|
|
Interakční partneři proteinu eIF4E2 v lidských buňkách
Pospíšilová, Klára ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Hálová, Martina (oponent)
Protein eIF4E2 patří do rodiny eukaryotních translačních iniciačních faktorů 4E, za běžných okolností se ale iniciace translace neúčastní. Jeho hlavní úloha spočívá v represi translace specifických mRNA. Přesto se v podmínkách hypoxie eIF4E2 účastní iniciace translace jako podjednotka specific- kého translačního iniciačního komplexu. Přesný mechanismus působení eIF4E2 ani v jednom z procesů není znám. Jedním ze způsobů, jak roli eIF4E2 v buňce prostudovat, je zjistit, s jakými dalšími proteiny eIF4E2 interaguje. Cílem práce bylo vyhledat pomocí imunoprecipitace následované hmotnostní spek- trometrií potenciální interakční partnery eIF4E2 v buňkách linie HEK293. Kromě individuálních pro- teinů bylo cílem také identifikovat proteinové komplexy, jejichž součástí je v buňkách linie HEK293 faktor eIF4E2. Druhým směrem práce byla příprava systému pro hledání inhibitorů interakce eIF4E2 s eIF4G3. Hlavním výsledkem práce je nalezení potenciálních nových interakčních partnerů eIF4E2 v lidských buňkách.
|
|
|
Noncanonical human eIF4Es in and out of the RNA granules
Frydrýšková, Klára ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Půta, František (oponent) ; Valášek, Leoš (oponent)
Eukaryontní translační iniciační faktor eIF4E1 řídí iniciaci translace závislou na čepičce, vyskytuje se v P-tělíscích a je důležitý pro vznik stresových granulí (SG). V lidských buňkách jsou obsaženy také dva další nekanonické translační iniciační faktory, eIF4E2 a eIF4E3. Oba váží čepičku, ačkoliv slaběji než eIF4E1. V rámci této práce jsem se zabývala schopností jednotlivých členů z rodiny proteinů eIF4E a jejich variant lokalizovat do stresových granulí a P-tělísek za klidových podmínek a za podmínek tepelného a arsenitanového stresu. Za všech testovaných podmínek lokalizovaly proteiny eIF4E1 a eIF4E2 a všechny jejich testované varianty do P-tělísek na rozdíl od variant proteinu eIF4E3. Za obou stresových podmínek všechny varianty proteinu eIF4E1 a varianta eIF4E3-A lokalizovaly do SG, avšak schopnost jednotlivých proteinů lokalizovat do SG se lišila. Protein eIF4E2 lokalizoval ve zvýšené míře pouze do SG vyvolaných tepelným stresem. Při detailnějším studiu jsme ukázali, že za tepelného stresu vznikají dva typy SG ve vztahu k eIF4E proteinům. Přibližně 75 % SG indukovaných tepelným stresem obsahuje všechny tři eIF4E proteiny, zatímco ve 25 % z nich protein eIF4E2 chybí. Dále jsme ukázali, že protein velké ribosomální podjednotky L22 je specificky nabohacen v SG vyvolaných arsenitanovým stresem....
|
|
|
Rodina translačních faktorů 4E studovaná v lidských tkáňových liniích
Čečmanová, Vendula ; Mašek, Tomáš (vedoucí práce) ; Herrmannová, Anna (oponent)
Protein eIF4E patří mezi důležité eukaryotické translační iniciační faktory, jelikož zprostředkovává vazbu na 5'konec mRNA, tzv. čepičku. U člověka se nachází tři zástupci této proteinové rodiny, konkrétně eIF4E1, eIF4E2 a eIF4E3. Vedle iniciace translace se eIF4E1 účastní například exportu vybraných mRNA do cytoplazmy. Regulace tohoto proteinu z velké části probíhá prostřednictvím mTOR signální dráhy, přičemž poruchy v regulaci vedou ke zvýšené proliferaci buněk, což může vyústit ve vznik nádorového bujení. eIF4E2 hraje roli v regulaci translace během embryogeneze a zprostředkovává translaci za hypoxie. Úloha eIF4E3 je dosud opředena tajemstvím. Některé studie naznačují jeho tumor-supresorový potenciál, zatím však nebyl nikdy studován lidský eIF4E3. Velký potenciál naší práce tedy spočívá ve skutečnosti, že všechny eIF4E proteiny se kterými pracujeme jsou lidské. Na základě našich výsledků víme, že endogenní množství eIF4E3 v buňce je vyšší než se dosud myslelo, což je jeden z důvodů, proč by tento protein rozhodně neměl uniknout vědecké pozornosti. Ve své práci jsem porovnávala fyziologické parametry buněk s nadprodukovanými eIF4E proteiny po aplikaci inhibitorů mTOR kinázy. Zjistila jsem, že nejúčinnějším inhibitorem ve všech testovaných buněčných kulturách je PP-242, který se váže, na rozdíl...
