|
|
Adaptive evolution of Toll-like receptors in birds
Velová, Hana ; Vinkler, Michal (vedoucí práce) ; Elleder, Daniel (oponent) ; Novák, Karel (oponent)
Adaptive evolution of Toll-like receptors in birds Hana Velová, PhD thesis 7 Abstrakt Toll-like receptory (TLR) patří mezi klíčové a evolučně staré součásti imunitního systému zvířat. Jakožto receptory vrozené imunity tvoří první obrannou linii proti nejrůznějším patogenům. Správné navázání ligandů receptorem je přitom zcela zásadní pro bezchybné rozpoznání patogenů a následné spuštění přiměřené imunitní reakce. Protože zde dochází k přímé interakci mezi povrchem daného receptoru a patogenními strukturami, můžeme předpokládat molekulární koevoluci mezi hostitelem a jeho patogeny. TLR jsou tudíž díky variabilitě svých ligandů vystaveny značnému selekčnímu tlaku, který může být detekován jak na genetické, tak i proteinové úrovni. I tak je ale míra variability, kterou jsme popsali u ptačích TLR, překvapivě vysoká. Dokonce vyšší, než se dalo očekávat z dříve publikovaných prací u ostatních obratlovců, především savců. Ve své doktorské práci shrnuji výsledky, kterými jsem přispěla k výzkumu TLR u ptáků. Jako první jsme například experimentálně ověřili absenci funkčního TLR5 u několika ptačích druhů, či duplikaci genu pro TLR7 u druhů jiných. Také jsme definitivně rozřešili původ genové duplikace v rodině TLR1 a TLR2. Důležitá část mého výzkumného projektu se týkala predikce potenciálně funkčně významných pozic u...
|
|
|
Evoluce genovou duplikací z pohledu subfunkcionalizace.
Romášek, Marek ; Krylov, Vladimír (vedoucí práce) ; Reifová, Radka (oponent)
Evoluce genovou duplikací je předním tématem biologie už několik desetiletí. Nové metody a přístupy umožnily v poslední době významný pokrok v našem porozumění tomuto fenoménu. Cílem této práce je přehledně shrnout moderní pohledy na zachování duplikovaných genů v genomu organismů a procesy, které jej doprovázejí. Dalším záměrem je posoudit význam konceptu subfunkcionalizace, tedy rozlišení ancestrálních funkcí mezi dceřiné duplikáty, vedoucí k jejich zachování.
|
|
|
Adaptive evolution of Toll-like receptors in birds
Velová, Hana ; Vinkler, Michal (vedoucí práce) ; Elleder, Daniel (oponent) ; Novák, Karel (oponent)
Adaptive evolution of Toll-like receptors in birds Hana Velová, PhD thesis 7 Abstrakt Toll-like receptory (TLR) patří mezi klíčové a evolučně staré součásti imunitního systému zvířat. Jakožto receptory vrozené imunity tvoří první obrannou linii proti nejrůznějším patogenům. Správné navázání ligandů receptorem je přitom zcela zásadní pro bezchybné rozpoznání patogenů a následné spuštění přiměřené imunitní reakce. Protože zde dochází k přímé interakci mezi povrchem daného receptoru a patogenními strukturami, můžeme předpokládat molekulární koevoluci mezi hostitelem a jeho patogeny. TLR jsou tudíž díky variabilitě svých ligandů vystaveny značnému selekčnímu tlaku, který může být detekován jak na genetické, tak i proteinové úrovni. I tak je ale míra variability, kterou jsme popsali u ptačích TLR, překvapivě vysoká. Dokonce vyšší, než se dalo očekávat z dříve publikovaných prací u ostatních obratlovců, především savců. Ve své doktorské práci shrnuji výsledky, kterými jsem přispěla k výzkumu TLR u ptáků. Jako první jsme například experimentálně ověřili absenci funkčního TLR5 u několika ptačích druhů, či duplikaci genu pro TLR7 u druhů jiných. Také jsme definitivně rozřešili původ genové duplikace v rodině TLR1 a TLR2. Důležitá část mého výzkumného projektu se týkala predikce potenciálně funkčně významných pozic u...
|
|
|
Utilizace trehalózy u orchidejí: evoluce genů trehalázy
Šoch, Jan ; Ponert, Jan (vedoucí práce) ; Hála, Michal (oponent)
U všech doposud studovaných druhů orchidejí bylo pozorováno, že se účastní orchideoidně mykorhizní symbiózy. Tato symbióza zároveň představuje naprosto nezbytnou součást životního cyklu orchidejí. Mezi symbionty přitom dochází k výměně látek, kde orchidej alespoň v jejích časných vývojových stádiích získává uhlíkaté látky a energii od houby. Tato práce se soustředí na možnou úlohu trehalózy látky přenášené v této symbióze. V in vitro experimentech bylo ukázáno, že trehalózu jsou schopni utilizovat srovnatelně se sacharózou a glukózou zástupci tří podčeledí orchidejí. Schopnost utilizace trehalózy se tak zdá být v rámci této čeledi konzervovaná. Histochemickými metodami byla lokalizována aktivita enzymu trehalázy v mykorhizách orchidejí. Tato aktivita silně kolokalizovala s kolonizovanými oblastmi kořenů orchidejí. Trehalóza je tak patrně mezi symbionty transportována a v tomto procesu hraje klíčovou roli trehaláza. Pomocí bioinformatických metod bylo nalezeno mnoho duplikací trehalázového genu v rámci podříše Embryophyta, včetně některých orchidejí. Zajímavé je, že nejvíce trehalázových genů bylo nalezeno v genomu orchideje Dactylorhiza majalis. Utilizace trehalózy, zvýšená trehalázová aktivita v mykorhizách a duplikace trehalázových genů u některých orchidejí dohromady naznačují, že přenos...
|
|
|
Evoluce a exprese odoranty vázajících proteinů u vybraných zástupců rodu Mus
Vinkler, David ; Stopka, Pavel (vedoucí práce) ; Trachtulec, Zdeněk (oponent)
OBP představují malé, ve vodě dobře rozpustitelné proteiny, které jsou ve velkém množství exprimovány v blízkosti čichových neuronů, a jejichž hlavním úkolem je vázat a přepravovat lipofilní odoranty ve vodném prostředí nosní sliznice savců a jiných obratlovců. Ačkoliv OBP známe bezmála 30 let, a víme toho poměrně dost o jejich struktuře a molekulární podstatě, máme stále velmi málo informací o genové expresi těchto proteinů a funkcích, které v organismu vykonávají. Tato práce přináší nové poznatky ohledně tkáňové specificity OBP a předkládá několik nových sekvencí genů řídících tyto proteiny u vybraných zástupců rodu Mus.
|
|
|
Evoluce genovou duplikací z pohledu subfunkcionalizace.
Romášek, Marek ; Reifová, Radka (oponent) ; Krylov, Vladimír (vedoucí práce)
Evoluce genovou duplikací je předním tématem biologie už několik desetiletí. Nové metody a přístupy umožnily v poslední době významný pokrok v našem porozumění tomuto fenoménu. Cílem této práce je přehledně shrnout moderní pohledy na zachování duplikovaných genů v genomu organismů a procesy, které jej doprovázejí. Dalším záměrem je posoudit význam konceptu subfunkcionalizace, tedy rozlišení ancestrálních funkcí mezi dceřiné duplikáty, vedoucí k jejich zachování.
|
host ::
RSS.