|
|
Evolution of Host Specialisation, Phylogeography and Taxonomic Revision of Xenidae (Strepsiptera)
Benda, Daniel
Řasníci (Strepsiptera: Xenidae) jsou skupinou hmyzích parazitů, která je velmi vhodná pro studium hostitelské specializace. Vyvinula se u nich řada adaptací na parazitický způsob života zahrnující komplexní morfologické, behaviorální, a fyziologické adaptace, které nemají u jiných organismů obdoby. Paradoxně malá pozornost byla naopak věnována studiu molekulární fylogeneze, fylogeografie, vymezení jednotlivých druhů a jejich implikacím pro taxonomickou klasifikaci. S využitím metod molekulární fylogenetiky jsme vytvořili první datovanou fylogenezi čeledi Xenidae. Pomocí fylogeografických metod a rekonstrukce ancestrálních hostitelských linií jsme zjistili, že mezi Novým světem a Starým světem + Austrálií došlo k výměně některých linií, dokud Antarktida zcela nezamrzla. Během pozdního paleogénu a neogénu se několik linií rozšířilo z Afrotropické oblasti do dalších oblastí Starého světa a Austrálie. Původními hostiteli čeledi Xenidae byly s největší pravděpodobností sociální vosy, přičemž následný přechod od sociálních k samotářským vosám byl sekundární a pravděpodobně k němu došlo pouze jednou. K paralelnímu přeskoku ze samotářských vos na kutilky čeledi Sphecidae došlo nezávisle na sobě v Novém a Starém světě. Evoluční historii Xenidae lze vysvětlit kombinací šíření, vymírání linií a klimatických...
|
|
|
Evolution of Host Specialisation, Phylogeography and Taxonomic Revision of Xenidae (Strepsitera)
Benda, Daniel ; Straka, Jakub (vedoucí práce) ; Malenovský, Igor (oponent) ; Cook, Jerry L. (oponent)
Řasníci (Strepsiptera: Xenidae) jsou skupinou hmyzích parazitů, která je velmi vhodná pro studium hostitelské specializace. Vyvinula se u nich řada adaptací na parazitický způsob života zahrnující komplexní morfologické, behaviorální, a fyziologické adaptace, které nemají u jiných organismů obdoby. Paradoxně malá pozornost byla naopak věnována studiu molekulární fylogeneze, fylogeografie, vymezení jednotlivých druhů a jejich implikacím pro taxonomickou klasifikaci. S využitím metod molekulární fylogenetiky jsme vytvořili první datovanou fylogenezi čeledi Xenidae. Pomocí fylogeografických metod a rekonstrukce ancestrálních hostitelských linií jsme zjistili, že mezi Novým světem a Starým světem + Austrálií došlo k výměně některých linií, dokud Antarktida zcela nezamrzla. Během pozdního paleogénu a neogénu se několik linií rozšířilo z Afrotropické oblasti do dalších oblastí Starého světa a Austrálie. Původními hostiteli čeledi Xenidae byly s největší pravděpodobností sociální vosy, přičemž následný přechod od sociálních k samotářským vosám byl sekundární a pravděpodobně k němu došlo pouze jednou. K paralelnímu přeskoku ze samotářských vos na kutilky čeledi Sphecidae došlo nezávisle na sobě v Novém a Starém světě. Evoluční historii Xenidae lze vysvětlit kombinací šíření, vymírání linií a klimatických...
|
|
|
Reconstruction of the evolution of multiple sex chromosomes in \kur{Leptidea} wood white butterflies
HOVORKOVÁ, Kristýna
Having a crucial role in many evolutionary processes, such as sex determination, speciation and adaptation, sex chromosomes tend to be highly conserved. Rapidly evolving sex chromosome systems offer a special opportunity to study the evolution of the sex chromosomes in miraculous resolution. Butterflies of genus Leptidea possess a unique species-specific sex chromosome system with 3-4 W and 3-4 Z chromosomes. Using novel genomic tools established for L. juvernica, namely transcriptome-based microarray for comparative genomic hybridization (array-CGH) and a library of bacterial artificial chromosome (BAC) clones, we assembled the physical maps of Z chromosomes in three cryptic Leptidea species (L. juvernica, L. sinapis, and L. reali) by fluorescence in situ hybridization (FISH) of BAC clones containing orthologs of Bombyx mori genes. In all three species, we identified the 'ancestral' Z chromosome and synteny segments of autosomal origin and reconstructed the step-by-step evolution of multiple sex chromosomes. We propose that the multiple sex chromosome system originated in the common ancestor of Leptidea species by means of multiple chromosomal rearrangements, especially translocations, fusions and fissions, between the sex chromosomes and autosomes. Thus, the turnover of neo-sex chromosomes could not be the main engine driving speciation in this genus. Instead, we propose that subsequent differentiation of the sex chromosome multiples in each species together with enlarged number of Z-linked genes could play a crucial role in accumulation of genetic incompatibilities facilitating subsequent divergence and speciation in Leptidea wood white butterflies.
