|
|
Studium celogenomové variability lidského cytomegaloviru.
Dvořák, Jan ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Roubalová, Kateřina (oponent)
Tato práce je součástí projektu zabývající se variabilitou HCMV, jejímž dlouhodobým cílem je zmapovat geografické rozložení genotypů, zjistit vliv variability genotypů na průběh HCMV asociovaných onemocnění a vytipovat úseky genomu s potenciálním využitím pro diagnostiku a preventivní terapii. Práce je zaměřena na metodiku přípravy materiálu z klinických izolátů HCMV pro nově vyvinutou metodu celogenomového sekvenování (next-generation sequencing, NGS) a na postupy pro vyhodnocení získaných sekvenačních dat. V práci byly použity vzorky krve a moči od pacientů po transplantaci hematopoetických kmenových buněk a od kongenitálně infikovaných dětí. Vybrané vzorky vhodné pro NGS byly sekvenovány platformou Illumina a sekvence složeny postupem anglicky označovaným jako de novo assembly v kombinaci s mapping assembly. Vzorky moči ve srovnání s krví vykazovaly vyšší výtěžnost materiálu pro NGS. Ze vzorků pozitivních na HCMV DNA (7 z 50) po amplifikaci na tkáňových kulturách měl pouze jeden vysoký podíl virové buněčné DNA (98 %), u 6 vzorků činil tento podíl méně než 7 %. Ze vzorku obsahujícího 98% virové DNA byla vytvořena sekvence celého genomu a srovnána se sekvencemi dalších klinických izolátů z Belgie v 11 polymorfních oblastech. Analýza těchto oblastí ukázala, že pouze 2 izoláty vykazují shodu ve...
|
|
|
Vnitrodruhová variabilita v antioxidačních systémech rostlin v souvislosti s odolností vůči suchu
Jelénková, Iva ; Kočová, Marie (vedoucí práce) ; Zelenková, Sylva (oponent)
Sucho je jedním z hlavních faktorů omezujících zemědělskou produkci. Reaktivní formy kyslíku (superoxidový radikál, hydroxylový radikál, peroxid vodíku, apod.) vznikající při stresu v buňce aktivují antioxidační mechanizmy, které tyto toxické látky zneškodňují. V řadě prací byla potvrzena pozitivní korelace mezi aktivitou enzymatických (např. kataláza, superoxiddismutáza, glutathionreduktáza, peroxidázy) a neenzymatických (např. glutathion, kyselina askorbová) antioxidantů a odolností rostlin vůči stresu. Byla rovněž zjištěna mezidruhová i vnitrodruhová variabilita v aktivitě antioxidačních systémů rostlin. Vyšší aktivita byla pozorována u hybridních genotypů F1 generace, u kterých se projevil pozitivní heterózní efekt, nebo u rostlin ošetřených podpůrnými látkami, jako jsou např. kyselina abscisová, brassinosteroidy a dusík. Nárůst aktivit antioxidačních látek byl zjištěn také v souvislosti se stupněm ploidie nebo sílou stresu. Byla pozorována i lepší odolnost rostlin vůči jiným abiotickým stresorům po jejich předchozím vystavení stresu suchem. Reakce rostlin na stres je komplexní a závisí na mnoha dalších vnitřních a vnějších faktorech.
|
|
|
Vliv času, prostoru a genotypu na sílu plant-soil feedback interakcí
Vondráková, Zuzana ; Münzbergová, Zuzana (vedoucí práce) ; Janoušková, Martina (oponent)
Plant-soil feedback (= zpětná vazba mezi rostlinou a půdou) je důležitý mechanismus fungující v rostlinném společenstvu, který ovlivňuje jeho druhové složení. Plant-soil feedback je studován pro získání informace o vzájemném působení rostlin ve společenstvu skrz změnu půdních charakteristik. Vliv plant-soil feedback může být jak pozitivní, negativní, tak neutrální a díky těmto změnám dochází ke kompetici či vzájemné koexistenci rostlinných druhů. Plant-soil feedback je často studován v rámci sukcese rostlinných druhů, u invazních rostlin nebo u dominantních druhů ve společenstvu, kde se zjišťuje, jak silně se vzájemně druhy ovlivňují. Navzdory velkému množství předchozích studií na toto téma víme velmi málo o změně síly plant-soil feedback v čase u jednoho druhu, tedy jak se mění síla ovlivnění půdy a tedy následná biomasa druhu rostoucího v této půdě v závislosti na různé délce působení rostlinného druhu. Podobně málo informací máme o vlivu vzdálenosti od rostliny na intenzitu plant-soil feedback a možné vnitrodruhové variabilitě v těchto interakcích. Cílem mé práce tedy bylo sledovat změnu síly plant-soil feedback v čase u druhu rostoucího v půdě ovlivněné stejným či jiným rostlinným druhem a identifikovat, které abiotické faktory mohou být zodpovědné za změnu rostlinné biomasy. Dále jsem...
