|
|
Studium environmentálních vzorků pomocí pyrosekvenování a vliv intragenomové variability ITS rDNA oblasti na odhady diverzity hub
Zelenka, Tomáš ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Větrovský, Tomáš (oponent)
ITS region jaderné ribozomální DNA je dnes jeden z nejčastějších houbových barcode markerů. Používá se v environmentálních metagenomických analýzách, při determinaci hub, ale i při studiu jejich fylogeneze. V genomu se rDNA vyskytuje ve formě multikopiových tandemových repetic. Běžným Sangerovým sekvenováním získáme vždy pouze konsenzus repetic, zakrývající většinu možných intragenomových variancí. Stále častěji používané 454 pyrosekvenování odhaluje sekvence jednotlivých kopií. Většina mutací se během jevu zvaného concerted evolution vytrácí. Částečná variabilita v kopiích však zůstává zachována, včetně možných pseudogenů. Vzhledem k častému používání 454 sekvenování u environmentálních studií nejsme schopni tuto variabilitu odlišit od reálné diverzity. Tím pravděpodobně dochází k nadhodnocování skutečné diverzity a mylnému vyhodnocování dalších studií. Práce shrnuje studie zabývající se zjišťováním diverzity hub pomocí 454 sekvenování a zároveň předkládá rešerši současných poznatků o intragenomové variabilitě rDNA coby potenciálním zdroji nepravé diverzity. Doposud chybí experimentální práce, která by se komplexním propojením těchto problematik zabývala.
|
|
|
Kořenoví mykobionti vřesovcovitých rostlin: diverzita, distribuce a interakce s okolními rostlinami
Kolátková, Viktorie ; Vohník, Martin (vedoucí práce) ; Baláž, Milan (oponent)
Kořeny vřesovcovitých rostlin poskytují útočiště řadě houbových endofytů a mykorhizních hub. V rámci čeledi můžeme pozorovat minimálně čtyři typy mykorhizních symbióz, z nichž nejrozšířenějším je erikoidní mykorhizní (ErM) symbióza. Právě tento symbiotický vztah umožňuje vřesovcovitým rostlinám přežít v mnoha odlišných a často velmi nehostinných habitatech celého světa (od tropického mlžného lesa, po vřesoviště arktické tundry). Skupina hub, které se na něm podílejí, se v minulosti jevila být jako velice úzká hrstka askomycetů, konkrétně pak druhy Rhizoscyphus ericae (Read) Zhang & Zhuang a Oidiodendron maius Barron. S rozvojem molekulárních metod však došlo k jejímu rozšíření o mnoho dalších druhů spadajících i do oddělení stopkovýtrusých hub, zejména pak do řádu Sebacinales. Diverzita ErM houbových společenstev se na různých geografických lokalitách liší a bývá ovlivněna dalšími faktory jako nadmořskou výškou nebo typem ekosystému. Podrobnější druhová distribuce však zůstává kvůli nedostatku dostupných dat stále neznámá. Ačkoliv se jedná především o symbionty vřesovcovitých rostlin, mohou některé ErM houby kolonizovat i jiné rostlinné druhy. Jejich efekt na tyto pseudohostitele není zatím zcela objasněn. Primárně však zvyšují vitalitu vřesovcovitých rostlin a poskytují jim výhodu v kompetici s...
|
|
|
Charakteristika společenstva hub na opadu smrku ztepilého kultivací a analýzou T-RFLP
Kolářová, Zuzana ; Koukol, Ondřej (vedoucí práce) ; Brabcová, Vendula (oponent)
Houby mají důležitou funkci při dekompozici jehličnatého opadu a ovlivňují koloběhy živin v lesních ekosystémech. Proto je kladen velký důraz na prozkoumání diverzity těchto organismů. Cílem této práce bylo popsat diverzitu hub smrkového opadu a vývoj tohoto společenstva v čase na lokalitách regenerujích po kůrovcovém poškození. Dalším cílem bylo porovnat lokality lišící se různou délkou tohoto poškození. Lokality byly vybrány v NP Šumava, kde byly instalovány opadové sáčky s jehličím, které se odebíraly v průběhu třech let. Diverzita hub a změny ve společenstvu byly zjišťovány dvěma metodami: kultivací jehlic na 2ř sladinovém agaru a fingerprintovou metodou T-RFLP. Kultivací jehlic na agarovém médiu bylo v průběhu tříleté sukcese získáno dohromady 71 druhů hub z obou lokalit. Pomocí T-RFLP bylo celkově zaznamenáno 122 různých fragmentů. Dominantními druhy byly Scleroconidioma sphagnicola, Thysanophora penicillioides, Hormonema dematiodes, Ceuthospora pinastri, druhy rodu Chalara, Trichoderma polysporum, Mycena galopus a blíže neurčený druh Helotiales sp. 1. Primární saprotrofové se ve společenstvu vyskytovaly hlavně prvních 8 měsíců, poté je začaly nahrazovat bazidiomycety. Vliv různé délky kůrovcového poškození na druhové složení hub se prokázal jako signifikantní. Tyto rozdíly byly mnohem více patrné pro...