|
|
|
Evoluce pohlavních chromozómů u vybraných taxonů kostnatých ryb (Teleostei)
Pavlica, Tomáš ; Sember, Alexandr (vedoucí práce) ; Kratochvíl, Lukáš (oponent)
Kostnaté ryby tvoří nadpoloviční většinu obratlovců na zemi. Disponují širokou škálou mechanizmů pohlavní determinace a diferenciace, včetně devíti dosud známých systémů pohlavních chromozómů. Rybí pohlavní chromozómy jsou obecně považovány za evolučně mladé a jsou proto vhodné pro studium časných fází vývoje těchto unikátních oblastí genomu. Úkolem mé diplomové práce bylo analyzovat výskyt a úroveň diferenciace pohlavních chromozómů u dvou druhů halančíků rodu Nothobranchius a u jednoho zástupce širokohlavců rodu Bunocephalus metodami standardní a molekulární cytogenetiky. Analyzované populace halančíků N. kadleci a N. furzeri sdílely systém pohlavních chromozómů XY. I přes obvykle výraznou heteromorfii pohlavních chromozómů, komparativní genomová hybridizace (CGH) neodhalila oblast diferenciace. Analýza synaptonemálních komplexů v kombinaci s mapováním 18S rDNA a telomerických sekvencí metodou fluorescenční hybridizace in situ (FISH) ukázala téměř výhradně standardní párování pohlavních chromozómů s přispěním synaptického přizpůsobení. U samic jedné populace N. furzeri jsem v pachytene pozoroval malý nadpočetný chromozóm, který se nevyskytoval v mitóze analyzovaných somatických tkání. Distribuce oblastí rekombinace se mírně lišila v rámci omezeného studovaného vzorku mezi samci a samicemi: u...
|
|
|
Biogeography, phylogeny, ecology and systematics of epigean freshwater Amphipoda in the Carpathian arc and beyond
Copilas-Ciocianu, Denis ; Petrusek, Adam (vedoucí práce) ; Väinölä, Risto (oponent) ; Trontejl, Peter (oponent)
4 ABSTRAKT(INCZECH) Sladkovodnírůznonožci mají poměrněšpatnouschopnostšíření, mimojinév důsledkuizolovanostiobývanýchstanovišťaabsenceodolnýchpropagulívživotnímcyklu. Většinajejichdruhůjeprotoúzceendemickáarozšířené morfologickydefinovanédruhy ("morfospecies")seskládajízčetnýchgenetickyodlišnýchevolučníchlinií.Takovérozšířenía genetickástrukturajsoupovažoványzareliktyhistorickýchprocesů.OblastKarpatského obloukuprodělalaběhemposledních20 milionůletdramatickýgeomorfologickývývoj: KarpatybylypostupněvyzdviženyzmořeParatethysavmiocénutvořilysouostroví,kterése nakonecspojilodojednohoznejdelšíchhorskýchpásemvEvropě.Tytohoryaokolnínížiny jsou navícobývanérůznorodoufaunoublešivců,cožposkytujeideálníprostředípro testováníhistorickýchbiogeografickýchhypotéz.Výsledkyprezentovanévtétodisertační práciukázaly,žehorskétaxonyroduGammarusvjižníčástiKarpatmajíroztříštěnéa alopatrickéareály,zatímcodruhyrodůNiphargus aSynurella sevětšinouvyskytují sympatrickyanarozsáhlýchúzemích.Následné molekulárnístudiedoložily,žeroztříštěná distribuce druhového komplexu Gammarusfossarum vjihozápadních Karpatech je pravděpodobnědůsledkemrozpadudřívesouvislépevninypředcca16milionylet.Ilokální endemickézápadokarpatskélinienaúzemí MoravyaSlovenskajsoumiocenníhostáří,což naznačuje,žetitoblešivcipřežilipleistocenníklimatickévýkyvyna...
|
|
|
Reprodukční izolace kryptických druhů protist
Jelínková, Lucie ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Urbánková, Pavla (oponent)
Systematická a evoluční biologie se už od počátku své existence snaží definovat druhovou kategorii či taxon. Určité taxony jsou shledávány druhy na základě nejrůznějších kritérii, tedy na základě různých druhových konceptů. Nejvíce takovýchto konceptů vzniklo v minulém století. Biologický druhový koncept byl desetiletí považován za nejzásadnější. Byl založen na přítomnosti reprodukční isolace dvou druhů. Jeho aplikovatelnost byla ovšem zpochybněna zjištěním, že existuje velké množství i starobylých asexuálních linií a také linií sexuálních s vysokou mírou hybridizace mezi uznávanými druhy. Tato práce se pokouší popsat biologický druhový koncept a jeho změny v průběhu času. A taktéž se pokouší vyřešit otázku jeho současné požitelnosti pro protista.