|
|
|
Vytipování genetické predispozice ovlivňující sportovní výkon se zaměřením na anaerobní aktivitu kosterní svalové činnosti
Balkó, Iva ; Kohlíková, Eva (vedoucí práce) ; Šimonek, Jaromír (oponent) ; Zvonař, Martin (oponent)
Název práce Vytipování genetické predispozice ovlivňující sportovní výkon se zaměřením na anaerobní aktivitu kosterní svalové činnosti Problém Vrozené dispozice každého jedince jsou ovlivněny především zděděnou genetickou informací v podobě DNA a určitým vlivem vnějšího prostředí. Na základě vysoké variability vrozených předpokladů v podobě fenotypických odlišností v anatomii či fyziologii jedince lze usuzovat na spojitosti genetické výbavy a určitého sportovního talentu. Podle současných vědeckých poznatků jsou více geneticky podmíněny sportovní výkony spojené s anaerobní aktivitou kosterní svaloviny. Anatomické a funkční vlastnosti kosterní svaloviny jsou ovlivněny geny, které mají vliv na strukturu svalových vláken, krevní zásobení, látkovou přeměnu, neurotransmisi, regeneraci svalu aj. Sportovní šerm je komplexní sportovní disciplína, kde významnou úlohu hrají rychlostní předpoklady a dynamická síla. Sportovní výkon v šermu, bez ohledu na typ zbraně, je závislý na interakcích mezi reakcí šermíře na podněty z okolního prostředí (vizuální, taktilní), přesností, taktickými a technickými dovednostmi, úrovní anticipace a celkovou fyzickou a psychickou připraveností šermíře. Práce vychází z předpokladu, že u sledovaných proměnných v anaerobním Wingate testu (maximální výkon, maximální výkon vztažený...
|
|
|
Vytipování genetické predispozice ovlivňující sportovní výkon se zaměřením na anaerobní aktivitu kosterní svalové činnosti
Balkó, Iva ; Kohlíková, Eva (vedoucí práce) ; Šimonek, Jaromír (oponent) ; Zvonař, Martin (oponent)
Název práce Vytipování genetické predispozice ovlivňující sportovní výkon se zaměřením na anaerobní aktivitu kosterní svalové činnosti Problém Vrozené dispozice každého jedince jsou ovlivněny především zděděnou genetickou informací v podobě DNA a určitým vlivem vnějšího prostředí. Na základě vysoké variability vrozených předpokladů v podobě fenotypických odlišností v anatomii či fyziologii jedince lze usuzovat na spojitosti genetické výbavy a určitého sportovního talentu. Podle současných vědeckých poznatků jsou více geneticky podmíněny sportovní výkony spojené s anaerobní aktivitou kosterní svaloviny. Anatomické a funkční vlastnosti kosterní svaloviny jsou ovlivněny geny, které mají vliv na strukturu svalových vláken, krevní zásobení, látkovou přeměnu, neurotransmisi, regeneraci svalu aj. Sportovní šerm je komplexní sportovní disciplína, kde významnou úlohu hrají rychlostní předpoklady a dynamická síla. Sportovní výkon v šermu, bez ohledu na typ zbraně, je závislý na interakcích mezi reakcí šermíře na podněty z okolního prostředí (vizuální, taktilní), přesností, taktickými a technickými dovednostmi, úrovní anticipace a celkovou fyzickou a psychickou připraveností šermíře. Práce vychází z předpokladu, že u sledovaných proměnných v anaerobním Wingate testu (maximální výkon, maximální výkon vztažený...