|
|
|
Kořenoví mykobionti vřesovcovitých rostlin: diverzita, distribuce a interakce s okolními rostlinami
Kolátková, Viktorie ; Vohník, Martin (vedoucí práce) ; Baláž, Milan (oponent)
Kořeny vřesovcovitých rostlin poskytují útočiště řadě houbových endofytů a mykorhizních hub. V rámci čeledi můžeme pozorovat minimálně čtyři typy mykorhizních symbióz, z nichž nejrozšířenějším je erikoidní mykorhizní (ErM) symbióza. Právě tento symbiotický vztah umožňuje vřesovcovitým rostlinám přežít v mnoha odlišných a často velmi nehostinných habitatech celého světa (od tropického mlžného lesa, po vřesoviště arktické tundry). Skupina hub, které se na něm podílejí, se v minulosti jevila být jako velice úzká hrstka askomycetů, konkrétně pak druhy Rhizoscyphus ericae (Read) Zhang & Zhuang a Oidiodendron maius Barron. S rozvojem molekulárních metod však došlo k jejímu rozšíření o mnoho dalších druhů spadajících i do oddělení stopkovýtrusých hub, zejména pak do řádu Sebacinales. Diverzita ErM houbových společenstev se na různých geografických lokalitách liší a bývá ovlivněna dalšími faktory jako nadmořskou výškou nebo typem ekosystému. Podrobnější druhová distribuce však zůstává kvůli nedostatku dostupných dat stále neznámá. Ačkoliv se jedná především o symbionty vřesovcovitých rostlin, mohou některé ErM houby kolonizovat i jiné rostlinné druhy. Jejich efekt na tyto pseudohostitele není zatím zcela objasněn. Primárně však zvyšují vitalitu vřesovcovitých rostlin a poskytují jim výhodu v kompetici s...
|
|
|
Studium environmentálních vzorků pomocí pyrosekvenování a vliv intragenomové variability ITS rDNA oblasti na odhady diverzity hub
Zelenka, Tomáš ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Větrovský, Tomáš (oponent)
ITS region jaderné ribozomální DNA je dnes jeden z nejčastějších houbových barcode markerů. Používá se v environmentálních metagenomických analýzách, při determinaci hub, ale i při studiu jejich fylogeneze. V genomu se rDNA vyskytuje ve formě multikopiových tandemových repetic. Běžným Sangerovým sekvenováním získáme vždy pouze konsenzus repetic, zakrývající většinu možných intragenomových variancí. Stále častěji používané 454 pyrosekvenování odhaluje sekvence jednotlivých kopií. Většina mutací se během jevu zvaného concerted evolution vytrácí. Částečná variabilita v kopiích však zůstává zachována, včetně možných pseudogenů. Vzhledem k častému používání 454 sekvenování u environmentálních studií nejsme schopni tuto variabilitu odlišit od reálné diverzity. Tím pravděpodobně dochází k nadhodnocování skutečné diverzity a mylnému vyhodnocování dalších studií. Práce shrnuje studie zabývající se zjišťováním diverzity hub pomocí 454 sekvenování a zároveň předkládá rešerši současných poznatků o intragenomové variabilitě rDNA coby potenciálním zdroji nepravé diverzity. Doposud chybí experimentální práce, která by se komplexním propojením těchto problematik zabývala.
|
|
|
Charakteristika společenstva hub na opadu smrku ztepilého kultivací a analýzou T-RFLP
Kolářová, Zuzana ; Koukol, Ondřej (vedoucí práce) ; Brabcová, Vendula (oponent)
Houby mají důležitou funkci při dekompozici jehličnatého opadu a ovlivňují koloběhy živin v lesních ekosystémech. Proto je kladen velký důraz na prozkoumání diverzity těchto organismů. Cílem této práce bylo popsat diverzitu hub smrkového opadu a vývoj tohoto společenstva v čase na lokalitách regenerujích po kůrovcovém poškození. Dalším cílem bylo porovnat lokality lišící se různou délkou tohoto poškození. Lokality byly vybrány v NP Šumava, kde byly instalovány opadové sáčky s jehličím, které se odebíraly v průběhu třech let. Diverzita hub a změny ve společenstvu byly zjišťovány dvěma metodami: kultivací jehlic na 2ř sladinovém agaru a fingerprintovou metodou T-RFLP. Kultivací jehlic na agarovém médiu bylo v průběhu tříleté sukcese získáno dohromady 71 druhů hub z obou lokalit. Pomocí T-RFLP bylo celkově zaznamenáno 122 různých fragmentů. Dominantními druhy byly Scleroconidioma sphagnicola, Thysanophora penicillioides, Hormonema dematiodes, Ceuthospora pinastri, druhy rodu Chalara, Trichoderma polysporum, Mycena galopus a blíže neurčený druh Helotiales sp. 1. Primární saprotrofové se ve společenstvu vyskytovaly hlavně prvních 8 měsíců, poté je začaly nahrazovat bazidiomycety. Vliv různé délky kůrovcového poškození na druhové složení hub se prokázal jako signifikantní. Tyto rozdíly byly mnohem více patrné pro...
|
host ::
RSS.