|
|
|
4E translation initiation factors and their influence on regulation of gene expression
Lettrich, Patrik ; Mašek, Tomáš (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Translácia predstavuje jeden z najdôležitejších procesov odohrávajúcich sa v bunke. To je dôvodom, prečo je častým terčom rôznych regulácií. Obzvlášť dôležitú úlohu pre regulačné procesy je jej iniciačná fáza. Ku iniciácii translácie dochádza väčšinou po rozpoznaní a špecifickej väzbe kanonického eukaryotického iniciačného faktoru 4E1 (eIF4E1) na metylguanozínovú čiapočku prítomnú na 5' konci väčšiny eukaryotických mRNA. Rodina translačných iniciačných faktorov 4E však obsahuje ďalších dvoch členov - eIF4E2 a eIF4E3. Tieto dva proteíny tiež disponujú funkčnou schopnosťou viazať čiapočku mRNA, čo ich predurčuje k regulačným funkciám v súvislosti s transláciou. Proteín eIF4E2 je známy ako translačný represor vo vývojových procesoch a podieľa sa aj na umlčovaní génov sprostredkovanom miRNA. Existujú dôkazy o tom, že je schopný iniciovať transláciu v hypoxických podmienkach, čo je v zhode s jeho dokladovanými funkciami v hypoxických nádorových bunkách. Biologické úlohy proteínu eIF4E3 sú podstatne menej preskúmané. Táto práca podáva obraz o fungovaní všetkých troch translačných iniciačných faktorov s využitím bunkových línií s ich nadprodukciou alebo naopak deléciou. Experimentálne dáta potvrdili úlohu eIF4E2 v regulácii vývojových procesov. Bunkové línie s deléciou eIF4E2 a eIF4E3 boli...
|
|
|
Interakční partneři proteinu eIF4E2 v lidských buňkách
Pospíšilová, Klára ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Hálová, Martina (oponent)
Protein eIF4E2 patří do rodiny eukaryotních translačních iniciačních faktorů 4E, za běžných okolností se ale iniciace translace neúčastní. Jeho hlavní úloha spočívá v represi translace specifických mRNA. Přesto se v podmínkách hypoxie eIF4E2 účastní iniciace translace jako podjednotka specific- kého translačního iniciačního komplexu. Přesný mechanismus působení eIF4E2 ani v jednom z procesů není znám. Jedním ze způsobů, jak roli eIF4E2 v buňce prostudovat, je zjistit, s jakými dalšími proteiny eIF4E2 interaguje. Cílem práce bylo vyhledat pomocí imunoprecipitace následované hmotnostní spek- trometrií potenciální interakční partnery eIF4E2 v buňkách linie HEK293. Kromě individuálních pro- teinů bylo cílem také identifikovat proteinové komplexy, jejichž součástí je v buňkách linie HEK293 faktor eIF4E2. Druhým směrem práce byla příprava systému pro hledání inhibitorů interakce eIF4E2 s eIF4G3. Hlavním výsledkem práce je nalezení potenciálních nových interakčních partnerů eIF4E2 v lidských buňkách.
|
|
|
Noncanonical human eIF4Es in and out of the RNA granules
Frydrýšková, Klára ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Půta, František (oponent) ; Valášek, Leoš (oponent)
Eukaryontní translační iniciační faktor eIF4E1 řídí iniciaci translace závislou na čepičce, vyskytuje se v P-tělíscích a je důležitý pro vznik stresových granulí (SG). V lidských buňkách jsou obsaženy také dva další nekanonické translační iniciační faktory, eIF4E2 a eIF4E3. Oba váží čepičku, ačkoliv slaběji než eIF4E1. V rámci této práce jsem se zabývala schopností jednotlivých členů z rodiny proteinů eIF4E a jejich variant lokalizovat do stresových granulí a P-tělísek za klidových podmínek a za podmínek tepelného a arsenitanového stresu. Za všech testovaných podmínek lokalizovaly proteiny eIF4E1 a eIF4E2 a všechny jejich testované varianty do P-tělísek na rozdíl od variant proteinu eIF4E3. Za obou stresových podmínek všechny varianty proteinu eIF4E1 a varianta eIF4E3-A lokalizovaly do SG, avšak schopnost jednotlivých proteinů lokalizovat do SG se lišila. Protein eIF4E2 lokalizoval ve zvýšené míře pouze do SG vyvolaných tepelným stresem. Při detailnějším studiu jsme ukázali, že za tepelného stresu vznikají dva typy SG ve vztahu k eIF4E proteinům. Přibližně 75 % SG indukovaných tepelným stresem obsahuje všechny tři eIF4E proteiny, zatímco ve 25 % z nich protein eIF4E2 chybí. Dále jsme ukázali, že protein velké ribosomální podjednotky L22 je specificky nabohacen v SG vyvolaných arsenitanovým stresem....