|
|
|
Markery fyziologického stavu borovice ve vztahu ke genetické variabilitě
Šafránková, Anna ; Albrechtová, Jana (vedoucí práce) ; Prášil, Ilja (oponent)
Šlechtění jehličnatých stromů prochází v České republice v posledních desetiletích významným rozvojem, především díky molekulárně genetickým metodám, které zpřesňují a zjednodušují zmapování genotypů stromů a výběr elitních jedinců. Zatím se ovšem v ČR vybírají elitní jedinci pouze podle lesnických parametrů (jako je výška a tloušťka kmene nebo kvalitní tvárnost kmene), které ne vždy korelují se schopností stromu odolávat abiotickým a biotickým stresům. Recentně je snaha do výběrových kritérií při šlechtění jehličnatých stromů zařadit i fyziologické metody a výběr elitních jedinců provádět i podle nespecifických indikátorů stresu, které dokáží mnohem lépe postihnout fyziologickou zdatnost stromu, než lesnické růstové parametry. Výzkum této práce probíhal na genotypech borovice lesní (Pinus sylvestris L.), které se nacházejí v semenných sadech Doubrava a Silov v Plzeňském kraji v České republice. Semenné sady jsou výsadby stromů, které slouží ke sběru geneticky hodnotného reprodukčního materiálu, jsou tedy součástí šlechtitelských programů. Na jehlicích borovic, odebraných v červenci roku 2015, byla provedena analýza nespecifických indikátorů stresu -obsahu fotosyntetických pigmentů, fenolických látek, ligninu, celulózy a prolinu a byla změřena odrazivost a rychlá kinetika fluorescence chlorofylu a....
|
|
|
Vliv času, prostoru a genotypu na sílu plant-soil feedback interakcí
Vondráková, Zuzana ; Münzbergová, Zuzana (vedoucí práce) ; Janoušková, Martina (oponent)
Plant-soil feedback (= zpětná vazba mezi rostlinou a půdou) je důležitý mechanismus fungující v rostlinném společenstvu, který ovlivňuje jeho druhové složení. Plant-soil feedback je studován pro získání informace o vzájemném působení rostlin ve společenstvu skrz změnu půdních charakteristik. Vliv plant-soil feedback může být jak pozitivní, negativní, tak neutrální a díky těmto změnám dochází ke kompetici či vzájemné koexistenci rostlinných druhů. Plant-soil feedback je často studován v rámci sukcese rostlinných druhů, u invazních rostlin nebo u dominantních druhů ve společenstvu, kde se zjišťuje, jak silně se vzájemně druhy ovlivňují. Navzdory velkému množství předchozích studií na toto téma víme velmi málo o změně síly plant-soil feedback v čase u jednoho druhu, tedy jak se mění síla ovlivnění půdy a tedy následná biomasa druhu rostoucího v této půdě v závislosti na různé délce působení rostlinného druhu. Podobně málo informací máme o vlivu vzdálenosti od rostliny na intenzitu plant-soil feedback a možné vnitrodruhové variabilitě v těchto interakcích. Cílem mé práce tedy bylo sledovat změnu síly plant-soil feedback v čase u druhu rostoucího v půdě ovlivněné stejným či jiným rostlinným druhem a identifikovat, které abiotické faktory mohou být zodpovědné za změnu rostlinné biomasy. Dále jsem...
|
|
|
Studium celogenomové variability lidského cytomegaloviru.
Dvořák, Jan ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Roubalová, Kateřina (oponent)
Tato práce je součástí projektu zabývající se variabilitou HCMV, jejímž dlouhodobým cílem je zmapovat geografické rozložení genotypů, zjistit vliv variability genotypů na průběh HCMV asociovaných onemocnění a vytipovat úseky genomu s potenciálním využitím pro diagnostiku a preventivní terapii. Práce je zaměřena na metodiku přípravy materiálu z klinických izolátů HCMV pro nově vyvinutou metodu celogenomového sekvenování (next-generation sequencing, NGS) a na postupy pro vyhodnocení získaných sekvenačních dat. V práci byly použity vzorky krve a moči od pacientů po transplantaci hematopoetických kmenových buněk a od kongenitálně infikovaných dětí. Vybrané vzorky vhodné pro NGS byly sekvenovány platformou Illumina a sekvence složeny postupem anglicky označovaným jako de novo assembly v kombinaci s mapping assembly. Vzorky moči ve srovnání s krví vykazovaly vyšší výtěžnost materiálu pro NGS. Ze vzorků pozitivních na HCMV DNA (7 z 50) po amplifikaci na tkáňových kulturách měl pouze jeden vysoký podíl virové buněčné DNA (98 %), u 6 vzorků činil tento podíl méně než 7 %. Ze vzorku obsahujícího 98% virové DNA byla vytvořena sekvence celého genomu a srovnána se sekvencemi dalších klinických izolátů z Belgie v 11 polymorfních oblastech. Analýza těchto oblastí ukázala, že pouze 2 izoláty vykazují shodu ve...
