|
|
Effect of amino acid alphabet reduction on structure and function of dephosphocoenzyme A kinase
Makarov, Mikhail ; Hlouchová, Klára (vedoucí práce) ; Dračínská, Helena (oponent)
Je dobře známo, že velká rozmanitost proteinových funkcí a struktur je umožněna širokým spektrem fyzikálně-chemických vlastností 20 standardních aminokyselin, které tvoří moderní proteiny. Podle obecně přijímané koevoluční teorie genetického kódu, evoluce proteinových struktur a funkcí byla nepřetržitě spojena s rozšiřováním genetického kódu, přičemž aromatické aminokyseliny jsou považovány za nejvíce pozdní členy genetického kódu. Jejich inkorporace zřejmě přispěla ke zvýšení strukturní stability proteinů a diverzifikaci jejich katalických funkcí. Hlavním cílem této diplomové práce bylo otestovat, zda enzymová katalýza mohla předcházet inkorporaci aromatických aminokyselin do standardního genetického kódu. Pro tento účel byl prozkoumán vliv redukce aminokyselinového repertoáru na strukturu a funkci defosfokoenzym A kinasy (DPCK). Defosfokoenzym A kinasa katalyzuje poslední krok v biosyntéze koenzymu A, což je evolučně vysoce konzervovaný kofaktor. V této práci byly navrženy dva mutantní proteiny DPCK z termofilní bakterie, Aquifex aeolicus, tak, aby aromatické aminokyseliny byly nahrazeny (i) leuciny a (ii) nearomatickými aminokyselinami pro co největší zachování strukturní stability proteinu. Přirozená varianta (z angl. wild type) proteinu a dva mutantní proteiny postrádající aromatické...
|
host ::
RSS.