|
|
|
Mechanismy translační represe zprostředkované miRNA
Kučerová, Michaela ; Mašek, Tomáš (vedoucí práce) ; Beznosková, Petra (oponent)
Současný model na mechanismus translační represe zprostředkované pomocí miRNA upřednostňuje model, kde k jejímu ustanovení dochází během iniciačního kroku translace. miRNA funguje jako naváděcí molekula, která směřuje miRISC (miRNA-induced silencing complex) k cílové mRNA. Aby byla mRNA translačně reprimována nebo byla indukována její degradace, je zapotřebí navázání dalších proteinů, např.: proteinu GW182, deadenylačních komplexů PAN2-PAN3 a CCR4- NOT, "decapping" enzymu či eIF4E-vazebných proteinů. Společnou souhrou těchto bílkovin nebo jejich posupným a koordinovaným navázáním na cílovou mRNA dochází k ustanovení translační represe. Zatím bylo navrženo několik jejích mechanismů: odstranění proteinu PABP z mRNA zprostředkované proteinem GW182; translační represe ustanovená nezávisle na proteinu GW182; miRNA-zprostředkované odstranění nebo navázání helikáz eIF4A1 či eIF4A2; translační represe navozená deadenylázami CAF1 a CCR4 a rekrutování translačních represorů jako jsou proteiny 4E-T, eIF4E2 a GIGYF2. Ve této práci shrnuji nejnovější informace o translační represi s cílem najít sjednocující prvky v jejích jednotlivých navržených mechanismech.
|
|
|
Interactome of the translation initiation factor eIF4E2
Lettrich, Patrik ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Zeman, Jakub (oponent)
Regulácia expresie génov na úrovni translácie je jedným z najvýznamnejších procesov pre udržanie životných funkcií buniek vo fyziologickej norme. Obzvlášť dôležitú úlohu v regulácii translácie hrá jej iniciačná fáza. Väčšina eukaryotických mRNA obsahuje na svojom 5' konci metylguanozínovú čiapočku. Naviazanie iniciačného faktoru eIF4E1 na čiapočku je podstatnou súčasťou kanonického mechanizmu iniciácie translácie. eIF4E1 je zložkou väčšieho komplexu nazvaného eIF4F, ktorého asociácia s čiapočkou mRNA je nevyhnutná pre kanonickú iniciáciu translácie. Vďaka schopnosti nekanonických iniciačných faktorov viazať čiapočku a súčasne interagovať s proteínmi odlišujúcimi sa od interakčných partnerov eIF4E1, môže dochádzať ku špecifickej regulácii translačnej iniciácie. Jedným z týchto nekanonických faktorov je eIF4E2. V regulačných procesoch vystupuje predovšetkým ako translačný represor. Naviazanie eIF4E2 na čiapočku zabráni asociácii komplexu eIF4F s mRNA a inhibuje tak transláciu. Avšak, eIF4E2 je taktiež schopný sprostredkovať iniciáciu translácie závislej na čiapočke alternatívnym mechanizmom v hypoxických podmienkach. Táto práca predstavuje prvú komplexnú analýzu proteín-proteínových interakcií a fyziologických funkcií faktoru eIF4E2 a jeho homológov u niekoľkých modelových organizmov. Kľúčové slová:...
|
|
|
Rodina translačních faktorů 4E studovaná v lidských tkáňových liniích
Čečmanová, Vendula ; Mašek, Tomáš (vedoucí práce) ; Herrmannová, Anna (oponent)
Protein eIF4E patří mezi důležité eukaryotické translační iniciační faktory, jelikož zprostředkovává vazbu na 5'konec mRNA, tzv. čepičku. U člověka se nachází tři zástupci této proteinové rodiny, konkrétně eIF4E1, eIF4E2 a eIF4E3. Vedle iniciace translace se eIF4E1 účastní například exportu vybraných mRNA do cytoplazmy. Regulace tohoto proteinu z velké části probíhá prostřednictvím mTOR signální dráhy, přičemž poruchy v regulaci vedou ke zvýšené proliferaci buněk, což může vyústit ve vznik nádorového bujení. eIF4E2 hraje roli v regulaci translace během embryogeneze a zprostředkovává translaci za hypoxie. Úloha eIF4E3 je dosud opředena tajemstvím. Některé studie naznačují jeho tumor-supresorový potenciál, zatím však nebyl nikdy studován lidský eIF4E3. Velký potenciál naší práce tedy spočívá ve skutečnosti, že všechny eIF4E proteiny se kterými pracujeme jsou lidské. Na základě našich výsledků víme, že endogenní množství eIF4E3 v buňce je vyšší než se dosud myslelo, což je jeden z důvodů, proč by tento protein rozhodně neměl uniknout vědecké pozornosti. Ve své práci jsem porovnávala fyziologické parametry buněk s nadprodukovanými eIF4E proteiny po aplikaci inhibitorů mTOR kinázy. Zjistila jsem, že nejúčinnějším inhibitorem ve všech testovaných buněčných kulturách je PP-242, který se váže, na rozdíl...
|
host ::
RSS.