|
|
|
Analýza antioxidačních systémů, morfologických a fyziologických parametrů u dvou odrůd bobu (Vicia faba L.) během stresu suchem
Jelénková, Iva ; Kočová, Marie (vedoucí práce) ; Wilhelmová, Naďa (oponent)
Objasnění fyziologických a biochemických mechanizmů souvisejících s odolností rostlin vůči suchu je zásadní pro šlechtění výnosných odolných rostlin, které budou dobře snášet i tyto nepříznivé podmínky prostředí. Stres suchem může vést k oxidativnímu poškození, které navozuje vážné poruchy fyziologických a biochemických procesů v rostlinách a jehož negativní vliv snižují antioxidanty. V této práci jsem se zaměřila na studium vybraných morfologických (hmotnost sušiny kořenů a prýtu, délka prýtu, počet listů), fyziologických (účinnost fotosyntézy, množství pigmentů, relativní obsah vody-RWC) a antioxidačních (kataláza-CAT, askorbát peroxidáza-APX, prolin) parametrů dvou odrůd Vicia faba L. lišících se citlivostí vůči suchu. Odolná odrůda (Merkur) a citlivá (Piešťanský) byly vystaveny 10- ti dennímu stresu suchem. Aktivita CAT a APX u stresovaných rostlin spíše klesala. Hodnoty množství prolinu kolísaly a nebyl patrný jasný trend a žádné významné rozdíly v souvislosti se stresem. V důsledku stresu klesal RWC výrazněji u citlivé odrůdy, aktivita elektron-transportního řetězce a množství pigmentů nebyly suchem příliš ovlivněny. Změny morfologických parametrů se ve stresu více negativně projevily u citlivé odrůdy, která je však vzrůstem mohutnější než odolná. Nejvíce byly pozitivní vlastnosti odolné odrůdy patrné...
|
|
|
Vnitrodruhová variabilita v antioxidačních systémech rostlin v souvislosti s odolností vůči suchu
Jelénková, Iva ; Kočová, Marie (vedoucí práce) ; Zelenková, Sylva (oponent)
Sucho je jedním z hlavních faktorů omezujících zemědělskou produkci. Reaktivní formy kyslíku (superoxidový radikál, hydroxylový radikál, peroxid vodíku, apod.) vznikající při stresu v buňce aktivují antioxidační mechanizmy, které tyto toxické látky zneškodňují. V řadě prací byla potvrzena pozitivní korelace mezi aktivitou enzymatických (např. kataláza, superoxiddismutáza, glutathionreduktáza, peroxidázy) a neenzymatických (např. glutathion, kyselina askorbová) antioxidantů a odolností rostlin vůči stresu. Byla rovněž zjištěna mezidruhová i vnitrodruhová variabilita v aktivitě antioxidačních systémů rostlin. Vyšší aktivita byla pozorována u hybridních genotypů F1 generace, u kterých se projevil pozitivní heterózní efekt, nebo u rostlin ošetřených podpůrnými látkami, jako jsou např. kyselina abscisová, brassinosteroidy a dusík. Nárůst aktivit antioxidačních látek byl zjištěn také v souvislosti se stupněm ploidie nebo sílou stresu. Byla pozorována i lepší odolnost rostlin vůči jiným abiotickým stresorům po jejich předchozím vystavení stresu suchem. Reakce rostlin na stres je komplexní a závisí na mnoha dalších vnitřních a vnějších faktorech.
|
host ::
RSS.