|
|
|
Delimitace druhů u lobosních měňavek
Foučková, Martina ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Škaloud, Pavel (oponent)
Lobosní měňavky - měňavky vytvářející lobopodie - se vyskytují napříč skupinami Amoebozoa, Excavata, Rhizaria, a v rodu Anaeramoeba s nejasným postavením. Pro jejich druhovou delimitaci (tj. vymezení hranic pro odlišení jednotlivých druhů od sebe) jsou nejčastěji používané morfologické znaky, které bylo možné dokumentovat i v minulosti, jako je velikost a tvar těla, vzhled hyalinní zóny, panožek a subpseudopodií, granuloplazma s cytoplazmatickými inkluzemi, počet a velikost jader, tvar uroidu a podoba případné cysty. Dále jsou používány znaky na ultrastruktuře, kterými jsou ultrastruktura jádra, jadérka, povrchových útvarů a organel. Díky molekulárním metodám se dnes druhy popisují a rozlišují také díky sekvenování genu pro SSU rRNA a aktin, COI barcodingu a sekvencí ITS a je tak možné odhalovat i kryptické druhy. Před sekvenováním se pro molekulární popis druhů využívalo také technik RFLP, RAPD a izozymů. Tato práce hodnotí význam jednotlivých znaků používaných pro druhovou delimitaci lobosních měňavek na příkladu vybraných 125 druhů ze skupiny Amoebozoa (řádů Acanthamoebida, Pellitida, Himatismenida, Dermamoebida, Thecamoebida, Vannellida, Dactylopodida, Squamocutida, Variopodida, Euamoebida, Leptomyxida a Echinamoebida), Heterolobosea a Anaeramoebidae. Klíčová slova: barcoding, druhová...
|
|
|
Biogeography, phylogeny, ecology and systematics of epigean freshwater Amphipoda in the Carpathian arc and beyond
Copilas-Ciocianu, Denis ; Petrusek, Adam (vedoucí práce) ; Väinölä, Risto (oponent) ; Trontejl, Peter (oponent)
4 ABSTRAKT(INCZECH) Sladkovodnírůznonožci mají poměrněšpatnouschopnostšíření, mimojinév důsledkuizolovanostiobývanýchstanovišťaabsenceodolnýchpropagulívživotnímcyklu. Většinajejichdruhůjeprotoúzceendemickáarozšířené morfologickydefinovanédruhy ("morfospecies")seskládajízčetnýchgenetickyodlišnýchevolučníchlinií.Takovérozšířenía genetickástrukturajsoupovažoványzareliktyhistorickýchprocesů.OblastKarpatského obloukuprodělalaběhemposledních20 milionůletdramatickýgeomorfologickývývoj: KarpatybylypostupněvyzdviženyzmořeParatethysavmiocénutvořilysouostroví,kterése nakonecspojilodojednohoznejdelšíchhorskýchpásemvEvropě.Tytohoryaokolnínížiny jsou navícobývanérůznorodoufaunoublešivců,cožposkytujeideálníprostředípro testováníhistorickýchbiogeografickýchhypotéz.Výsledkyprezentovanévtétodisertační práciukázaly,žehorskétaxonyroduGammarusvjižníčástiKarpatmajíroztříštěnéa alopatrickéareály,zatímcodruhyrodůNiphargus aSynurella sevětšinouvyskytují sympatrickyanarozsáhlýchúzemích.Následné molekulárnístudiedoložily,žeroztříštěná distribuce druhového komplexu Gammarusfossarum vjihozápadních Karpatech je pravděpodobnědůsledkemrozpadudřívesouvislépevninypředcca16milionylet.Ilokální endemickézápadokarpatskélinienaúzemí MoravyaSlovenskajsoumiocenníhostáří,což naznačuje,žetitoblešivcipřežilipleistocenníklimatickévýkyvyna...
|
|
| |
|
|
Diverzita a taxonomie zástupců rodu Geastrum ve Střední Americe
Zehnálek, Petr ; Koukol, Ondřej (vedoucí práce) ; Tomšovský, Michal (oponent)
V temperátním pásu, zejména pak v Evropě a Severní Americe, představuje rod Geastrum velmi dobře prozkoumanou skupinu břichatkovitých hub s dlouhodobou a obsáhlou historií studia. Naše znalost diverzity zástupců z jiných oblastí rozšíření, především tropů, je však dosti omezená. Cílem předkládané diplomové práce je přispět k poznání diverzity tohoto rodu v Panamě, Kostarice a Kolumbii. Během tří výjezdů do Panamy (provincie Chiriquí) jsem v letech 2015, 2016 a 2017 získal celkem 86 vlastních sběrů náležejících do rodu Geastrum. Tyto jsem charakterizoval na základě morfologických i molekulárních dat. Morfologickému studiu jsem rovněž podrobil 40 zapůjčených herbářových položek z Kostariky, Kolumbie i Panamy. Úspěšně jsem u vlastních sběrů osekvenoval čtyři lokusy DNA (ITS, LSU, RPB1 a ATP6). U herbářových položek byla úspěšnost metody nízká kvůli časté kontaminaci, stáří položky či pravděpodobně špatnému uchovávání položek. Molekulárně fylogenetická analýza byla provedena Bayesovskou metodou a v souladu s morfologickými znaky ukázala řadu linií nových pro Panamu a nejméně čtyři nové druhy pro vědu. Variabilita v druhových komplexech (např. G. lageniforme, G. saccatum, G. velutinum) je podrobněji rozebrána s důrazem na linie zaznamené ve vymezené oblasti. Pro Panamu jsem na základě morfologických...
|
host ::
RSS.