především na procesech růstu neuritů, regulaci axonálního transportu a vývoji spermií. Hraje také roli v progresi XLID (z angl. X-linked intellectual dis- ability) a spolu se svým aktivačním partnerem cyklinem Y ve vývoji a progresi různých typů rakoviny. CDK16 a cyklin Y by proto mohly představovat potenciální nové terapeutické cíle. CDK16 i cyklin Y jsou strukturně atypické mezi podobnými proteiny a mecha- nismus aktivace CDK16 cyklinem Y zatím není známý. Z předchozích studií však vyplývá, že interakce mezi CDK16 a cyklinem Y vyžaduje předchozí interakci cyk- linu Y s 14-3-3 proteiny. Pro interakci cyklinu Y s 14-3-3 proteiny je nutná fosforylace jeho 14-3-3 vazebných míst, S100 a S326. S cílem zjistit přesný mechanismus aktivace CDK16 jsme se rozhodli blíže charakterizovat interakci mezi CDK16, cyklinem Y a 14-3-3 proteiny. Pro charakterizaci interakcí mezi CDK16, cyklinem Y a 14-3-3 proteiny byla využita řada biofyzikálních metod, včetně fluorescenční anisotropie, nativní gelové elektroforézy, gelové permeační chromatografie a proteinové krystalografie. Pomocí nativní elektroforézy a gelové permeační chromatografie byla potvrzena tvorba binár- ních pCCNY-14-3-3 a ternárních CDK16-pCCNY-14-3-3 proteinových...
|
|
|
Stability of dispersoids in aluminium alloys at elevated temperatures.
Králík, Rostislav ; Cieslar, Miroslav (vedoucí práce)
Hliníková slitina AA8079 připravena plynulým odléváním mezi válce je běžně používána pro výrobu tenké potravinářské fólie. Vzhledem k použité metodě odlévání a složení slitiny je struktura litého materiálu značně nehomogenní a obsahuje intermetalické fáze, které se shlukují v eutektických koloniích. Litý materiál tak vyžaduje tepelné zpracování před dalšími kroky výroby. Mikrostruktura materiálu po homogenizačních žíháních na různých teplotách je rozdílná, což ovlivňuje další zpracování. Po homogenizaci je materiál válcován což způsobuje snížení tažnosti. Rekrystalizační žíhání je vyžadováno po zválcování na střední tloušťku před finálním válcování, aby byla tažnost obnovena. Chování materiálu během rekrystalizačního žíhání je ovlivněno přítomnými fázemi, jejich velikostí a rozdělením. Byl studován vliv mikrostruktury po homogenizaci na rozdílných teplotách na rekrystalizaci, byla vyhodnocena kinetika rekrystalizace a byly identifikovány dva hlavní mechanismy ovlivňující rekrystalizaci - částicemi stimulovaná nukleace a Zenerův tlak.
|
|
| |
|
|
Krystalizačně-strukturní studie bakteriofágového lysinu ECD7
REINDLOVÁ, Žaneta
Tato bakalářská práce je zaměřena na krystalizaci nově získaného bakteriofágového lysinu ECD7. Bakteriofágový lysin ECD7 by mohl být jedním z nové alternativní třídy antibakteriálních látek, která by mohla být použita proti infekčním onemocněním. Hlavním cílem této práce bylo zvládnout základní krystalizační metody, poté je použít pro krystalizaci lysinu ECD7 a získat vhodné krystaly pro rentgenovou difrakční analýzu. Data z rentgenové difrakční analýzy pomohou objasnit strukturu a funkci lysinu ECD7.
|
host ::
RSS.